Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QTNLDFLLQTDPTISGMMQKELQRQREHLELIASENFTSPAVMATQGSVLTNKYAEGLPKKRYYGGCEFIDEIEQVAIDR
AKELFGAASANVQPHSGAQANFAVFLTLLKPGDKIMGMDLSHGGHLTHGSPANVSGKWFEAVHYGVSQETEQLDYDHILE
VARQERPKLIICGYSAYPRIINFEKFRAIADEVGAYLLADIAHIAGLVASGHHPNPVPHCDVVTTTTHKTLRGPRGGLIL
TRDPELGKKFNKSVFPGTQGGPLEHVIAGKAVAFGEALKPEFKAYSGQVIANAQAMAQQLQNRGFKIVSGGTDNHLMLVD
LRSVNLTGKQADQLVSDVNITANKNTVPFDPESPFVTSGLRLGSPAMTTRGLGTEDFAEIANIIADRLQNPEDEQVKQAC
VQRVAALCERFPLYPHLNAP

The query sequence (length=420) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ymd:A 420 420 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6ymd:B, 6ymf:A
2 1kkj:A 405 406 0.5976 0.6198 0.6182 0.0 1kkp:A, 1kl1:A, 1kl2:A, 1kl2:B, 2vgs:A, 2vgt:A, 2vgu:A, 2vgv:A, 2vgw:A, 2vi8:A, 2vi9:A, 2via:A, 2vib:A, 2vmn:A, 2vmo:A, 2vmp:A, 2vmq:A, 2vmr:A, 2vms:A, 2vmt:A, 2vmu:A, 2vmv:A, 2vmw:A, 2vmx:A, 2vmy:A, 2vmy:B, 2vmz:A, 2w7d:A, 2w7e:A, 2w7f:A, 2w7g:A, 2w7h:A, 2w7i:A, 2w7j:A, 2w7k:A, 2w7l:A, 2w7m:A, 1yjs:A, 1yjy:A, 1yjz:A
3 4n0w:A 416 408 0.5762 0.5817 0.5931 1.34e-180 4n0w:B, 4n0w:C, 4n0w:D, 4ot8:A, 4ot8:C, 4ot8:B, 4ot8:D, 4otl:A, 4otl:B, 4otl:D, 4otl:C
4 7x5o:B 412 405 0.5857 0.5971 0.6074 2.59e-178 7v3d:A, 7v3d:B, 7x5n:A, 7x5n:B, 7x5o:A
5 3pgy:B 404 412 0.5643 0.5866 0.5752 4.37e-176 3pgy:A
6 9boh:A 402 397 0.5643 0.5896 0.5970 3.40e-174 9boh:B, 9bow:A, 9bow:B, 9bpe:A, 9bpe:B, 2dkj:A, 2dkj:B, 8ssy:A, 8ssy:B, 8sui:B
7 1dfo:B 417 406 0.5738 0.5779 0.5936 8.44e-169 1dfo:A, 1dfo:D, 1dfo:C, 1eqb:A, 1eqb:B, 1eqb:D, 1eqb:C, 3g8m:A
8 6tgh:A 410 405 0.5643 0.5780 0.5852 6.27e-168 6tgh:C, 6tgh:B, 6tgh:D, 6ti1:A, 6ti1:C, 6ti3:A, 6ti3:C, 6ti3:B, 6ti3:D, 6ti4:A, 6ti4:C, 4wxf:A, 4wxf:C, 4wxg:A, 4wxg:C, 6yrw:A, 6yrw:C, 6yrw:B, 6yrw:D
9 6uld:A 428 416 0.5452 0.5350 0.5505 1.56e-155 6uld:B
10 6cd1:A 452 396 0.4762 0.4425 0.5051 2.90e-128 6ccz:A, 6ccz:B, 6cd1:B, 6cd1:C, 6cd1:D, 6cd1:E, 6cd1:F, 6cd1:G, 6cd1:H
11 6smr:A 473 403 0.4738 0.4207 0.4938 9.15e-126 6smr:B, 6smr:C, 6smr:D
12 7byi:A 463 406 0.4714 0.4276 0.4877 1.71e-123 8aql:A, 8aql:B, 8aql:C, 8aql:D, 9box:A, 9box:C, 9box:B, 9box:D, 7byi:B, 8fjt:A, 8fjt:B, 8fju:A, 8fju:B, 8gks:A, 8gks:B, 8gkt:A, 8gkt:B, 8gku:A, 8gku:B, 8gkw:A, 8gkw:B, 8gky:A, 8gky:B, 8gkz:A, 8gkz:B, 6m5o:A, 6m5o:B, 6qvg:A, 6qvg:B, 6qvl:A, 6qvl:B, 8t4o:A, 8t4o:B, 8t4p:A, 8t4p:B, 8tlc:A, 8tlc:B, 5v7i:A, 5v7i:B
13 8dsk:A 472 402 0.4548 0.4047 0.4751 1.58e-121 8dsk:B, 8dsk:C, 8dsk:D, 8fsd:A, 8fsd:B, 8fsd:C, 8fsd:D, 8tqf:A, 8tqf:B, 8tqf:C, 8tqf:D, 7ujh:A, 7ujh:B, 6uxi:A, 6uxi:B, 6uxj:A, 6uxj:B, 6uxj:C, 6uxj:D, 6uxl:A, 6uxl:B
