Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SIPFTRWPEEFARRYREKGYWQDLPLTDILTRHAASDSIAVIDGERQLSYRELNQAADNLACSLRRQGIKPGETALVQLG
NVAELYITFFALLKLGVAPVLALFSHQRSELNAYASQIEPALLIADRQHALFSGDDFLNTFVTEHSSIRVVQLLNDSGEH
NLQDAINHPAEDFTATPSPADEVAYFQLSGGTTGTPKLIPRTHNDYYYSVRRSVEICQFTQQTRYLCAIPAAHNYAMSSP
GSLGVFLAGGTVVLAADPSATLCFPLIEKHQVNVTALVPPAVSLWLQALIEGESRAQLASLKLLQVGGARLSATLAARIP
AEIGCQLQQVFGMAEGLVNYTRLDDSAEKIIHTQGYPMCPDDEVWVADAEGNPLPQGEVGRLMTRGPYTFRGYYKSPQHN
ASAFDANGFYCSGDLISIDPEGYITVQGREKDQINRGGEKIAAEEIENLLLRHPAVIYAALVSMEDELMGEKSCAYLVVK
EPLRAVQVRRFLREQGIAEFKLPDRVECVDSLPLTAVGKVDKKQLRQWLASRASAPASKAALREVILPLLDESDEPFDDD
NLIDYGLDSVRMMALAARWRKVHGDIDFVMLAKNPTIDAWWKLL

The query sequence (length=604) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3rg2:C 613 609 1.0000 0.9853 0.9918 0.0 6iyk:A, 6iyk:B, 6iyl:A, 6iyl:B, 4iz6:A, 4iz6:B, 8k5s:A, 8k5s:B, 8k5t:A, 8k5t:B, 3rg2:A, 3rg2:B, 3rg2:H, 3rg2:D, 3rg2:E, 3rg2:F, 3rg2:I, 3rg2:G, 3rg2:J
2 1md9:A 536 537 0.4288 0.4832 0.4823 4.49e-168 1mdb:A
3 6e97:B 537 533 0.4222 0.4749 0.4784 5.64e-168 6e8o:A, 6e8o:B, 6e97:A
4 5wm3:A 537 538 0.4321 0.4860 0.4851 5.85e-163 5wm2:A, 5wm4:A, 5wm5:A, 5wm6:A, 5wm7:A
5 3u16:B 437 436 0.3940 0.5446 0.5459 1.09e-162 3o82:A, 3o82:B, 3o83:A, 3o83:B, 3o84:A, 3o84:B, 3u16:A, 3u17:A, 3u17:B
6 7tz4:A 530 527 0.4073 0.4642 0.4668 2.89e-161 7tyb:A
7 2fq1:A 279 72 0.1159 0.2509 0.9722 7.11e-40
8 4gxq:A 506 488 0.2103 0.2510 0.2602 1.98e-39 4fut:A, 4gxq:B, 4gxq:C, 4gxr:A
9 8wev:A 486 504 0.2533 0.3148 0.3036 3.92e-39 8wev:B
10 5x8f:B 485 494 0.2318 0.2887 0.2834 8.42e-39 5buq:B, 5bur:A, 5bur:B, 5bus:A, 5bus:B, 5gtd:A, 5gtd:B, 5x8f:A, 5x8f:C, 5x8f:D, 5x8g:A, 5x8g:B, 5x8g:D, 5x8g:C
11 5ie2:A 506 494 0.1987 0.2372 0.2429 2.65e-34 5ie2:B, 5ie3:A, 5ie3:B
12 6qjz:A 504 481 0.2136 0.2560 0.2682 2.03e-33
13 6k4d:A 539 534 0.2318 0.2597 0.2622 1.47e-32 6k4c:A
14 5u89:A 1039 587 0.2517 0.1463 0.2589 4.57e-31
15 5bsm:A 530 503 0.2235 0.2547 0.2684 3.20e-30 5bsm:B, 5bsr:A, 5bst:A, 5bsu:A, 5bsv:A, 5bsw:A, 5bsw:B, 5u95:D, 5u95:B, 5u95:C
