Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PSQMEHAMETMMFTFHKFAGDKGYLTKEDLRVLMEKEFPGFLENQKDPLAVDKIMKDLDQCRDGKVGFQSFFSLIAGLTI
ACNDYFVVHMK

The query sequence (length=91) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4hrg:A 114 91 1.0000 0.7982 1.0000 3.35e-65 1bt6:A, 1bt6:B, 4drw:A, 4drw:B, 4drw:C, 4drw:D, 4ftg:A, 4ftg:B, 4hre:E, 4hre:F, 4hre:I, 4hre:J, 4hrg:B, 4hrh:A, 4hrh:B
2 2k2f:A 93 88 0.4835 0.4731 0.5000 1.42e-24 2k2f:B, 5k89:A, 5k89:C, 5k89:H, 2kbm:A, 2kbm:B, 2lp2:A, 2lp2:B, 2lp3:A, 2lp3:B, 2lux:A, 2lux:B, 8vk4:I, 8vk4:J, 8vk4:K, 8vk4:L, 8vk4:N, 8vk4:M, 8vk4:O, 8vk4:P, 1zfs:A, 1zfs:B
3 2y5i:C 98 94 0.4615 0.4286 0.4468 5.47e-24 2y5i:A, 2y5i:B, 2y5i:D, 2y5i:E, 2y5i:F
4 1qls:A 95 90 0.3956 0.3789 0.4000 6.62e-20
5 7nmi:B 488 88 0.4396 0.0820 0.4545 1.87e-19 1j55:A
6 7nmi:B 488 88 0.4286 0.0799 0.4432 9.17e-17 1j55:A
7 7psq:G 108 86 0.3516 0.2963 0.3721 4.83e-16 4cfr:B, 4eto:A, 3ko0:F, 3ko0:G, 3ko0:Q, 3m0w:J, 3m0w:B, 3m0w:C, 3m0w:D, 3m0w:F, 3m0w:G, 7psq:E, 3zwh:B
8 5csn:A 94 88 0.3736 0.3617 0.3864 1.02e-15 3cr2:A, 3cr4:X, 3cr5:X, 5csf:A, 5csf:B, 5csi:A, 5csi:B, 5csj:A, 5csj:B, 5csn:B, 3czt:X, 3d0y:A, 3d0y:B, 3d10:A, 3d10:B, 5d7f:A, 5d7f:B, 5dkn:A, 5dkq:A, 5dkr:A, 5dkr:B, 1dt7:A, 1dt7:B, 5er4:X, 5er5:A, 8fj8:A, 4fqo:A, 3gk1:A, 3gk2:A, 3gk4:X, 2h61:A, 2h61:B, 2h61:C, 2h61:D, 2h61:E, 2h61:F, 2h61:G, 2h61:H, 3hcm:A, 3hcm:B, 3iqo:A, 3iqo:B, 3iqq:A, 2k7o:A, 2k7o:B, 3lk0:A, 3lk0:B, 3lk0:C, 3lk0:D, 3lk1:A, 3lle:A, 3lle:B, 1mho:A, 1mq1:A, 1mq1:B, 1mwn:A, 1mwn:B, 4pdz:A, 4pdz:B, 4pe0:X, 4pe0:A, 4pe1:A, 4pe1:B, 4pe4:X, 4pe4:A, 4pe7:A, 1psb:A, 1psb:B, 1qlk:A, 1qlk:B, 3rlz:A, 3rlz:B, 3rm1:A, 1xyd:A, 1xyd:B, 4xyn:A, 4xyn:B, 4xyn:C, 4xyn:D
