>PF10508 (504 residues) MAAQVQSLLREVSRLEAPLEELRALQSVLQAVPLSDLREQVTELSLGPLFSLLNENHREQ TTLCVSILERLLQAMEPVHVARNLRVDLQRGLTHPDDSVKILTLSQVGRIVENSDAVVEI LNNSELLKQIVYCIGGENLSVAKAAIKSLSRISLTQAGLEALFESNLLDDLKSVMKTNDI VRYRVYELIVEISSVSPESLNYCTTSGLVTQLLRELTGEDVLVRATCIETVTSLAHTHHG RQYLAQEGVIDQISNIIVGADSDPFSSFYLPGFVKFFGNLAIMDSPQQICERYPVFVEKV FEMTESQDPTMIGVAVDTIGILGSNVEGKQVLQKTGTRFERLLMRIGHQAKNASTELKIR CLDAVSSLLYLPPEQQTDDLLRMTESWFSSLSRDPLELFRGISNQPFPELHCAALKVFTA IANQPWAQKLMFNSPGFVEYVMDRSVEHDKASKDAKYELVKALANSKTIAEIFGNPNYLR LRTYLSEGPYYVKPVSTTAVEGAE |
Rank | PDB hit | ID1 | ID2 | Cov | Norm. Zscore | Threadingprogram | 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280 300 320 340 360 380 400 420 440 460 480 500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Seq | MAAQVQSLLREVSRLEAPLEELRALQSVLQAVPLSDLREQVTELSLGPLFSLLNENHREQTTLCVSILERLLQAMEPVHVARNLRVDLQRGLTHPDDSVKILTLSQVGRIVENSDAVVEILNNSELLKQIVYCIGGENLSVAKAAIKSLSRISLTQAGLEALFESNLLDDLKSVMKTNDIVRYRVYELIVEISSVSPESLNYCTTSGLVTQLLRELTGEDVLVRATCIETVTSLAHTHHGRQYLAQEGVIDQISNIIVGADSDPFSSFYLPGFVKFFGNLAIMDSPQQICERYPVFVEKVFEMTESQDPTMIGVAVDTIGILGSNVEGKQVLQKTGTRFERLLMRIGHQAKNASTELKIRCLDAVSSLLYLPPEQQTDDLLRMTESWFSSLSRDPLELFRGISNQPFPELHCAALKVFTAIANQPWAQKLMFNSPGFVEYVMDRSVEHDKASKDAKYELVKALANSKTIAEIFGNPNYLRLRTYLSEGPYYVKPVSTTAVEGAE | |||||||||||||||||||
1 | 6xteA | 0.10 | 0.09 | 0.93 | 1.33 | DEthreader | EIAALLQTMEDQ---GNQRVQAHAAAALINFTLLIPYLDNLVKHLHSIMVLKLQLGTKLVLEQVVTSIASVADTAKFVPYYDLFMPSLKHIVEAQERLLRGKTIECISLIGLAVGKEKFMQDASDVMQLLLKTQTDF--PQISYMISAWARMCKIGKEFQQYL-PVVMGPLMKTASIGLEEKSTACQMLVCYAKELKEGFVEYTE-QVVKLMVPLLKFYFHDVRVAAAESMPLLLECARVYLTQMWHFMCDALIKAIGTEP----DSDVLSEIMHSFAKCIEVMGDGCLNNHFEELGGILKAKLEEHDVYILTKVSDILHSIFSS-YKEKV-LPWFEQLLPLIVNLIPH-RPWP--DRQWGLCIFDDVIEHC----SPASFKY-AEYFL---RPMLQYVCD--NSPE--VRQAAAYGLGVMAQGDNYRPFCTEAPLLVRVIQSADSKTKVNATENCISAVGKIMKKPDCV---N---VEEVLPHWLSWLPLTFNYLCDLIESNH | |||||||||||||
2 | 5hb4B | 0.09 | 0.09 | 0.99 | 1.33 | DEthreader | VDFVFDVFANRTKLRILRLSCLDFVMLPFSRVMEWLFNEKVITSLINTIHQDPLAPSVVSILRAIQVMIKALAFEDGILSHLSLVVDLGKYCNLGHAELTLACLKLLEKISTSLSKAIVQLEGETISASLSASIMALNYRVKLAILDFLYACLPQPHQFLIPFDQSLFHSLLNVLLTLVTLKYRVLRILQLLWKSASLVMDELRATNFLFHMLLREVQIWYIDYLASRAAIFEYIGKCSVSIKQIFDALNPSIFDFFDFINTYWLLRLLLQAWANLLLVMIESNDFKPKMAFLLQALQAILPTLEAFLKDEAFELARVAKVLLWKLDF-FVGNLIGDKLFQLFQLCLSAISQSGTPLRSLYYSICYRYLT--AV-VDTRSVTNARARTLKAITLYGDLLNVICDDYGSDCQTAAMILLNALVHTSRASSVDCPIIDALNLFIGVLDSLENEPSQQYTSAKLALLLQLCQTRQGAKYVLQANLFRALEQSGVFAHLLVALARGVG | |||||||||||||
