Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TDIDECRISPDLCGRGQCVNTPGDFECKCDEGYESGFMMMKNCMDIDECQRDPLLCRGGVCHNTEGSYRCECPPGHQLSP
NISACI

The query sequence (length=86) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1lmj:A 86 86 1.0000 1.0000 1.0000 1.25e-59
2 1z6c:A 87 86 0.4186 0.4138 0.4186 4.13e-14
3 1emn:A 82 84 0.3721 0.3902 0.3810 3.84e-11 1emo:A
4 2bo2:A 140 86 0.4302 0.2643 0.4302 4.47e-10 2bo2:B, 2bou:A, 7do4:A
5 2bo2:A 140 68 0.2907 0.1786 0.3676 7.69e-04 2bo2:B, 2bou:A, 7do4:A
6 5ms9:A 177 37 0.2558 0.1243 0.5946 1.27e-08
7 5ms9:A 177 40 0.2209 0.1073 0.4750 4.20e-06
8 1n7d:A 639 61 0.3140 0.0423 0.4426 2.73e-08 1ajj:A, 3bps:E, 1d2j:A, 1f8z:A, 2fcw:B, 3gcw:E, 3gcx:E, 1hj7:A, 1hz8:A, 1i0u:A, 2kri:B, 2lgp:A, 3m0c:C, 3p5b:L, 3p5c:L, 1xfe:A
9 7pfp:A 563 81 0.3721 0.0568 0.3951 3.10e-08 7pfp:C, 7q3n:U
10 7pfp:A 563 83 0.2907 0.0444 0.3012 0.001 7pfp:C, 7q3n:U
11 2w86:A 147 58 0.2674 0.1565 0.3966 4.79e-08
12 2w86:A 147 32 0.1977 0.1156 0.5312 4.73e-05
13 2w86:A 147 43 0.2326 0.1361 0.4651 8.35e-05
14 2w86:A 147 31 0.1860 0.1088 0.5161 0.10
15 1uzj:A 162 41 0.2558 0.1358 0.5366 7.96e-08 1uzj:B, 1uzj:C, 1uzk:A
16 1uzj:A 162 43 0.2326 0.1235 0.4651 1.69e-05 1uzj:B, 1uzj:C, 1uzk:A
17 1uzj:A 162 32 0.2093 0.1111 0.5625 2.21e-05 1uzj:B, 1uzj:C, 1uzk:A
18 1uzj:A 162 34 0.1860 0.0988 0.4706 0.011 1uzj:B, 1uzj:C, 1uzk:A
19 6pog:B 236 81 0.3605 0.1314 0.3827 8.81e-08
20 6pog:B 236 77 0.3488 0.1271 0.3896 1.10e-05
21 6pog:B 236 60 0.2442 0.0890 0.3500 0.083
22 8em7:A 4378 83 0.3605 0.0071 0.3735 1.29e-07 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
23 8em7:A 4378 33 0.1860 0.0037 0.4848 0.014 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
24 8em7:A 4378 55 0.2093 0.0041 0.3273 0.017 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
25 8em7:A 4378 69 0.2674 0.0053 0.3333 0.053 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
26 8em7:A 4378 62 0.2209 0.0043 0.3065 1.4 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
27 8em7:A 4378 41 0.1512 0.0030 0.3171 6.9 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
28 8em4:A 3818 83 0.3605 0.0081 0.3735 1.45e-07 8em4:B
29 8em4:A 3818 33 0.1860 0.0042 0.4848 0.012 8em4:B
30 8em4:A 3818 69 0.2674 0.0060 0.3333 0.057 8em4:B
31 8em4:A 3818 49 0.1744 0.0039 0.3061 1.5 8em4:B
32 8em4:A 3818 62 0.2209 0.0050 0.3065 1.7 8em4:B
33 8em4:A 3818 41 0.1512 0.0034 0.3171 8.0 8em4:B
34 4d0f:A 125 77 0.3023 0.2080 0.3377 1.32e-06 4cud:A, 4cue:A, 4cuf:A, 4d0e:A, 5ub5:B, 2vj3:A, 4xlw:A
35 4d0f:A 125 33 0.1395 0.0960 0.3636 8.6 4cud:A, 4cue:A, 4cuf:A, 4d0e:A, 5ub5:B, 2vj3:A, 4xlw:A
36 5b4x:B 479 61 0.2791 0.0501 0.3934 3.10e-06 3a7q:B, 5b4x:D, 5b4y:B
37 7alj:A 115 75 0.3256 0.2435 0.3733 3.86e-06
