Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SFVGLRVVAKWSSNGYFYSGKITRDVGAGKYKLLFDDGYECDVLGKDILLCDPIPLDTEVTALSEDEYFSAGVVKGHRKE
SGELYYSIEKEGQRKWYKRMAVILSLEQGNRLREQYGLGP

The query sequence (length=120) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8swj:C 125 120 1.0000 0.9600 1.0000 2.38e-85 4cri:A, 4cri:B, 8eom:A, 8eom:B, 8f0w:A, 8f0w:B, 2ig0:A, 3lgf:A, 3lgl:A, 3lh0:A, 2lvm:A, 2mwo:A, 2mwp:A, 6mxx:A, 6mxx:B, 6mxx:C, 6mxx:D, 6mxx:E, 6mxx:F, 6mxx:G, 6mxx:H, 6mxx:I, 6mxx:J, 6mxy:A, 6mxy:B, 6mxz:A, 6mxz:B, 6mxz:C, 6mxz:D, 6mxz:E, 6mxz:F, 6mxz:G, 6mxz:H, 6mxz:I, 6mxz:J, 4rg2:A, 4rg2:B, 8swj:A, 8swj:B, 8swj:D, 6upt:A, 6va5:A, 6vip:A, 6vip:B, 4x34:A, 4x34:B
2 2gfa:B 110 76 0.1833 0.2000 0.2895 0.21 5d6y:A, 5d6y:D, 5d6y:B, 5d6y:C, 2gfa:A, 2qqs:A, 2qqs:B, 5var:A
3 8aaf:A 203 54 0.1333 0.0788 0.2963 0.28 8agt:A, 8agu:A, 8agv:A, 8agw:A, 8agx:A, 8agz:A, 5apn:N, 5apo:N, 7azy:R, 7b7d:LP, 8bip:LN, 8bjq:LN, 8bn3:M5, 8bqd:AQ, 8bqx:AQ, 7btb:N, 8ccs:QQ, 8cdl:QQ, 8cdr:QQ, 8ceh:QQ, 8cf5:QQ, 8cg8:QQ, 8cgn:QQ, 8civ:QQ, 8cku:QQ, 8cmj:QQ, 5dat:M5, 5dat:m5, 5dc3:M5, 5dc3:m5, 5dge:M5, 5dge:m5, 5dgf:M5, 5dgf:m5, 5dgv:M5, 5dgv:m5, 6elz:N, 6em5:N, 8eub:AN, 8evp:AN, 8evq:AN, 8evr:AN, 8evs:AN, 8evt:AN, 8ewb:AN, 8ewc:AN, 5fci:M5, 5fci:m5, 5fcj:M5, 5fcj:m5, 6ft6:N, 5gak:P, 6gq1:N, 6gqb:N, 6gqv:N, 5h4p:N, 6hd7:P, 8hfr:No, 6hhq:v, 6hhq:CP, 5i4l:M5, 5i4l:m5, 6i7o:AQ, 6i7o:XQ, 5it7:NN, 3j6x:55, 3j6y:55, 3j77:65, 3j78:65, 3jct:N, 5jcs:N, 5juo:S, 5jup:S, 5jus:S, 5jut:S, 5juu:S, 8k2d:LN, 8k82:LN, 5lyb:M5, 5lyb:m5, 5m1j:N5, 6m62:N, 5mc6:AQ, 5mei:v, 5mei:CP, 7mpi:AN, 7mpj:AN, 6n8j:N, 6n8k:N, 6n8l:N, 6n8m:a, 6n8n:a, 6n8o:a, 7n8b:AN, 7nac:N, 5ndg:M5, 5ndg:m5, 5ndv:M5, 5ndv:m5, 5ndw:M5, 5ndw:m5, 7nrc:LP, 7nrd:LP, 5obm:M5, 5obm:m5, 7of1:N, 7oh3:N, 7ohq:N, 7ohv:N, 6oig:N, 5on6:v, 5on6:CP, 7osa:eL15, 7osm:eL15, 8p8m:JV, 8p8n:JV, 8p8u:JV, 8pfr:JV, 6q8y:AQ, 6qik:O, 6qt0:O, 6qtz:O, 