Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VTGTNKVGTGKGVLGDTKSLNTTLSGSSYYLQDNTRGATIFTYDAKNRSTLPGTLWADADNVFNAAYDAAAVDAHYYAGK
TYDYYKATFNRNSINDAGAPLKSTVHYGSNYNNAFWNGSQMVYGDGDGVTFTSLSGGIDVIGHSLTHAVTENSSNLIYQN
ESGALNEAISDIFGTLVEFYDNRNPDWEIGEDIYTPGKAGDALRSMSDPTKYGDPDHYSKRYTGSSDNGGVHTNSGIINK
QAYLLANGGTHYGVTVTGIGKDKLGAIYYRANTQYFTQSTTFSQARAGAVQAAADLYGANSAEVAAVKQSFSAVGVN

The query sequence (length=317) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1esp:A 317 317 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1npc:A
2 5a3y:A 316 316 0.7287 0.7310 0.7310 7.41e-170 2a7g:E, 7akn:A, 6d5n:A, 6d5o:A, 6d5p:A, 6d5q:A, 6d5r:A, 6d5s:A, 6d5t:A, 6d5u:A, 4d91:A, 4d9w:A, 5dlh:A, 3dnz:A, 3do0:A, 3do1:A, 3do2:A, 5dpe:E, 5dpf:E, 3eim:A, 3f28:A, 3f2p:A, 3fb0:A, 3fbo:A, 3fcq:A, 3fgd:A, 1fj3:A, 1fjo:A, 1fjq:A, 1fjt:A, 1fju:A, 1fjv:A, 1fjw:A, 6fj2:A, 3flf:A, 3for:A, 5fsj:A, 5fsp:A, 5fss:A, 6fsm:A, 3fv4:A, 3fvp:A, 3fxp:A, 3fxs:A, 5fxn:A, 2g4z:A, 6ghx:A, 1gxw:A, 4h57:A, 5hqd:A, 1hyt:A, 6ig7:A, 5js3:E, 5jss:E, 5jt9:E, 5jvi:E, 5jxn:E, 5k7t:A, 1kei:A, 1kjo:A, 1kjp:A, 1kkk:A, 1kl6:A, 1kr6:A, 1kro:A, 1ks7:A, 1kto:A, 1l3f:E, 5l3u:E, 5l41:E, 5l8p:E, 5lif:E, 1lna:E, 1lnb:E, 1lnc:E, 1lnd:E, 1lne:E, 1lnf:E, 3ls7:A, 5lvd:E, 5lwd:E, 6lzn:A, 6lzo:A, 5m5f:E, 4m65:A, 5m69:E, 5m9w:A, 5ma7:E, 5mnr:E, 3ms3:A, 3msa:A, 3msf:A, 3msn:A, 4mtw:E, 4mwp:E, 4mxj:E, 4mzn:E, 3n21:A, 5n2t:E, 5n2x:E, 5n2z:E, 5n31:E, 5n34:E, 5n3v:E, 5n3y:E, 4n4e:E, 6n4w:A, 6n4z:A, 4n5p:E, 4n66:E, 3nn7:A, 5o8n:A, 4oi5:E, 5onp:A, 5onq:A, 5onr:A, 1os0:A, 4ow3:A, 3p7p:E, 3p7q:E, 3p7r:E, 3p7s:E, 3p7t:E, 3p7u:E, 3p7v:E, 3p7w:E, 1pe5:A, 1pe7:A, 1pe8:A, 6qar:A, 1qf0:A, 1qf1:A, 1qf2:A, 6qf2:A, 6qf3:A, 3qgo:A, 3qh1:A, 3qh5:A, 6sb9:E, 6sbk:E, 6sc0:E, 6sc1:E, 6sc3:E, 6sck:E, 6scu:E, 6sel:A, 3ssb:B, 3ssb:A, 3t2h:E, 3t2i:E, 3t2j:E, 3t73:A, 3t74:A, 3t87:A, 3t8c:A, 3t8d:A, 3t8f:A, 3t8g:A, 3t8h:A, 5t9i:A, 5t9k:A, 5t9q:A, 5tac:A, 5tad:A, 5tae:A, 5tai:A, 5taj:A, 5tak:A, 1thl:A, 1tli:A, 1tlp:E, 1tlx:A, 2tli:A, 2tlx:A, 3tli:A, 4tli:A, 4tln:A, 5tli:A, 5tln:A, 6tli:A, 7tli:A, 7tln:A, 8tli:A, 8tln:E, 1tmn:E, 2tmn:E, 3tmn:E, 4tmn:E, 5tmn:E, 6tmn:E, 4tnl:A, 5un3:A, 5uu7:A, 5uu8:A, 5uu9:A, 5uua:A, 5uub:A, 5uuc:A, 5uud:A, 5uue:A, 2whz:A, 2wi0:A, 5wr2:A, 5wr3:A, 5wr4:A, 5wr5:A, 5wr6:A, 1y3g:E, 6y4i:E, 6yi6:E, 6ymr:E, 6yms:E, 1z9g:E, 1zdp:E, 6zhj:A, 3zi6:A, 8zm4:A, 8zm5:A, 8zm6:A
3 4b52:A 304 310 0.6467 0.6743 0.6613 6.78e-131 4b52:B, 4ger:A, 4ger:B
4 1bqb:A 301 314 0.4606 0.4850 0.4650 2.32e-82 7skl:C, 7skl:A, 7skm:C, 7skm:A
5 2vqx:A 322 288 0.3628 0.3571 0.3993 5.42e-56
6 7ecc:A 299 317 0.3691 0.3913 0.3691 1.10e-39
7 3nqy:B 307 247 0.2871 0.2964 0.3684 7.02e-35 3nqx:A, 3nqz:B
8 7ajr:AAA 298 245 0.2587 0.2752 0.3347 8.64e-32 8cc4:A, 8cc4:B, 8cr3:A, 8cr4:A, 8cr7:A, 8cr7:B, 3dbk:A, 1ezm:A, 6f8b:A, 6fzx:A, 4k89:A, 7nlk:A, 7nlk:B, 7nlm:A, 7oc7:A, 7qh1:A, 7qh1:B, 7qh1:C, 7qh1:D, 1u4g:A, 7z68:A
9 6ya1:A 328 222 0.2397 0.2317 0.3423 1.63e-29 6yze:A
10 5fkv:A 1145 93 0.0820 0.0227 0.2796 0.63 5fkw:A, 4jom:A, 5m1s:A
11 4qlx:A 217 55 0.0473 0.0691 0.2727 6.7 4qlx:B, 4qly:A, 4qly:B, 4qly:C, 4qly:D
12 6z1f:A 466 74 0.0662 0.0451 0.2838 6.9 6z1f:B, 6z1f:C, 6z1f:D, 6z1f:E, 6z1f:F, 6z1f:G, 6z1f:H
13 1gxd:A 624 66 0.0505 0.0256 0.2424 7.4 1ck7:A, 1eak:A, 1eak:B, 1eak:D, 1eak:C, 1gen:A, 1gxd:B, 1rtg:A
14 4k90:A 389 60 0.0536 0.0437 0.2833 8.1
15 1tme:3 230 67 0.0726 0.1000 0.3433 8.4
16 8cja:B 731 33 0.0315 0.0137 0.3030 9.5 8cjb:B, 8cjc:B, 8cmw:B, 7nyp:A, 7nyp:B, 7nys:A, 7nys:B, 7nz5:A, 7nz5:B, 7o0d:A, 1ru3:A, 7zkj:B, 7zkk:B, 7zkv:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218