38 7alj:A 115 73 0.3140 0.2348 0.3699 4.22e-05
39 5uk5:A 194 77 0.3023 0.1340 0.3377 5.97e-06 2rqz:A, 2rr2:A
40 5uk5:A 194 72 0.2907 0.1289 0.3472 8.76e-04 2rqz:A, 2rr2:A
41 5mwb:A 118 78 0.3372 0.2458 0.3718 2.86e-05
42 5fm9:A 154 75 0.3256 0.1818 0.3733 4.55e-05 5fma:A, 5fma:B
43 4xlw:C 118 75 0.2907 0.2119 0.3333 4.99e-05 5ky8:B, 5l0r:B, 4xl1:A, 4xl1:D, 4xlw:E, 4xlw:G
44 4xlw:C 118 32 0.1512 0.1102 0.4062 7.3 5ky8:B, 5l0r:B, 4xl1:A, 4xl1:D, 4xlw:E, 4xlw:G
45 5l0t:B 40 33 0.2209 0.4750 0.5758 6.56e-05 5ky7:B, 5l0u:B, 5l0v:B
46 5l0t:B 40 32 0.1860 0.4000 0.5000 0.26 5ky7:B, 5l0u:B, 5l0v:B
47 6pol:B 129 72 0.3023 0.2016 0.3611 1.14e-04 6pol:D, 6pol:F
48 6pol:B 129 77 0.3140 0.2093 0.3506 8.34e-04 6pol:D, 6pol:F
49 6f1c:A 291 60 0.2209 0.0653 0.3167 5.73e-04 6f1c:C, 6f1d:A, 6f1h:A, 6f1h:C, 6f39:A, 6f39:B
50 9etn:A 551 39 0.2209 0.0345 0.4872 8.28e-04
51 9etn:A 551 29 0.1395 0.0218 0.4138 1.8
52 1xkb:A 91 87 0.3140 0.2967 0.3103 0.002 3k9x:A
53 4xbm:B 401 60 0.3023 0.0648 0.4333 0.002
54 4xbm:B 401 69 0.2442 0.0524 0.3043 0.29
55 4xbm:B 401 82 0.2674 0.0574 0.2805 5.3
56 5to3:B 367 52 0.2558 0.0599 0.4231 0.005 1dx5:I, 1dx5:J, 1dx5:K, 1dx5:L, 3gis:X, 3gis:Y, 3gis:Z
57 5to3:B 367 29 0.1860 0.0436 0.5517 4.3 1dx5:I, 1dx5:J, 1dx5:K, 1dx5:L, 3gis:X, 3gis:Y, 3gis:Z
58 8jxj:A 570 57 0.2093 0.0316 0.3158 0.016 8jxj:B
59 4c16:A 280 63 0.2326 0.0714 0.3175 0.046 4c16:B, 4csy:A, 4csy:B, 1esl:A, 6eyi:A, 6eyj:A, 6eyj:B, 6eyk:A, 1g1t:A
60 1szb:A 167 53 0.2209 0.1138 0.3585 0.13 1szb:B
61 1szb:A 167 34 0.1628 0.0838 0.4118 3.6 1szb:B
62 5vyg:B 43 34 0.1628 0.3256 0.4118 0.18 5vyg:A, 5vyg:C
63 5ckn:A 278 54 0.2209 0.0683 0.3519 0.19 5cis:A, 5ckm:A, 5ckn:D, 1nt0:A, 1nt0:G
64 4d90:A 127 49 0.2093 0.1417 0.3673 0.26 4d90:B
65 8jxc:A 1337 62 0.2326 0.0150 0.3226 0.28 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
66 8jxc:A 1337 92 0.2907 0.0187 0.2717 8.3 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
67 8jxc:A 1337 23 0.1279 0.0082 0.4783 9.9 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
68 6f1c:D 276 51 0.1860 0.0580 0.3137 0.41 6f1c:B, 6f1h:D, 6f1h:B, 4lmf:A, 4lmf:B, 4lmf:C, 4lmf:D, 4lor:A, 1nzi:A, 1nzi:B
69 4aqb:A 345 83 0.2907 0.0725 0.3012 0.42 5ckq:A, 3dem:A, 3dem:B
70 8eph:A 91 33 0.1628 0.1538 0.4242 0.82 1edm:B, 1edm:C, 8eph:C
71 8eph:A 91 84 0.2791 0.2637 0.2857 1.1 1edm:B, 1edm:C, 8eph:C
72 1p0s:L 99 27 0.1279 0.1111 0.4074 2.6 2y80:B
73 7prm:A 295 23 0.0930 0.0271 0.3478 9.3 8aqf:A, 6ax1:A, 6ax1:B, 6bq0:A, 6bq0:B, 3hju:A, 3hju:B, 3jwe:A, 3jwe:B, 7l4t:A, 7l4u:A, 7l4u:B, 7l4w:A, 7l4w:B, 7l50:A, 7l50:B, 7l50:C, 7l50:D, 3pe6:A, 8ptc:A, 8ptq:A, 8ptr:A, 4uuq:A, 4uuq:B, 7zpg:A, 5zun:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218