7r7a:N, 6r84:p, 6r86:p, 6r87:p, 6ri5:O, 7rr5:LN, 6rzz:O, 6s05:O, 6s47:AP, 6snt:t, 6sv4:AQ, 6sv4:XQ, 6sv4:zQ, 6t4q:LN, 5t62:a, 5t6r:a, 6t7i:LN, 6t7t:LN, 6t83:Ny, 6t83:Pa, 5tbw:v, 5tbw:CP, 6tb3:AQ, 5tga:M5, 5tga:m5, 5tgm:M5, 5tgm:m5, 6tnu:AQ, 7too:AL15, 7top:AL15, 7u0h:N, 4u3m:M5, 4u3m:m5, 4u3n:M5, 4u3n:m5, 4u3u:M5, 4u3u:m5, 4u4n:M5, 4u4n:m5, 4u4o:M5, 4u4o:m5, 4u4q:M5, 4u4q:m5, 4u4r:M5, 4u4r:m5, 4u4u:M5, 4u4u:m5, 4u4y:M5, 4u4y:m5, 4u4z:M5, 4u4z:m5, 4u50:M5, 4u50:m5, 4u51:M5, 4u51:m5, 4u52:M5, 4u52:m5, 4u53:M5, 4u53:m5, 4u55:M5, 4u55:m5, 4u56:M5, 4u56:m5, 4u6f:M5, 4u6f:m5, 7ug6:N, 7uoo:N, 7uqb:N, 7uqz:N, 6uz7:AN, 7v08:N, 4v4b:BL, 4v6i:BP, 4v7f:O, 4v7h:BL, 4v7r:BO, 4v7r:DO, 4v88:BN, 4v88:DN, 4v8t:N, 4v8y:BN, 4v8z:BN, 8v87:N, 4v91:N, 6woo:N, 6xiq:N, 6xir:N, 8y0u:LN, 6ylg:N, 6ylh:N, 6yly:N, 7z34:N, 6z6j:LN, 6z6k:LN, 7zpq:BM, 7zrs:BM, 7zs5:BO, 7zuw:BM, 7zux:EM, 7zw0:LQ
4 7bt6:N 183 54 0.1333 0.0874 0.2963 0.29 6c0f:N, 6cb1:N, 8e5t:N, 6em1:N, 6em3:N, 6em4:N, 7ohp:N, 7ohr:N, 7ohs:N, 7ohu:N, 7ohw:N, 7ohx:N, 7ohy:N, 7r6q:N, 8v83:N, 8v84:N, 6ylx:N, 5z3g:R
5 7uve:A 229 54 0.1417 0.0742 0.3148 1.2
6 7olc:LN 202 54 0.1250 0.0743 0.2778 1.3 8i9p:LN, 8i9r:LN, 8i9t:LN, 8i9v:LN, 8i9w:LN, 8i9x:LN, 8i9y:LN, 8i9z:LN, 8ia0:LN, 7old:LN, 8oo0:LN, 8pv1:LN, 8pv2:LN, 8pv3:LN, 8pv4:LN, 8pv5:LN, 8pv6:LN, 8pv7:LN, 8pv8:LN, 8pvk:LN, 8pvl:LN, 7r81:P1, 7z3n:LN, 7z3o:LN
7 4m25:B 317 40 0.0917 0.0347 0.2750 1.8 4m25:C, 4m25:D, 4m26:B, 4m27:B, 4m2f:B, 4m2g:B, 4m2i:B, 4m2i:C, 4m2i:D, 4ne0:B, 4ne0:D
8 4ne0:A 337 40 0.0917 0.0326 0.2750 2.0 4m25:A, 4m26:A, 4m26:C, 4m26:D, 4m27:A, 4m27:C, 4m27:D, 4m2c:B, 4m2c:C, 4m2c:D, 4m2e:B, 4m2e:C, 4m2e:D, 4m2f:A, 4m2f:C, 4m2f:D, 4m2g:A, 4m2g:C, 4m2g:D, 4m2i:A, 4ne0:C
9 4u8u:C 151 39 0.1000 0.0795 0.3077 2.4 4u8u:G, 4u8u:K, 4u8u:R, 4u8u:V, 4u8u:Z, 4u8u:g, 4u8u:k, 4u8u:o
10 4fer:A 207 25 0.0917 0.0531 0.4400 3.4 4fft:A, 4fg2:A, 4fg2:B, 4fg4:B