3 | 2z6gA | 0.13 | 0.11 | 0.90 | 2.71 | HHpred | -PQMVSAIVRTMQDVETARCTSGTLHNLSH--HREGLLAIFKSGGIPALVNMLGSPVDSVLFHAITTLHNLLLHEGAKMVLAGGLQKMVALLNKTNVKFLAITTDCLQILAYGNQESKLIILASGGPQALVNIMRTYYEKLLWTTSRVLKVLSVCSSNKPAIVEAGGMQALGLHLDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQE-GM--EGLLGTLVQLLGSDDINVVTCAAGILSNLTCNYKNKMMVCQVGGIEALVRTVLRAGDRE---DITEPAICALRHLTSRHQDEMAQNALHYGLPVVVKLLHPSHWPLIKATVGLIRNLALCPANHAPLREQG-----AIPRLVQLLVRAHQEIVEACTGALHILARDIHN------R----I--VIRGLNTIPLFVQLLYSPIENIQRVAAGVLCELAQDKEAAEAIEA-EGATAPLTELLHSRNEGVATYAAAVLFRMSEDKPYKKRLSVELTSSL----------------------- | |||||||||||||
4 | 4rv1A | 0.14 | 0.11 | 0.79 | 0.67 | DisCoVER | ---------------------------------------------VEKLVKLLTSTDSETQKEAARDLAEIASGAAIKAIVAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTAIKAIVDAGGVEVLVKLLT-----STDSEVQKEAARALANIASGPAIKAIVDAG--GVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASG--PDEAIKAIVDAG--GVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASG--------PDEAIKAIVD-A--GGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTAIKAIVDA-GGVEVLQKLLTSTDSEVQKEAQRALENIKSG-GW----------------------------------- | |||||||||||||
5 | 3nowA | 0.14 | 0.14 | 0.98 | 0.23 | MRFsearch | --TLLTCLVYSITSGAARDGVIELITRNVHYTALEWAERLVEIRGLCRLLDVCSEITGSSSTIASVCLARIYENEAKARFTDQIDEYIKDKLLAPDMESKVRVTVAITALLNGLDVGNQVVAREGILQMILAMATTDDELQQRVACECLIAASSKKDKAKALCE-QGVDILKRLYHKNDGIRVRALVGLCKLGSYGGQDAAIRPALKLAEACRRFLIKKDKDIRRWAADGLAYLTLDAECKEKLIEKASIHALMDLARGG-----NQSCLYGVVTTFVNLCNADDVDFINKRITVITTALCALAKTESHNSQELIARVLNAVCGLKELRGKVVQEGQRSLDVIRPLLNLLQQCTALENFESLMALTNLASMNESVRHLYLTRAAAQCLCNLVNDRVKFLALLCEDEDEETATACAGALAIITSSVKCCEKILAIASWLDILHTLIANPSPAVQHRGIVIILNMINEEIAKKLFETDIMELLSGLGQLPRAKAREVATQCLAAAE | |||||||||||||
6 | 4rv1A | 0.16 | 0.13 | 0.80 | 1.64 | SPARKS-K | -MNDVEKLVKLLTDSETQKEAARDLAEIASG-PASAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPEAIKAIVDGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVAGGVEVLVKLLTSDSEVQKEAARALANIASGPTSAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPD--------EAIKAIVDA--------------------------------------GGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEIKAIVDAG-----GVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGP------------DEAIKAIVDGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPSAIKAIVDA-GGVEVLQKLLTSTDSEVQKEAQRALENIKSGGWL----------------------------------- | |||||||||||||