9 6t58:A 524 86 0.3516 0.0611 0.3721 9.50e-15 3c1v:A, 3c1v:B, 3c1v:C, 3c1v:D, 4cfq:A, 4cfq:B, 4cfq:C, 4cfq:D, 4cfr:A, 3cga:A, 3cga:B, 7eq7:A, 4eto:B, 4hre:A, 4hre:C, 4hre:B, 4hre:D, 4hsz:A, 4hsz:B, 4hsz:C, 4hsz:D, 2hyu:A, 2hyv:A, 2hyw:A, 2hyw:B, 3ko0:A, 3ko0:C, 3ko0:B, 3ko0:D, 3ko0:J, 3ko0:I, 3ko0:E, 3ko0:H, 3ko0:K, 3ko0:S, 3ko0:L, 3ko0:N, 3ko0:M, 3ko0:P, 3ko0:O, 3ko0:R, 3ko0:T, 5lpu:A, 5lpu:B, 5lpu:C, 5lpu:D, 5lpx:A, 5lq0:A, 5lq0:B, 5lq2:A, 5lq2:B, 3m0w:I, 3m0w:A, 3m0w:E, 3m0w:H, 5n7g:B, 7psp:A, 7psp:B, 7psq:A, 7psq:C, 2q91:A, 2q91:B, 6t58:B, 4x9p:A, 1xjl:A, 1xjl:B, 7zvn:A, 7zvx:A, 7zvx:B, 3zwh:A
10 6t58:A 524 84 0.3407 0.0592 0.3690 1.19e-13 3c1v:A, 3c1v:B, 3c1v:C, 3c1v:D, 4cfq:A, 4cfq:B, 4cfq:C, 4cfq:D, 4cfr:A, 3cga:A, 3cga:B, 7eq7:A, 4eto:B, 4hre:A, 4hre:C, 4hre:B, 4hre:D, 4hsz:A, 4hsz:B, 4hsz:C, 4hsz:D, 2hyu:A, 2hyv:A, 2hyw:A, 2hyw:B, 3ko0:A, 3ko0:C, 3ko0:B, 3ko0:D, 3ko0:J, 3ko0:I, 3ko0:E, 3ko0:H, 3ko0:K, 3ko0:S, 3ko0:L, 3ko0:N, 3ko0:M, 3ko0:P, 3ko0:O, 3ko0:R, 3ko0:T, 5lpu:A, 5lpu:B, 5lpu:C, 5lpu:D, 5lpx:A, 5lq0:A, 5lq0:B, 5lq2:A, 5lq2:B, 3m0w:I, 3m0w:A, 3m0w:E, 3m0w:H, 5n7g:B, 7psp:A, 7psp:B, 7psq:A, 7psq:C, 2q91:A, 2q91:B, 6t58:B, 4x9p:A, 1xjl:A, 1xjl:B, 7zvn:A, 7zvx:A, 7zvx:B, 3zwh:A
11 4duq:B 90 89 0.3407 0.3444 0.3483 2.59e-14 4duq:A
12 6zdy:A 108 88 0.3187 0.2685 0.3295 3.99e-12 6zfe:A
13 2wc8:D 93 79 0.2967 0.2903 0.3418 3.53e-11 1e8a:A, 1e8a:B, 1gqm:A, 1gqm:B, 1gqm:C, 1gqm:F, 1gqm:D, 1gqm:E, 1gqm:G, 1gqm:H, 1gqm:I, 1gqm:J, 1gqm:L, 1gqm:K, 1odb:B, 1odb:A, 1odb:C, 1odb:D, 1odb:E, 1odb:F, 2wc8:A, 2wc8:B, 2wc8:C, 2wcb:A, 2wcb:B
14 2kay:A 92 87 0.3187 0.3152 0.3333 1.31e-09 4dir:A, 4dir:B, 2kay:B, 6wn7:A, 6wn7:B, 6wn7:C, 6wn7:D, 6wn7:F, 6wn7:E
15 2l51:A 102 82 0.2418 0.2157 0.2683 3.42e-09 2l51:B
16 7ui5:A 114 87 0.2967 0.2368 0.3103 1.85e-08 6ds2:B, 6ds2:D, 6ds2:F, 6ds2:H, 4ggf:C, 4ggf:L, 4ggf:T, 4ggf:V, 1irj:A, 1irj:B, 1irj:C, 1irj:D, 1irj:E, 1irj:F, 1irj:G, 1irj:H, 7quv:B, 8sjb:C, 8sjb:D, 8sjc:C, 8sjc:D, 7ui5:B, 5w1f:B, 5w1f:D, 5w1f:H, 5w1f:F, 4xjk:B, 4xjk:D, 4xjk:F, 4xjk:H, 4xjk:J, 1xk4:C, 1xk4:D, 1xk4:G, 1xk4:H, 1xk4:K, 1xk4:L