16 6ijb:B 538 366 0.1755 0.1970 0.2896 6.45e-29 6ihk:B
17 6mfz:A 1789 582 0.2318 0.0783 0.2405 2.27e-28 5es7:A, 5es8:A, 5es8:B, 5es9:A, 6mfw:A, 6mfx:A, 6mfy:A, 6mg0:A, 6ulz:A
18 6mfz:A 1789 585 0.2202 0.0743 0.2274 2.20e-19 5es7:A, 5es8:A, 5es8:B, 5es9:A, 6mfw:A, 6mfx:A, 6mfy:A, 6mg0:A, 6ulz:A
19 3a9v:A 528 540 0.2318 0.2652 0.2593 5.89e-28 3ni2:A
20 8rpl:B 630 573 0.2235 0.2143 0.2356 8.39e-28 8rpk:A, 8rpk:B, 8rpk:C, 8rpk:D, 8rpl:A, 8rpl:C, 8rpl:D
21 4rlf:B 519 525 0.2036 0.2370 0.2343 1.10e-27 6m2t:A, 6m2t:B, 6m2t:C, 6m2t:D, 6m2u:A, 6m2u:B, 4rlf:A, 4rlq:A, 4rlq:B, 4rm2:A, 4rm2:B, 4rm3:A, 4rm3:B, 4rmn:A, 4rmn:B, 4zjz:A, 4zjz:B
22 4wv3:B 518 533 0.2119 0.2471 0.2402 1.30e-26 4wv3:A
23 8jbr:A 1023 509 0.2136 0.1261 0.2534 1.28e-25
24 6sq8:B 494 345 0.1639 0.2004 0.2870 1.38e-25 6h1b:A, 6h1b:B, 6h1b:C, 6h1b:D, 6h1b:E, 6sq8:A, 6sq8:C, 6sq8:D, 6sq8:E
25 3r44:A 502 495 0.1987 0.2390 0.2424 7.34e-24 5zrn:A, 5zrn:B
26 2vsq:A 1273 594 0.2517 0.1194 0.2559 2.67e-23
27 8www:A 501 496 0.2219 0.2675 0.2702 3.36e-23 8www:B
28 3dlp:X 504 503 0.2086 0.2500 0.2505 4.00e-23 3cw8:X, 3cw9:A, 3cw9:B, 2qvx:X, 2qvy:X, 2qvz:X, 2qw0:X, 1t5d:X, 1t5h:X
29 6q2m:A 544 519 0.1937 0.2151 0.2254 4.64e-23 1ba3:A, 5dwv:A, 4e5d:A, 4g36:A, 4g36:B, 4g37:A, 4g37:B, 5gyz:A, 5gz2:A, 6hps:A, 6hps:B, 3ies:A, 5kyt:A, 5kyt:B, 5kyv:A, 5kyv:B, 6q2m:B, 6q2m:C, 3rix:A, 5wys:A
30 3b7w:A 537 518 0.2053 0.2309 0.2394 1.30e-22 3c5e:A, 3day:A, 3eq6:A, 3eq6:B, 3gpc:A, 3gpc:B, 2vze:A, 2vze:B, 2vze:C, 2wd9:A, 2wd9:B, 2wd9:C
31 3nyq:A 460 308 0.1589 0.2087 0.3117 1.70e-22 3nyr:A
32 8i22:A 530 518 0.2053 0.2340 0.2394 3.31e-22 8i22:F, 8i22:B, 8i22:C, 8i22:D, 8i22:E, 8i3i:A, 8i3i:D, 8i3i:B, 8i3i:C, 8i49:A, 8i49:D, 8i49:E, 8i49:F, 8i49:C, 8i49:B, 8i51:A, 8i51:B, 8i51:C, 8i51:D, 8i51:E, 8i51:F, 8i6m:A, 8i6m:F, 8i6m:D, 8i6m:C, 8i6m:B, 8i6m:E, 8i8d:A, 8i8d:B, 8i8d:C, 8i8d:D, 8i8d:E, 8i8d:F, 8i8e:F, 8i8e:D, 8i8e:A, 8i8e:B, 8i8e:C, 8i8e:E, 8jyl:A, 8jyl:B, 8jyl:C, 8jyl:D, 8jyl:E, 8jyl:F, 8jyu:A, 8jyu:D, 8jyu:B, 8jyu:C, 8jyu:E, 8jyu:F
33 7thq:B 505 511 0.2086 0.2495 0.2466 6.38e-22 6o6e:B, 7thq:A
