Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SPEFMVKAKSWTLKKHFQGKPTQSDFELKTVELPPLKNGEVLLEALFLSVDPYMRIASKRLKEGAVMMGQQVARVVESKN
SAFPAGSIVLAQSGWTTHFISDGKGLEKLLTEWPDKLPLSLALGTIGMPGLTAYFGLLEVCGVKGGETVLVSAAAGAVGS
VVGQIAKLKGCKVVGAAGSDEKIAYLKQIGFDAAFNYKTVNSLEEALKKASPDGYDCYFDNVGGEFLNTVLSQMKDFGKI
AICGAISVYNRMDQLPPGPSPESIIYKQLRIEGFIVYRWQGDVREKALRDLMKWVLEGKIQYHEHVTKGFENMPAAFIEM
LNGANLGKAVVTA

The query sequence (length=333) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2dm6:B 333 333 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 2dm6:A, 1v3t:A, 1v3t:B, 1v3v:A, 1v3v:B
2 2y05:A 328 326 0.7748 0.7866 0.7914 0.0 2y05:B, 2y05:C, 2y05:D
3 6eow:A 341 340 0.4474 0.4370 0.4382 3.62e-80 6eow:B, 6eow:C, 6eow:D
4 4hfm:A 333 335 0.4384 0.4384 0.4358 1.10e-78 4hfm:B, 4hfn:A, 4hfn:B
5 7vr4:A 340 338 0.4264 0.4176 0.4201 4.47e-77
6 5zxu:A 337 337 0.4174 0.4125 0.4125 4.80e-77
7 6ytz:A 351 350 0.4354 0.4131 0.4143 1.06e-75 6yux:A
8 2j3i:B 345 338 0.4294 0.4145 0.4231 3.74e-75 2j3i:A, 2j3j:A, 2j3j:B, 2j3k:A, 2j3k:B
9 4nh4:A 352 347 0.4444 0.4205 0.4265 1.79e-72 4nh4:B, 4we3:A, 4we3:B, 4we3:C, 4we3:D, 4wgg:A, 4wgg:B
10 4b7x:B 331 331 0.3784 0.3807 0.3807 3.67e-67 4b7x:A, 4b7x:C, 4b7x:D, 4b7x:E, 4b7x:F, 4b7x:G, 4b7x:H, 4b7x:I, 4b7x:J, 4b7x:L
11 2w98:B 355 332 0.4054 0.3803 0.4066 5.71e-62 2vna:A, 2w4q:A, 2w98:A, 2zb4:A, 2zb7:A, 2zb8:A
12 2zb3:A 345 332 0.4054 0.3913 0.4066 2.70e-58
13 4b7x:K 302 331 0.3453 0.3808 0.3474 2.58e-53
14 8ov8:A 349 320 0.3574 0.3410 0.3719 2.23e-46 8ov8:B
15 2c0c:A 353 218 0.2072 0.1955 0.3165 1.72e-23 2c0c:B, 2wek:A, 2wek:B, 2x1h:A, 2x1h:B, 2x7h:A, 2x7h:B, 7zej:A, 7zej:B
16 1yb5:A 324 222 0.1922 0.1975 0.2883 4.65e-17 1yb5:B
17 2eih:A 343 172 0.1622 0.1574 0.3140 5.12e-14 2eih:B
18 3qwb:A 330 149 0.1411 0.1424 0.3154 5.74e-11 3qwb:B, 3qwb:C, 3qwb:D
19 5k1s:A 358 131 0.1201 0.1117 0.3053 1.35e-10 5k1s:C, 5k1s:B, 5k1s:D
20 4rvu:A 329 230 0.1862 0.1884 0.2696 1.09e-09 4rvu:B, 4rvu:C, 4rvu:D
21 5doz:A 332 125 0.1201 0.1205 0.3200 1.83e-09 5doz:B, 5doz:C