17 1k96:A 89 84 0.2747 0.2809 0.2976 1.07e-07 1k9k:A, 1k9k:B, 4p2y:B, 4ybh:B
18 5hlo:C 93 85 0.2637 0.2581 0.2824 3.33e-07 6ds2:A, 6ds2:C, 6ds2:E, 6ds2:G, 4ggf:A, 4ggf:K, 4ggf:S, 4ggf:U, 5hlo:A, 5hlo:B, 5hlo:D, 5hlv:A, 5hlv:D, 5hlv:B, 5hlv:H, 5hlv:C, 5hlv:E, 5hlv:F, 5hlv:G, 1mr8:A, 1mr8:B, 7quv:A, 8sjb:A, 8sjb:B, 8sjc:A, 8sjc:B, 5w1f:A, 5w1f:C, 5w1f:G, 5w1f:E, 4xjk:A, 4xjk:C, 4xjk:E, 4xjk:G, 4xjk:I, 1xk4:A, 1xk4:B, 1xk4:E, 1xk4:F, 1xk4:I, 1xk4:J
19 8s9w:A 98 83 0.2088 0.1939 0.2289 2.27e-04 8s9w:B
20 1qx2:A 76 79 0.2088 0.2500 0.2405 0.001 1qx2:B
21 4aqi:A 96 42 0.1648 0.1562 0.3571 0.002 4aqj:A, 2psr:A, 3psr:A, 3psr:B, 2wnd:A, 2wor:A, 2wos:A
22 6tz8:B 174 73 0.2198 0.1149 0.2740 0.004 6tz8:E
23 7u0u:A 195 76 0.1978 0.0923 0.2368 0.013 6tz7:B
24 7u0t:A 190 73 0.2088 0.1000 0.2603 0.032
25 1la0:A 161 77 0.1868 0.1056 0.2208 0.11 1aj4:A, 1ap4:A, 2ctn:A, 3ctn:A, 1dtl:A, 1fi5:A, 8fmm:A, 8fmm:D, 8fmn:A, 8fmn:D, 8fmo:A, 8fmo:D, 8fmp:A, 8fmp:D, 8fmq:A, 8fmq:D, 8fmr:A, 8fmr:D, 8fms:A, 8fms:D, 8fmt:A, 8fmt:D, 4gje:A, 1ih0:A, 1j1d:A, 1j1d:D, 1j1e:A, 1j1e:D, 2jxl:A, 2kdh:A, 2kfx:T, 2kgb:C, 6klt:A, 6klu:A, 2krd:C, 2l1r:A, 2l98:A, 1lxf:C, 2mkp:C, 2mle:C, 2mlf:C, 1mxl:C, 2mzp:C, 2n79:C, 1ozs:A, 1r2u:A, 1r6p:A, 3rv5:A, 3rv5:B, 3rv5:C, 3rv5:D, 1sbj:A, 1scv:A, 3sd6:A, 3swb:A, 7uti:U, 7uti:Z, 8uzx:C, 8uzy:C, 8v01:C, 8v0i:C, 8v0k:C, 1wrk:A, 1wrk:B, 1wrl:A, 1wrl:B, 1wrl:C, 1wrl:D, 1wrl:E, 1wrl:F, 4y99:A
26 4il1:A 529 70 0.1868 0.0321 0.2429 0.28 1aui:A, 1aui:B, 9b9g:H, 9b9g:J, 5c1v:A, 5c1v:B, 4f0z:B, 4il1:B, 4il1:C, 4il1:D, 2jog:A, 3ll8:A, 3ll8:B, 3ll8:C, 3ll8:D, 1m63:A, 1m63:B, 1m63:E, 1m63:F, 1mf8:A, 1mf8:B, 6nuc:A, 6nuc:B, 6nuf:A, 6nuf:B, 6nuu:A, 6nuu:B, 4or9:B, 4ora:B, 4orb:A, 4orb:B, 4orc:B, 2p6b:A, 2p6b:C, 2p6b:B, 2p6b:D, 5sve:A, 5sve:B, 1tco:A, 1tco:B, 6uuq:A
27 1ht9:A 76 74 0.2637 0.3158 0.3243 0.33 1b1g:A, 1ht9:B, 3icb:A, 4icb:A, 1ig5:A, 1igv:A, 1n65:A
28 6tz6:E 146 75 0.2198 0.1370 0.2667 0.70 6tz6:B
