Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SLINARLIAFEDQWVPALNAPLKQAILADSQDAQLAAAMTYSVLAGGKRLRPLLTVATMQSLGVTFVPERHWRPVMALEL
LHTYSLIHDDLPAMDNDALRRGEPTNHVKFGAGMATLAGDGLLTLAFQWLTATDLPATMQAALVQALATAAGPSGMVAGQ
AKDIQSEHVNLPLSQLRVLHKEKTGALLHYAVQAGLILGQAPEAQWPAYLQFADAFGLAFQIYDDILDVVSKNTYPGKLG
LIGANQALIDTIHSGQAALQGLPTSTQRDDLAAFFSYFDTER

The query sequence (length=282) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3pde:D 291 289 1.0000 0.9691 0.9758 0.0 3pde:A, 3pde:B, 3pde:C
2 4lfg:A 290 245 0.3582 0.3483 0.4122 6.09e-54 4lfe:A, 4lfe:B, 4lfg:B
3 7my6:A 287 212 0.3475 0.3415 0.4623 1.44e-52 7my6:B
4 2j1p:A 276 234 0.3652 0.3732 0.4402 3.15e-52
5 7my0:B 288 238 0.3688 0.3611 0.4370 2.72e-49 7my0:A, 7my1:AAA
6 3krf:D 295 211 0.3227 0.3085 0.4313 4.72e-49 3kra:A, 3kra:D, 3krc:A, 3krc:D, 3krf:A, 3kro:A, 3kro:D, 3krp:A, 3krp:D, 3oab:A, 3oab:D, 3oac:D
7 4kkm:B 280 226 0.3511 0.3536 0.4381 1.84e-47
8 3p41:A 283 221 0.3794 0.3781 0.4842 7.68e-47 3lsn:A
9 1rqi:A 300 252 0.3830 0.3600 0.4286 2.87e-46 2for:A, 2for:B, 1rqi:B, 1rqj:A, 1rqj:B
10 3zmb:A 275 281 0.4255 0.4364 0.4270 1.11e-45 4umj:A, 4umj:B, 3zl6:A, 3zl6:B, 3zmb:B, 3zmc:A, 3zmc:B, 3zou:A, 3zou:B
11 4lls:A 300 198 0.3333 0.3133 0.4747 1.22e-42 4lls:B, 4llt:A, 4llt:B
12 3q1o:A 303 231 0.3050 0.2838 0.3723 4.12e-40 3q1o:B, 3q1o:C, 3q1o:D
13 6kd7:A 327 213 0.2411 0.2080 0.3192 1.52e-19
14 3oyr:B 328 218 0.2482 0.2134 0.3211 8.11e-19
15 5zlf:A 293 213 0.2305 0.2218 0.3052 8.26e-18
16 3aqb:D 325 237 0.2376 0.2062 0.2827 1.39e-17 3aqb:B, 3aqc:B, 3aqc:D
17 5ze6:A 315 205 0.2199 0.1968 0.3024 2.27e-17 3wjn:A, 3wjo:A, 5ze6:C, 5ze6:B, 5ze6:D
18 4gp2:A 342 219 0.2482 0.2047 0.3196 2.53e-16 4gp1:A, 4gp2:B
19 5h9d:A 318 227 0.2163 0.1918 0.2687 6.15e-16 5h9d:B
20 4jxy:A 311 202 0.2199 0.1994 0.3069 4.52e-15
21 3aq0:C 327 227 0.2518 0.2171 0.3128 5.70e-13 3aq0:A, 3aq0:B, 3aq0:E, 3aq0:F, 3aq0:G, 3aq0:H
22 3oyr:A 292 187 0.2021 0.1952 0.3048 6.16e-13
