Rank | PDB hit | ID1 | ID2 | Cov | Norm. Zscore | Threadingprogram | | 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260
| | | | | | | | | | | | | |
| Seq | MTSAKEQAAIGRLLAFLQEWDNAGRAARSRILDNFIEANQGKTGPELELEFSQGASLFLARLTAWLRLSYMNGTCLDQLLKAIGIFLSAASGHRYLIEFLEVGGVLTLLEILGLSQLKEEDKKESIKLLQLVANAGRKYKELICESYGVRSIAEFMASSKSEKTQRQVQILLDSLGHGNPKYQNQVYKGLIALLPCTSPHAQQLSLQTLRVVQAIVGKSHPSIVEAVLGVLRSMELEVQYEAIQLIKDLTSYDVRPALLRGLVALLKP |
1 | 4rv1A | 0.18 | 0.18 | 5.82 | 1.41 | SPARKS-K | | LLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDVLVKLLTSTD-SEVQKEAARALANIADEAIKAIVDALLTSTDSEVQKEAARALANIASGPEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTST--DSEVQKEAARALANIASGPTSAIKAIVDAGGVEVLVKLL-TSTDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIAPDEAIKAIVDVLVKLLTS |
2 | 2z6gA1 | 0.10 | 0.09 | 3.43 | 1.98 | FFAS-3D | | LINYQDDAELATIPELTKLLNDEDQVVVNKAAVMVHQLSKK---EASRHAIMRSPQM-VSAIVRTMQ----NTNDVETARCTSGTLHNLSHHREGLLAIFKSGGIPALVNMLGSP--VDSVLFHAITTLHNLLLHQEGAKMAVRLAGGLQKMVALLN-KTNVKFLAITTDCLQILAYGNQESKLIIPQALVNIMTYTYEKLLWTTSRVLKVLSNKPAIVEAGGMQALGLHLTDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQ------------ |
3 | 4rv1A | 0.19 | 0.17 | 5.55 | 1.86 | HHpred | | ---------MNDVEKLVKLLTSTDSETQKEAARDLAEIASGP-ASAIKAIVDGGVEVLVK---------LLTSTDSEVQKEAARALANIASGPEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTST--DSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLT-STDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTSADAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPAIKAIVEVLVKLLTS |
4 | 4plqA | 0.16 | 0.15 | 4.96 | 1.38 | MUSTER | | ----GPGSELPQMVQQLNSPD---QQELQSALRKLSQIASG-GNEQIQAVIDAG---ALPALVQLLS-----SPNEQILQEALWTLGNIASGGEQIQAVIDAGALPALVQLLSSP--NEQILQEALWTLGNIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLS-SPNEQILQEALWTLGNIASGGAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWTLGNIASGGNEQDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWTLGNIASGEQKQAVKEAAEPALEQ |
5 | 4rv1A | 0.18 | 0.17 | 5.45 | 1.35 | CNFpred | | ---------MNDVEKLVKLLTSTDSETQKEAARDLAEIAS-GPASAIKAIVDAGGVEVLVKLLT--------STDSEVQKEAARALANIASPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTST--DSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTST-DSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPT-VDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPAIKAIVDGGVEVLVK |
6 | 4rv1A | 0.19 | 0.18 | 5.79 | 0.61 | HHsearch-2 | | LTSTDSIVDAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDE-AIKAIVDGGVEVLVK---------LLTSTDSEVQKEAARALANIASGPEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTD--SEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLT-STDSEVQKEAARALANIASGPTSAIKAGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDEADAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPAIKAIVEVLVKLLTS |
7 | 4plqA | 0.15 | 0.14 | 4.66 | 1.56 | Neff-PPAS | | ----GPGSELPQMVQQLNSPD---QQELQSALRKLSQIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLS---------SPNEQILQEALWTLGNIASGNEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPN--EQILQEALWTLGNIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLS-SPNEQILQEALWTLGNIASGGAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWTLGNIASGGNEQDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWTLGNIASGEQKQAVKEAAEPALEQ |
8 | 4rv1A | 0.19 | 0.17 | 5.55 | 0.98 | HHsearch | | ---------MNDVEKLVKLLTSTDSETQKEAARDLAEIASGP-ASAIKAIVDGGVEVLVK---------LLTSTDSEVQKEAARALANIASGPEAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTD--SEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLT-STDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTSADAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPAIKAIVEVLVKLLT- |
9 | 4plqA | 0.16 | 0.15 | 4.96 | 1.51 | PROSPECTOR2 | | GPG-------SELPQMVQQLNSPDQQELQSALRKLSQIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLS---------SPNEQILQEALWTLGNIASGGEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPN--EQILQEALWTLGNIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLL-SSPNEQILQEALWTLGNIASGGNEQIQAVLPALVQLLSSPNEQILQEALWTLGNIAQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWTLGNIASGGNEQKAEPALEQLQSS |
10 | 4rv1A | 0.19 | 0.17 | 5.44 | 1.57 | SAM | | ----------NDVEKLVKLLTSTDSETQKEAARDLAEIASGP-ASAIKAIVDGGVEVLVK---------LLTSTDSEVQKEAARALANIASGPDAIKAIVDAGGVEVLVKLLTSTDS--EVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVDAGGVEVLVKLLT-STDSEVQKEAARALANIASGPDEAIKAIVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPTSADAGGVEVLVKLLTSTDSEVQKEAARALANIASGPIKAIVVEVLVKLL-- |
(a) | ID1 is the number of template residues identical to query divided by number of aligned residues. |
(b) | ID2 is the number of template residues identical to query divided by query sequence length. |
(c) | Cov is equal the number of aligned template residues divided by query sequence length. |
(d) | Norm. Zscore is the normalized Z-score of the threading alignments. A Normalized Z-score >1 means a good alignment and is highlighted in bold. |
(e) | Threading program lists the threading program used to identify the template. |
(f) | Template residues identical to query sequence are highlighted in color. |
|