Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VGAHIALFPCAGMGHLLPFLRLAAMLDARGCAVTVITVKPTVSAAESDHLSAFFTIHPRITRLEFQLLPYQKSGLRNDDP
FFIQMETIATSVHLLRPLLSSLSPPLSAIVSDFTLTSQVTDLVSDLPISTYTLMTSSAAFFCLMAYLPKLLQIDVANRDA
IEIPDLGPISMSSIPPKMLDPSDFFSAFISSNVSSLHKVKGVLINTFNSFESEAIEAVRRNGVDHILPIGPLESYDAKKA
HDLPWLDEQPPESVLFVSFGSRTALSKEQIRELGAALEKSGCRFLWVLKGGKVDKEDKEEEDMLGASFVERTKKKGLIVK
GWVKQEQILAHPAIGGFVSHCGWNSVIEAARLGVPVLAWPQHGDQSVNAGVVEKAGLGLWVREWGWGQTKLIGREEIAEK
MIEVMQDEKLRVSAGEVRAKAKETREVDGDSEALLQRLIHSFNN

The query sequence (length=444) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6lg0:B 444 444 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6lg0:A, 6lg0:C, 6lg0:D, 6lg0:E, 6lg0:F
2 6lfz:B 439 444 0.6329 0.6401 0.6329 0.0 6lfz:A
3 7va8:A 456 456 0.4595 0.4474 0.4474 4.57e-125 7va8:B, 7vaa:A, 7vaa:B
4 6llz:A 436 448 0.4707 0.4794 0.4665 1.03e-123 7cyw:A, 6llw:A, 6llw:B, 6llz:B
5 6lg1:A 429 451 0.4572 0.4732 0.4501 3.21e-123 6lg1:B
6 6l5s:A 454 448 0.4707 0.4604 0.4665 1.58e-115 6l5p:A, 6l5q:A, 6l5r:A, 6l7h:A
7 8cgq:A 458 418 0.3941 0.3821 0.4187 3.29e-102 6lf6:A
8 7q3s:A 453 466 0.3333 0.3267 0.3176 1.85e-59
9 8ita:A 429 436 0.3153 0.3263 0.3211 2.20e-59 8inp:A
10 8wp5:A 479 475 0.3266 0.3027 0.3053 3.43e-56
11 8chd:A 461 466 0.3266 0.3145 0.3112 6.08e-56 8chd:B
12 8w53:B 479 454 0.3063 0.2839 0.2996 9.55e-53 8w53:A
13 6jtd:A 477 472 0.3108 0.2893 0.2924 8.36e-52 6jtd:B
14 8j2t:A 477 436 0.2928 0.2725 0.2982 7.14e-51 8j2s:A, 8j2s:B, 8j2s:C, 8j2s:D, 8j2s:E, 8j2s:F, 8j2s:G, 8j2t:B, 8j2u:A, 8j2u:B, 8j2v:A, 9j9c:A, 9j9c:B, 9j9c:C, 9j9c:D, 9j9c:E, 9j9c:F, 9j9c:G, 9j9k:A, 9j9k:B
15 2vg8:A 465 445 0.3018 0.2882 0.3011 1.27e-50 2vce:A, 2vch:A
16 6jem:A 440 453 0.3153 0.3182 0.3091 1.66e-49 6jem:B, 6jem:C, 6jen:A, 6jen:B, 6jen:C
17 7bv3:B 439 475 0.3198 0.3235 0.2989 1.81e-48
18 5nlm:B 448 449 0.2973 0.2946 0.2940 9.26e-48
19 7bv3:A 457 471 0.3378 0.3282 0.3185 1.05e-46
20 2acv:A 461 459 0.3063 0.2950 0.2963 1.26e-46 2acv:B, 2acw:A, 2acw:B
21 8inh:B 454 465 0.3198 0.3128 0.3054 2.88e-46 8inh:A