23 3q2q:A 314 194 0.2092 0.1879 0.3041 4.83e-12
24 5zlf:B 259 213 0.2021 0.2201 0.2676 1.46e-11
25 3qqv:A 357 267 0.2624 0.2073 0.2772 2.31e-09
26 6c56:B 267 176 0.1667 0.1760 0.2670 1.33e-05 6c57:B, 6g31:E
27 7s0m:B 305 158 0.1489 0.1377 0.2658 3.03e-05 7s0m:A
28 5ero:A 301 192 0.1809 0.1694 0.2656 3.31e-05 5ero:B, 5ero:C
29 8f8k:A 353 231 0.2589 0.2068 0.3160 7.08e-05 8f8l:A
30 2z50:B 280 166 0.1560 0.1571 0.2651 7.90e-05
31 4jzb:A 362 190 0.1844 0.1436 0.2737 8.15e-05 4jzb:B, 4jzx:A, 4jzx:B, 4k10:A, 4k10:B, 4k10:D, 4k10:C, 6vjc:A, 6vjc:B, 6w7i:A, 6w7i:B, 6ww1:A, 6ww1:B
32 2dh4:A 326 218 0.1809 0.1564 0.2339 3.22e-04 2dh4:B, 2e8t:A, 2e8t:B, 2e8u:A, 2e8u:B, 2e8v:A, 2e8v:B, 2e8w:A, 2e8w:B, 2e8x:A, 2e8x:B, 2e90:A, 2e90:B, 2e91:A, 2e91:B, 2e92:A, 2e92:B, 2e93:A, 2e93:B, 2e94:A, 2e94:B, 2e95:A, 2e95:B, 2z4v:A, 2z4v:B, 2z4w:A, 2z4w:B, 2z4x:A, 2z4x:B, 2z4y:A, 2z4y:B, 2z4z:A, 2z4z:B, 2z50:A, 2z52:A, 2z52:B, 2z78:A, 2z78:B, 2z7h:A, 2z7h:B, 2z7i:A, 2z7i:B, 2zeu:A, 2zeu:B, 2zev:A, 2zev:B
33 6r4v:C 294 182 0.1738 0.1667 0.2692 8.06e-04 6g31:A, 6g31:B, 6g31:C, 6g31:D, 6g31:F, 6g31:G, 6g31:H, 6g31:I, 6g31:J, 6g31:K, 6g31:L, 2q80:A, 2q80:B, 2q80:C, 2q80:D, 2q80:E, 2q80:F, 6r4v:A, 6r4v:F, 6r4v:E, 6r4v:B, 6r4v:D
34 4fp4:A 243 93 0.1135 0.1317 0.3441 0.001
35 2ewg:A 367 187 0.1667 0.1281 0.2513 0.001 5ael:A, 5ael:B, 5afx:A, 5afx:B, 5ahu:B, 5ahu:D, 3dyf:A, 3dyf:B, 3dyg:A, 3dyg:B, 3dyh:A, 3dyh:B, 3efq:A, 3efq:B, 3egt:A, 3egt:B, 2ewg:B, 2i19:A, 2i19:B, 2ogd:A, 2ogd:B, 2p1c:A, 2p1c:B, 4rxc:A, 4rxc:B, 4rxd:A, 4rxd:B, 4rxd:C, 4rxe:A, 4rxe:B
36 4dem:F 346 235 0.2057 0.1676 0.2468 0.004 3b7l:A, 5cg5:A, 5cg6:A, 3cp6:A, 5dgm:F, 5dgn:F, 5dgs:F, 5diq:F, 5djp:F, 5djr:F, 5djv:F, 2f7m:F, 2f89:F, 2f8c:F, 2f8z:F, 2f92:F, 2f94:F, 2f9k:F, 4ga3:A, 4h5c:F, 4h5d:F, 4h5e:F, 5ja0:F, 5juz:F, 4jvj:F, 5jv0:F, 5jv1:F, 5jv2:F, 4kfa:A, 4kpd:A, 4kpj:A, 4kq5:A, 4kqs:A, 4kqu:A, 5ksx:F, 4l2x:F, 4lfv:F, 4lpg:F, 4lph:F, 3n1v:F, 3n1w:F, 4n1z:F, 3n3l:F, 