Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RPPDAFVNRIDRNIPVPARLRHTPVSLIEAVNDFHYAMMNDEERNNFYYEVLKKHVTPETGVLEIGAGSGLLSLMAAKLG
AKWVVAVEGSEELAKLARENIRANNMEHQVKVLHMMSTELKSKHLPEPPDVLLSEIFGTMMLGESALDYVVDVRNRLLKP
TTKIIPQFGTQYAVPIECDALHRISSVSGWRDLDLKHMMTLQDTVSIVFAKHYGIRMNSVNFRRLSDPIELFRVDFSSSN
RNDIPRRKHFDVVAKESGTAHAMLFYWKVTDDEFVMSTDPEDTVNNFPRDMQWGQALQLLDASNGPLPTPVVFTEGKNYN
FECNFSGDRVILHMQLC

The query sequence (length=337) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5eku:B 347 337 0.9941 0.9654 0.9941 0.0 5eku:A, 4m37:A, 4m38:A, 4m38:B
2 7rbq:A 614 282 0.2404 0.1319 0.2872 3.00e-24 7t39:A
3 3wst:I 644 278 0.2374 0.1242 0.2878 2.63e-22 3wst:A, 3wst:D, 3wst:B, 3wst:C, 3wst:F, 3wst:E, 3wst:G, 3wst:H, 3wst:M, 3wst:N, 3wst:O, 3wst:P, 3wst:Q, 3wst:R, 3wst:J, 3wst:K, 3wst:L, 3x0d:A
4 3r0q:G 353 148 0.1543 0.1473 0.3514 7.70e-20 3r0q:C, 3r0q:A, 3r0q:E
5 1f3l:A 321 286 0.2226 0.2336 0.2622 4.71e-18 2fyt:A, 8g2f:A, 8g2g:A, 8g2g:B, 4hsg:A, 4qqn:A, 4ryl:A, 8shb:A, 8shr:A, 8sio:A, 8sio:B, 3smq:A
6 4c4a:A 641 278 0.2315 0.1217 0.2806 1.56e-17 6ogn:A
7 4c4a:A 641 162 0.1395 0.0733 0.2901 2.13e-09 6ogn:A
8 6cu5:A 314 223 0.1810 0.1943 0.2735 4.57e-17 6cu5:B, 8ft7:A, 8ft7:B
9 5dst:C 317 175 0.1573 0.1672 0.3029 1.37e-16 5dst:A, 5dst:B, 5dst:D, 5dst:E, 5dst:F, 5dst:G, 5dst:H, 5dst:I, 5dst:J, 5dst:K, 5dst:L, 5dst:M, 5dst:N, 5dst:O, 4x41:A
10 6nt2:A 330 172 0.1513 0.1545 0.2965 3.03e-16 6nt2:D, 6nt2:B, 6nt2:C, 1or8:A, 1orh:A, 1ori:A, 3q7e:A
11 4y2h:B 352 282 0.2255 0.2159 0.2695 1.79e-14 4c03:A, 4c03:B, 4c04:A, 4c05:A, 4c07:A, 4c08:A, 5e8r:A, 5e8r:B, 5egs:A, 5egs:B, 5egs:C, 5egs:D, 5fqn:A, 5fqo:A, 4hc4:A, 5hzm:A, 5lv4:A, 5lv5:A, 7nr4:A, 7nr4:B, 7nr4:C, 7nr4:D, 7nud:A, 7nud:B, 7nue:A, 7nue:B, 7p2r:A, 7p2r:B, 6p7i:A, 6p7i:B, 6p7i:C, 6p7i:D, 4qpp:B, 4qpp:C, 4qpp:A, 4qqk:A, 6sq3:A, 6sq3:B, 6sq4:A, 6sq4:B, 6sqi:A, 6sqk:B, 6sqk:A, 6w6d:A, 6wad:A, 5wcf:A, 4y2h:A, 4y30:A, 4y30:B
12 6dnz:A 317 134 0.1276 0.1356 0.3209 5.18e-14 6dnz:C
13 5fub:A 337 289 0.2285 0.2285 0.2664 4.15e-13 5g02:A