34 6mg0:B 1687 505 0.2020 0.0723 0.2416 1.23e-21
35 6mg0:B 1687 590 0.2202 0.0788 0.2254 7.65e-18
36 8ppp:A 500 507 0.2219 0.2680 0.2643 1.94e-21 8ppp:B, 8pyx:A, 8pyx:B
37 2p20:A 641 558 0.2219 0.2090 0.2401 6.26e-21 5jrh:A, 5jrh:B, 2p20:B, 2p2b:A, 2p2b:B, 2p2f:A, 2p2f:B, 2p2j:A, 2p2j:B, 2p2m:A, 2p2m:B, 2p2q:A, 2p2q:B, 1pg3:A, 1pg3:B, 1pg4:A, 1pg4:B
38 4r0m:A 637 605 0.2467 0.2339 0.2463 3.91e-20 4r0m:B
39 5ja2:A 1238 558 0.2318 0.1131 0.2509 5.77e-20 5ja1:A, 5t3d:A
40 1v26:B 510 343 0.1623 0.1922 0.2857 6.41e-20 1v25:A, 1v25:B, 1v26:A
41 2d1r:A 539 539 0.2036 0.2282 0.2282 1.12e-19 2d1q:A, 2d1s:A, 2d1t:A
42 7kyd:A 534 520 0.1987 0.2247 0.2308 1.11e-18
43 4ir7:A 508 502 0.2119 0.2520 0.2550 1.36e-18
44 7wew:A 481 530 0.2351 0.2952 0.2679 1.67e-18
45 8biq:A 562 497 0.1970 0.2117 0.2394 2.55e-18 8biq:B, 8biq:C, 8biq:D, 8bit:A, 8bit:B
46 1amu:A 509 506 0.1871 0.2220 0.2233 4.56e-18 1amu:B
47 5gxd:A 627 523 0.1921 0.1850 0.2218 1.11e-17
48 4d56:A 482 481 0.1854 0.2324 0.2328 2.75e-17 4d4g:A, 4d4i:A, 4d57:A
49 5n9x:A 489 523 0.2086 0.2577 0.2409 5.92e-17 5n9x:B
50 8rwj:D 676 541 0.1970 0.1760 0.2200 8.54e-17 8rwj:I, 8rwj:A, 8rwj:B, 8rwj:C, 8rwj:E, 8rwj:F, 8rwj:G, 8rwj:H, 1ry2:A
51 7kvy:A 633 564 0.2219 0.2117 0.2376 1.01e-16 7kcp:A, 7kq6:A, 7kq6:B, 7kq6:C, 7kqz:A, 7l3p:A, 7l3q:A, 7l3q:B, 7l3q:C
52 3vnq:A 497 501 0.1904 0.2314 0.2295 1.02e-16 3vnr:A, 3vns:A
53 3lgx:A 508 520 0.2003 0.2382 0.2327 1.76e-16 3lgx:B, 3lgx:C, 3lgx:D
54 6ea3:B 417 429 0.1755 0.2542 0.2471 2.35e-16
55 6n8e:A 1332 426 0.1887 0.0856 0.2676 5.89e-16
56 7kdn:A 622 528 0.2036 0.1977 0.2330 6.49e-16 7kdn:B, 7kdn:C, 7kdn:D, 7kdn:E, 7kdn:F
57 8hlk:A 910 239 0.1109 0.0736 0.2803 2.01e-15
58 8hlk:A 910 86 0.0447 0.0297 0.3140 0.009
59 7a9j:A 503 498 0.1854 0.2227 0.2249 1.34e-14 7a9i:A
60 7mmz:A 559 509 0.1772 0.1914 0.2102 1.61e-14
61 8w0b:A 667 539 0.2152 0.1949 0.2412 2.91e-14 7kds:A, 8v4o:A, 8v4o:B, 8v4o:C, 8v4p:A, 8v4p:B, 8v4p:C, 8v4r:A, 8v4r:B, 8v4r:C, 8w0b:B, 8w0b:C, 8w0c:A, 8w0c:B, 8w0c:C, 8w0d:A, 8w0d:B, 8w0d:C, 8w0h:A, 8w0h:B, 8w0h:C, 8w0j:A, 8w0j:B, 8w0j:C, 8w0l:A, 8w0l:B, 8w0l:C, 8w0m:A, 8w0m:B, 8w0m:C
