Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TDLDHLKGILRRRQLYCRTGFHLEIFPNGTIQGTRKDHSRFGILEFISIAVGLVSIRGVDSGLYLGMNEKGELYGSEKLT
QECVFREQFEENWYNTYSSNLYKHVDTGRRYYVALNKDGTPREGTRTKRHQKFTHFLPRPVDPDKVPELYKDILSQS

The query sequence (length=157) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1g82:A 157 157 1.0000 1.0000 1.0000 7.89e-117
2 3f1r:A 157 154 0.8280 0.8280 0.8442 3.78e-100 3f1r:B
3 1q1u:A 138 138 0.3439 0.3913 0.3913 7.11e-36
4 1ijt:A 128 134 0.3631 0.4453 0.4254 6.79e-28
5 1djs:B 135 135 0.3567 0.4148 0.4148 1.86e-27 1afc:A, 1afc:B, 1afc:C, 1afc:D, 1afc:E, 1afc:F, 1afc:G, 1afc:H, 2afg:A, 2afg:B, 2afg:C, 2afg:D, 1axm:A, 1axm:B, 1axm:E, 1axm:C, 1axm:F, 1axm:D, 2axm:B, 2axm:A, 3cu1:B, 3cu1:D, 1e0o:C, 1e0o:A, 2erm:A, 1hkn:C, 1hkn:D, 2j3p:A, 2j3p:B, 3jut:A, 3jut:B, 3k1x:A, 3k1x:B, 2k8r:A, 3ojv:B, 3ojv:A, 1rml:A, 3ud7:B, 3ud8:A, 3ud9:B, 3uda:B, 2uus:A
6 8hue:A 135 127 0.3185 0.3704 0.3937 7.33e-21 1bfb:A, 1bfc:A, 1bff:A, 1fga:A, 4fgf:A, 1fq9:A, 1fq9:B, 8hue:B, 8hue:C, 4oee:A, 4oef:A, 4oeg:A, 5x1o:A
7 7ysh:B 179 96 0.2038 0.1788 0.3333 1.04e-07 2p39:A, 7ysu:B, 7ysw:B
8 5frw:A 201 39 0.0955 0.0746 0.3846 0.64 5fru:A, 5fru:B, 5frv:A, 5frv:B, 5frw:B, 5frx:A, 5frx:B, 5fry:A, 5fry:B, 5frz:A, 5frz:B, 5fs0:A, 5fs0:B
9 1vh2:A 152 33 0.0701 0.0724 0.3333 1.3 1inn:A, 1inn:B, 1j6v:A, 1vgx:A, 1vgx:B, 1vje:A, 1vje:B
10 7qep:L5 283 35 0.0573 0.0318 0.2571 1.8
11 7ud6:A 265 65 0.1083 0.0642 0.2615 2.9 3a7d:A, 2cl5:A, 2cl5:B, 5fhq:A, 5fhr:A, 5fhr:B, 6gy1:A, 1h1d:A, 3hvh:A, 3hvi:A, 3hvj:A, 3hvj:B, 3hvk:A, 1jr4:A, 5k01:A, 5k03:A, 5k05:A, 5k05:B, 5k09:A, 5k09:B, 5k09:C, 5k09:D, 5k09:E, 5k09:F, 5k09:G, 5k09:H, 5k09:I, 5k09:J, 5k09:K, 5k09:L, 5k09:M, 5k09:N, 5k09:O, 5k09:P, 5k09:Q, 5k09:R, 5k09:S, 5k09:T, 5k09:U, 5k09:V, 5k09:W, 5k09:X, 5k0b:A, 5k0b:B, 5k0b:C, 5k0b:D, 5k0b:E, 5k0b:F, 5k0b:G, 5k0b:H, 5k0c:A, 5k0c:B, 5k0e:A, 5k0f:A, 5k0f:B, 5k0g:A, 5k0l:A, 5k0l:B, 5k0l:C, 5k0l:D, 5k0n:A, 5k0n:B, 5k0n:C, 5k0n:D, 6lfe:A, 5lqa:A, 5lqc:A, 5lqj:B, 5lqj:C, 5lqj:D, 5lqk:A, 5lqn:A, 5lqr:A, 5lqu:A, 5lqu:B, 5lr6:A, 5lr6:B, 5lr6:C, 5lr6:D, 3nw9:A, 3nwb:A, 3nwe:A, 3oe4:A, 3oe5:A, 3ozr:A, 3ozs:A, 3ozt:A, 4p58:A, 5p8w:A, 5p8w:B, 5p8w:C, 5p8x:A, 5p8y:A, 5p8z:A, 5p90:A, 5p91:A, 5p92:A, 5p93:A, 5p94:A, 5p95:A, 5p96:A, 5p97:A, 5p98:A, 5p99:A, 5p9a:A, 5p9b:A, 5p9c:A, 5p9d:A, 5p9e:A, 5p9n:A, 5p9o:A, 5p9p:A, 5p9q:A, 5p9r:A, 5p9r:B, 5p9s:A, 5p9t:A, 5p9u:A, 5p9v:A, 5p9w:A, 5p9x:A, 5p9y:A, 5p9z:A, 5pa0:A, 5pa1:A, 5pa2:A, 5pa3:A, 5pa4:A, 5pa5:A, 5pa6:A, 5pa7:A, 5pa7:B, 4pyl:A, 4pyn:A, 4pyo:A, 4pyo:B, 4pyq:A, 4pyq:B, 3r6t:A, 3s68:A, 3u81:A, 1vid:A, 7xgi:A, 7xjb:A, 7xjb:B, 7xjb:C, 7xjb:D, 2zth:A, 2zvj:A
12 4fx9:B 443 75 0.1274 0.0451 0.2667 3.2 4fx9:A, 5l1n:A, 5l1n:B
13 8esl:A 309 50 0.1146 0.0583 0.3600 6.0 8esl:B, 8esl:C, 8esl:D
14 2qp2:A 498 45 0.0828 0.0261 0.2889 6.6
15 1i6q:A 689 44 0.1083 0.0247 0.3864 6.6
16 6fze:A 209 63 0.1210 0.0909 0.3016 6.6 6fxe:A, 6fxe:B, 6fze:B
17 4v6w:Ch 123 43 0.0701 0.0894 0.2558 7.0 6xu6:Ch, 6xu7:Ch, 6xu8:Ch
18 2r02:A 697 61 0.1146 0.0258 0.2951 9.1 3c3o:A, 3c3q:A, 3c3r:A, 2r03:A, 2r05:A, 5v3r:A, 5wa1:A, 2xs1:A, 2xs8:A
19 3faw:A 775 56 0.1210 0.0245 0.3393 9.5 3fax:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218