Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VWIRCTHSENYYSSDPMDQVGDSTVVGTSRLRDLYDKFEEELGSRQEKAKAIAEIKRKKAHPDRLHDELWYNDPGQMNDG
PLCKCSAKARRTGIRHSIYPGEEAIKPCRPMTNNAGRLFHYRITVSPPTNFLTDRPTVIEYDDHEYIFEGFSMFAHAPLT
NIPLCKVIRFNIDYTIHFIEEMMPENFCVKGLELFSLFLFRDILELYDWNLKGPLFEDSPPCCPRFHFMPRFVRFLPDGG
KEVLSMHQILLYLLRCSKALVPEEEIANMLQWEELEWQKYAEECKGMIVTNPGTKPSSVRIDQLDREQFNPDVITFPIIV
HFGIRPAQLSYAGDPQYQKLWKSYVKLRHLLANSPKVKQTDKQKLAQREEALQKIRQKNTMRREVTVELSSQGFWKTGIR
SDVCQHAMMLPVLTHHIRYHQCLMHLDKLIGYTFQDRCLLQLAMTHPSHHLNFGMNPDHARNSLSNCGIRQPINHNERLE
FLGDAVVEFLTSVHLYYLFPSLEEGGLATYRTAIVQNQHLAMLAKKLELDRFMLYAHGPDLCRESDLRHAMANCFQALIG
AVYLEGSLEEAKQLFGRLLFNDPDLREVWLNYPLHPLQLQEPNTDRQLIETSPVLQKLTEFEEAIGVIFTHVRLLARAFT
LRTVGFNHLTLGHNQRMEFLGDSIMQLVATEYLFIHFPDHHEGHLTLLRSSLVNNRTQAKVAEELGMQEYAITNDKTKRP
VALRTKTLADLLQSFIAALYIDKDLEYVHTFMNVCFFPRLKEFILNQD

The query sequence (length=768) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6lxe:A 768 768 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 6lxd:A 918 809 1.0000 0.8366 0.9493 0.0 9asm:A, 9asn:A, 9aso:A, 9asp:A, 9asq:A, 6v5b:A, 6v5c:A
3 5b16:A 722 380 0.4844 0.5152 0.9789 0.0
4 5b16:A 722 267 0.3086 0.3283 0.8876 1.71e-167
5 5zal:A 1314 338 0.1159 0.0677 0.2633 3.37e-17 2eb1:A, 2eb1:B, 2eb1:C, 4ngd:A, 5zam:A
6 5zal:A 1314 215 0.0755 0.0441 0.2698 3.79e-11 2eb1:A, 2eb1:B, 2eb1:C, 4ngd:A, 5zam:A
7 7yym:A 1281 320 0.1146 0.0687 0.2750 1.81e-16 4ngb:A, 4ngc:A, 4ngg:A, 4nh3:A, 4nh5:A, 4nh6:A, 7yyn:A, 7zpi:A, 7zpj:A, 7zpk:A
8 7yym:A 1281 210 0.0755 0.0453 0.2762 4.74e-11 4ngb:A, 4ngc:A, 4ngg:A, 4nh3:A, 4nh5:A, 4nh6:A, 7yyn:A, 7zpi:A, 7zpj:A, 7zpk:A
9 7xw2:A 725 346 0.1185 0.1255 0.2630 9.87e-16
10 7xw2:A 725 230 0.0833 0.0883 0.2783 2.40e-12
11 7vg3:A 860 334 0.1094 0.0977 0.2515 1.45e-15 7vg2:A
12 7vg3:A 860 129 0.0469 0.0419 0.2791 3.03e-06 7vg2:A
13 8dfv:A 1664 406 0.1263 0.0583 0.2389 1.25e-14
14 8dfv:A 1664 244 0.0859 0.0397 0.2705 1.06e-10