7 | 5xjgA | 0.12 | 0.11 | 0.89 | 0.74 | MAPalign | SGGPLKALTTLVYNLNLQRSAALAFAEITEKY----VR-QVSREVLEPILILLQSQDPQIQVAACAALGNLAVNN-KLLIVEMGLEPLINQMMGDNVEVQCNAVGCITNLAT-RDDNKHKIATSGALIPLTKLAKSKHIRVQRNATGALLNMTHSEENRKELVNAGAVPVLVSLLSSDPDVQYYCTTALSNIA-VDEANRKKLAQTELVSKLVSLMDSPSSRVKCQATLALRNLASDTSYQLEIVRAGGLPHLVKLIQ-----SDSIPLVLASVACIRNISIHLNEGLIVDA--GFLKPLVRLLDYKSEEIQCHAVSTLRNLAASSKNRKEFF---ES--GAVEKCKELALDSPVSVQSEISACFAILALA---------DVSKLDLLE-A--NILDALIPMTFSQNQEVSGNAAAALANLCSRVNNYTKIIEAWGIRGFLIRFLKSDYATFEHIALWTILQLLESHNVEDLVKNDDDIING---------------------- | |||||||||||||
8 | 5xjgA | 0.12 | 0.11 | 0.91 | 0.43 | CEthreader | --------------------PIADNEREAVTLLLGYQLDFYSGGPLKALTTLVYSDNLNLQRSAALAFAEITEKY-VRQVSREVLEPILILLQSQDPQIQVAACAALGNLAVNNENKLLIVEM-GGLEPLINQMMGDNVEVQCNAVGCITNLATRDDNKHKIATSGALIPLTKLAKKHIRVQRNATGALLNMTH-SEENRKELVNAGAVPVLVSLLSSTDPDVQYYCTTALSNIAVDEANRKKLAQTRLVSKLVSLMDSPS-----SRVKCQATLALRNLASDTSYQLEIVR-AGGLPHLVKLIQSDSIPLVLASVACIRNISIHPLNEGLIVDAG-----FLKPLVRLLDYKSEEIQCHAVSTLRNLA-----------ASSEKNRKEFFESGAVEKCKELALDSPVSVQSEISACFAILALADVSKLDLLE-ANILDALIPMTFSQNQEVSGNAAAALANLCSRVNNYTKIIEAWDRPNEGIRGFLIRFLKSDYATFEHIAL | |||||||||||||
9 | 5xjgA | 0.12 | 0.11 | 0.90 | 1.35 | MUSTER | SGGPLKALTTLVYSDNLQRSAALAFAEITEKYVRQ-----VSREVLEPILILLQSQDPQIQVAACAALGNLAVNNELLIVEMGGLEPLINQMMGDNVEVQCNAVGCITNLATR-DDNKHKIATSGALIPLTKLAKSKHIRVQRNATGALLNMTHSEENRKELVNAGAVPVLVSLLSTDPDVQYYCTTALSNIAV-DEANRKKLAQTELVSKLVSLMDSPSSRVKCQATLALRNLASDTSYQLEIVRAGGLPHLVKLIQSDS-----IPLVLASVACIRNISIHPLNEGLIVDAG-FLKPLVRLLDYKSEEIQCHAVSTLRNLASSEKNRKEFFESG-----AVEKCKELALDSPVSVQSEISACFAILALA------------DVSKLDLLEANILDALIPMTFSQNQEVSGNAAAALANLCSRVNNYTKIIEAWGIRGFLIRFLKSDYATFEHIALWTILQLLESHNDK----EDLVKNDDDIING----------------- | |||||||||||||
10 | 4rv1A | 0.15 | 0.12 | 0.80 | 1.09 | HHsearch | -MNDVEKLVKLLTSSETQKEAARDLAEIASGP-ASAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDIKAIVAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIAIVDAGGVEVLVKLLSTDSEVQKEAARALANIASGPTSAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDSE-----VQKEAARALANIASGP-DEAIKAVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEIKAIVDA-----GGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTSA-----------IKAIVDAGGVEVLQKLLTSTDSEVQKEAQRALENIKSGGWL----------------------------------------------------------------------------- | |||||||||||||
|
|
References: | |
1. | Wei Zheng, Yang Li, Chengxin Zhang, Robin Pearce, S. M. Mortuza, Yang Zhang. "Deep-learning contact-map guided protein structure prediction in CASP13." Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 87: 1149-1164 (2019). |