Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SVQDLNDLLSDGSGCYSLPSQPCNEVTPRIYVGNASVAQDIPKLQKLGITHVLNAAEGRSFMHVNTNANFYKDSGITYLG
IKANDTQEFNLSAYFERAADFIDQALAQKNGRVLVHSREGYSRSPTLVIAYLMMRQKMDVKSALSIVRQNREIGPNDGFL
AQLCQLNDRLAKEGKLKP

The query sequence (length=178) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8tk2:A 181 178 0.9944 0.9779 0.9944 1.84e-132 3f81:A, 3f81:B, 1j4x:A, 8tk2:B, 8tk3:A
2 5gtj:B 168 151 0.3820 0.4048 0.4503 2.78e-38 5gtj:A, 5gtj:C, 5gtj:D
3 6d67:A 514 147 0.2809 0.0973 0.3401 6.46e-19 6apx:A
4 4woh:A 158 141 0.2753 0.3101 0.3475 1.31e-16
5 7u4o:A 150 146 0.2809 0.3333 0.3425 2.73e-14 6mc1:A, 6mc1:B, 6mc1:C, 6mc1:D, 6mc1:E, 6mc1:F, 7u4o:F, 7u4o:B, 7u4o:D, 7u4o:C, 7u4o:E, 7u4r:A, 7u4r:B, 7u4r:C, 7u4r:D, 7u4r:E, 7u4r:F, 7umu:A, 7umu:B, 7umu:C, 7umu:D, 7umu:E, 7umu:F, 7umv:A, 7un0:A, 7un0:B, 7un0:C, 7un0:D, 7un0:E, 7un0:F, 7un4:A, 7un4:B, 7un4:C, 7un4:D, 7un4:E, 7un4:F
6 2hcm:A 159 143 0.2247 0.2516 0.2797 8.81e-10
7 4kyr:A 208 125 0.1854 0.1587 0.2640 4.14e-09
8 2j17:B 145 65 0.1180 0.1448 0.3231 1.39e-05 2j16:B, 2j17:A
9 6i28:A 161 69 0.1124 0.1242 0.2899 4.48e-05
10 4pyh:A 293 141 0.1685 0.1024 0.2128 1.90e-04
11 1ohd:A 338 54 0.1011 0.0533 0.3333 0.006 1ohe:A
12 2i6j:A 161 116 0.1685 0.1863 0.2586 0.017 2dxp:A, 2i6m:A, 2i6o:A, 2i6p:A, 7mpc:A, 7mpd:A
13 5z5a:A 148 45 0.0843 0.1014 0.3333 0.075 5z5a:B, 5z5a:C
14 3rgq:A 156 83 0.1404 0.1603 0.3012 0.079
15 6g84:B 368 99 0.1292 0.0625 0.2323 0.40 6g84:A, 6g85:A, 6g85:B, 6g86:A, 6g86:B, 5xw5:A
16 5dxv:A 149 41 0.0955 0.1141 0.4146 0.41
17 7mok:A 166 87 0.1404 0.1506 0.2874 0.41 7moe:A, 7moe:B, 7mof:A, 7mof:B, 7mog:A, 7mog:B, 7moh:A, 7moh:B, 7moi:A, 7moi:B, 7moj:A, 7moj:B, 7mok:B, 7mom:A, 7mom:B
18 7elb:A 1937 67 0.1292 0.0119 0.3433 0.56 7ckm:A, 7elb:C, 6kld:A, 6kle:A, 6klh:A, 6klh:C
19 7el9:A 1731 67 0.1292 0.0133 0.3433 0.61 7el9:D, 7elc:A
20 8p4a:M 507 50 0.0843 0.0296 0.3000 0.79 8p4b:M, 8w8e:a
21 4x8x:B 393 26 0.0618 0.0280 0.4231 0.85 4x8x:A, 4x9f:A
22 4xb8:A 391 26 0.0618 0.0281 0.4231 0.89 4xb8:B
23 7xqp:9 225 48 0.0899 0.0711 0.3333 1.2 8htu:9
24 8fo9:A 1173 119 0.1404 0.0213 0.2101 2.7 8fo9:C
25 1lpa:B 449 84 0.1236 0.0490 0.2619 2.8 1lpb:B
26 8smc:C 1084 119 0.1404 0.0231 0.2101 2.9
27 8u7h:C 1111 119 0.1404 0.0225 0.2101 3.0
28 8txz:A 858 119 0.1404 0.0291 0.2101 3.2
29 8tzc:A 872 119 0.1404 0.0287 0.2101 3.3