3n45:F, 3n46:F, 3n49:F, 3n5h:F, 3n5j:F, 3n6k:F, 6n7y:F, 6n7z:F, 6n82:F, 6n83:F, 4n9u:A, 4nfi:F, 4nfj:F, 4nfk:F, 4ng6:A, 4nke:A, 4nkf:A, 4nua:A, 6oag:F, 6oah:F, 4ogu:A, 2opm:A, 2opn:A, 4p0v:A, 4p0w:A, 4p0x:A, 4pvx:F, 4pvy:F, 4q23:A, 2qis:A, 4qpf:A, 4qxs:F, 2rah:A, 4rxa:A, 3rye:A, 3s4j:A, 2vf6:A, 5ygi:A, 1yq7:A, 1yv5:A, 1zw5:A
37 6b04:A 341 254 0.2199 0.1818 0.2441 0.038 6b04:B, 6b04:C, 6b06:A, 6b06:B, 6b06:C, 6b07:A, 6b07:B, 6b07:C
38 4dxj:A 362 268 0.2128 0.1657 0.2239 0.20 4dwb:A, 4dwg:A, 4dxj:B, 4dxj:C, 4dzw:A, 4e1e:A, 3iba:A, 3ick:A, 3icm:A, 3icn:A, 3icz:A, 3id0:A, 5qpd:A, 5qpe:A, 5qpf:A, 5qpg:A, 5qph:A, 5qpi:A, 5qpj:A, 5qpk:A, 5qpl:A, 5qpm:A, 5qpn:A, 5qpo:A, 5qpp:A, 5qpq:A, 5qpr:A, 5qps:A, 5qpt:A, 5qpu:A, 5qpv:A, 5qpw:A, 5qpx:A, 5qpy:A, 5qpz:A, 5qq0:A, 5qq1:A, 5qq2:A, 5qq3:A, 5qq4:A, 5qq5:A, 5qq6:A, 5qq7:A, 5qq8:A, 5qq9:A, 5qqa:A, 5qqb:A, 6r05:A, 6r06:A, 6r07:A, 6r08:A, 6r09:A, 6r0a:A, 6r0b:A, 6sdn:A, 6sdo:A, 6sdp:A, 6sdq:A, 6se2:A, 6sf8:A, 6sf9:A, 6sfa:A, 6shv:A, 6si5:A, 6t7n:AAAA, 1yhl:A, 1yhm:A, 1yhm:B, 1yhm:C
39 3rbm:B 362 266 0.1986 0.1547 0.2105 0.56 3cc9:A, 3cc9:B, 3cc9:D, 3ez3:A, 3ez3:B, 3ez3:C, 3ez3:D, 5hn7:A, 5hn7:B, 5hn7:C, 5hn7:D, 5hn7:G, 5hn7:E, 5hn7:F, 5hn7:H, 5hn8:C, 5hn9:A, 5hn9:B, 5hn9:D, 5hna:A, 5hna:B, 5hna:C, 5hna:D, 3ldw:A, 3ldw:B, 3ldw:C, 3ldw:D, 3ph7:A, 3ph7:B, 3ph7:D, 3rbm:A, 3rbm:C, 3rbm:D, 3ryw:A, 3ryw:D, 3ryw:B, 3ryw:C
40 3o6t:B 110 68 0.0780 0.2000 0.3235 1.4 3o6t:A, 3o6t:C, 3o6t:D
41 2dq4:A 343 97 0.1064 0.0875 0.3093 1.9 2dq4:B, 2ejv:A, 2ejv:B
42 6r38:A 331 85 0.0816 0.0695 0.2706 3.3 5qt4:A, 5qt5:A, 5qt6:A, 5qt7:A, 5qt8:A, 5qt9:A, 5qta:A, 5qte:A, 5qtf:A, 5qtg:A, 5qth:A, 5qti:A, 5qtj:A, 5qtk:A, 6r37:A, 6r39:A, 6sii:A
43 7wm6:A 240 65 0.0709 0.0833 0.3077 3.4 7wm6:C, 7wm6:D
44 2gnk:A 95 17 0.0319 0.0947 0.5294 5.4
45 2ns1:B 113 17 0.0319 0.0796 0.5294 5.8 2nuu:G, 2nuu:H, 2nuu:I, 2nuu:J, 2nuu:K, 2nuu:L

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218