29 7vus:B 68 54 0.1648 0.2206 0.2778 0.70 7vur:A, 7vur:B, 7vus:A, 7vus:C, 7vus:D, 7vut:A, 7vut:B, 7vuu:A, 7vuu:B, 7vuu:C, 7vuu:D
30 2n6a:A 162 61 0.1538 0.0864 0.2295 0.97
31 2bl0:B 145 61 0.2088 0.1310 0.3115 1.2
32 1ncy:A 162 28 0.0989 0.0556 0.3214 1.3 1a2x:A, 1avs:A, 1avs:B, 1cta:A, 1cta:B, 1ctd:A, 1ctd:B, 1jc2:A, 1npq:A, 1smg:A, 1tnq:A, 4tnc:A, 5tnc:A, 1top:A, 2w49:0, 2w49:3, 2w49:6, 2w49:9, 1ytz:C, 1yv0:C
33 2aao:A 147 63 0.1758 0.1088 0.2540 1.4 2aao:B
34 3ox5:A 153 54 0.1648 0.0980 0.2778 1.4 2k7b:A, 2k7d:A, 2lan:A, 2lap:A, 3ox5:B, 3ox5:C, 3ox5:D, 3ox5:E, 3ox5:F, 3ox6:A, 3ox6:B, 3ox6:C, 3ox6:D, 3ox6:F
35 8axb:A 430 27 0.0879 0.0186 0.2963 1.7
36 8axa:A 465 27 0.0879 0.0172 0.2963 1.7 7n3o:A, 7n3p:A, 7pla:A
37 8bd5:A 605 27 0.0879 0.0132 0.2963 1.8 8ea3:O, 8ea4:O, 8rdu:A, 8rkt:A
38 8bd6:A 560 27 0.0879 0.0143 0.2963 1.8
39 3k21:A 178 27 0.1099 0.0562 0.3704 1.8
40 3k21:A 178 70 0.2198 0.1124 0.2857 3.0
41 1tn4:A 157 55 0.1758 0.1019 0.2909 1.9 1tcf:A, 2tn4:A
42 4jwq:C 73 31 0.1209 0.1507 0.3548 2.9 4jwq:A
43 3snp:A 850 26 0.1099 0.0118 0.3846 3.2 3sn2:A, 3snp:B
44 2b3x:A 888 26 0.1099 0.0113 0.3846 3.4 2b3y:A, 2b3y:B
45 2pmy:A 73 53 0.1758 0.2192 0.3019 3.5 2pmy:B
46 4p5w:A 312 31 0.1099 0.0321 0.3226 3.5 4p5w:B
47 1uhn:A 189 51 0.1538 0.0741 0.2745 3.7 2zfd:A
48 2n8y:A 153 31 0.1319 0.0784 0.3871 4.4 6c0a:A
49 5b8i:B 171 76 0.1648 0.0877 0.1974 5.8
50 8c0t:A 281 34 0.0989 0.0320 0.2647 5.8
51 1s3p:A 109 65 0.2088 0.1743 0.2923 5.9 1xvj:A, 1xvj:B
52 3egd:B 731 45 0.1429 0.0178 0.2889 6.3 3egx:B, 8hr0:B, 2nup:B, 2nut:B, 5vne:B, 5vnf:B, 5vng:B, 5vnh:B, 5vni:B, 5vnj:B, 5vnk:B, 5vnl:B, 5vnm:B, 5vnn:B, 5vno:B
53 7qpt:B 390 24 0.1538 0.0359 0.5833 6.5
54 2f4f:A 130 39 0.1319 0.0923 0.3077 6.6 2f4f:B
55 3ox6:E 118 26 0.0879 0.0678 0.3077 7.9
56 1s6i:A 182 29 0.0879 0.0440 0.2759 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218