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TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    2201 4qqx:E (3.34) BS04 ATP ? GO:0000027 ... Q47PJ0 25132177
    2202 4qqx:G (3.34) BS04 ATP ? GO:0000027 ... Q47PJ0 25132177
    2203 4qre:A (1.7) BS02 ATP N/A GO:0000166 ... N/A N/A
    2204 4r2l:A (1.8) BS01 ATP ? N/A P67091 25600413
    2205 4r2l:B (1.8) BS01 ATP ? N/A P67091 25600413
    2206 4rdi:A (1.95) BS01 ATP 6.1.-.- GO:0005515 ... Q46927 26101842
    2207 4rdi:B (1.95) BS01 ATP 6.1.-.- GO:0005515 ... Q46927 26101842
    2208 4rdi:C (1.95) BS01 ATP 6.1.-.- GO:0005515 ... Q46927 26101842
    2209 4rdi:D (1.95) BS01 ATP 6.1.-.- GO:0005515 ... Q46927 26101842
    2210 4rh7:A (3.41) BS03 ATP ? GO:0005524 ... Q8NCM8 25470043
    2211 4rqk:A (1.55) BS01 ATP 2.7.11.1 GO:0004672 ... O15530 25518860
    2212 4rqv:A (1.502) BS01 ATP 2.7.11.1 GO:0004672 ... O15530 25518860
    2213 4rrv:A (1.412) BS02 ATP 2.7.11.1 GO:0004672 ... O15530 25518860
    2214 4rtf:D (2.77) BS01 ATP N/A GO:0005524 ... N/A N/A
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    2221 4rx6:A (2.5994) BS01 ATP ? GO:0005524 ... Q07428 25691471
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    2223 4rx6:B (2.5994) BS01 ATP ? GO:0005524 ... Q07428 25691471
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    2225 4rx6:D (2.5994) BS01 ATP ? GO:0005524 ... Q07428 25691471
    2226 4rx6:D (2.5994) BS02 ATP ? GO:0005524 ... Q07428 25691471
    2227 4s1k:A (2.2) BS01 ATP ? GO:0005524 ... Q5EK29 25751308
    2228 4s1l:A (1.752) BS01 ATP ? GO:0005524 ... Q5EK29 25751308
    2229 4tl7:A (1.936) BS01 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
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    3.6.4.-
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    3.6.4.-
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    3.6.4.-
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    2233 4tl7:C (1.936) BS01 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
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    2234 4tl7:C (1.936) BS02 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
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    3.6.4.-
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    2236 4tl7:D (1.936) BS02 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
    GO:0005524 ... Q79PF4 26113637
    2237 4tl7:E (1.936) BS01 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
    GO:0005524 ... Q79PF4 26113637
    2238 4tl7:E (1.936) BS02 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
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    2239 4tl7:F (1.936) BS01 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
    GO:0005524 ... Q79PF4 26113637
    2240 4tl7:F (1.936) BS02 ATP 2.7.11.1
    3.6.4.-
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    2242 4tqf:A (2.7143) BS02 ATP 6.1.1.26 GO:0000049 ... Q8PWY1 25385624
    2243 4tsf:A (3.2) BS01 ATP ? GO:0005515 ... P19483 25049402
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    2245 4tsf:C (3.2) BS01 ATP ? GO:0005515 ... P19483 25049402
    2246 4tsf:E (3.2) BS02 ATP 7.1.2.2 GO:0005515 ... P00829 25049402
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    2248 4tt3:A (3.21) BS01 ATP ? GO:0005515 ... P19483 25049402
    2249 4tt3:B (3.21) BS01 ATP ? GO:0005515 ... P19483 25049402
    2250 4tt3:C (3.21) BS01 ATP ? GO:0005515 ... P19483 25049402
    2251 4tt3:F (3.21) BS02 ATP 7.1.2.2 GO:0005515 ... P00829 25049402
    2252 4ttq:A (2.2) BS01 ATP 2.7.1.24 GO:0004140 ... Q5ZVH3 25449315
    2253 4u07:A (2.64) BS01 ATP 2.7.7.108
    3.1.4.-
    N/A Q9BVA6 25435325
    2254 4u07:B (2.64) BS01 ATP 2.7.7.108
    3.1.4.-
    N/A Q9BVA6 25435325
    2255 4u0m:A (2.3) BS02 ATP 2.7.7.- GO:0005524 ... Q9KVG7 25201413
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    2258 4u1r:B (2.8) BS01 ATP 2.7.1.11 GO:0003872 ... Q01813 26205495
