Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PAVKVKENEPVDIAIRRFKRACEKAGVLSDVRKREFYEKPTQVRKRKKAAAVKRYKK

The query sequence (length=57) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8rd8:NV 57 57 1.0000 1.0000 1.0000 5.23e-34 8rdv:NV, 8rdw:NV
2 7m4u:u 63 57 0.8596 0.7778 0.8596 1.51e-29 7m4w:u, 7m4x:u, 7m4y:u, 7m4z:u, 7ryf:u, 7ryg:u, 7ryh:u, 7uvv:u, 7uvw:u, 7uvx:u, 7uvy:u, 7uvz:u, 7uw1:u, 6ypu:v, 6yt9:v
3 7ac7:z 70 57 0.7193 0.5857 0.7193 3.80e-25 4a2i:U, 8a3l:U, 7abz:z, 7acj:z, 7acr:z, 4adv:U, 5afi:u, 7afo:U, 8akn:V, 8am9:V, 6awb:X, 6awc:X, 6awd:X, 9ax7:U, 9ax8:u, 8aye:U, 8b0x:U, 7b5k:u, 8b7y:5, 8bf7:y, 8bge:y, 8bgh:y, 8bh4:y, 8bhj:y, 8bhl:y, 8bhn:y, 8bhp:y, 8bil:y, 8bim:y, 7bod:U, 7boe:U, 7boi:U, 6bu8:U, 6c4i:u, 8cai:U, 8cep:U, 8cgj:U, 8cgr:U, 8cgu:U, 9cg5:U, 9cg6:U, 9cg7:U, 7cpj:u, 7d6z:1, 7d80:V, 6dnc:HB, 8eiu:U, 8ekc:u, 8emm:U, 6enf:u, 6enj:u, 6enu:u, 9fbv:U, 8fiz:AU, 8fto:U, 8fzd:u, 8fze:u, 8fzf:u, 8fzg:u, 8fzh:u, 8fzi:u, 8fzj:u, 8g2u:t, 8g31:t, 8g34:t, 8g38:t, 8g6w:U, 8g7p:u, 8g7q:u, 8g7r:u, 8g7s:u, 6gwt:u, 6gxm:u, 6gxn:u, 6gxo:u, 6gxp:u, 6h4n:u, 5h5u:2, 6h58:u, 6h58:uu, 6hrm:z, 8hsp:U, 8htz:U, 8hu1:U, 6i7v:AU, 6i7v:BU, 8ifb:U, 8ifc:U, 5iqr:z, 5it8:AU, 5it8:BU, 5j5b:AU, 5j5b:BU, 5j7l:AU, 5j7l:BU, 5j88:AU, 5j88:BU, 5j8a:AU, 5j8a:BU, 3j9y:u, 3j9z:SU, 5j91:AU, 5j91:BU, 3ja1:SU, 3jbu:U, 3jbv:U, 3jcd:u, 3jce:u, 3jcj:2, 3jcn:w, 5jc9:AU, 5jc9:BU, 7jss:Z, 7jsw:Z, 7jsz:Z, 8jsg:2, 8jsh:2, 5jte:AU, 7jt1:Z, 7jt2:Z, 7jt3:Z, 5ju8:AU, 7k00:U, 8k4e:X, 7k50:Z, 7k51:Z, 7k52:Z, 7k53:Z, 7k54:Z, 7k55:Z, 5kcr:1u, 5kcs:1u, 5kps:26, 5kpv:25, 5kpw:25, 5kpx:25, 5l3p:u, 6lkq:T, 7lv0:Z, 5lza:u, 5lzb:u, 5lzc:u, 5lzd:u, 5lze:u, 5lzf:u, 7m5d:z, 5mdv:z, 5mdw:z, 5mdy:z, 5mdz:z, 5me0:U, 5me1:U, 5mgp:u, 