Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PRVLAERGEGHRFVELALRGGPGWCDLCGREVLRQALRCANCKFTCHSECRSLIQLDCR

The query sequence (length=59) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2fnf:X 59 59 1.0000 1.0000 1.0000 4.83e-38 1rfh:A
2 3cxl:A 402 60 0.3220 0.0473 0.3167 1.11e-06
3 4l9m:A 522 41 0.2373 0.0268 0.3415 6.76e-06
4 2db6:A 74 59 0.2881 0.2297 0.2881 3.27e-05
5 1xa6:A 399 52 0.2712 0.0401 0.3077 5.03e-05
6 5ue8:A 847 27 0.1864 0.0130 0.4074 1.35e-04 5ue8:B, 1y8f:A
7 6uwa:A 187 43 0.2203 0.0695 0.3023 0.005 1dsy:A, 3gpe:A, 2nce:A, 3twy:A, 5w4s:A
8 7z6e:C 534 52 0.2542 0.0281 0.2885 0.007 7z6e:A, 7z6e:B, 7z6e:D, 7z6e:E
9 2eli:A 85 43 0.2203 0.1529 0.3023 0.015
10 6ra0:A 138 40 0.2203 0.0942 0.3250 0.018
11 8adl:C 782 26 0.1695 0.0128 0.3846 0.034 8adl:Q
12 3uej:A 65 47 0.2542 0.2308 0.3191 0.042 7knd:A, 7knj:A, 7ko6:A, 7l92:A, 7l92:D, 7l92:G, 7l92:J, 7l92:M, 7l92:V, 7l92:P, 7l92:S, 7lcb:A, 7leo:A, 7leo:D, 7lf3:A, 1ptq:A, 1ptr:A, 3uej:B, 3uey:A, 3uey:B, 3uff:A, 3uff:B, 3ugd:A, 3ugd:B, 3ugi:A, 3ugi:B, 3ugl:A, 3ugl:B
13 2e73:A 77 53 0.2373 0.1818 0.2642 0.082
14 4b6d:A 60 50 0.2712 0.2667 0.3200 0.31 4b6d:B, 4b6d:C, 4b6d:D, 4b6d:E, 4b6d:F
15 2enz:A 65 47 0.2373 0.2154 0.2979 1.2
16 4fkd:A 65 47 0.2373 0.2154 0.2979 1.6
17 1txo:B 236 12 0.1525 0.0381 0.7500 2.4 2cm1:A, 1txo:A
18 7ypn:D 455 26 0.1695 0.0220 0.3846 3.1 7ypm:A, 7ypm:B, 7ypm:D, 7ypm:C, 7ypn:B
19 6zq4:F 512 23 0.1695 0.0195 0.4348 3.4 6zq4:A, 6zq4:B, 6zq4:C, 6zq4:D, 6zq4:E, 6zq4:G, 6zq4:H, 6zq6:A, 6zq6:B, 6zq6:C, 6zq6:D, 6zq7:A
20 2a7j:A 240 40 0.2034 0.0500 0.3000 3.6 1b0e:A, 8b04:A, 8b1y:A, 8b49:A, 8b53:A, 2bb4:A, 2bd2:A, 2bd3:A, 2bd4:A, 2bd5:A, 2bd7:A, 2bd8:A, 2bd9:A, 2bda:A, 2bdb:A, 2bdc:A, 2blo:A, 2blq:A, 1bma:A, 1btu:A, 1c1m:A, 2cv3:A, 2de9:A, 1e34:B, 1e35:B, 1e36:B, 1e37:B, 1e38:B, 3e3t:A, 1eas:A, 1eat:A, 1eau:A, 1ela:A, 1elb:A, 1elc:A, 1eld:E, 1ele:E, 1elf:A, 1elg:A, 1esa:A, 1esb:A, 1est:A, 2est:E, 3est:A, 4est:E, 5est:E, 6est:A, 7est:E, 8est:E, 9est:A, 7fag:A, 2fo9:A, 2foa:A, 2fob:A, 2foc:A, 2fod:A, 2foe:A, 2fof:A, 2fog:A, 2foh:A, 1fzz:A, 2g4t:A, 2g4u:A, 1gvk:B, 4gvu:A, 1gwa:A, 2h1u:A, 1h9l:B, 1hax:B, 1hay:B, 1haz:B, 1hb0:B, 3hgn:A, 3hgp:A, 1hv7:A, 1inc:A, 2iot:A, 1jim:A, 1l0z:A, 1l1g:A, 1lka:A, 1lkb:A, 1lvy:A, 1mcv:A, 1mmj:N, 1nes:E, 1okx:A, 1okx:B, 2oqu:A, 6qbu:A, 6qen:A, 6qeo:A, 1qgf:A, 1qix:B, 1qr3:E, 6th7:A, 6th7:B, 1uo6:A, 1uvo:A, 1uvp:A, 2v0b:A, 2v35:A, 4ym9:A
21 6jkh:A 212 23 0.1864 0.0519 0.4783 3.7 6jkh:B
22 6p07:B 303 42 0.2373 0.0462 0.3333 4.4 6nyv:B, 6nyw:B, 6p07:C, 6p07:D, 6p07:E, 6p07:F, 6p10:B, 6p11:B, 6p12:B, 6p13:B
23 6v35:H 198 17 0.1356 0.0404 0.4706 7.3 6v35:E, 6v35:F, 6v35:G
24 1v7v:A 779 16 0.1356 0.0103 0.5000 9.4 1v7w:A, 1v7x:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218