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    2260 4u1r:D (2.8) BS02 ATP 2.7.1.11 GO:0003872 ... Q01813 26205495
    2261 4up9:A (3.047) BS01 ATP 6.1.1.6 GO:0000049 ... C4M7X2 25448989
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    2263 4usi:A (1.45) BS03 ATP N/A GO:0006808 ... N/A 25416954
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    2265 4usi:C (1.45) BS01 ATP N/A GO:0006808 ... N/A 25416954
    2266 4usj:C (2.85) BS01 ATP N/A GO:0006808 ... N/A 25416954
    2267 4usj:D (2.85) BS01 ATP N/A GO:0006808 ... N/A 25416954
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    2270 4v02:B (2.7) BS01 ATP ? GO:0005524 ... O67033 25500731
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    2272 4v0u:B (7.88) BS02 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 25774600
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    2276 4wae:A (3.318) BS01 ATP 2.7.1.67 GO:0016301 ... Q9UBF8 25897704
    2277 4wb5:A (1.641) BS02 ATP 2.7.11.11 GO:0000287 ... P17612 25605907
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    2279 4wb6:B (2.1) BS02 ATP 2.7.11.11 GO:0000287 ... P17612 25605907
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    P25685
    25605907
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    2285 4wc4:A (3.501) BS02 ATP 2.7.7.- GO:0003723 ... O66728 25914059
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    2287 4wh3:A (1.8) BS01 ATP 2.7.1.162 GO:0004413 ... E8MF12 25644306
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    2290 4wq5:A (2.33) BS03 ATP 2.3.1.234 GO:0000287 ... P05852 25578970
    2291 4wq5:B (2.33) BS03 ATP 2.3.1.234 GO:0000287 ... P05852 25578970
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    3.2.1.17
    GO:0003796 ... P00720
    Q8TCG2
    26143926
    2294 4wtv:B (1.9) BS02 ATP 2.7.1.67
    3.2.1.17
    GO:0003796 ... P00720
    Q8TCG2
    26143926
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    2299 4wyb:G (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2300 4wyb:I (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2301 4wyb:K (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
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    2303 4wyb:O (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2304 4wyb:Q (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2305 4wyb:S (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2306 4wyb:U (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2307 4wyb:X (3.493) BS01 ATP 3.6.4.- GO:0000287 ... P68135 26118535
    2308 4wz6:A (2.05) BS01 ATP 5.6.1.6 GO:0005524 ... P13569 26444971 MOAD: Kd=1.4uM
    PDBbind: -logKd/Ki=5.60, Kd=2.5uM
    2309 4wzy:A (1.71) BS02 ATP 2.7.1.175 GO:0005524 ... A1TH50 25619172
    2310 4x2d:A (2.5) BS01 ATP N/A N/A N/A N/A
    2311 4x6r:A (2.4) BS01 ATP 2.7.11.11 GO:0000122 ... P05132 26278174
    2312 4x6r:B (2.4) BS01 ATP ? GO:0001932 ... P00514 26278174
    2313 4xbr:A (2.94) BS01 ATP 2.7.11.1 GO:0004672 ... O96013
    Q96EL1
    26607847
    2314 4xho:A (2.65) BS01 ATP N/A N/A N/A N/A
    2315 4xjx:A (2.4) BS01 ATP 3.1.21.3 GO:0003677 ... P10486 N/A
    2316 4xjx:B (2.4) BS01 ATP 3.1.21.3 GO:0003677 ... P10486 N/A
    2317 4xru:A (3.41) BS02 ATP ? GO:0047846 ... C2M8N3 25882814
    2318 4xru:B (3.41) BS01 ATP ? N/A C2M8N4 25882814
    2319 4xru:B (3.41) BS02 ATP ? N/A C2M8N4 25882814
    2320 4xru:D (3.41) BS02 ATP ? GO:0047846 ... C2M8N3 25882814
    2321 4xru:E (3.41) BS01 ATP ? N/A C2M8N4 25882814
    2322 4xru:E (3.41) BS02 ATP ? N/A C2M8N4 25882814
    2323 4xtr:A (2.05) BS04 ATP 3.6.-.- GO:0000750 ... Q12154 25745174
    2324 4xtr:A (2.05) BS06 ATP 3.6.-.- GO:0000750 ... Q12154 25745174
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    2400 5ce3:C (2.93) BS01 ATP ? GO:0000281 ... G3CKA6 N/A

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  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
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  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218