5my1:U, 7n1p:SU, 7n2c:SU, 7n2u:SU, 7n2v:SU, 7n30:SU, 7n31:SU, 7nar:U, 7nas:U, 7nat:U, 7nbu:U, 5np6:X, 7nso:u, 7nsp:u, 7nsq:u, 5nwy:K, 7nwt:z, 7nww:y, 7o19:AU, 7o1a:AU, 7o1c:AU, 5o2r:u, 7o5h:U, 6o7k:2, 6o9j:u, 6o9k:u, 6ofx:Z, 6og7:Z, 6ogf:Z, 6ogg:Z, 6ogi:Z, 7oif:y, 7oig:y, 7oii:y, 7oiz:U, 7oj0:U, 6om6:z, 6ore:z, 6orl:z, 6osk:z, 6osq:z, 6ost:z, 6ot3:z, 7ot5:y, 7otc:u, 6ouo:z, 8p16:z, 8p17:z, 8p18:z, 7p3k:U, 8peg:U, 8phj:U, 7pjs:u, 7pjt:u, 7pju:u, 7pjv:u, 7pjw:u, 7pjx:u, 7pjy:u, 7pjz:u, 8pkl:U, 8pva:U, 7q4k:AU, 8q4f:U, 6q97:z, 6q98:z, 6q9a:z, 8qbt:3, 7qg8:v, 7qgh:s, 7qgn:v, 7qgr:s, 8qk7:z, 8qoa:U, 8r3v:U1, 8r3v:U2, 8r6c:U, 8r8m:U, 8rcl:U1, 8rcl:U2, 8rcm:U1, 8rcm:U2, 8rcs:U1, 8rcs:U2, 8rct:U1, 8rct:U2, 7s1g:3, 7s1h:3, 7s1i:3, 7s1j:3, 7s1k:3, 7sa4:z, 7ss9:Z, 7ssd:Z, 7ssl:Z, 7ssn:Z, 7sso:Z, 7ssw:Z, 7st2:Z, 7st6:Z, 7st7:Z, 8syl:u, 6szs:u, 8t5d:t, 6tbv:S211, 6tc3:S211, 7tos:S21, 4u1u:AU, 4u1u:CU, 4u1v:AU, 4u1v:CU, 4u20:AU, 4u20:CU, 4u24:AU, 4u24:CU, 4u25:AU, 4u25:CU, 4u26:AU, 4u26:CU, 4u27:AU, 4u27:CU, 5u4i:u, 5u9f:U, 5u9g:U, 7ug7:SU, 7uph:H, 8upo:F, 8upr:F, 8uql:F, 8uqm:F, 8uqp:F, 8ur0:F, 8urh:F, 8uri:F, 8urx:F, 8ury:F, 5uyk:U, 5uyl:U, 5uym:U, 5uyn:U, 5uyp:U, 5uyq:U, 4v4h:AU, 4v4h:CU, 4v4q:AU, 4v4q:CU, 4v50:AU, 4v50:CU, 4v52:AU, 4v52:CU, 4v53:AU, 4v53:CU, 4v54:AU, 4v54:CU, 4v55:AU, 4v55:CU, 4v56:AU, 4v56:CU, 4v57:AU, 4v57:CU, 4v5b:BU, 4v5b:DU, 4v5h:AU, 4v5y:AU, 4v5y:CU, 4v64:AU, 4v64:CU, 4v65:AQ, 4v66:AQ, 4v69:AU, 4v6c:AU, 4v6c:CU, 4v6d:AU, 4v6d:CU, 4v6e:AU, 4v6e:CU, 4v6k:BY, 4v6l:AY, 4v6m:AU, 4v6n:BX, 4v6o:AX, 4v6p:AX, 4v6q:AX, 4v6r:AX, 4v6s:BW, 4v6t:AU, 4v6v:AU, 4v6y:AU, 4v6z:AU, 4v70:AU, 4v71:AU, 4v72:AU, 4v73:AU, 4v74:AU, 4v75:AU, 4v76:AU, 4v77:AU, 4v78:AU, 4v79:AU, 4v7a:AU, 4v7b:AU, 4v7c:AU, 