15 8dg5:A 1635 408 0.1263 0.0593 0.2377 2.28e-14 8dg7:A
16 8dg5:A 1635 244 0.0859 0.0404 0.2705 1.09e-10 8dg7:A
17 7r97:A 226 152 0.0586 0.1991 0.2961 3.28e-14 7r97:B
18 7r97:A 226 147 0.0560 0.1903 0.2925 2.32e-13 7r97:B
19 2a11:A 154 174 0.0781 0.3896 0.3448 8.45e-14
20 2a11:A 154 142 0.0586 0.2922 0.3169 2.58e-13
21 8dga:A 1629 339 0.1133 0.0534 0.2566 5.63e-12
22 8dga:A 1629 256 0.0846 0.0399 0.2539 1.14e-08
23 8dga:A 1629 78 0.0312 0.0147 0.3077 7.41e-04
24 1yyk:A 221 162 0.0638 0.2217 0.3025 1.39e-11 2ez6:A, 2ez6:B, 1jfz:A, 1jfz:B, 1jfz:C, 1jfz:D, 4m2z:A, 4m2z:B, 4m30:A, 4m30:B, 2nue:A, 2nuf:A, 2nuf:B, 2nug:A, 2nug:B, 1rc5:A, 1rc5:B, 1rc5:C, 1rc5:D, 1rc7:A, 1yyo:A, 1yyw:A, 1yyw:C, 1yz9:A
25 1yyk:A 221 155 0.0495 0.1719 0.2452 6.30e-06 2ez6:A, 2ez6:B, 1jfz:A, 1jfz:B, 1jfz:C, 1jfz:D, 4m2z:A, 4m2z:B, 4m30:A, 4m30:B, 2nue:A, 2nuf:A, 2nuf:B, 2nug:A, 2nug:B, 1rc5:A, 1rc5:B, 1rc5:C, 1rc5:D, 1rc7:A, 1yyo:A, 1yyw:A, 1yyw:C, 1yz9:A
26 7eld:A 1137 271 0.0859 0.0580 0.2435 1.84e-10 7ele:A
27 7eld:A 1137 187 0.0638 0.0431 0.2620 6.52e-08 7ele:A
28 7v6c:A 1540 216 0.0755 0.0377 0.2685 1.39e-09
29 7v6c:A 1540 246 0.0872 0.0435 0.2724 7.11e-09
30 7v6c:A 1540 42 0.0273 0.0136 0.5000 3.40e-04
31 7v6c:A 1540 44 0.0182 0.0091 0.3182 2.2
32 7w0b:A 1586 226 0.0716 0.0347 0.2434 4.37e-09 7w0d:F
33 7w0b:A 1586 177 0.0690 0.0334 0.2994 1.82e-08 7w0d:F
34 7w0b:A 1586 42 0.0260 0.0126 0.4762 0.001 7w0d:F
35 7w0b:A 1586 44 0.0169 0.0082 0.2955 7.0 7w0d:F
36 5t16:A 276 123 0.0495 0.1377 0.3089 7.77e-09 2lbs:B, 2lup:B, 4oog:C, 5t16:B, 5t16:I, 5t16:J, 1t4l:B
37 5t16:A 276 109 0.0456 0.1268 0.3211 3.39e-06 2lbs:B, 2lup:B, 4oog:C, 5t16:B, 5t16:I, 5t16:J, 1t4l:B
38 8hf0:A 1561 232 0.0690 0.0340 0.2284 1.14e-08 8hf0:D, 8hf1:A, 8hf1:D, 8hf1:G, 7w0a:A, 7w0a:E, 7w0c:A, 7w0d:A, 7w0e:A, 7w0f:A
39 8hf0:A 1561 180 0.0677 0.0333 0.2889 2.04e-07 8hf0:D, 8hf1:A, 8hf1:D, 8hf1:G, 7w0a:A, 7w0a:E, 7w0c:A, 7w0d:A, 7w0e:A, 7w0f:A