14 7e13:A 475 400 0.4429 0.3916 0.4650 1.17e-117 7e13:B, 7e13:C, 7e13:D
15 1eji:A 478 401 0.4667 0.4100 0.4888 6.32e-116 8a11:B, 1bj4:A, 1cj0:B, 1eji:B, 1eji:C, 1eji:D, 6fl5:A, 6fl5:D, 6fl5:G, 6fl5:J, 6m5w:A
16 1rv3:B 466 397 0.4667 0.4206 0.4937 1.82e-115 1cj0:A, 1ls3:A, 1ls3:B, 1ls3:C, 1ls3:D, 1rv3:A, 1rv4:A, 1rv4:B, 1rvu:A, 1rvu:B, 1rvy:A, 1rvy:B
17 6smn:D 480 397 0.4310 0.3771 0.4559 1.60e-114 6smn:A, 6smn:B, 6smn:C, 6smw:A, 6smw:B, 6smw:C, 6smw:D
18 5gvk:A 442 403 0.4262 0.4050 0.4442 9.21e-112 5gvk:B, 5gvk:C, 5gvl:A, 5gvl:B, 5gvl:C, 5gvm:A, 5gvm:B, 5gvm:C, 5gvn:A, 5gvn:B, 5gvn:C, 5gvp:A, 5gvp:B, 5gvp:C, 4oyt:A, 4oyt:B, 4oyt:C, 4pff:A, 4pff:B, 4pff:C, 4pfn:A, 4pfn:B, 4pfn:C, 4tmr:A, 4tmr:B, 4tmr:C, 4tn4:A, 4tn4:B, 4tn4:C, 5xmp:A, 5xmp:B, 5xmp:C, 5xmq:A, 5xmq:B, 5xmq:C, 5xmr:A, 5xmr:B, 5xmr:C, 5xms:A, 5xms:B, 5xms:C, 5xmt:A, 5xmt:B, 5xmt:C, 5xmu:A, 5xmu:B, 5xmu:C, 5xmv:A, 5xmv:B, 5xmv:C, 5yfy:A, 5yfy:B, 5yfy:C, 5yfz:A, 5yfz:B, 5yfz:C, 5yg0:A, 5yg0:B, 5yg0:C, 5yg1:A, 5yg1:B, 5yg1:C, 5yg2:A, 5yg2:B, 5yg2:C, 5yg3:A, 5yg3:B, 5yg3:C, 5yg4:A, 5yg4:B, 5yg4:C
19 4o6z:A 448 441 0.4405 0.4129 0.4195 1.63e-110 4o6z:B, 4o6z:C
20 4uqv:G 429 396 0.3524 0.3450 0.3737 4.21e-72 4uqv:A, 4uqv:B, 4uqv:C, 4uqv:D, 4uqv:E, 4uqv:F, 4uqv:H, 4uqv:I, 4uqv:J, 4uqv:K, 4uqv:L
21 4bhd:B 395 396 0.3214 0.3418 0.3409 3.68e-53
22 3tqx:A 396 309 0.1667 0.1768 0.2265 1.62e-04 3tqx:B
23 1cs1:D 384 170 0.1095 0.1198 0.2706 0.031
24 2po3:A 393 117 0.0690 0.0738 0.2479 0.075 2po3:B
25 8snj:A 370 114 0.0786 0.0892 0.2895 0.20 8sng:A, 8sng:B, 8snj:B, 8snj:C, 8snj:D, 8snj:E, 8snj:F, 8su6:A, 8su6:B
26 1fc4:A 401 245 0.1310 0.1372 0.2245 0.25 1fc4:B
27 7l7x:AAA 395 88 0.0524 0.0557 0.2500 0.33 7l7x:BBB
28 7b7q:A 629 49 0.0381 0.0254 0.3265 0.96 7b7q:B, 7b7t:A, 7b7t:B, 7b95:A, 7b95:B, 7b97:A, 7b97:B, 7b9a:A, 7b9a:B, 7b9a:C, 7b9a:D
29 8irk:A 379 70 0.0524 0.0580 0.3143 1.2 8irk:B, 8irk:C, 8irk:D, 8iry:A, 8iry:B, 8iry:C, 8iry:D, 8irz:A, 8irz:B, 8is0:A, 8is0:B
30 1mdx:A 366 127 0.0643 0.0738 0.2126 1.2 1mdo:A, 1mdz:A, 4oca:A
31 5hh9:A 390 36 0.0357 0.0385 0.4167 1.9 5hh9:B, 5i90:A, 5i90:B
32 5w71:A 413 65 0.0381 0.0387 0.2462 3.3 2c7t:A, 2c81:A, 5w71:B
33 5z01:A 305 37 0.0333 0.0459 0.3784 3.5
34 5uid:A 367 97 0.0548 0.0627 0.2371 6.9 5uid:D
35 7aor:m 232 107 0.0738 0.1336 0.2897 7.1
36 8r09:E 307 34 0.0310 0.0423 0.3824 7.2 7abg:D, 6ahd:E, 9fmd:E, 8h6k:5E, 8h6l:5E, 8i0p:E, 8q7q:D, 8q7v:D, 6qdv:N, 6qw6:5O, 6qx9:5O, 8r0b:E, 8rm5:E, 8y6o:F
37 7xft:A 86 39 0.0238 0.1163 0.2564 7.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218