Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
YWVIHSITIPSLFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPNEYFSENRQQVPLINDRFNAREELDD

The query sequence (length=60) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4yuu:E1 61 60 1.0000 0.9836 1.0000 1.50e-40 4yuu:e1, 4yuu:e2
2 6jlu:E 79 60 0.8000 0.6076 0.8000 5.23e-36 8iwh:e, 8iwh:E, 6j3y:E, 6j3y:e, 6j3z:E, 6j3z:e, 6j40:E, 6j40:e, 8j5k:E, 8j5k:e, 6jlu:e, 7vd5:E, 7vd5:e, 8wb4:E, 8wb4:e, 8xlp:e, 8xlp:E, 8xr6:E, 8xr6:e, 7y5e:EL, 7y5e:E6, 7y5e:e6, 7y5e:eL, 7y7a:E9, 7y7a:e9, 7y7a:EE, 7y7a:eE, 7y7a:EO, 7y7a:eO, 7y7a:EZ, 7y7a:eZ, 7y7a:Em, 7y7a:em
3 8bd3:E 81 58 0.8167 0.6049 0.8448 9.23e-34 8bd3:e, 6kac:E, 6kac:e, 6kad:E, 6kad:e, 6kaf:E, 6kaf:e, 7pi0:E, 7pi0:e, 7pi5:E, 7pi5:e, 7pin:E, 7pin:e, 7pin:E1, 7pin:e1, 7piw:E, 7piw:e, 7piw:E1, 7piw:e1, 7pnk:E, 7pnk:e, 8r2i:E
4 8kde:E 78 58 0.8000 0.6154 0.8276 2.04e-33 8zee:E
5 3jcu:E 79 60 0.8000 0.6076 0.8000 4.34e-33 8c29:E, 8c29:e, 3jcu:e, 5mdx:e, 5mdx:E, 7oui:E, 7oui:e, 5xnl:E, 5xnl:e, 5xnm:E, 5xnm:e, 6yp7:e, 6yp7:E
6 7ymi:E 65 60 0.6667 0.6154 0.6667 3.09e-30 7ymi:e, 7ymm:1E, 7ymm:2E, 7ymm:3E, 7ymm:4E
7 3a0b:E 82 59 0.6667 0.4878 0.6780 1.28e-29 3a0b:e, 3a0h:E, 3a0h:e, 2axt:E, 2axt:e, 5b5e:E, 5b5e:e, 5b66:E, 5b66:e, 7cji:E, 7cji:e, 7cjj:E, 7cjj:e, 7cou:E, 7cou:e, 7czl:e, 7czl:E, 7d1t:E, 7d1t:e, 7d1u:E, 7d1u:e, 6dhe:E, 6dhe:e, 6dhf:E, 6dhf:e, 6dhg:E, 6dhg:e, 6dhh:E, 6dhh:e, 6dho:E, 6dho:e, 6dhp:E, 6dhp:e, 7dxa:e, 7dxh:e, 5e79:E, 5e79:e, 5e7c:E, 5e7c:e, 7eda:E, 9evx:E, 9evx:e, 8ez5:E, 8ez5:e, 8f4c:E, 8f4c:e, 8f4d:E, 8f4d:e, 8f4e:E, 8f4e:e, 8f4f:E, 8f4f:e, 8f4g:E, 8f4g:e, 8f4h:E, 8f4h:e, 8f4i:E, 8f4i:e, 8f4j:E, 8f4j:e, 8f4k:E, 8f4k:e, 4fby:E, 4fby:R, 8gn0:E, 8gn0:e, 8gn1:E, 8gn1:e, 8gn2:E, 8gn2:e, 5gth:E, 5gth:e, 5gti:E, 5gti:e, 5h2f:E, 5h2f:e, 4il6:E, 4il6:e, 8ir5:E, 8ir5:e, 8ir6:E, 8ir6:e, 8ir7:E, 8ir7:e, 8ir8:E, 8ir8:e, 8ir9:E, 8ir9:e, 8ira:E, 8ira:e, 8irb:E, 8irb:e, 8irc:E, 8irc:e, 8ird:E, 8ird:e, 8ire:E, 8ire:e, 8irf:E, 8irf:e, 8irg:E, 8irg:e, 8irh:E, 8irh:e, 8iri:E, 8iri:e, 4ixq:E, 4ixq:e, 4ixr:E, 4ixr:e, 1izl:E, 6jlj:E, 6jlj:e, 6jlk:E, 6jlk:e, 6jll:E, 6jll:e, 6jlm:E, 6jlm:e, 6jln:E, 6jln:e, 6jlo:E, 6jlo:e, 6jlp:E, 6jlp:e, 5kaf:E, 5kaf:e, 5kai:E, 5kai:e, 3kzi:E, 5mx2:E, 5mx2:e, 7nho:E, 7nhp:E, 7nhq:E, 4pbu:E, 4pbu:e, 4pj0:E, 4pj0:e, 7rf1:E, 7rf1:e, 7rf2:E, 7rf2:e, 7rf3:E, 7rf3:e, 7rf4:E, 7rf4:e, 7rf5:E, 7rf5:e, 7rf6:E, 7rf6:e, 7rf7:E, 7rf7:e, 7rf8:E, 7rf8:e, 4rvy:E, 4rvy:e, 1s5l:E, 1s5l:e, 