Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TKPVHLWTKPDVADWLESLNLGEHKEAFMDNEIDGSHLPNLQKEDLIDLGVTRVGHRMNIERALKQLLDR

The query sequence (length=70) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8atj:AAA 70 70 1.0000 1.0000 1.0000 3.33e-47
2 2f44:A 65 64 0.6143 0.6615 0.6719 5.74e-28 2f44:B, 2f44:C
3 6brh:B 502 63 0.3429 0.0478 0.3810 9.07e-06 6brg:A, 6brg:B, 6brg:C, 6brg:D, 6brh:A, 6brk:A
4 2l5y:A 150 42 0.2286 0.1067 0.3810 0.007
5 7kjc:A 376 60 0.2429 0.0452 0.2833 0.094 8bin:A, 8bio:A, 8bk0:A, 8bm8:A, 8boc:A, 8bod:A, 8bof:A, 8bog:A, 8boh:A, 8boi:A, 8bok:A, 8bom:A, 6fnf:A, 6fng:A, 6fnh:A, 6fnh:B, 6fnh:C, 6hes:A, 6het:A, 6heu:A, 6hev:A, 6hew:A, 6hex:A, 6hey:A, 5i9v:A, 5i9w:A, 5i9x:A, 5i9y:A, 5i9z:A, 5ia0:A, 5ia0:B, 5ia0:C, 5ia1:A, 5ia2:A, 5ia3:A, 5ia4:A, 5ia5:A, 7kja:A, 7kja:B, 7kjc:B, 1mqb:A, 1mqb:B, 5njz:A, 5nk0:A, 5nk1:A, 5nk2:A, 5nk3:A, 5nk4:A, 5nk5:A, 5nk6:A, 5nk7:A, 5nk8:A, 5nk9:A, 5nka:A, 5nkb:A, 5nkc:A, 5nkd:A, 5nke:A, 5nkf:A, 5nkg:A, 5nkh:A, 5nki:A, 6q7b:A, 6q7c:A, 6q7d:A, 6q7e:A, 6q7f:A, 6q7g:A, 8qqy:A, 8xpv:A
6 7anw:A 645 29 0.1143 0.0124 0.2759 0.33 7anw:B, 7anw:C, 7anw:D, 7anw:E, 7anw:F, 7anw:G, 7anw:H, 8d0c:A, 8d0c:B, 8d0d:A, 8d0d:B, 8d0e:A, 8d0e:B, 8d0f:A, 8d0f:B, 8d0g:A, 8d0g:B, 8d0h:A, 8d0h:B, 8d0i:A, 8d0i:B, 7djt:A, 7djt:B, 7djt:C, 7djt:D, 7djt:E, 7djt:F, 7djt:G, 7djt:H, 8gni:A, 8gnj:A, 7nag:A, 7nag:B, 7nah:A, 7nah:B, 7nai:A, 7nai:B, 7naj:A, 7naj:B, 7nak:D, 7nak:C, 7nak:H, 7nak:G, 7nak:B, 7nak:A, 7nak:E, 7nak:F, 7nal:A, 7nal:B, 7nal:C, 7nal:D, 7nal:E, 7nal:F, 7nal:G, 7nal:H, 6o0q:A, 6o0q:B, 8p2l:A, 8p2l:B, 8p2l:C, 8p2l:D, 8p2l:E, 8p2l:F, 8p2l:G, 8p2l:H, 6zfx:A, 6zfx:B, 6zfx:C, 6zfx:D, 6zfx:E, 6zfx:F, 6zfx:G, 6zfx:H
7 7cm7:A 620 29 0.1143 0.0129 0.2759 0.35 7cm6:A, 7cm6:B, 7cm6:C, 7cm6:D, 7cm6:E, 7cm6:F, 7cm6:G, 7cm6:H, 7cm7:B, 7cm7:C, 7cm7:D, 7cm7:E, 7cm7:F, 7cm7:G, 7cm7:H
8 2wqk:A 248 31 0.1714 0.0484 0.3871 0.97 2wqk:B
9 1hze:A 97 66 0.3429 0.2474 0.3636 1.1 1hze:B, 1i18:A, 1i18:B, 1pkv:A, 1pkv:B
10 3spa:A 941 20 0.1571 0.0117 0.5500 1.5 7a8p:A
11 9bdc:E 990 20 0.1571 0.0111 0.5500 1.6 9bdd:E, 4boc:A, 5ola:E, 5ola:F, 8u8u:E, 8u8v:E
12 6erp:A 1011 20 0.1571 0.0109 0.5500 1.6 6erp:B, 6erq:A, 6erq:B
13 8wa0:L 235 35 0.1857 0.0553 0.3714 1.9 8w9z:L, 8wa1:L
14 6k8n:A 668 22 0.1429 0.0150 0.4545 2.5 6k8n:B, 6k8n:C, 6k8n:D, 6k8o:A
15 4pdd:A 303 49 0.2429 0.0561 0.3469 3.7 4pdd:B, 4pdd:C
16 6yle:C 545 45 0.1857 0.0239 0.2889 4.0
17 4a4z:A 874 35 0.1714 0.0137 0.3429 4.7
18 6ylh:7 547 45 0.1857 0.0238 0.2889 4.7
19 8qca:A 805 35 0.1714 0.0149 0.3429 5.3 8qcf:M
20 8q9t:A 1075 35 0.1714 0.0112 0.3429 6.0
21 5mc6:h 1121 35 0.1714 0.0107 0.3429 6.0 4a4k:A, 4a4k:C, 4a4k:E, 4a4k:G, 4a4k:I
22 2vvt:A 269 33 0.2143 0.0558 0.4545 6.7 2jfo:A, 2jfo:B, 2jfp:A, 2jfp:B, 2vvt:B
23 8opr:A 651 21 0.1429 0.0154 0.4762 6.8
24 8hil:A 860 31 0.1143 0.0093 0.2581 7.2 8him:A
25 6l2u:A 103 34 0.1714 0.1165 0.3529 7.7 6l2u:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218