11 7p1l:A 301 81 0.1833 0.0731 0.2716 4.3 7p1l:B
12 2gtl:C 149 39 0.1167 0.0940 0.3590 4.4 2gtl:G, 2gtl:K, 5m3l:C, 5m3l:G, 5m3l:K, 1x9f:C, 1x9f:G, 1x9f:K
13 5ei5:A 534 24 0.1083 0.0243 0.5417 5.1 1acj:A, 1acl:A, 2ace:A, 2ack:A, 7ais:A, 7ais:B, 7ait:A, 7ait:B, 7aiu:A, 7aiu:B, 7aiv:B, 7aiw:A, 7aiw:B, 7aix:A, 1amn:A, 1ax9:A, 7b38:A, 7b8e:A, 2bag:A, 5bwb:A, 5bwc:A, 2c4h:A, 2c58:A, 2c5f:A, 2c5g:A, 2cek:A, 1cfj:A, 2ckm:A, 2cmf:A, 5dlp:A, 1dx6:A, 5e2i:A, 1e3q:A, 5e4j:A, 5e4t:A, 1e66:A, 5ehx:A, 6euc:A, 1eve:A, 6ewk:A, 6ezg:A, 6ezg:B, 6ezh:A, 6ezh:B, 6fld:A, 6fqn:A, 6g17:A, 6g1u:A, 6g1u:B, 6g1v:A, 6g1v:B, 6g1w:A, 6g1w:B, 6g4m:A, 6g4m:B, 6g4n:A, 6g4n:B, 6g4o:A, 6g4o:B, 6g4p:A, 6g4p:B, 1gpk:A, 1gpn:A, 1gqr:A, 1gqs:A, 6h12:A, 6h12:B, 6h13:A, 6h13:B, 6h14:A, 6h14:B, 1h22:A, 1h23:A, 1hbj:A, 3i6m:A, 3i6z:A, 5ih7:A, 2j3d:A, 2j3q:A, 2j4f:A, 1jjb:A, 5nap:A, 5nau:A, 5nuu:A, 1oce:A, 1odc:A, 1qti:A, 1som:A, 6tt0:A, 4tvk:A, 1u65:A, 1ut6:A, 2v96:A, 2v96:B, 2v97:A, 2v97:B, 2v98:A, 2v98:B, 2vja:A, 2vja:B, 2vjb:A, 2vjb:B, 2vjc:A, 2vjc:B, 2vjd:A, 2vjd:B, 1vot:A, 2vq6:A, 1vxo:A, 1vxr:A, 1w4l:A, 1w6r:A, 2w6c:X, 4w63:A, 1w76:A, 1w76:B, 2wfz:A, 2wg0:A, 2wg1:A, 2wg2:A, 4x3c:A, 2xi4:A, 2xi4:B, 1zgb:A, 1zgc:A, 1zgc:B, 3zv7:A
14 6bhd:A 217 58 0.1417 0.0783 0.2931 5.1 6au2:A, 6au3:A, 6bhe:A, 6bhg:A, 6bhh:A, 6bhi:A, 6bpi:A, 7c9n:B, 7c9n:A, 7caj:D, 7caj:A, 7cd9:A, 7cd9:B, 7cjt:D, 7cjt:A, 7cjt:B, 7cjt:C, 8g5e:A, 5kch:A, 5kco:A, 5ke2:A, 5ke3:A, 5kh6:A, 5qt1:A, 5qt2:A, 8uwp:A, 8uwp:B
15 7ebp:A 526 46 0.1333 0.0304 0.3478 6.2 7ebp:B, 7ebq:A
16 7mjc:A 493 71 0.1417 0.0345 0.2394 7.5 7mjc:B, 7mjd:A, 7mjd:B, 7rad:A, 7rad:B
17 8f72:B 595 68 0.2000 0.0403 0.3529 8.3 8f5m:A, 8f5m:B, 8f72:A
18 7s6n:B 446 60 0.1750 0.0471 0.3500 9.5 7s6n:A, 7sj2:A, 7sj2:B
19 4qur:A 415 39 0.1083 0.0313 0.3333 9.7 5hl4:A, 4qup:A, 4quq:A, 3vca:A, 3vcp:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218