22 2oby:A 334 120 0.1171 0.1168 0.3250 6.71e-08 2j8z:A, 2oby:B, 2oby:C, 2oby:D, 2oby:E
23 6lhr:C 344 220 0.1742 0.1686 0.2636 7.58e-08 6lhr:A, 6lhr:B, 6lhr:D
24 2vz9:B 2086 207 0.1471 0.0235 0.2367 7.63e-08 2vz9:A
25 3slk:A 747 123 0.0991 0.0442 0.2683 1.14e-07 3slk:B
26 3jyn:A 325 122 0.1231 0.1262 0.3361 1.56e-07
27 5dp2:A 335 341 0.2402 0.2388 0.2346 1.68e-07
28 3gaz:A 331 140 0.1291 0.1299 0.3071 2.60e-07 3gaz:B
29 2vn8:A 358 214 0.1712 0.1592 0.2664 8.48e-07 2vn8:B
30 8eyk:F 1070 217 0.1622 0.0505 0.2488 1.48e-06
31 8eyi:F 1211 217 0.1622 0.0446 0.2488 1.90e-06 4w9n:A, 4w9n:B, 4w9n:C, 4w9n:D
32 8eyk:E 966 219 0.1622 0.0559 0.2466 2.73e-06 8eyi:E, 8gkc:A, 8gkc:D
33 3tqh:A 317 119 0.1231 0.1293 0.3445 4.94e-06
34 5gxe:A 331 116 0.1111 0.1118 0.3190 2.07e-05 5gxe:B
35 5a3j:C 327 116 0.1111 0.1131 0.3190 3.38e-05 5a3j:D, 5a3j:B, 5a3j:A, 5a3j:E, 5a3j:H, 5a3j:F, 5a3j:G, 5a3j:I, 5a3j:J, 5a3j:K, 5a4d:A, 5a4d:B, 5a4d:C, 5a4d:D, 5a4d:E, 5a4d:F, 5a4d:G, 5a4d:H
36 8g7w:B 1059 103 0.0901 0.0283 0.2913 7.87e-05 8g7w:A
37 3nx4:A 324 211 0.1802 0.1852 0.2844 8.74e-05 3nx4:B
38 1y9e:A 329 251 0.2132 0.2158 0.2829 1.04e-04 1y9e:B, 1y9e:C, 1y9e:D, 1y9e:E, 1y9e:F
39 1o8c:A 324 155 0.1351 0.1389 0.2903 1.28e-04 1o8c:B, 1o8c:C, 1o8c:D
40 7vem:A 347 211 0.1652 0.1585 0.2607 1.53e-04 7vem:B
41 1qor:A 326 96 0.0871 0.0890 0.3021 1.80e-04 1qor:B
42 3meq:A 341 207 0.1562 0.1525 0.2512 0.001 3meq:B, 3meq:C, 3meq:D
43 1iyz:A 299 247 0.2222 0.2475 0.2996 0.001
44 5bp4:A 1102 178 0.1141 0.0345 0.2135 0.002 5bp2:A, 5bp4:B, 5bp4:C, 5bp4:D, 5bp4:E, 5bp4:F, 5bp4:G, 5bp4:H, 5bp4:J, 5bp4:K, 5bp4:M, 5bp4:N, 5bp4:P
45 5bp4:L 897 177 0.1141 0.0424 0.2147 0.002 5bp4:I
46 5bp4:R 637 177 0.1141 0.0597 0.2147 0.003 5bp4:O, 5bp4:Q
47 3fsr:A 352 213 0.1652 0.1562 0.2582 0.009 3fsr:C, 3ftn:A, 3ftn:B, 3ftn:C, 3ftn:D
48 5ywn:A 333 68 0.0841 0.0841 0.4118 0.033 5yw4:A
49 5env:A 347 203 0.1381 0.1326 0.2266 0.048 5env:B, 7kc2:A, 7kc2:B, 7kc2:C, 7kc2:D, 7kcb:A, 7kcb:B, 7kcb:C, 7kcb:D, 7kcq:A, 7kcq:B, 7kcq:C, 7kcq:D, 7kjy:A, 7kjy:B, 7kjy:C, 7kjy:D, 7ntm:A, 7ntm:B, 7ntm:D, 7ntm:C, 4w6z:A, 4w6z:B, 4w6z:C, 4w6z:D