40 8hf0:A 1561 42 0.0260 0.0128 0.4762 0.001 8hf0:D, 8hf1:A, 8hf1:D, 8hf1:G, 7w0a:A, 7w0a:E, 7w0c:A, 7w0d:A, 7w0e:A, 7w0f:A
41 8hf0:A 1561 44 0.0169 0.0083 0.2955 7.0 8hf0:D, 8hf1:A, 8hf1:D, 8hf1:G, 7w0a:A, 7w0a:E, 7w0c:A, 7w0d:A, 7w0e:A, 7w0f:A
42 3rv0:B 304 90 0.0391 0.0987 0.3333 2.91e-06 3rv0:A, 3rv0:C, 3rv0:D
43 3rv0:B 304 90 0.0365 0.0921 0.3111 3.73e-06 3rv0:A, 3rv0:C, 3rv0:D
44 2ffl:A 732 93 0.0339 0.0355 0.2796 1.22e-05 2ffl:B, 2ffl:C, 2ffl:D, 2qvw:A, 2qvw:B, 2qvw:C, 2qvw:D
45 2ffl:A 732 95 0.0365 0.0383 0.2947 0.001 2ffl:B, 2ffl:C, 2ffl:D, 2qvw:A, 2qvw:B, 2qvw:C, 2qvw:D
46 2ffl:A 732 103 0.0404 0.0423 0.3010 0.002 2ffl:B, 2ffl:C, 2ffl:D, 2qvw:A, 2qvw:B, 2qvw:C, 2qvw:D
47 7d5s:RD 265 38 0.0208 0.0604 0.4211 0.26 6lqu:RD, 7suk:NJ, 5wlc:NJ
48 6rxy:Cz 275 60 0.0221 0.0618 0.2833 0.30 6rxz:Cz
49 5ts8:A 332 34 0.0195 0.0452 0.4412 0.72 4anm:A, 3be9:A, 1daw:A, 1day:A, 4dgm:A, 4dgn:A, 1ds5:A, 1ds5:B, 1ds5:C, 1ds5:D, 1f0q:A, 3fl5:A, 1j91:A, 1j91:B, 3kxg:A, 3kxh:A, 3kxm:A, 3kxn:A, 1lp4:A, 1m2p:A, 1m2q:A, 1m2r:A, 1om1:A, 2oxd:A, 2oxx:A, 2oxy:A, 2oxy:B, 2pvh:A, 2pvj:A, 2pvk:A, 2pvl:A, 2pvm:A, 2pvn:A, 3pvg:A, 3pwd:A, 3pzh:A, 2qc6:A, 6qs5:A, 4rlk:A, 6xx6:A, 6xx7:A, 6z1c:A, 1zoe:A, 1zog:A, 1zoh:A
50 8c79:A 478 51 0.0208 0.0335 0.3137 0.76 8c79:B
51 2w9m:B 559 72 0.0312 0.0429 0.3333 1.5 2w9m:A
52 4v8p:BR 121 57 0.0221 0.1405 0.2982 3.3 4v8p:CR, 4v8p:ER, 4v8p:GR
53 7sqc:1B 1660 66 0.0299 0.0139 0.3485 3.5
54 7sqc:1C 1700 66 0.0299 0.0135 0.3485 3.6 7sqc:1D
55 7sqc:1A 1639 66 0.0299 0.0140 0.3485 3.6
56 8tj5:0 1246 65 0.0260 0.0161 0.3077 3.8 8tj5:Y
57 5aj4:Bh 289 89 0.0326 0.0865 0.2809 4.1 4ce4:h, 6gaw:Bh, 6gb2:Bh, 7nqh:Bh, 7nql:Bh, 7nsh:Bh, 7nsi:Bh, 7nsj:Bh, 8oin:Bt, 8oiq:Bt, 7qh7:c, 6ydp:Bh, 6ydw:Bh
58 5iwc:A 297 104 0.0352 0.0909 0.2596 6.7 5i6d:A, 5i7a:A, 5i7h:A, 5i7o:A, 5iwc:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218