30 4erc:A 150 56 0.0843 0.1000 0.2679 4.3 4erc:B
31 8pm4:A 604 75 0.1124 0.0331 0.2667 4.7
32 3v0h:B 327 62 0.1124 0.0612 0.3226 5.4 3v0h:A
33 6cxk:A 165 37 0.0787 0.0848 0.3784 6.7 2ano:A, 2anq:A, 5cc9:A, 5ccc:A, 6cqa:A, 6cw7:A, 7d3z:A, 7d49:A, 7d4l:A, 7d4x:A, 7d6g:A, 3dau:A, 8dai:A, 1ddr:A, 1ddr:B, 1dds:A, 1dds:B, 4dfr:A, 4dfr:B, 6dfr:A, 7dfr:A, 1dhi:A, 1dhi:B, 1dhj:A, 1dhj:B, 1dra:A, 1dra:B, 1drb:A, 1drb:B, 1dre:A, 1drh:A, 2drc:A, 2drc:B, 3drc:A, 3drc:B, 1dyh:A, 1dyh:B, 1dyi:B, 1dyj:A, 1dyj:B, 7f3b:A, 4fhb:A, 7fpl:A, 7fpm:A, 7fpn:A, 7fpo:A, 7fpp:A, 7fpq:A, 7fpr:A, 7fps:A, 7fpt:A, 7fpu:A, 7fpv:A, 7fpw:A, 7fpx:A, 7fpy:A, 7fpz:A, 7fq0:A, 7fq1:A, 7fq2:A, 7fq3:A, 7fq4:A, 7fq5:A, 7fq6:A, 7fq7:A, 7fq8:A, 7fq9:A, 7fqa:A, 7fqb:A, 7fqc:A, 7fqd:A, 7fqe:A, 7fqf:A, 7fqg:A, 8g4z:A, 8g50:A, 8g50:B, 4gh8:B, 4gh8:A, 2inq:A, 2inq:B, 1jol:A, 1jol:B, 1jom:A, 3kfy:A, 4kjj:A, 4kjk:A, 4kjl:A, 7lvc:A, 7mqp:A, 6mr9:A, 6mt8:A, 6mth:A, 7mym:A, 7mym:C, 7mym:B, 7nae:A, 4nx6:A, 4nx7:A, 3och:A, 3och:B, 4or7:A, 4osg:A, 4osg:B, 4osg:C, 4osg:D, 4p3q:A, 4p3r:A, 4p66:A, 4p68:A, 4pdj:A, 4pss:A, 4pst:A, 4psy:A, 4pth:A, 4ptj:A, 3ql0:A, 3ql3:A, 4qle:A, 4qle:B, 4qlf:A, 4qlg:A, 4qlg:B, 3qyl:A, 3qyo:A, 3r33:A, 1ra1:A, 1ra2:A, 1ra3:A, 1ra8:A, 1ra9:A, 1rb2:A, 1rb2:B, 1rb3:A, 1rb3:B, 1rc4:A, 7reb:A, 1rf7:A, 1rg7:A, 4rgc:A, 1rh3:A, 1rx1:A, 1rx2:A, 1rx3:A, 1rx4:A, 1rx5:A, 1rx6:A, 1rx8:A, 1rx9:A, 5sss:A, 5sst:A, 5ssu:A, 5ssv:A, 5ssw:A, 1tdr:A, 1tdr:B, 8ucx:A, 5uih:A, 5uii:A, 5uio:A, 5uio:B, 5uio:C, 5uio:D, 5uio:E, 5uip:A, 5uip:B, 8uw0:A, 8vz4:A, 8vz4:B, 5w3q:A, 4x5f:A, 4x5f:B, 4x5g:A, 4x5g:B, 4x5h:A, 4x5i:A, 4x5j:A, 6xg4:A, 6xg5:A, 5z6f:A, 5z6j:A, 5z6k:A, 5z6l:A, 5z6m:A
34 6rxj:A 235 75 0.1404 0.1064 0.3333 7.1 6rxj:B, 6rxk:A, 6rxl:A, 6rxm:A, 6rxm:B, 6rxm:C, 6rxm:D, 6rxm:E, 6rxm:F, 6rxo:A, 6rxo:B, 6rxp:A, 6rxp:B, 6rxq:A, 6rxq:B, 6rxq:C, 6rxq:D, 6rxr:A, 6rxr:B, 6rxr:C, 6rxr:D, 1s5p:A
35 6rul:A 276 37 0.0787 0.0507 0.3784 7.3 6cyv:A, 6rum:A
36 7tby:A 1788 53 0.0787 0.0078 0.2642 8.1 7tc0:A
37 7roq:A 1831 53 0.0787 0.0076 0.2642 8.4
38 7tbw:A 1928 53 0.0787 0.0073 0.2642 8.4
39 8fo9:F 2289 117 0.1348 0.0105 0.2051 9.9 9c61:A, 9c61:B, 8fo2:E, 8fo7:C, 8fo8:C, 8fo8:E, 8fo9:E, 7lht:A, 7lht:B, 7lhw:A, 7li3:A, 7li4:A, 6oje:A, 6oje:B, 6ojf:A, 6ojf:B, 7thy:A, 7thz:A, 6xaf:A, 6xaf:B, 2zej:B
40 2wbi:B 398 38 0.0787 0.0352 0.3684 9.9 2wbi:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218