14 7qrd:C 364 147 0.1335 0.1236 0.3061 6.45e-13 6arj:A, 6arj:B, 6arj:C, 6arj:D, 6arv:A, 6arv:B, 6arv:C, 6arv:D, 3b3f:A, 3b3f:B, 3b3f:C, 3b3f:D, 6d2l:A, 6d2l:B, 6d2l:C, 6d2l:D, 6d2l:E, 6d2l:F, 6dvr:A, 6dvr:B, 5dwq:B, 5dwq:D, 5dwq:A, 5dwq:C, 5dx0:A, 5dx0:B, 5dx0:C, 5dx0:D, 5dx1:A, 5dx1:B, 5dx1:C, 5dx1:D, 5dx8:A, 5dx8:B, 5dx8:C, 5dx8:D, 5dxa:A, 5dxa:B, 5dxa:D, 5dxa:C, 5dxj:A, 5dxj:B, 5dxj:C, 5dxj:D, 7fai:A, 7fai:B, 7fai:C, 7fai:D, 7faj:A, 7faj:B, 7faj:C, 7faj:D, 8g2h:A, 8g2i:A, 5ih3:A, 5ih3:B, 5ih3:C, 5ih3:D, 4ikp:A, 4ikp:B, 4ikp:C, 4ikp:D, 5is6:A, 5is6:B, 5is6:C, 5is6:D, 5is7:A, 5is7:B, 5is7:C, 5is7:D, 5is8:A, 5is8:B, 5is8:D, 5is8:C, 5is9:A, 5is9:B, 5is9:C, 5is9:D, 5isa:C, 5isa:D, 5isa:A, 5isa:B, 5isb:A, 5isb:B, 5isb:C, 5isb:D, 5isc:A, 5isc:B, 5isc:C, 5isc:D, 5isd:A, 5isd:B, 5isd:C, 5isd:D, 5ise:A, 5ise:B, 5ise:C, 5ise:D, 5isf:A, 5isf:B, 5isf:C, 5isf:D, 5isg:A, 5isg:B, 5isg:C, 5isg:D, 5ish:A, 5ish:B, 5ish:C, 5ish:D, 5isi:A, 5isi:B, 5isi:C, 5isi:D, 6izq:A, 5k8v:A, 5k8v:B, 5k8v:C, 5k8v:D, 5k8w:A, 5k8w:B, 5k8w:C, 5k8w:D, 5k8x:A, 5k8x:B, 5k8x:C, 5k8x:D, 5lgp:A, 5lgp:B, 5lgp:C, 5lgp:D, 5lgq:B, 5lgq:A, 5lgq:C, 5lgq:D, 5lgr:A, 5lgr:B, 5lgr:C, 5lgr:D, 5lgs:A, 5lgs:B, 5lgs:C, 5lgs:D, 5lkj:A, 5lkj:B, 5lkj:C, 5lkj:D, 5lv2:A, 5lv2:B, 5lv2:C, 5lv2:D, 5lv2:E, 5lv2:F, 5lv2:G, 5lv2:H, 5lv3:A, 5lv3:B, 5lv3:C, 5lv3:D, 5ntc:A, 5ntc:B, 5ntc:C, 5ntc:D, 7okp:A, 7okp:B, 7okp:C, 7okp:D, 7os4:A, 7os4:B, 7os4:C, 7os4:D, 7ppq:A, 7ppq:B, 7ppq:C, 7ppq:D, 7ppy:A, 7ppy:B, 7ppy:C, 7ppy:D, 7pu8:A, 7pu8:B, 7pu8:C, 7pu8:D, 7puc:A, 7puc:B, 7puc:C, 7puc:D, 7puq:A, 7puq:B, 7puq:C, 7puq:D, 7pv6:A, 7pv6:B, 7pv6:C, 7pv6:D, 7qph:A, 7qph:D, 7qph:C, 7qph:B, 7qrd:A, 7qrd:B, 7qrd:D, 6s70:A, 6s70:B, 6s70:C, 6s70:D, 6s71:A, 6s71:B, 6s71:C, 6s71:D, 6s74:A, 6s74:B, 6s74:C, 6s74:D, 6s77:A, 6s77:B, 6s77:C, 6s77:D, 6s79:A, 6s79:B, 6s79:C, 6s79:D, 6s7a:A, 6s7a:B, 6s7a:C, 6s7a:D, 6s7b:A, 6s7b:B, 6s7b:C, 6s7b:D, 6s7c:A, 6s7c:B, 6s7c:C, 6s7c:D, 8sig:A, 8sih:A, 5tbh:A, 5tbh:B, 5tbh:C, 5tbh:D, 5tbi:A, 5tbi:B, 5tbi:C, 5tbi:D, 5tbj:A, 5tbj:B, 5tbj:C, 5tbj:D, 5u4x:A, 5u4x:B, 5u4x:C, 5u4x:D, 7u9i:A, 7u9i:B, 2v74:B, 2v74:D, 2v74:F, 2v74:H, 2y1w:A, 2y1w:B, 2y1w:C, 2y1w:D, 2y1x:A, 2y1x:D, 2y1x:B, 2y1x:C
