Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TGGSFFDPFNGYNSGFWQKADGYSNGNMFNCTWRANNVSMTSLGEMRLALTSPAYNKFDCGENRSVQTYGYGLYEVRMKP
AKNTGIVSSFFTYTGPTDGTPWDEIDIEFLGKDTTKVQFNYYTNGAGNHEKIVDLGFDAANAYHTYAFDWQPNSIKWYVD
GQLKHTATNQIPTTPGKIMMNLWNGTGVDEWLGSYNGVNPLYAHYDWVRYTKK

The query sequence (length=213) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1gbg:A 214 213 0.9155 0.9112 0.9155 4.48e-150 3o5s:A
2 2ayh:A 214 211 0.7887 0.7850 0.7962 3.81e-127 1byh:A, 1glh:A, 1mac:A, 1mac:B, 1u0a:A, 1u0a:B, 1u0a:C, 1u0a:D
3 3d6e:B 186 213 0.7324 0.8387 0.7324 8.27e-110 3d6e:A
4 1cpm:A 214 154 0.5915 0.5888 0.8182 7.97e-93 1cpn:A
5 1cpm:A 214 56 0.1925 0.1916 0.7321 4.25e-22 1cpn:A
6 1axk:B 394 155 0.5915 0.3198 0.8129 3.44e-90 1axk:A
7 1axk:B 394 53 0.1408 0.0761 0.5660 1.05e-12 1axk:A
8 3i4i:A 215 209 0.5962 0.5907 0.6077 1.14e-86 3i4i:B
9 1ajk:A 212 129 0.4930 0.4953 0.8140 1.45e-73 1ajk:B
10 1ajk:A 212 82 0.2864 0.2877 0.7439 3.36e-38 1ajk:B
11 1ajo:B 213 124 0.4695 0.4695 0.8065 3.36e-68 1ajo:A
12 1ajo:B 213 86 0.3146 0.3146 0.7791 3.21e-46 1ajo:A
13 1mve:A 243 165 0.2770 0.2428 0.3576 4.87e-23 3axd:A, 3axd:B, 3axe:A, 3h0o:A, 3hr9:A, 2r49:A, 1zm1:A, 1zm1:B
14 5dzf:A 206 145 0.2394 0.2476 0.3517 1.03e-22 5dze:A, 5dzf:B, 5dzg:A, 5dzg:B, 5sv8:A
15 3atg:A 242 161 0.2113 0.1860 0.2795 7.68e-12
16 2vh9:A 266 132 0.1690 0.1353 0.2727 6.92e-10 2vh9:B
17 1umz:A 267 140 0.2019 0.1610 0.3071 7.21e-09 1umz:B
18 2hyk:A 237 160 0.2066 0.1857 0.2750 6.42e-07
19 3azx:A 252 139 0.1878 0.1587 0.2878 1.39e-05 3azx:B, 3azy:A, 3azy:B, 3azy:C, 3azy:D, 3azz:A, 3azz:B, 3azz:C, 3azz:D, 3b00:A, 3b00:B, 3b00:C, 3b00:D, 3b01:A, 3b01:B, 3b01:C, 3b01:D, 4dfs:A, 4dfs:B
20 4crq:A 231 101 0.1221 0.1126 0.2574 1.64e-05 4crq:B, 4cte:A, 4cte:B
21 2vy0:A 264 108 0.1455 0.1174 0.2870 1.15e-04 2vy0:B
22 8xph:A 254 222 0.2864 0.2402 0.2748 0.004 8xph:B, 8xpk:A, 8xpk:B
23 6jh5:A 232 113 0.1268 0.1164 0.2389 0.006 6jhj:A, 6jia:A, 6m6p:A
24 8ep4:A 265 161 0.1690 0.1358 0.2236 0.008 8ep4:B, 8ep4:C, 8ew1:A, 8ew1:B, 8ew1:C
25 3iln:A 251 127 0.1596 0.1355 0.2677 0.013 3iln:B
26 5ocq:B 279 134 0.1596 0.1219 0.2537 0.015 5ocq:A
27 7eo3:A 282 47 0.0892 0.0674 0.4043 0.015
28 6xof:A 265 149 0.1784 0.1434 0.2550 0.031 6xqf:A, 6xqg:A, 6xqh:A, 6xql:A, 6xqm:A
29 9int:A 282 117 0.1737 0.1312 0.3162 0.033
30 1ups:A 402 161 0.2019 0.1070 0.2671 0.054 1ups:B
31 5ocr:A 278 204 0.2207 0.1691 0.2304 0.15 5ocr:B, 5ocr:C, 5ocr:D
32 5nbp:A 237 185 0.2160 0.1941 0.2486 0.20 7kr6:AAA, 7kr6:BBB, 5nbp:B, 6vho:AAA
33 6t2n:AAA 278 104 0.1268 0.0971 0.2596 0.49 6t2n:BBB
34 5jtm:A 155 38 0.0704 0.0968 0.3947 0.66 5jtm:B, 5jtm:C, 5jtm:D, 5jtp:A, 5jtp:B, 5jtp:C, 5jtp:D
35 7ww4:A 480 156 0.1831 0.0813 0.2500 2.6 7wwc:A
36 5nrl:A 2216 50 0.0657 0.0063 0.2800 3.5 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
37 8qca:A 805 118 0.1502 0.0398 0.2712 3.5 8qcf:M
38 5lqw:A 2130 50 0.0657 0.0066 0.2800 3.6
39 5gan:A 2196 50 0.0657 0.0064 0.2800 3.6 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
40 7dco:A 2205 50 0.0657 0.0063 0.2800 3.6 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
41 3dqy:A 106 30 0.0516 0.1038 0.3667 4.7 4emj:B
42 4bpz:B 252 48 0.0516 0.0437 0.2292 9.9 4bow:A, 4bow:B, 4bpz:A, 4bq1:A, 4bq1:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218