Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRCQFCRLKKCLEMGMKMESVQSERK
PFDV

The query sequence (length=84) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7xv6:A 84 84 1.0000 1.0000 1.0000 2.29e-58 7xv6:B, 7xv8:A, 7xv8:B, 7xv9:A, 7xv9:B
2 2ebl:A 89 77 0.6190 0.5843 0.6753 8.77e-37
3 3dzu:A 289 76 0.6190 0.1799 0.6842 1.69e-36 3e00:A, 5uan:A
4 4nqa:H 319 76 0.6190 0.1630 0.6842 1.80e-36 6a5y:D, 6a5z:D, 6a5z:L, 6a60:D, 7a77:A, 7a78:A, 7a79:A, 7a79:B, 3a9e:A, 2acl:A, 2acl:C, 2acl:E, 2acl:G, 7aos:A, 7b88:A, 7b9o:A, 7bk4:A, 7bk4:C, 1by4:A, 1by4:B, 1by4:C, 1by4:D, 7cfo:A, 7cfo:B, 7cfo:D, 7cfo:C, 4cn2:C, 4cn2:D, 4cn3:A, 4cn3:D, 4cn3:B, 4cn3:C, 4cn5:A, 4cn5:B, 4cn7:A, 4cn7:B, 4cn7:E, 4cn7:F, 1dsz:B, 3dzy:A, 3e94:A, 5ec9:A, 3fal:A, 3fal:C, 1fby:A, 1fby:B, 6fbq:A, 6fbq:B, 6fbr:A, 6fbr:B, 3fc6:A, 3fc6:C, 1fm6:A, 1fm6:U, 1fm9:A, 3fug:A, 1g5y:B, 1g5y:C, 3h0a:A, 1h9u:A, 1h9u:B, 1h9u:C, 1h9u:D, 8hbm:A, 8hbm:E, 6hn6:A, 8j54:C, 8j54:D, 8j54:E, 8j54:F, 5ji0:A, 6jno:A, 6jno:D, 6jnr:A, 6jnr:B, 4k4j:A, 4k6i:A, 1k74:A, 3kwy:A, 6l6k:A, 6lb4:A, 6lb5:A, 6lb5:C, 6lb6:A, 5lyq:A, 4m8e:A, 4m8h:A, 5mj5:A, 5mk4:A, 5mk4:C, 5mkj:A, 5mku:A, 5mmw:A, 1mv9:A, 1mvc:A, 1mzn:A, 1mzn:C, 1mzn:E, 1mzn:G, 4n5g:A, 4n5g:D, 4n8r:A, 4n8r:D, 7nke:A, 7nke:C, 2nll:A, 4nqa:A, 3nsq:B, 3oap:A, 4oc7:A, 3ozj:A, 3ozj:C, 2p1t:A, 2p1u:A, 2p1v:A, 3pcu:A, 7pdq:A, 7pdt:A, 7pdt:B, 4poh:A, 4poj:A, 4pp3:A, 4pp5:A, 8pp0:A, 1r0n:A, 3r29:A, 3r29:B, 3r2a:B, 3r2a:D, 3r2a:A, 3r2a:C, 3r5m:A, 3r5m:C, 1rdt:A, 4rfw:A, 4rmc:A, 4rmd:A, 4rme:A, 1rxr:A, 6sjm:A, 6sti:A, 5tbp:A, 5tbp:C, 5tbp:B, 5tbp:D, 1uhl:A, 3uvv:B, 7uw2:A, 7uw4:A, 1xdk:A, 1xdk:E, 1xls:A, 1xls:B, 1xls:C, 1xls:D, 1xv9:A, 1xv9:C, 1xvp:A, 1xvp:C, 6xwg:C, 6xwh:C, 6xwh:D, 1ynw:B, 5z12:C, 5z12:B, 5zqu:A, 5zqu:C, 5zqu:B, 5zqu:D, 4zsh:A, 2zxz:A, 2zy0:A, 2zy0:C
5 2han:A 78 75 0.6190 0.6667 0.6933 1.59e-35 1r0o:A, 4umm:A
6 4iqr:F 314 75 0.5595 0.1497 0.6267 3.54e-31 8c1l:B, 3cbb:A, 3cbb:B, 6cht:A, 6cht:D, 6cht:G, 6cht:J, 3fs1:A, 4iqr:A, 4iqr:B, 4iqr:E, 1pzl:A