62 3e7w:A 508 518 0.1788 0.2126 0.2085 6.91e-14 3e7x:A
63 8g96:A 406 431 0.1805 0.2685 0.2529 1.14e-13 8g96:B, 8g97:A, 8g97:B, 8g98:A
64 5wmm:A 870 463 0.1821 0.1264 0.2376 1.51e-13
65 8u2r:A 664 378 0.1523 0.1386 0.2434 2.89e-13 8sf3:A, 8u2s:A, 8u2s:B, 8u2t:A, 8u2u:A
66 5c5h:B 448 507 0.1954 0.2634 0.2327 3.60e-13 5c5h:A, 6nj0:A
67 7l4g:B 668 531 0.1788 0.1617 0.2034 4.76e-13 9c8s:A, 9c8s:B, 9c8s:C, 8eps:A, 8eps:B, 8eps:C, 8g0r:A, 8g0r:B, 8g0r:C, 8g0s:A, 8g0s:B, 8g0s:C, 8g0t:A, 8g0t:B, 8g0t:C, 8g0u:A, 8g0u:B, 8g0v:A, 8g0v:B, 8g0v:C, 5ifi:A, 5ifi:B, 5ifi:C, 5k85:A, 5k85:B, 5k85:C, 5k8f:A, 5k8f:B, 5k8f:C, 7kno:A, 7kno:B, 7kno:C, 7knp:A, 7knp:B, 7knp:C, 7l4g:A, 7l4g:C, 5u29:A, 5u29:B, 5u29:C, 8v5g:A, 8v5g:B
68 7thn:B 478 362 0.1407 0.1778 0.2348 1.61e-12
69 6ulw:A 1193 204 0.0960 0.0486 0.2843 2.99e-12 6ulw:D, 6ulx:A, 6uly:A, 6uly:B
70 6ulw:A 1193 218 0.0894 0.0453 0.2477 1.96e-09 6ulw:D, 6ulx:A, 6uly:A, 6uly:B
71 5ups:A 520 168 0.0844 0.0981 0.3036 8.61e-12 5upq:A, 5upq:B, 5ups:B, 5upt:A
72 3fcc:A 500 517 0.1970 0.2380 0.2302 4.78e-11 3dhv:A, 3fce:A
73 7en2:B 1410 442 0.1755 0.0752 0.2398 9.08e-11 7emy:A, 7emy:B, 7en1:A, 7en1:B, 7en2:A
74 7en2:B 1410 75 0.0497 0.0213 0.4000 1.94e-05 7emy:A, 7emy:B, 7en1:A, 7en1:B, 7en2:A
75 7en2:B 1410 32 0.0232 0.0099 0.4375 0.52 7emy:A, 7emy:B, 7en1:A, 7en1:B, 7en2:A
76 4zxh:A 1314 496 0.1970 0.0906 0.2399 9.90e-11 4zxi:A
77 7ly7:A 908 435 0.1705 0.1134 0.2368 1.20e-10
78 7ywk:A 401 412 0.1606 0.2419 0.2354 2.91e-10 5n81:A, 5n81:B, 5n82:A, 7ywk:B
79 6p4u:A 843 408 0.1556 0.1115 0.2304 3.61e-10 6ozv:A, 6p3i:A
80 7r27:B 398 399 0.1606 0.2437 0.2431 1.56e-09 7r27:A
81 3pbk:A 555 540 0.1871 0.2036 0.2093 4.34e-09 3pbk:B
82 8gic:A 392 419 0.1656 0.2551 0.2387 4.48e-09 8gic:B, 8gkm:A, 8gkm:B
83 3wv5:A 387 403 0.1424 0.2222 0.2134 1.35e-08 3wvn:A
84 7vhv:A 485 362 0.1325 0.1649 0.2210 2.59e-08 7vhv:D, 7vhv:C, 7vhv:B
85 8yyr:A 496 180 0.0828 0.1008 0.2778 7.80e-08 7dq5:A, 7dq5:B, 7dq6:A, 7dq6:B, 6m01:A, 8yyq:A