22 8hoj:A 451 473 0.2973 0.2927 0.2791 6.58e-46 8hoj:B
23 6su6:A 467 468 0.3086 0.2934 0.2927 7.78e-46 5nlm:A, 6su6:B, 6su7:A
24 8hjo:B 440 236 0.2095 0.2114 0.3941 2.88e-43 8hjf:A, 8hjf:B, 8hjg:A, 8hjg:B, 8hjh:A, 8hjh:B, 8hjk:A, 8hjl:A, 8hjl:B, 8hjn:A, 8hjn:B, 8hjo:A, 8hjp:A, 8hjp:B, 8j66:A
25 8wvd:A 450 466 0.2928 0.2889 0.2790 1.24e-42 6l8z:A
26 8i90:A 440 465 0.3108 0.3136 0.2968 3.03e-42 8i90:B, 8i94:A, 8i94:B
27 8wrk:A 434 466 0.2905 0.2972 0.2768 3.36e-42 8in7:A, 8ina:A, 8ind:A, 8inj:A, 8ino:A, 8inv:A, 8wrj:A
28 6lzy:A 454 454 0.2793 0.2731 0.2731 9.74e-36 6lzx:A, 6lzx:B, 6lzy:B, 7vej:A, 7vej:B, 7vek:A, 7vek:B, 7vel:A, 7vel:B
29 7zer:A 474 404 0.2523 0.2363 0.2772 1.05e-35 7zf0:A
30 8w7y:A 474 466 0.2905 0.2722 0.2768 3.07e-33
31 7w0k:A 457 459 0.2815 0.2735 0.2723 4.05e-33 7w0z:A, 7w10:A, 7w1b:A, 7w1h:A
32 7c2x:A 490 487 0.2928 0.2653 0.2669 2.79e-32
33 7es1:A 408 199 0.1779 0.1936 0.3970 4.04e-32 7erx:A, 7es0:A, 7es2:A
34 7es1:A 408 40 0.0338 0.0368 0.3750 1.0 7erx:A, 7es0:A, 7es2:A
35 7w11:A 435 452 0.2815 0.2874 0.2765 4.70e-32
36 6ija:A 415 454 0.3086 0.3301 0.3018 2.72e-31 6ij9:A, 6ij9:B, 6ij9:C, 6ija:B, 6ijd:A, 6ijd:B
37 5tmb:A 451 293 0.2117 0.2084 0.3208 3.22e-29 6bk0:A, 6bk1:A, 6bk2:A, 6bk3:A, 5tmd:A, 5tme:A
38 5u6n:B 448 458 0.2680 0.2656 0.2598 2.50e-28 5u6m:A, 5u6m:B, 5u6n:A, 5u6s:A, 5u6s:B, 5v2j:A, 5v2j:B, 5v2k:A, 5v2k:B
39 6inh:A 450 475 0.3063 0.3022 0.2863 2.96e-27 6inf:A, 6ing:A, 6ini:A, 6kvi:A, 6kvj:A, 6kvk:A, 6kvl:A, 6o86:A, 6o87:A, 6o88:A
40 6ij9:D 388 447 0.2838 0.3247 0.2819 9.48e-27
41 8i0d:A 446 292 0.2050 0.2040 0.3116 2.24e-25 8i0e:A
42 2c1z:A 439 250 0.1779 0.1800 0.3160 2.24e-24 2c1x:A, 2c9z:A
43 3hbj:A 445 297 0.1959 0.1955 0.2929 3.26e-24 3hbf:A
44 4rel:A 446 228 0.1554 0.1547 0.3026 2.09e-23 4rem:A, 4ren:A, 4whm:A
45 8sft:B 428 187 0.1104 0.1145 0.2620 9.65e-10 8gkn:A, 8gkn:B, 8sft:A, 8sft:C, 8sft:D, 8sfu:A, 8sfu:B, 8sfw:A, 8sfy:A
46 7vm0:B 406 132 0.0901 0.0985 0.3030 1.08e-06 8h5d:A, 8h5d:B, 7vm0:A
47 7lvy:A 431 181 0.0901 0.0928 0.2210 7.65e-06 7mco:A, 7mco:B