7 6xwg:D 80 78 0.5357 0.5625 0.5769 1.77e-30
8 5uan:B 308 73 0.5238 0.1429 0.6027 1.97e-30 4dm6:A, 4dm6:B, 4dm8:A, 4dm8:B, 1dsz:A, 1hra:A, 4jyg:B, 4jyg:A, 4jyh:B, 4jyh:A, 4jyi:B, 4jyi:A, 6ssq:B, 6ssq:A, 1xap:A, 1xdk:B, 1xdk:F
9 2ff0:A 102 77 0.5119 0.4216 0.5584 2.84e-28 2a66:A, 5l0m:A, 8pki:K
10 5krb:G 82 77 0.4643 0.4756 0.5065 5.23e-28 5krb:B
11 1cit:A 89 74 0.5119 0.4831 0.5811 1.72e-27 6lc1:J, 6lc1:G, 6lc1:A, 6lc1:D
12 8hbm:B 73 71 0.4881 0.5616 0.5775 1.84e-26 8hbm:F
13 1a6y:B 84 82 0.5238 0.5238 0.5366 9.64e-26 1a6y:A, 1ga5:A, 1ga5:B, 1ga5:E, 1ga5:F, 1hlz:A, 1hlz:B
14 2nll:B 103 80 0.5119 0.4175 0.5375 1.21e-25 3m9e:A, 3m9e:B, 3m9e:E, 3m9e:F
15 2han:B 87 76 0.5000 0.4828 0.5526 2.52e-25 1r0n:B, 1r0o:B, 4umm:E
16 7wnh:D 316 74 0.4881 0.1297 0.5541 2.55e-25 8cyo:A, 6dda:B, 6dda:A, 6dda:C, 6l6l:A, 6l6l:B, 6l6q:A, 6l6q:B, 7wnh:A, 7wnh:C, 7wnh:B, 5y41:A, 5y41:B, 5yd6:A, 5yd6:B, 5yd6:C, 5yd6:D
17 3e00:D 363 77 0.4881 0.1129 0.5325 2.82e-25 4a4v:A, 4a4v:B, 4a4w:A, 4a4w:B, 7a7h:A, 3ads:A, 3ads:B, 3adt:A, 3adu:A, 3adu:B, 3adv:A, 3adv:B, 3adw:A, 3adw:B, 3adx:A, 3adx:B, 6ad9:A, 8adf:A, 8adf:B, 7ahj:A, 3an3:A, 3an4:A, 6an1:A, 8aqm:A, 8aqm:B, 8aqn:A, 8aqn:B, 2ath:A, 2ath:B, 8aty:A, 8atz:A, 6aug:A, 6aug:B, 6avi:A, 6avi:B, 7awc:A, 7awd:A, 5azv:A, 5azv:B, 3b0q:A, 3b0r:A, 3b0r:B, 3b1m:A, 3b3k:A, 8b8w:A, 8b8w:B, 8b8x:A, 8b8x:B, 8b8y:A, 8b8y:B, 8b8z:A, 8b8z:B, 8b90:A, 8b90:B, 8b91:A, 8b91:B, 8b92:A, 8b92:B, 8b93:A, 8b93:B, 8b94:A, 8b94:B, 8b95:A, 8b95:B, 3bc5:A, 8bf1:A, 8bf2:A, 8bf2:B, 8bff:A, 8c0c:B, 6c1i:A, 6c1i:B, 6c5q:A, 6c5t:A, 3cdp:A, 3cds:A, 4ci5:A, 4ci5:B, 9ck0:A, 8cph:A, 8cph:B, 8cpi:A, 3cs8:A, 3cwd:A, 3cwd:B, 9cwn:A, 7cxf:A, 7cxh:A, 7cxi:A, 7cxj:A, 7cxk:A, 7cxl:A, 6d3e:A, 3d6d:A, 6d8x:A, 6d94:A, 6dbh:A, 6dbh:B, 6dcu:A, 6dcu:B, 6dgl:A, 6dgl:B, 6dgo:A, 6dgp:A, 6dgp:B, 6dgq:A, 6dgr:A, 6dh9:A, 6dha:A, 6dha:B, 8dk4:A, 8dkn:A, 8dkv:A, 5dsh:A, 8dsy:A, 8dsy:B, 8dsz:A, 8dsz:B, 5dv3:A, 5dv6:A, 5dv8:A, 5dvc:A, 