50 3fpc:A 352 237 0.1682 0.1591 0.2363 0.049 3fpc:B, 3fpc:C, 3fpc:D
51 3tzc:A 224 84 0.0751 0.1116 0.2976 0.058
52 3op4:A 247 84 0.0751 0.1012 0.2976 0.075 4i08:A, 4i08:B, 3op4:B, 3rsh:A, 3rsh:B, 4wk6:A, 4wk6:B, 4wk6:C, 4wk6:D
53 4y0k:A 405 370 0.2192 0.1802 0.1973 0.078 4y1b:A
54 4eez:B 342 96 0.0931 0.0906 0.3229 0.31 4eex:A, 4eex:B, 4eez:A
55 8uar:A 352 204 0.1381 0.1307 0.2255 0.37 6ffx:A, 6ffx:B, 6ffx:C, 6ffx:D, 6ffz:A, 6ffz:B, 6ffz:C, 6ffz:D, 6fg0:A, 6fg0:B, 6fg0:C, 6fg0:D, 3jv7:A, 3jv7:B, 3jv7:C, 3jv7:D, 5o8h:A, 5o8h:B, 5o8h:C, 5o8h:D, 5o8q:A, 5o8q:B, 5o8q:C, 5o8q:D, 5o8q:E, 5o8q:F, 5o8q:G, 5o8q:H, 5o9d:A, 5o9d:B, 5o9d:C, 5o9d:D, 5o9f:A, 5o9f:B, 5o9f:C, 5o9f:D, 5od3:A, 5od3:B, 5od3:C, 5od3:D, 8uar:B, 8uar:C, 8uar:D, 8uar:E, 8uar:F, 8uar:G, 8uar:H, 8uar:I, 8uar:J, 8uar:K, 8uar:L, 8uas:A, 8uas:B, 8uas:C, 8uas:D, 8uas:E, 8uas:F, 8uas:G, 8uas:H, 8uas:I, 8uas:J, 8uas:K, 8uas:L, 2xaa:A, 2xaa:B, 2xaa:C, 2xaa:D
56 4gi2:A 428 99 0.0691 0.0537 0.2323 0.60 4gi2:B
57 6lkg:A 294 40 0.0420 0.0476 0.3500 0.97 6lkg:C, 6lkh:A, 6lkh:B, 6lkj:A, 6lkk:A
58 7emg:B 243 97 0.0901 0.1235 0.3093 1.3 7emg:A
59 4idb:A 321 135 0.1201 0.1246 0.2963 1.5 4idc:A, 4idd:A, 4ide:A, 4idf:A
60 7ymb:A 343 86 0.0721 0.0700 0.2791 1.5
61 8h61:B 340 134 0.1171 0.1147 0.2910 1.6 7xwu:A, 7xwu:B, 7y0k:A
62 6na4:B 448 84 0.0751 0.0558 0.2976 1.6 6na3:A, 6na3:B, 6na3:C, 6na3:D, 6na4:A, 6na4:C, 6na4:D, 6na5:A, 6na5:B, 6na5:C, 6na5:D, 6na6:A, 6na6:B, 6na6:D, 6na6:C, 6owe:A, 6owe:C, 6owe:B, 6owe:D
63 2ply:A 212 96 0.0811 0.1274 0.2812 1.6 2ply:B, 2uwm:A, 2uwm:B, 1wsu:A, 1wsu:B, 1wsu:C
64 7pmn:5 660 76 0.0571 0.0288 0.2500 1.7
65 2pyj:B 572 142 0.1021 0.0594 0.2394 2.0 2py5:A, 2py5:B, 2pyj:A, 2pyl:A, 2pzs:A, 2pzs:B, 2pzs:C, 2pzs:D, 1xhz:A, 1xhz:B, 1xhz:C, 1xhz:D, 1xi1:A, 1xi1:B
66 1xkq:A 272 96 0.0691 0.0846 0.2396 2.9 1xkq:B, 1xkq:C, 1xkq:D