4v7d:BU, 4v7i:BU, 4v7s:AU, 4v7s:CU, 4v7t:AU, 4v7t:CU, 4v7u:AU, 4v7u:CU, 4v7v:AU, 4v7v:CU, 4v85:AU, 4v89:AU, 4v9c:AU, 4v9c:CU, 4v9d:AU, 4v9d:BU, 4v9o:BU, 4v9o:DU, 4v9o:FU, 4v9o:HU, 4v9p:BU, 4v9p:DU, 4v9p:FU, 4v9p:HU, 8vs9:S21, 8vsa:S21, 6vu3:F, 6vwl:t, 6vwm:t, 6vwn:t, 6vyq:F, 6vyr:F, 6vys:F, 6vyt:F, 6vyu:F, 6vyw:F, 6vyx:F, 6vyy:F, 6vyz:F, 6vz2:F, 6vz3:F, 6vz5:F, 6vz7:F, 6vzj:F, 5wdt:u, 6wd0:Z, 6wd1:Z, 6wd2:Z, 6wd3:Z, 6wd4:Z, 6wd5:Z, 6wd6:Z, 6wd7:Z, 6wd8:Z, 6wd9:Z, 6wda:Z, 6wdb:Z, 6wdc:Z, 6wdd:Z, 6wde:Z, 6wdf:Z, 6wdg:Z, 6wdh:Z, 6wdi:Z, 6wdj:Z, 6wdk:Z, 6wdl:Z, 6wdm:Z, 5we4:u, 5we6:u, 4wf1:AU, 4wf1:CU, 5wf0:u, 5wfk:u, 5wfs:u, 6wnv:Z, 6wnw:Z, 4woi:AU, 4woi:DU, 4www:QU, 4www:XU, 6x6t:F, 6x7f:F, 6x7k:F, 6x9q:F, 6xdq:F, 6xdr:F, 6xe0:U, 6xgf:F, 6xii:F, 6xij:F, 6xza:U1, 6xzb:U1, 6y69:u, 7y7c:U, 7y7d:U, 7y7e:U, 7y7f:U, 7y7g:U, 7y7h:U, 4ybb:AU, 4ybb:BU, 2ykr:U, 6ysr:u, 6yss:u, 6yst:u, 6ysu:u, 6ztj:AU, 6ztl:AU, 6ztm:AU, 6ztn:AU, 6zto:AU, 6ztp:AU, 7zta:S211, 6zu1:AU
4 8cd1:u 62 54 0.7193 0.6613 0.7593 2.06e-16 6spc:u, 6spe:u, 6spf:u, 6spg:u, 7unr:u, 7unu:u, 7unv:u, 7unw:u
5 5myj:AU 56 52 0.5439 0.5536 0.5962 3.24e-14
6 7qv1:b 57 50 0.4912 0.4912 0.5600 5.50e-13 6fxc:Au, 6fxc:Bu, 5nd8:u, 5nd9:u, 5ngm:Au, 7qv3:b, 6s0x:u, 6s13:u
7 8fmw:U 69 63 0.4211 0.3478 0.3810 2.85e-08
8 4v61:AU 53 51 0.3684 0.3962 0.4118 9.56e-07
9 5mmj:u 65 52 0.3158 0.2769 0.3462 3.46e-04 6eri:BU, 5mmm:u, 5x8p:u, 5x8r:u
10 7a5f:Q6 86 53 0.2982 0.1977 0.3208 0.012 7a5g:Q6, 7a5i:Q6, 7a5k:Q6, 5aj3:U, 5aj4:AU, 8any:AQ, 8csr:Q, 8css:Q, 8cst:Q, 8csu:Q, 6gaw:AU, 6gaz:AU, 3j9m:AQ, 3jd5:U, 8k2a:SW, 7l08:AQ, 6neq:U, 6nf8:U, 7nqh:AU, 7nql:AU, 7nsi:AU, 7nsj:AU, 6nu2:AQ, 6nu3:AQ, 7og4:AQ, 8oin:AQ, 8oip:AQ, 8oir:AQ, 8ois:AQ, 7p2e:Q, 7pnt:Q, 7pnu:Q, 