5dwl:A, 3dzu:D, 3dzy:D, 7e0a:A, 4e4k:A, 4e4q:A, 6e5a:A, 6e5a:B, 7efq:A, 4em9:A, 4em9:B, 4ema:A, 6enq:A, 3et0:A, 3et0:B, 3et3:A, 6f2l:A, 2f4b:A, 9f7w:A, 9f7x:A, 4f9m:A, 5f9b:B, 3fej:A, 4fgy:A, 8fhe:B, 8fhf:A, 8fhf:B, 8fhg:B, 8fkc:A, 8fkd:A, 8fke:A, 8fkf:A, 8fkg:A, 1fm6:D, 1fm6:X, 1fm9:D, 3fur:A, 2fvj:A, 6fzf:A, 6fzf:B, 6fzg:A, 6fzj:A, 6fzj:B, 6fzp:A, 2g0g:A, 2g0h:A, 2g0h:B, 3g9e:A, 3gbk:A, 2gtk:A, 5gtn:A, 5gto:A, 5gtp:A, 3h0a:D, 4hee:X, 2hfp:A, 8hhp:A, 8hhq:A, 8hhq:B, 3ho0:A, 3hod:A, 8hum:A, 8hup:A, 2hwq:A, 2hwr:A, 5hzc:A, 5hzc:B, 2i4j:A, 2i4p:A, 2i4z:A, 1i7i:A, 1i7i:B, 3ia6:A, 3ia6:B, 6icj:A, 6ijr:A, 6ijr:C, 6ijs:A, 6ilq:A, 6izm:A, 6izn:A, 4jaz:A, 6jey:A, 6jey:B, 6jf0:A, 6jf0:B, 5ji0:D, 4jl4:A, 6jq7:A, 7jqg:A, 7jqg:B, 6k0t:A, 6k0t:C, 1k74:D, 3k8s:A, 3k8s:B, 3kmg:A, 3kmg:D, 1knu:A, 6ktm:A, 6ktn:A, 6l89:A, 6l89:B, 4l96:A, 4l98:A, 4l98:B, 3lmp:A, 7lot:A, 7lot:B, 5lsg:A, 6mcz:A, 6mcz:B, 6md1:B, 6md2:A, 6md2:B, 6md4:A, 6ms7:A, 3noa:A, 3noa:B, 1nyx:A, 6o67:A, 6o68:A, 4o8f:A, 4o8f:B, 4oj4:A, 2om9:A, 2om9:B, 2om9:C, 2om9:D, 6oni:B, 6onj:A, 3osi:A, 3osw:A, 7p4e:A, 3pba:A, 8pbo:A, 6pdz:B, 6pdz:A, 2pob:A, 3po9:A, 3po9:B, 2prg:A, 2prg:B, 4prg:A, 4prg:B, 4prg:C, 4prg:D, 4pvu:B, 4pwl:A, 2q59:A, 2q59:B, 2q5p:A, 2q5p:B, 2q5s:A, 2q5s:B, 2q61:A, 2q61:B, 2q6r:A, 2q6r:B, 2q6s:B, 2q8s:A, 7qb1:AAA, 7qb1:BBB, 6qj5:A, 3qt0:A, 4r06:A, 4r2u:A, 4r2u:D, 3r5n:A, 4r6s:A, 4r6s:B, 3r8a:A, 3r8a:B, 3r8i:A, 1rdt:D, 7rle:A, 7rle:C, 3s9s:A, 8sc9:B, 7sqa:B, 7sqa:A, 7sqb:A, 3sz1:A, 3sz1:B, 3t03:A, 3t03:B, 6t1s:A, 6t1v:A, 6t6b:A, 6t9c:A, 6tdc:A, 6tsg:A, 5tto:A, 5tto:B, 5two:A, 3ty0:A, 3ty0:B, 5u5l:A, 8u57:A, 3u9q:A, 5ugm:A, 5ugm:B, 3v9t:A, 3v9v:A, 3v9y:A, 3vjh:A, 3vji:A, 3vn2:A, 2vsr:A, 2vsr:B, 2vst:A, 2vst:B, 3vso:A, 3vsp:A, 2vv0:A, 2vv0:B, 2vv1:A, 2vv1:B, 2vv2:A, 2vv2:B, 2vv3:A, 2vv4:A, 2vv4:B, 6vzl:A, 6vzl:B, 6vzm:A, 6vzm:B, 7wgo:A, 7wgp:A, 7wgq:A, 3wj4:A, 3wj4:B, 3wj5:A, 3wj5:B, 1wm0:X, 3wmh:A, 3wmh:B, 7wox:A, 5wqx:A, 5wr0:A, 5wr1:A, 3x1h:A, 3x1h:B, 3x1i:A, 3x1i:B, 