15 4lwp:B 342 182 0.1484 0.1462 0.2747 6.11e-11 4lwp:A
16 8pjd:A 347 290 0.2107 0.2046 0.2448 2.85e-10 8bva:A, 8c1j:A, 5ful:A, 5fwa:A, 5fwd:A, 5jmq:A
17 4g56:A 617 189 0.1602 0.0875 0.2857 2.52e-05 4g56:C
18 4lg1:A 217 87 0.0920 0.1429 0.3563 3.02e-05 8hl6:A, 8hl7:A, 4lg1:B, 4lg1:C, 7oat:C
19 2yvl:A 247 148 0.1217 0.1660 0.2770 1.17e-04 2yvl:B, 2yvl:C, 2yvl:D
20 7bo7:AAA 625 186 0.1513 0.0816 0.2742 0.004 7boc:A, 5c9z:A, 6ckc:A, 8csg:A, 8ctb:A, 8cyi:A, 5emj:A, 5emk:A, 5eml:A, 5emm:A, 9eyu:A, 9eyv:A, 9eyw:A, 9eyx:A, 5fa5:A, 8g1u:A, 8g1u:E, 8g1u:I, 8g1u:M, 4gqb:A, 6k1s:A, 7kib:A, 7kic:A, 7kid:A, 7l1g:A, 7m05:A, 7m05:C, 7m05:E, 7m05:G, 7mx7:A, 7mxa:A, 7mxc:A, 7mxg:A, 7mxg:C, 7mxn:A, 6rll:A, 6rlq:A, 7s0u:A, 7s1p:A, 7s1q:A, 7s1r:A, 7s1s:A, 7ser:A, 7ses:A, 7u30:A, 7uoh:A, 6uxx:A, 6uxy:A, 7uy1:A, 7uyf:A, 6v0n:A, 6v0o:A, 6v0p:A, 8veo:A, 8vet:A, 8veu:A, 8vew:A, 8vex:A, 8vey:A, 4x60:A, 4x61:A, 4x63:A, 7zup:A, 7zuq:A, 7zuu:A, 7zuy:A, 7zv2:A, 7zvl:A, 7zvu:A
21 7wm6:A 240 113 0.0801 0.1125 0.2389 0.005 7wm6:C, 7wm6:D
22 1r18:A 223 149 0.1009 0.1525 0.2282 0.016
23 3ua3:A 662 58 0.0653 0.0332 0.3793 0.018 3ua3:B
24 5z9o:A 373 100 0.0979 0.0885 0.3300 0.020 5z9o:B
25 3cjt:A 254 40 0.0475 0.0630 0.4000 0.041 3cjq:A, 3cjq:D, 3cjq:G, 3cjr:A, 3cjt:C, 3cjt:E, 3cjt:G, 3cjt:I, 3cjt:K, 3cjt:M, 3cjt:O, 3egv:A, 2nxe:A, 2nxe:B, 2zbp:A, 2zbq:A, 2zbr:A
26 3mb5:A 255 59 0.0623 0.0824 0.3559 0.045 3lga:A, 3lga:B, 3lga:C, 3lga:D, 3lhd:C, 3lhd:A, 3lhd:B, 3lhd:D
27 7aju:JL 283 70 0.0682 0.0813 0.3286 0.058 8cbj:y, 6rbd:y, 7wtl:JL, 7wtm:JL, 6zqd:JL, 6zqe:JL, 6zqf:JL, 6zqg:JL
28 1wy7:D 204 40 0.0534 0.0882 0.4500 0.12 1wy7:A, 1wy7:B, 1wy7:C
29 4mtl:B 219 74 0.0712 0.1096 0.3243 0.12 4mtl:A
30 6ni2:A 113 70 0.0682 0.2035 0.3286 0.20
31 3a25:A 264 64 0.0623 0.0795 0.3281 0.32 3a26:A
32 6ift:A 292 47 0.0593 0.0685 0.4255 0.33 7v2l:W, 7v2m:U, 7v2m:W, 7v2n:U, 7v2o:U, 7v2p:U, 7v2q:U, 7v2q:W