5tis:E, 5tis:e, 4tnh:E, 4tnh:e, 4tni:E, 4tni:e, 4tnj:E, 4tnj:e, 4tnk:E, 4tnk:e, 4ub6:E, 4ub6:e, 4ub8:E, 4ub8:e, 5v2c:E, 5v2c:e, 4v62:AE, 4v62:BE, 4v82:AE, 4v82:BE, 6w1o:E, 6w1o:e, 6w1p:E, 6w1p:e, 6w1q:E, 6w1q:e, 6w1r:E, 6w1r:e, 6w1t:E, 6w1t:e, 6w1u:E, 6w1u:e, 6w1v:E, 6w1v:e, 1w5c:E, 1w5c:K, 5ws5:E, 5ws5:e, 5ws6:E, 5ws6:e, 3wu2:E, 3wu2:e, 7yq2:E, 7yq2:e, 7yq7:E, 7yq7:e, 5zzn:E, 5zzn:e
8 8wql:ED 78 60 0.6667 0.5128 0.6667 7.06e-29 8wql:EE, 8wql:E1, 8wql:e1, 8wql:eD, 8wql:eE
9 7n8o:E 78 60 0.6667 0.5128 0.6667 1.01e-28 8am5:E, 8asl:E, 7n8o:e, 7rcv:E, 7rcv:e, 8tow:E, 8tow:e, 6wj6:E
10 8eqm:E 48 52 0.6167 0.7708 0.7115 6.70e-23 8eqm:e, 7sa3:E
11 3vvp:A 420 32 0.2167 0.0310 0.4062 0.27
12 3wbn:A 450 28 0.2000 0.0267 0.4286 0.57 3vvr:A, 3vvs:A
13 2yd1:A 196 27 0.1500 0.0459 0.3333 1.1
14 7s7t:A 509 34 0.1833 0.0216 0.3235 1.6 8i4o:A, 8i4o:C, 8i4o:E, 8i4o:G, 8i4o:I, 8i4o:K
15 8oes:A 1168 39 0.2167 0.0111 0.3333 2.7 8oer:A, 8oer:B, 8oer:C, 8oer:D, 8oes:B, 8oes:C, 8oes:D, 8oes:E, 8oes:F, 8oes:G, 8oes:H
16 8u5y:B 700 17 0.1500 0.0129 0.5294 5.5 8u5y:A, 8u5y:C, 8u61:B, 8u61:A, 8u61:C
17 5vkw:B 469 33 0.1667 0.0213 0.3030 5.5
18 8edk:A 412 28 0.1667 0.0243 0.3571 8.0
19 1fwx:A 591 25 0.1500 0.0152 0.3600 8.2 1fwx:B, 1fwx:C, 1fwx:D, 2iwf:A, 2iwf:B, 2iwk:A, 2iwk:B
20 6yft:AC 113 48 0.2500 0.1327 0.3125 9.7 6yft:DO, 6yft:AF, 6yft:DR, 6yft:AI, 6yft:DU, 6yft:AL, 6yft:DX, 6yft:AO, 6yft:EA, 6yft:AR, 6yft:ED, 6yft:AU, 6yft:EG, 6yft:AX, 6yft:EJ, 6yft:BA, 6yft:EM, 6yft:BD, 6yft:EP, 6yft:BG, 6yft:ES, 6yft:BJ, 6yft:EV, 6yft:BM, 6yft:EY, 6yft:BP, 6yft:FB, 6yft:BS, 6yft:FE, 6yft:BV, 6yft:FH, 6yft:BY, 6yft:FK, 6yft:CB, 6yft:FN, 6yft:CE, 6yft:FQ, 6yft:CH, 6yft:FT, 6yft:CK, 6yft:FW, 6yft:CN, 6yft:FZ, 6yft:CQ, 6yft:GC, 6yft:CT, 6yft:GF, 6yft:CW, 6yft:GI, 6yft:CZ, 6yft:GL, 6yft:DC, 6yft:GO, 6yft:DF, 6yft:GR, 6yft:DI, 6yft:GU, 6yft:DL, 6yft:GX, 6yft:HA, 6yft:KM, 6yft:HD, 6yft:KP, 6yft:HG, 6yft:KS, 6yft:HJ, 6yft:KV, 6yft:HM, 6yft:KY, 6yft:HP, 6yft:LB, 6yft:HS, 6yft:LE, 6yft:HV, 6yft:LH, 6yft:HY, 6yft:LK, 6yft:IB, 6yft:LN, 6yft:IE, 6yft:LQ, 6yft:IH, 6yft:LT, 6yft:IK, 6yft:LW, 6yft:IN, 6yft:LZ, 6yft:IQ, 6yft:MC, 6yft:IT, 6yft:MF, 6yft:IW, 6yft:MI, 6yft:IZ, 6yft:ML, 6yft:JC, 6yft:MO, 6yft:JF, 6yft:MR, 6yft:JI, 6yft:MU, 6yft:JL, 6yft:MX, 6yft:JO, 6yft:NA, 6yft:JR, 6yft:ND, 6yft:JU, 6yft:NG, 6yft:JX, 6yft:NJ, 6yft:KA, 6yft:NM, 6yft:KD, 6yft:NP, 6yft:KG, 6yft:NS, 6yft:KJ, 6yft:NV

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218