2xkw:A, 2xkw:B, 4xld:A, 4xta:A, 4xta:B, 4xuh:A, 4xuh:B, 4xum:A, 4xum:B, 4y29:A, 5y2o:A, 5y2t:A, 5y2t:B, 6y3u:A, 5ycn:A, 5ycp:A, 2yfe:A, 2yfe:B, 4yt1:B, 5z5s:A, 5z6s:A, 1zeo:A, 8zfn:A, 8zfn:B, 8zfo:A, 8zfo:B, 8zfp:A, 8zfp:B, 8zfq:A, 8zfq:B, 8zfr:B, 8zfs:A, 8zfs:B, 8zft:A, 8zft:B, 1zgy:A, 2zk1:A, 2zk1:B, 2zk2:A, 2zk3:A, 2zk3:B, 2zk4:A, 2zk4:B, 2zk5:A, 2zk5:B, 2zk6:A, 2zk6:B, 6zly:A, 2zno:A, 2zno:B, 2zvt:A, 2zvt:B
18 7xvn:A 83 78 0.5000 0.5060 0.5385 1.08e-24 7xvn:B, 7xvn:C, 7xvn:D
19 1lo1:A 90 75 0.4643 0.4333 0.5200 2.59e-23 8cef:C, 8cef:D, 8cef:J, 8cef:G, 8cef:H, 8cef:K, 8ifo:A, 8ifo:B, 8ifo:F
20 1kb6:B 101 74 0.4286 0.3564 0.4865 5.78e-23 1kb2:A, 1kb2:B, 1kb4:A, 1kb4:B, 1kb6:A, 1ynw:A
21 4oln:A 70 66 0.4762 0.5714 0.6061 6.10e-23 4oln:B
22 4ond:A 72 68 0.4405 0.5139 0.5441 1.67e-22 4ond:B, 4ond:E, 4ond:F
23 1hcp:A 75 69 0.4524 0.5067 0.5507 1.78e-22 4aa6:A, 4aa6:B, 4aa6:E, 4aa6:F, 1hcq:A, 1hcq:B, 1hcq:E, 1hcq:F
24 2env:A 88 77 0.4643 0.4432 0.5065 1.84e-22
25 4nqa:I 385 78 0.5000 0.1091 0.5385 2.11e-22 4dk7:A, 4dk7:C, 4dk8:A, 4dk8:C, 5hjp:B, 5hjp:D, 5i4v:A, 5i4v:E, 6jio:A, 6jio:D, 5jy3:A, 5jy3:B, 5jy3:C, 5jy3:D, 6k9g:A, 6k9g:B, 6k9g:D, 6k9m:A, 6k9m:B, 6k9m:C, 6k9m:D, 3kfc:A, 3kfc:B, 3kfc:D, 5kya:A, 5kya:E, 5kyj:A, 5kyj:E, 3l0e:A, 4nqa:B, 1p8d:A, 1p8d:B, 1pq6:A, 1pq6:B, 1pq6:D, 1pq9:A, 1pq9:B, 1pq9:C, 1pq9:D, 1pqc:A, 1pqc:B, 1pqc:C, 1pqc:D, 4rak:A, 4rak:B, 6s4n:D, 6s4n:A, 6s4n:B, 6s4n:C, 6s4t:A, 6s4u:A, 6s4u:B, 6s4u:C, 6s5k:A, 1upv:A, 1upw:A
26 1lat:B 74 70 0.4286 0.4865 0.5143 6.89e-21 1lat:A
27 1r4i:A 74 68 0.4167 0.4730 0.5147 1.73e-20 1r4i:B, 8rm6:B, 8rm6:A, 8rm7:B, 8rm7:A
28 6cfn:C 81 76 0.4286 0.4444 0.4737 3.11e-20 6cfn:A, 6cfn:E, 6cfn:F, 5e6c:A, 3fyl:B, 3g6p:B, 3g6q:A, 3g6r:A, 3g6t:A, 3g6u:A, 3g6u:B, 3g8u:A, 3g8x:A, 3g8x:B, 3g99:A, 3g9i:A, 3g9i:B, 3g9j:B, 3g9m:A, 3g9m:B, 1glu:A, 1glu:B, 1r4o:A, 1r4o:B, 1r4r:B