33 4l7v:A 186 24 0.0445 0.0806 0.6250 0.47
34 2zwv:A 373 107 0.0890 0.0804 0.2804 0.53 3dmf:A, 3dmg:A, 3dmh:A, 2zul:A
35 6b92:A 260 71 0.0534 0.0692 0.2535 0.64 6gfk:A, 6gfk:B, 6gfk:C, 6gfn:A, 2h00:A, 2h00:B, 2h00:C
36 7qco:A 728 51 0.0445 0.0206 0.2941 0.66 7qco:E, 7qco:e, 7qco:a
37 4dgu:A 232 80 0.0712 0.1034 0.3000 1.2
38 8b6g:CB 285 69 0.0682 0.0807 0.3333 1.3 8bqs:CB, 8gym:sb, 8gym:SB, 8gzu:sb, 8gzu:SB
39 4lec:A 202 42 0.0445 0.0743 0.3571 1.4 4lec:B
40 3dlc:A 219 71 0.0475 0.0731 0.2254 1.5
41 6du4:A 287 66 0.0534 0.0627 0.2727 1.6 6du5:A
42 8yo4:C 284 51 0.0445 0.0528 0.2941 1.7 5np6:C, 8yo4:D
43 7f0r:D 1339 40 0.0356 0.0090 0.3000 2.3 7vf9:D, 7xl3:D, 7xl4:D, 7xya:D, 7xyb:D
44 7qcb:A 240 67 0.0593 0.0833 0.2985 2.6
45 4x28:A 386 37 0.0356 0.0311 0.3243 2.7 4x28:B
46 2pbf:A 218 58 0.0475 0.0734 0.2759 3.2 2pbf:B
47 3dtn:A 220 49 0.0475 0.0727 0.3265 3.5 3dtn:B
48 6mu0:A 152 53 0.0564 0.1250 0.3585 3.7
49 8yon:C 605 51 0.0445 0.0248 0.2941 3.7 9imj:A, 8ylu:C, 8ylu:D, 8yo1:C, 8yo1:D, 8yo7:D, 8yo7:C, 8yod:C, 8yod:D, 8yon:D
50 1sg9:A 274 112 0.0920 0.1131 0.2768 4.0 1nv8:A, 1nv8:B, 1nv9:A, 1sg9:B, 1sg9:C, 1vq1:A, 1vq1:B
51 3lbf:A 207 59 0.0623 0.1014 0.3559 4.4 3lbf:B, 3lbf:C, 3lbf:D
52 7wzf:A 243 101 0.0653 0.0905 0.2178 4.6
53 6acx:A 1175 43 0.0504 0.0145 0.3953 4.9 6acx:B
54 2eek:A 220 110 0.0801 0.1227 0.2455 5.7
55 3ay0:B 314 57 0.0475 0.0510 0.2807 7.4 2yx1:B
56 5bxy:A 155 54 0.0504 0.1097 0.3148 7.8 5bxy:B
57 6h2v:A 210 81 0.0712 0.1143 0.2963 7.9 6h2u:A, 6h2v:C
58 2zzn:A 336 57 0.0475 0.0476 0.2807 8.2 3ay0:A, 2yx1:A, 2zzm:A, 2zzn:B
59 2esr:B 160 54 0.0504 0.1062 0.3148 8.3
60 4rfq:A 270 23 0.0356 0.0444 0.5217 9.0
61 4eyu:A 456 78 0.0534 0.0395 0.2308 9.4 4ask:A, 4ask:B, 4eyu:B, 4ez4:A, 4ez4:B, 4ezh:A, 4ezh:B, 6f6d:A, 5fp3:A, 5fp3:B, 5oy3:A, 2xue:A, 2xue:B, 2xxz:A, 2xxz:B
62 6j79:A 816 45 0.0415 0.0172 0.3111 9.5 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
63 5cio:A 770 29 0.0356 0.0156 0.4138 9.8 5cio:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218