86 4oxi:A 526 367 0.1341 0.1540 0.2207 1.79e-07
87 3wv5:B 359 374 0.1308 0.2201 0.2112 5.09e-07 3wvn:B
88 7xbt:A 487 488 0.1937 0.2402 0.2398 1.06e-06 7xbu:A, 7xbv:A
89 8k4r:A 506 515 0.1987 0.2372 0.2330 2.65e-06 8k4r:C
90 4dg9:A 575 371 0.1474 0.1548 0.2399 4.15e-06 4dg8:A
91 7r7e:A 567 549 0.2219 0.2363 0.2441 5.29e-06 7r7e:B, 7r7f:A, 7r7f:B, 7r7g:A, 7r7g:B
92 5msd:A 636 396 0.1507 0.1431 0.2298 5.71e-06 5msc:A, 5msq:A
93 3kxw:A 572 457 0.1606 0.1696 0.2123 8.84e-06 3lnv:A
94 5mss:A 717 86 0.0464 0.0391 0.3256 1.13e-05 5mst:A, 5mst:B, 5msw:A
95 6oz1:A 643 479 0.1788 0.1680 0.2255 2.75e-05
96 5oe3:A 394 383 0.1540 0.2360 0.2428 3.81e-04 5oe3:B, 5oe3:C, 5oe3:D, 5oe4:A, 5oe4:B, 5oe5:A, 5oe6:A, 5oe6:B, 5oe6:C, 5oe6:D
97 6vhy:C 540 64 0.0348 0.0389 0.3281 5.32e-04 6vhv:A, 6vhw:A, 6vhw:B, 6vhx:A, 6vhx:B, 6vhy:D, 6vhy:A, 6vhy:B, 6vhz:A, 6vhz:B
98 6eqo:A 1804 332 0.1242 0.0416 0.2259 0.001 6eqo:B
99 5jjq:C 489 166 0.0646 0.0798 0.2349 0.001 5jjq:A, 5jjq:B, 5jjq:D
100 4wd1:A 646 519 0.1805 0.1687 0.2100 0.015
101 4gr5:C 457 413 0.1507 0.1991 0.2203 0.019 4gr5:A, 4gr5:B, 4gr5:D
102 6ltb:A 928 478 0.1788 0.1164 0.2259 0.037 6ltc:A, 6ltd:A, 6ltd:B
103 7wua:A 603 196 0.0728 0.0730 0.2245 0.038 7wua:B, 7wua:C, 7wua:D
104 4r1m:A 435 350 0.1242 0.1724 0.2143 0.053 4r1l:A, 4r1l:B, 4r1l:C, 4r1l:D, 4r1m:B, 4r1m:C, 4r1m:D, 4rvn:A, 4rvn:B, 4rvn:C, 4rvn:D, 4rvo:A, 4rvo:B, 4rvo:C, 4rvo:D
105 8smr:J 232 77 0.0348 0.0905 0.2727 0.94 8snh:J
106 2y27:B 427 215 0.0795 0.1124 0.2233 1.1 2y27:A, 2y4n:A, 2y4n:B
107 2atv:A 168 92 0.0430 0.1548 0.2826 1.3
108 7yis:A 98 48 0.0248 0.1531 0.3125 2.4
109 2kr5:A 89 28 0.0182 0.1236 0.3929 2.5
110 5u8o:B 360 40 0.0265 0.0444 0.4000 7.7 5i0p:C, 5i0p:D, 5u8o:A, 5u8o:C, 5u8o:D
111 8e9g:A 122 47 0.0265 0.1311 0.3404 8.2
112 2mc6:A 73 66 0.0265 0.2192 0.2424 8.4
113 7b9v:o 330 103 0.0331 0.0606 0.1942 9.6 6bk8:M, 6exn:o, 5mps:o, 5mq0:o
114 5i0p:B 323 43 0.0232 0.0433 0.3256 9.7 5i0p:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218