29 7prw:A 326 68 0.4048 0.1043 0.5000 1.87e-19 3bqd:A, 6bqu:B, 6bqu:A, 6bse:A, 6bse:B, 6bsf:B, 6bsf:A, 5cbx:A, 5cbx:B, 5cbx:E, 5cbx:F, 5cby:A, 5cby:B, 5cbz:A, 5cbz:B, 5cbz:E, 5cc1:A, 5cc1:B, 5cc1:W, 5cc1:X, 6cfn:B, 6cfn:D, 6cfn:G, 6cfn:H, 3cld:A, 3cld:B, 4csj:A, 6dxk:A, 6dxk:B, 5e69:A, 5e69:B, 5e6a:A, 5e6a:B, 5e6b:A, 5e6b:B, 5e6c:B, 5e6d:A, 5e6d:B, 3e7c:A, 3e7c:B, 6el6:A, 6el7:A, 6el9:A, 5emc:A, 5emc:B, 5emp:A, 5emp:B, 5emq:A, 5emq:B, 8ffv:C, 8ffw:C, 3fyl:A, 5g3j:A, 5g5w:A, 3g6p:A, 3g6q:B, 3g6r:B, 3g6t:B, 3g8u:B, 3g97:B, 3g97:A, 3g99:B, 3g9j:A, 3g9o:B, 3g9o:A, 3g9p:B, 3g9p:A, 1gdc:A, 2gda:A, 3h52:A, 3h52:B, 3h52:C, 3h52:D, 4hn5:A, 4hn5:B, 4hn6:A, 4hn6:B, 3k22:A, 3k22:B, 3k23:A, 3k23:B, 3k23:C, 7krj:D, 4lsj:A, 1m2z:A, 1m2z:D, 4mdd:A, 4mdd:B, 3mne:A, 3mno:A, 3mnp:A, 5nfp:A, 5nft:A, 1nhz:A, 4p6w:A, 4p6x:A, 4p6x:C, 4p6x:I, 4p6x:E, 4p6x:G, 4p6x:K, 1p93:A, 1p93:B, 1p93:C, 1p93:D, 7prv:A, 7prv:B, 7prw:B, 7prx:A, 1r4r:A, 1rgd:A, 4tnt:A, 4tnt:B, 5uc1:A, 5uc1:B, 5uc3:A, 5uc3:B, 4udc:A, 4udd:A, 5va0:A, 5va0:B, 5va7:A, 5va7:B, 8vkz:A, 8vkz:B, 6x6d:A, 6x6d:B, 6x6e:A, 6x6e:B
30 2c7a:A 78 70 0.3810 0.4103 0.4571 7.87e-18 2c7a:B, 5cbz:F, 5cc0:A, 5cc0:B, 4oor:A, 4oor:B, 4oor:E, 4oor:F, 4ov7:A, 4ov7:B, 4ov7:E, 4ov7:F
31 4txa:A 367 41 0.1548 0.0354 0.3171 1.5 5f5f:A, 5f5f:G, 5f5f:C, 5f5f:E, 5f5h:A, 5f5h:B, 4qi2:A, 4qi2:B, 4qi2:C, 4qi2:D, 4qik:A, 4qik:B, 4qil:B, 4qil:A, 6tqa:A, 6tqa:B, 6tqa:C, 6tqa:D, 6tqb:A, 4ywq:A, 4zld:A
32 6zga:B 786 46 0.1667 0.0178 0.3043 1.7 4bzi:E, 4bzi:L, 4bzi:M, 6gni:E, 1m2v:B, 6zga:F
33 1pcx:A 745 42 0.1667 0.0188 0.3333 2.4 1pd0:A, 1pd1:A
34 2aus:D 53 35 0.1429 0.2264 0.3429 2.5 2aus:B, 2ey4:E, 2ey4:F, 3hax:C, 3hay:C, 3hjw:B, 2hvy:C, 3lwo:B, 3lwp:B, 3lwq:B, 3lwr:B, 3lwv:B, 2rfk:B
35 7ufg:B 1182 53 0.1548 0.0110 0.2453 2.6 8d8o:B
36 8bef:O 123 43 0.1667 0.1138 0.3256 2.9 7aqq:O, 7ar8:O, 7arb:O, 8bpx:O, 8bq5:O, 8bq6:O
37 6o1e:A 431 29 0.1190 0.0232 0.3448 3.1 5ix1:B, 5ix2:A, 5ix2:B, 4qq4:A, 4qq4:B, 5svi:A, 5svi:B, 5svx:A, 5svy:A
38 5ix1:A 414 29 0.1190 0.0242 0.3448 3.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218