Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TDDFRVLQAVEQGSRSHEVVPTPLIHQISGMRSQSGTNRAISDLAKLSLISKMRNVKYDGYRLTYNGIDYLALKTMLNRD
TVYSVGNTIGVGKESDIYKVSDKNGNPRVMKIHRLQGANWMHLSRLAANKEYQFMSMLYSKGFKVPEPFDNSRHIVVMEL
IEGYPMRRLRKHKNIPKLYSDLMCFIVDLANSGLIHCDFNEFNIMIKDKLEDENDCGFVVIDFPQCISIQHQDADYYFQR
DVDCIRRFFKKKLKYEPKPDSSMLDTEGFGD

The query sequence (length=271) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8cbj:l 286 275 1.0000 0.9476 0.9855 0.0 6eml:r, 6fai:l, 6rbd:l, 6y7c:l
2 8c01:r 239 271 0.7786 0.8828 0.7786 1.10e-136 8c00:r
3 4gyi:A 339 276 0.4982 0.3982 0.4891 3.41e-94
4 6g18:v 325 257 0.4613 0.3846 0.4864 1.38e-80 6fdm:A, 6fdm:C, 6g51:v, 6hk6:A, 6hk6:B, 6hk6:I, 6hk6:C, 6hk6:D, 6hk6:E, 6hk6:F, 6hk6:G, 6hk6:H, 6hk6:J, 7vbt:A, 7vbt:B, 7wu0:v
5 1zao:A 271 265 0.2251 0.2251 0.2302 1.97e-19 1tqm:A, 1tqp:A, 1zar:A
6 4jin:A 254 241 0.2177 0.2323 0.2448 1.28e-11 3re4:A, 3re4:B, 1zp9:A, 1zp9:B, 1zp9:C, 1zp9:D, 1ztf:A, 1zth:A, 1zth:B, 1zth:C, 1zth:D
7 6zxd:z 292 186 0.1697 0.1575 0.2473 4.96e-11 4otp:A, 6zv6:h, 6zxe:z
8 6zxf:z 373 208 0.1697 0.1233 0.2212 3.03e-08 6zxg:z, 6zxh:z
9 6zr5:B 359 71 0.0738 0.0557 0.2817 0.089 4awi:A, 8bzp:A, 3cgf:A, 3elj:A, 6emh:A, 6emh:B, 6eq9:A, 6f5e:B, 2g01:A, 2g01:B, 3g90:X, 3g9l:X, 3g9n:A, 2gmx:A, 2gmx:B, 4h36:A, 4h39:A, 4h3b:A, 4h3b:C, 2h96:A, 2h96:B, 1jnk:A, 4kke:A, 4kkh:A, 7ksi:A, 7ksj:A, 4l7f:A, 5lw1:B, 5lw1:E, 5lw1:H, 2no3:A, 2no3:B, 3o17:A, 3o17:B, 3o2m:A, 3o2m:B, 7ore:A, 7orf:A, 1pmn:A, 1pmu:A, 1pmv:A, 3ptg:A, 8pt8:A, 8pt8:B, 8pt8:C, 8pt9:A, 8pt9:B, 8pt9:C, 8pta:A, 8pta:B, 8pta:C, 3pze:A, 4qtd:A, 7s1n:A, 3tti:A, 1uki:A, 4ux9:A, 4ux9:B, 4ux9:C, 4ux9:D, 3v3v:A, 3v6r:A, 3v6r:B, 3v6s:A, 3v6s:B, 3vud:A, 3vug:A, 3vuh:A, 3vui:A, 3vuk:A, 3vul:A, 3vum:A, 4w4v:A, 4w4w:A, 4w4x:A, 4w4y:A, 2waj:A, 8wgf:A, 4whz:A, 4x21:A, 4x21:B, 8x5m:A, 2xrw:A, 2xs0:A, 4y46:A, 4y5h:A, 7yl1:A, 2zdt:A, 6zr5:A