7pnv:Q, 7pnw:Q, 7pnx:Q, 7pny:Q, 7pnz:Q, 7po0:Q, 7po1:Q, 7po2:Q, 7po3:Q, 7qi4:AQ, 7qi5:AQ, 7qi6:AQ, 8qrk:Q, 8qrl:Q, 8qrm:Q, 8qrn:Q, 6rw4:Q, 6rw5:Q, 6vlz:AQ, 6vmi:AQ, 8xt0:SW, 8xt2:SW, 6ydp:AU, 6ydw:AU, 6zm5:AQ, 6zm6:AQ, 6zs9:AQ, 6zsa:AQ, 6zsb:AQ, 6zsc:AQ, 6zsd:AQ, 6zse:AQ, 6zsg:AQ
11 7jil:z 55 51 0.2982 0.3091 0.3333 0.13
12 8xvg:L 3485 52 0.2105 0.0034 0.2308 2.3 8xvv:L
13 7ktr:A 3042 52 0.2105 0.0039 0.2308 2.5
14 8a22:Bt 75 31 0.1930 0.1467 0.3548 5.3 8apn:Bt, 8apo:Bt
15 2z33:A 104 20 0.1579 0.0865 0.4500 5.5 1gxp:A, 1gxp:B, 1gxp:E, 1gxp:F
16 6byr:A 405 23 0.1930 0.0272 0.4783 5.6 3ag9:B, 3agl:A, 3agl:B, 3agm:A, 3ama:A, 3amb:A, 1apm:E, 1atp:E, 4axa:A, 7axt:A, 7axv:A, 7axw:A, 7baq:A, 7bar:A, 7bb0:A, 1bkx:A, 3bwj:A, 1bx6:A, 5bx6:A, 5bx7:A, 6byr:C, 6c0u:A, 2c1a:A, 2c1b:A, 4c33:A, 4c34:A, 4c35:A, 4c36:A, 4c37:A, 4c38:A, 1cdk:A, 1cdk:B, 1cmk:E, 2cpk:E, 1ctp:E, 4dfx:E, 4dfz:E, 4dg0:E, 4dg2:E, 4dg3:E, 4dh1:A, 4dh3:A, 4dh5:A, 4dh7:A, 4dh8:A, 4din:A, 3dnd:A, 3dne:A, 7e0z:A, 7e11:A, 7e12:A, 6e21:A, 3e8c:A, 3e8c:B, 3e8c:C, 3e8c:D, 3e8c:E, 3e8c:F, 3e8e:A, 3e8e:B, 3e8e:E, 3e8e:I, 3e8e:L, 3e8e:P, 6e99:A, 6e9l:A, 6egw:A, 6eh2:A, 6eh3:A, 6em2:A, 6em6:A, 6em7:A, 6ema:A, 2erz:E, 6ert:A, 6eru:A, 6erv:A, 6erw:A, 6esa:A, 6f14:A, 2f7e:E, 2f7x:E, 2f7z:E, 8fe2:A, 8fe2:B, 8fe5:A, 8fe5:B, 8fec:A, 8fec:B, 3fhi:A, 3fjq:E, 1fmo:E, 6frx:A, 2gfc:A, 2gnf:A, 2gng:A, 2gnh:A, 2gni:A, 2gnj:A, 2gnl:A, 2gu8:A, 4hpt:E, 4hpu:E, 6i2a:A, 6i2b:A, 6i2c:A, 6i2d:A, 6i2h:A, 4iac:A, 4iad:A, 4iaf:A, 4iai:A, 4iak:A, 4iay:A, 4iaz:A, 4ib0:A, 4ib1:A, 4ib3:A, 3idb:A, 3idc:A, 4ie9:A, 4ij9:A, 5izf:A, 5izj:A, 5izj:B, 5j5x:A, 1jbp:E, 2jds:A, 2jdt:A, 2jdv:A, 1jlu:E, 5jr7:A, 5jr7:C, 3kkv:A, 1l3r:E, 3l9l:A, 3l9l:B, 3l9m:A, 3l9m:B, 3l9n:A, 5lcp:A, 