Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SESFVAPLEKRAENDVPLGNDVPIIDLQQDHLVVVQQITKACQDFGLFQVINHGLPEKLMAETMDVCKEFFALPAEEKEK
LQPKGEPAKFELPLEQKAKLYVEGEQAFLYWKDTLAHGCHPLDEELVNSWPEKPATYREVVAKYSVEVRKLTMRILDYIC
EGLGLKLGYFDNELSQIQMMLTNYYPPCPDPSSTLGSGGHYDGNLITLLQQNLPGLQQLIEDAKWIAVEPIPTAFVVNLG
LTLKVITNEKFEGSIHRVVTNPTRDRVSIATLIGPDYSCTIEPAKELLSQDNPPLYKPYSYAEFGEIYLSDKSDYDAGVK
PYKIN

The query sequence (length=325) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8cvc:A 327 326 1.0000 0.9939 0.9969 0.0 8cv8:A, 8cv9:A, 8cva:A, 8cvb:A, 8cvd:A, 8cve:A, 8cvf:A, 8cvg:A, 8cvh:A
2 6tto:A 311 309 0.8185 0.8553 0.8608 0.0 6ttm:A, 6ttn:A
3 6lsv:A 338 290 0.3077 0.2959 0.3448 6.20e-51 6lsv:B
4 8y4u:A 298 287 0.2831 0.3087 0.3206 2.49e-44
5 5o9w:A 356 298 0.2892 0.2640 0.3154 2.66e-43
6 1gp6:A 349 321 0.2954 0.2751 0.2991 3.09e-42 2brt:A, 1gp4:A, 1gp5:A
7 5tcv:A 299 298 0.2646 0.2876 0.2886 1.08e-36 1wa6:X
8 5gja:A 299 310 0.2800 0.3043 0.2935 1.36e-36 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
9 6ku3:B 318 295 0.2554 0.2610 0.2814 9.17e-33 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
10 7ekd:A 343 298 0.2554 0.2420 0.2785 1.66e-32
11 6kwa:A 267 280 0.2338 0.2846 0.2714 7.09e-19 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
12 6kun:A 294 300 0.2369 0.2619 0.2567 1.02e-18 6kun:B
13 6xjj:A 291 271 0.2308 0.2577 0.2768 9.26e-18
14 8bbb:A 331 295 0.2185 0.2145 0.2407 2.89e-11 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
15 5c3q:B 311 170 0.1292 0.1350 0.2471 2.71e-09 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
16 5c3q:A 335 170 0.1292 0.1254 0.2471 3.16e-09 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
17 7e38:A 313 301 0.2123 0.2204 0.2292 8.44e-09 8ci9:C, 7e37:A, 7e37:B, 7e38:B
18 5v2z:A 349 280 0.1938 0.1805 0.2250 0.004 6cba:A, 6cf3:A, 5lsq:A, 5lun:A, 5lun:B, 5lun:C, 5lun:D, 5mof:A, 8uc2:A, 5v2t:A, 5v2x:A, 5v2x:B, 5v2y:A, 5v31:A, 5v32:A, 5v34:A, 5vka:A, 5vkb:A, 6vp4:A, 6vp4:B, 6vp4:C, 6vp4:D, 6vp5:A, 6vp5:B, 6vp5:C, 6vp5:D
19 7v3n:A 317 79 0.0769 0.0789 0.3165 0.004 8hiv:A, 7v2t:A, 7v2u:A, 7v2x:A, 7v34:A, 7v36:A, 7v3e:A, 7v3e:B, 7v3e:C, 7v3o:A
20 7v7x:A 276 77 0.0738 0.0870 0.3117 0.044 7fh5:A, 7v52:A, 7v54:A, 7v56:A, 7v57:A
21 7w5s:A 302 64 0.0677 0.0728 0.3438 0.085 7w5t:A, 7w5v:A
22 7aor:av 213 112 0.1046 0.1596 0.3036 0.70
23 3hpv:A 297 77 0.0708 0.0774 0.2987 0.81 3hpv:B, 3hpv:C, 3hpv:D, 3hpy:A, 3hpy:B, 3hpy:C, 3hpy:D, 3hq0:A, 3hq0:B, 3hq0:C, 3hq0:D
24 3rzf:A 541 83 0.0738 0.0444 0.2892 1.4
25 7ezx:A1 257 49 0.0431 0.0545 0.2857 1.6 7ezx:A7, 7ezx:A9, 7ezx:AF, 7ezx:AI, 7ezx:AK, 6kgx:A2, 6kgx:Y3, 6kgx:A6, 6kgx:A7, 6kgx:A9, 6kgx:AB, 6kgx:YD, 6kgx:AF, 6kgx:AI, 6kgx:AJ, 7y4l:AB, 7y4l:AC, 7y4l:AD, 7y4l:AE, 7y4l:AJ, 7y4l:YK, 7y4l:Y1, 7y4l:A2, 7y4l:A5, 7y4l:A6, 7y5e:YA, 7y5e:AD, 7y5e:AE, 7y5e:AG, 7y5e:AH, 7y5e:AO, 7y5e:AQ, 7y5e:A1, 7y5e:A4, 7y5e:Y7, 7y7a:A1, 7y7a:A2, 7y7a:A4, 7y7a:Y5, 7y7a:A8, 7y7a:YD, 7y7a:AF, 7y7a:AI, 7y7a:AK, 7y7a:AM, 7y7a:AP, 7y7a:AR, 7y7a:AS, 7y7a:Ac, 7y7a:Ae, 7y7a:Yg, 7y7a:Yi, 7y7a:Aj, 7y7a:Al, 7y7a:An
26 6mso:A 540 50 0.0492 0.0296 0.3200 3.3 6mso:B, 6mso:C, 6mso:D
27 2dhn:A 121 61 0.0431 0.1157 0.2295 3.8 2nm2:A, 2nm2:B, 2nm2:C, 2nm2:D, 2nm3:A, 1rri:A, 1rrw:A, 1rry:A, 1rs2:A, 1rs4:A, 1rsd:A, 1rsi:A, 1u68:A
28 3exn:A 154 64 0.0462 0.0974 0.2344 5.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218