10 4u79:A 337 71 0.0738 0.0593 0.2817 0.18 2b1p:A, 8bzp:B, 3cgo:A, 3da6:A, 4e73:A, 6ekd:A, 6emh:C, 6emh:D, 8enj:A, 6eq9:B, 2exc:X, 3fi2:A, 3fi3:A, 3fv8:A, 4g1w:A, 4hys:A, 4hyu:A, 4izy:A, 7ksk:A, 3kvx:A, 2o0u:A, 2o2u:A, 2ok1:A, 3oxi:A, 3oy1:A, 2p33:A, 2r9s:A, 2r9s:B, 3rtp:A, 3ttj:A, 1ukh:A, 4z9l:A, 2zdu:A
11 3npc:A 357 71 0.0738 0.0560 0.2817 0.24 3e7o:A, 3e7o:B, 8elc:A, 7n8t:A, 3npc:B
12 5yk1:A 401 68 0.0738 0.0499 0.2941 0.38 5yk0:A, 5yk2:A
13 5awm:A 345 71 0.0738 0.0580 0.2817 0.43
14 4bdi:A 290 89 0.0959 0.0897 0.2921 0.53 4a9r:A, 4a9s:A, 4a9t:A, 4a9u:A, 4bda:A, 4bdb:A, 4bdc:A, 4bdd:A, 4bde:A, 4bdf:A, 4bdg:A, 4bdh:A, 4bdj:A, 4bdk:A, 2cn5:A, 2cn8:A, 2w0j:A, 2w7x:A, 2wtc:A, 2wtd:A, 2wti:A, 2wtj:A, 2xbj:A, 2xk9:A, 2xm8:A, 2xm9:A, 2ycf:A, 2ycq:A, 2ycr:A, 2ycs:A, 2yiq:A, 2yir:A, 2yit:A
15 8chf:A 280 138 0.1365 0.1321 0.2681 1.4 9ay7:A, 8chf:B, 3omv:A, 3omv:B
16 4b9e:A 297 65 0.0664 0.0606 0.2769 1.4 4bau:A, 4bb0:A
17 8i1w:B 333 39 0.0590 0.0480 0.4103 1.6 8i1y:A, 8i1y:B, 8i1z:A, 8i1z:B, 8i27:A, 8i27:B, 8i2a:B, 8i2a:A, 8i2c:A, 8i2c:B, 8i2j:A, 8i2j:B, 8i2l:B, 8i2l:A, 8i2m:A, 8i2m:B, 8i4i:A, 8i4i:B, 5v0i:A, 5v0i:B
18 8vf6:B 274 175 0.1292 0.1277 0.2000 2.3 8vf6:A
19 6a20:A 395 52 0.0590 0.0405 0.3077 3.6 6a1z:A, 7d8v:A, 3gbj:B, 5zbr:B, 5zbr:A, 5zbr:C, 5zbs:B, 5zbs:A
20 8i54:A 1113 43 0.0590 0.0144 0.3721 4.2
21 4il1:A 529 105 0.0959 0.0491 0.2476 4.8 1aui:A, 1aui:B, 9b9g:H, 9b9g:J, 5c1v:A, 5c1v:B, 4f0z:B, 4il1:B, 4il1:C, 4il1:D, 2jog:A, 3ll8:A, 3ll8:B, 3ll8:C, 3ll8:D, 1m63:A, 1m63:B, 1m63:E, 1m63:F, 1mf8:A, 1mf8:B, 6nuc:A, 6nuc:B, 6nuf:A, 6nuf:B, 6nuu:A, 6nuu:B, 4or9:B, 4ora:B, 4orb:A, 4orb:B, 4orc:B, 2p6b:A, 2p6b:C, 2p6b:B, 2p6b:D, 5sve:A, 5sve:B, 1tco:A, 1tco:B, 6uuq:A
22 8h9d:A 1114 43 0.0590 0.0144 0.3721 5.1
23 7b8s:C 589 84 0.0812 0.0374 0.2619 5.7 7b8r:C, 7b8t:C, 5eno:C, 5enp:C, 5enq:C, 5enr:C, 5ens:C, 5ent:C
24 6x7l:A 303 58 0.0480 0.0429 0.2241 6.3 4hzo:A, 4hzp:A, 6x7m:A, 6x7n:A, 6x7o:A, 6x7p:A
25 3dtc:A 245 65 0.0738 0.0816 0.3077 6.6
26 6xyw:Aw 76 45 0.0480 0.1711 0.2889 6.9
27 6b2q:B 267 82 0.0812 0.0824 0.2683 7.7 6b2q:A, 6b2q:C, 6b2q:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218