67 1a71:A 374 118 0.1111 0.0989 0.3136 3.0 1a71:B, 1a72:A, 1adb:A, 1adb:B, 1adc:A, 1adc:B, 1adf:A, 1adg:A, 5adh:A, 6adh:A, 6adh:B, 7adh:A, 8adh:A, 1axe:A, 1axe:B, 1axg:A, 1axg:B, 1axg:C, 1axg:D, 1bto:A, 1bto:D, 1bto:B, 1bto:C, 3bto:A, 3bto:B, 3bto:C, 3bto:D, 5cdg:A, 5cdg:B, 5cds:A, 5cds:B, 5cdt:A, 5cdt:B, 5cdu:A, 5cdu:B, 6cxx:A, 6cxx:B, 6cy3:A, 4dwv:A, 4dwv:B, 4dxh:A, 4dxh:B, 8e7u:A, 8e7u:B, 8ecs:A, 8ecs:B, 8ect:A, 8ect:B, 8ecu:A, 8ecu:B, 1ee2:A, 1ee2:B, 8ee3:A, 8ee3:B, 8eiw:A, 8eiw:B, 8eix:A, 8eix:B, 8eiy:A, 8eiy:B, 8g2l:A, 8g2l:B, 8g2s:A, 8g2s:B, 8g2x:A, 8g2x:B, 8g39:A, 8g39:B, 8g41:A, 8g41:B, 8g4v:A, 8g4v:B, 1het:A, 1het:B, 1heu:A, 1heu:B, 1hf3:A, 1hf3:B, 1hld:A, 1hld:B, 2jhf:A, 2jhf:B, 2jhg:A, 2jhg:B, 7jqa:A, 7jqa:B, 7jqa:C, 7jqa:D, 1ju9:A, 1ju9:B, 7k35:A, 7k35:B, 7k35:C, 7k35:D, 5kcp:A, 5kcp:B, 5kcz:A, 5kcz:B, 5kj1:A, 5kj1:B, 5kj6:A, 5kj6:B, 5kjc:A, 5kjc:B, 5kje:A, 5kje:B, 5kjf:A, 5kjf:B, 1lde:A, 1lde:B, 1lde:C, 1lde:D, 1ldy:A, 1ldy:B, 1ldy:C, 1ldy:D, 1mg0:A, 1mg0:B, 1mg0:C, 1mg0:D, 1mgo:A, 1mgo:B, 1n8k:A, 1n8k:B, 1n92:A, 1n92:B, 6nbb:A, 6nbb:B, 4nfh:A, 4nfh:B, 4nfs:A, 4nfs:B, 4ng5:A, 4ng5:B, 6o91:A, 6o91:B, 6oa7:A, 6oa7:B, 2ohx:A, 2ohx:B, 3oq6:A, 3oq6:B, 6owm:A, 6owm:B, 6owp:A, 6owp:B, 2oxi:A, 2oxi:B, 1p1r:A, 1p1r:B, 1p1r:C, 1p1r:D, 1qlh:A, 1qlj:A, 1qv6:A, 1qv6:B, 1qv7:A, 1qv7:B, 7rm6:A, 7rm6:B, 7u9n:A, 7u9n:B, 7u9n:C, 7u9n:D, 7ua6:A, 7ua6:B, 7uc9:A, 7uc9:B, 7uca:A, 7uca:B, 7ucu:A, 7ucu:B, 7udd:A, 7udd:B, 7ude:A, 7ude:B, 7udr:A, 7udr:B, 7uec:A, 7uec:B, 7uee:A, 7uee:B, 7uef:A, 7uef:B, 7uei:A, 7uei:B, 7uej:A, 7uej:B, 7uhv:A, 7uhv:B, 7uhw:A, 7uhw:B, 7uhx:A, 7uhx:B, 7uq9:A, 7uq9:B, 7utw:A, 7utw:B, 5vj5:A, 5vj5:B, 5vjg:A, 5vkr:A, 5vl0:A, 5vl0:B, 5vl0:C, 5vl0:D, 5vn1:A, 5vn1:B, 5vn1:C, 5vn1:D, 4xd2:A, 4xd2:B, 6xt2:A, 6xt2:B, 6xt2:C, 6xt2:D, 1ye3:A
68 4a0s:A 445 67 0.0691 0.0517 0.3433 3.6 4a0s:D, 4a0s:B, 4a0s:C
69 6t77:A 244 81 0.0631 0.0861 0.2593 3.7 1q7b:A, 1q7b:D, 1q7b:B, 1q7b:C, 1q7c:A, 1q7c:B, 6t5x:A, 6t5x:B, 6t77:B
70 6rkf:A 335 35 0.0390 0.0388 0.3714 3.8 6rkf:B, 6rkf:C, 6rkf:D, 6rkf:E, 6rkf:F
71 8tzg:A 906 63 0.0420 0.0155 0.2222 5.5
72 5x20:A 312 50 0.0541 0.0577 0.3600 5.9 3wfj:A, 3wfj:B, 3wfj:C, 3wfj:D, 3wfj:E, 3wfj:G, 5x20:B, 5x20:C, 5x20:D, 5x20:E
