Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RSVASSKLWMLEFSAFLEQQQDPDTYNKHLFVHIGDPYLEAVDIRQIYDKFPEKKGGLKDLFERGPSNAFFLVKFWADLN
TNSSFYGVSSQYESPENMIITCSTKVCSFGKQVVEKVETEYARYENGHYSYRIHRSPLCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNS
VLENFTILQVVTNRDTQETLLCIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVK

The query sequence (length=205) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8c17:A 220 217 1.0000 0.9318 0.9447 9.31e-152 8caa:A, 8caa:B, 6l9f:A, 6l9f:B, 6q36:A, 6q36:B, 6sba:A, 6sen:A, 6sen:B, 6seo:A, 5xjd:A, 5xjd:B
2 8q68:A 215 210 0.8390 0.8000 0.8190 1.73e-130 7cmm:A, 7cmm:B, 7cmm:C, 7cmm:D, 7li5:A, 7li5:B, 8q68:B, 7zjp:A, 7zjp:B
3 3jua:G 190 207 0.8780 0.9474 0.8696 5.04e-127
4 7cnl:B 218 217 0.8098 0.7615 0.7650 1.41e-124 8a0u:A, 8a0u:B, 8a0u:C, 8a0u:D, 8a0v:A, 8a0v:B, 8a0v:C, 8a0v:D, 7cnl:A, 7cnl:C, 7cnl:D, 8p0m:A, 8p0m:B, 8p0m:C, 8p0m:D, 7zjq:A, 7zjq:B, 7zjq:C, 7zjq:D
5 6s60:B 214 210 0.7220 0.6916 0.7048 2.85e-110 6cdy:A, 6cdy:B, 8cuh:A, 8cuh:B, 5dq8:A, 5dq8:B, 5dqe:A, 5dqe:B, 8e1o:A, 8e1o:B, 6e5g:B, 6e5g:A, 7oyj:B, 8p29:A, 8poj:A, 8pom:B, 8pom:A, 8pon:A, 8pux:A, 8puy:B, 6s64:B, 6s66:B, 6s69:B, 6s6j:B, 7t2j:B, 7t2j:A, 7t2k:B, 7t2k:A, 7t2l:A, 7t2m:B, 7typ:A, 7typ:B, 7tyq:A, 7tyq:B, 7tyu:A, 7tyu:B, 6uyb:A, 6uyb:B, 6uyc:A, 6uyc:B, 6vah:A, 6vah:B
6 2zoq:A 352 52 0.0780 0.0455 0.3077 0.23 6ges:A, 6ges:B, 4qtb:A, 4qtb:B, 2zoq:B
7 7opm:A 362 52 0.0732 0.0414 0.2885 0.81 8ao2:A, 8ao3:A, 8ao4:A, 8ao5:A, 8ao6:A, 8ao7:A, 8ao8:A, 8ao9:A, 8aoa:A, 8aob:A, 8aoc:A, 8aod:A, 8aoe:A, 8aof:A, 8aog:A, 8aoh:A, 8aoi:A, 8aoj:A, 7auv:A, 5ax3:A, 5bue:A, 5bui:A, 5buj:A, 3c9w:A, 3c9w:B, 6cpw:A, 6dcg:A, 6dmg:A, 3erk:A, 4erk:A, 6fi3:A, 6fi6:A, 6fj0:A, 6fjb:A, 6fjz:A, 6fle:A, 6flv:A, 4fmq:A, 6fma:A, 6fn5:A, 6fq7:A, 6fr1:A, 6frp:A, 4fux:A, 4fuy:A, 4fv0:A, 4fv1:A, 4fv2:A, 4fv3:A, 4fv4:A, 4fv5:A, 4fv6:A, 4fv7:A, 4fv8:A, 4fv9:A, 6fxv:A, 2fys:B, 2fys:A, 6g54:A, 4g6n:A, 4g6o:A, 6g8x:A, 6g91:A, 6g92:A, 6g93:A, 6g97:A, 6g9a:A, 6g9d:A, 6g9h:A, 6g9j:A, 6g9k:A, 6g9m:A, 6g9n:A, 6gdm:A, 6gdq:A, 6ge0:A, 6gjb:A, 6gjd:A, 1gol:A, 2gph:A, 4gt3:A, 4gva:A, 4h3p:A, 4h3p:D, 4h3q:A, 5hd4:A, 5hd7:A, 3i5z:A, 4i5h:A, 3i60:A, 4iz5:A, 4iz5:B, 4iz5:C, 4iz5:D, 5k4i:A, 5ke0:A, 5lcj:A, 5lck:A, 4n0s:A, 4n4s:A, 4n4s:B, 6nbs:A, 5ngu:A, 5nhf:A, 5nhh:A, 5nhj:A, 5nhl:A, 5nho:A, 5nhp:A, 5nhv:A, 4nif:B, 4nif:E, 7nqq:A, 7nqw:A, 7nr3:A, 7nr5:A, 7nr8:A, 7nr9:A, 4o6e:A, 3o71:A, 2ojg:A, 2oji:A, 2ojj:A, 6opg:A, 6oph:A, 6opi:A, 6opk:A, 1pme:A, 8psr:A, 8pst:A, 8psw:A, 8psy:A, 8pt0:A, 8pt1:A, 8pt3:A, 8pt5:A, 6q7t:A, 6qa1:A, 6qa3:A, 6qa4:A, 6qag:A, 6qah:A, 6qal:A, 6qaq:A, 6qaw:A, 4qp1:A, 4qp1:B, 4qp2:A, 4qp3:A, 4qp3:B, 4qp4:A, 4qp4:B, 4qp6:A, 4qp6:B, 4qp7:A, 4qp7:B, 4qp8:A, 4qp8:B, 4qp9:A, 4qpa:A, 4qpa:B, 4qta:A, 4qte:A, 3qyw:A, 3qyz:A, 4qyy:A, 6rq4:A, 4s32:A, 4s33:A, 4s34:A, 3sa0:A, 6slg:A, 3tei:A, 1tvo:A, 5u6i:A, 8u8j:A, 8u8k:A, 7ugb:A, 5v60:A, 5v61:A, 5v62:A, 3w55:A, 7w5o:A, 7w5o:B, 5wp1:A, 1wzy:A, 7x4u:A, 7xc1:A, 7xc1:B, 4xj0:A, 4xj0:B, 4xne:A, 4xoy:A, 4xoz:A, 4xp0:A, 4xp2:A, 4xp3:A, 4xrj:A, 4xrl:A, 2y9q:A, 2z7l:A, 8zjv:A, 4zxt:A, 4zzm:A, 4zzn:A, 4zzo:A
8 3a31:A 465 95 0.1317 0.0581 0.2842 1.2 3a32:A
9 4ksi:A 517 61 0.0878 0.0348 0.2951 4.1 5d8n:A, 5d8n:B, 5d8n:C
10 7csh:A 312 34 0.0634 0.0417 0.3824 4.2
11 7qep:C1 141 25 0.0537 0.0780 0.4400 6.4
12 8fmw:AL 145 35 0.0634 0.0897 0.3714 6.5 8fn2:L
13 5kzl:A 205 73 0.1122 0.1122 0.3151 8.5
14 8wg1:D 685 27 0.0488 0.0146 0.3704 8.7 8wg0:A, 8wg0:B, 8wg0:C, 8wg0:D, 8wg1:A, 8wg1:B, 8wg1:C, 8wg2:A, 8wg2:B, 8wg2:C, 8wg2:D
15 8qoy:A 1036 35 0.0585 0.0116 0.3429 9.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218