48 7vlb:A 385 76 0.0563 0.0649 0.3289 7.83e-06
49 7vlb:B 353 67 0.0518 0.0652 0.3433 1.04e-05
50 7vlb:B 353 95 0.0541 0.0680 0.2526 6.6
51 6kqx:A 327 45 0.0428 0.0581 0.4222 3.07e-05
52 2iya:A 392 60 0.0518 0.0587 0.3833 0.001 2iya:B
53 7xx4:A 395 61 0.0541 0.0608 0.3934 0.013 2iyf:A, 2iyf:B, 4m83:A, 4m83:B, 7xx4:B
54 7xx4:A 395 32 0.0360 0.0405 0.5000 2.4 2iyf:A, 2iyf:B, 4m83:A, 4m83:B, 7xx4:B
55 6j31:B 387 64 0.0541 0.0620 0.3750 0.036 6j31:A, 6j31:C, 6j31:D
56 6j31:B 387 46 0.0428 0.0491 0.4130 5.1 6j31:A, 6j31:C, 6j31:D
57 2akj:A 535 65 0.0383 0.0318 0.2615 0.094
58 3b0g:A 538 65 0.0383 0.0316 0.2615 0.21 3b0j:A, 3b0l:A, 3b0m:A, 3b0n:A, 3vkp:A, 3vkq:A, 3vkr:A, 3vks:A, 3vkt:A, 3vlx:A, 3vly:A, 3vlz:A, 3vm0:A, 3vm1:A
59 5gl5:A 431 52 0.0383 0.0394 0.3269 0.44 5gl5:B
60 1g9u:A 353 46 0.0383 0.0482 0.3696 1.6 1jl5:A
61 3h4i:A 392 62 0.0405 0.0459 0.2903 2.3 3h4t:A
62 3rsc:A 397 57 0.0405 0.0453 0.3158 3.2 3iaa:A, 3iaa:B, 3rsc:B
63 5a9g:A 206 64 0.0541 0.1165 0.3750 3.5 5a9g:B, 6gsb:A, 6gsb:B, 6gsc:A, 6gsc:B
64 5gaf:i 398 78 0.0541 0.0603 0.3077 4.1 1dul:A, 1hq1:A, 3lqx:A, 2pxb:A, 2pxd:A, 2pxe:A, 2pxf:A, 2pxk:A, 2pxl:A, 2pxp:A, 2pxq:A, 2pxt:A, 2pxu:A, 2pxv:A
65 8cja:B 731 49 0.0405 0.0246 0.3673 4.9 8cjb:B, 8cjc:B, 8cmw:B, 7nyp:A, 7nyp:B, 7nys:A, 7nys:B, 7nz5:A, 7nz5:B, 7o0d:A, 1ru3:A, 7zkj:B, 7zkk:B, 7zkv:B
66 7ou8:AAA 714 40 0.0315 0.0196 0.3500 5.2 5abe:A, 5abe:B, 5abf:A, 5abf:B, 5abg:A, 5abg:B, 5abh:A, 5abh:B, 4ais:A, 4ais:B, 4aiu:A, 2chn:A, 2chn:B, 2cho:A, 2cho:B, 5fky:A, 5fky:B, 5fl0:A, 5fl0:B, 5fl1:A, 5fl1:B, 2j47:A, 2j4g:A, 2j4g:B, 2jiw:A, 2jiw:B, 7k41:A, 5mi4:A, 5mi5:A, 5mi6:A, 5mi7:A, 7ou8:BBB, 4ur9:A, 4ur9:B, 2vvn:A, 2vvn:B, 2vvs:A, 2w4x:A, 2w66:A, 2w66:B, 2w67:A, 2w67:B, 2wca:A, 2wzh:A, 2wzi:A, 2wzi:B, 2x0h:A, 2x0h:B, 2xj7:A, 2xj7:B, 2xm1:A, 2xm1:B, 2xm2:A, 2xm2:B
67 5m9n:A 202 112 0.0653 0.1436 0.2589 5.5 5m9n:B
68 3oth:A 395 46 0.0360 0.0405 0.3478 5.5 3otg:A, 3oth:B
69 5zm5:A 398 153 0.0698 0.0779 0.2026 8.9 5zm6:A, 5zm6:B, 5zm7:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218