73 1xg5:C 257 95 0.0781 0.1012 0.2737 6.3 1xg5:A, 1xg5:B, 1xg5:D
74 1w7j:A 752 62 0.0631 0.0279 0.3387 6.4 7pm5:A, 7pm6:A, 7pm6:D, 7pm7:A, 7pm8:A, 7pm9:A, 7pma:A, 7pmb:A, 7pmc:A, 7pmd:A, 7pme:A, 7pme:D, 7pmf:A, 7pmg:A, 7pmh:A, 7pmi:A, 7pmj:A, 7pml:A, 1w7i:A
75 4jbg:A 333 259 0.1832 0.1832 0.2355 6.8 4jbg:B, 4jbg:C, 4jbg:D, 4jbh:A, 4jbh:B, 4jbh:C, 4jbh:D, 4jbi:A, 4jbi:B, 4jbi:C, 4jbi:D, 4jbi:E, 4jbi:F, 4jbi:G, 4jbi:H, 4jbi:I, 4jbi:J, 4jbi:K, 4jbi:L, 4jbi:M, 4jbi:N, 4jbi:O, 4jbi:P
76 4gae:A 416 66 0.0601 0.0481 0.3030 6.9 3au8:A, 3au8:B, 3au9:A, 3au9:B, 3aua:A, 3aua:B, 4gae:B, 5jaz:A, 5jaz:B, 5jbi:A, 5jbi:B, 5jc1:A, 5jc1:B, 5jmp:A, 5jmp:B, 5jmw:A, 5jmw:B, 5jnl:A, 5jnl:B, 8jnv:A, 8jnv:B, 8jnw:A, 8jnw:B, 5jo0:A, 5jo0:B, 4kp7:A, 4kp7:B, 3wqq:A, 3wqq:B, 3wqr:A, 3wqr:B, 3wqs:B, 4y67:A, 4y67:B, 4y6p:A, 4y6p:B, 4y6r:A, 4y6r:B, 4y6s:A, 4y6s:B
77 6nw5:A 331 86 0.0721 0.0725 0.2791 7.1 6nw5:B, 6nw5:C, 6nw5:D
78 8xvg:L 3485 68 0.0541 0.0052 0.2647 8.0 8xvv:L
79 5jcs:s 2003 46 0.0390 0.0065 0.2826 8.2
80 7f3p:D 355 238 0.1712 0.1606 0.2395 8.7 1bxz:B, 1bxz:C, 7f3p:A, 7f3p:B, 7f3p:C, 2nvb:A, 2nvb:B, 2nvb:C, 2nvb:D, 6sdm:A, 6sdm:C, 6sdm:D, 7utc:A, 7utc:B, 7utc:C, 7utc:D, 7uut:A, 7uut:B, 7uut:C, 7uut:D, 7ux4:A, 7ux4:B, 7ux4:C, 7ux4:D, 7xy9:A, 7xy9:B, 7xy9:C, 7xy9:D, 1ykf:A, 1ykf:B, 1ykf:C, 1ykf:D
81 4azc:B 421 54 0.0601 0.0475 0.3704 8.9 4azc:A, 4azc:C, 4azc:D, 4azg:A, 4azg:B, 4azh:A, 4azh:B, 4azh:C, 4azh:D, 4azi:A, 4azi:B, 2yl5:A, 2yl5:C, 2yl9:C, 2yla:B, 2yla:C
82 1deh:A 374 155 0.1231 0.1096 0.2645 9.5 1deh:B, 1hdx:A, 1hdx:B, 1hdy:A, 1hdy:B, 1hdz:A, 1hdz:B, 1hso:A, 1hso:B, 1hsz:A, 1hsz:B, 1ht0:A, 1ht0:B, 1htb:A, 1htb:B, 3hud:A, 3hud:B, 1u3t:A, 1u3t:B, 1u3u:A, 1u3u:B, 1u3v:A, 1u3v:B, 1u3w:A, 1u3w:B
83 5mga:A 1182 49 0.0390 0.0110 0.2653 9.6
84 6gtd:A 1269 49 0.0390 0.0102 0.2653 9.7 6i1l:D, 5nfv:A, 5ng6:A, 5ng6:C, 5ng6:E, 5ng6:G
85 6gtg:A 1298 49 0.0390 0.0100 0.2653 9.8 6gtc:A, 6gte:A, 6gtf:A, 6i1k:A, 6i1l:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218