5lcq:A, 5lcr:A, 5lct:A, 5lcu:A, 5m0b:A, 5m0c:A, 5m0l:A, 5m0u:A, 5m6v:A, 5m6y:A, 5m71:A, 5m75:A, 5mhi:A, 6mm5:E, 6mm6:C, 6mm6:E, 6mm7:A, 6mm7:D, 6mm8:C, 3mvj:A, 3mvj:E, 3mvj:B, 5n1d:A, 5n1e:A, 5n1f:A, 5n1g:A, 5n1h:A, 5n1k:A, 5n1l:A, 5n1m:A, 5n1n:A, 5n1o:A, 5n23:A, 5n32:A, 5n33:A, 5n36:A, 5n37:A, 5n39:A, 5n3a:A, 5n3b:A, 5n3c:A, 5n3d:A, 5n3e:A, 5n3f:A, 5n3g:A, 5n3h:A, 5n3j:A, 5n3k:A, 5n3l:A, 5n3m:A, 5n3n:A, 5n3o:A, 5n3p:A, 5n3q:A, 5n3r:A, 5n3s:A, 5n3t:A, 5n7p:A, 5n7u:A, 6no7:E, 6no7:G, 4ntt:A, 4ntt:B, 5ntj:A, 5nw8:A, 3nx8:A, 5o0e:A, 4o21:A, 4o22:A, 5o5m:A, 3o7l:B, 3o7l:D, 2oh0:E, 2ojf:E, 5ok3:A, 5ol3:A, 3oog:A, 5ot3:A, 5otg:A, 5oua:A, 5ouc:A, 5ous:A, 3ovv:A, 3ow3:A, 3owp:A, 3oxt:A, 3p0m:A, 7pid:A, 7pie:A, 7pif:A, 7pig:A, 7pih:A, 7pns:A, 3poo:A, 3pvb:A, 1q24:A, 1q61:A, 1q62:A, 1q8t:A, 1q8u:A, 1q8w:A, 3qal:E, 3qam:E, 2qcs:A, 6qj7:A, 2qur:A, 1rdq:E, 1re8:A, 1rej:A, 1rek:A, 8sf8:A, 1smh:A, 6snn:A, 6snx:A, 6sox:A, 6spm:A, 6sps:A, 6spu:A, 6spy:A, 6sq1:A, 1stc:E, 1sve:A, 1svg:A, 1svh:A, 1szm:A, 1szm:B, 3tnq:B, 4uj1:A, 4uj2:A, 4uj9:A, 4uja:A, 4ujb:A, 7ujx:E, 2uvx:A, 2uvy:A, 2uvz:A, 2uw0:A, 2uw3:A, 2uw4:A, 2uw5:A, 2uw6:A, 2uw7:A, 2uw8:A, 2uzt:A, 2uzu:E, 2uzv:A, 2uzw:E, 5uzk:A, 7v0g:E, 1veb:A, 5vhb:A, 5vi9:A, 5vib:A, 2vnw:A, 2vny:A, 2vo0:A, 2vo3:A, 2vo6:A, 2vo7:A, 3vqh:A, 4wb5:A, 4wb6:A, 4wb6:B, 4wb7:A, 4wb7:B, 4wb8:A, 4wbb:B, 4wih:A, 3x2u:A, 3x2v:A, 3x2w:A, 8x5l:A, 8x5l:B, 4x6r:A, 1xh4:A, 1xh5:A, 1xh6:A, 1xh7:A, 1xh8:A, 1xh9:A, 1xha:A, 4xw4:A, 4xw5:A, 4xw6:A, 6y05:A, 6y0b:A, 7y1g:A, 7y1g:B, 6y2o:A, 6y2u:A, 6y89:A, 6y8c:A, 1ydr:E, 1yds:E, 1ydt:E, 6yna:A, 6ynb:A, 6ync:A, 6ynr:A, 6ynt:A, 6yot:A, 6you:A, 6ypp:A, 6yps:A, 6yqi:A, 6yqj:A, 6yqk:A, 4yxr:A, 4yxs:A, 6z08:A, 6z44:A, 4z83:E, 4z84:A, 6zn0:A, 3zo1:A, 3zo2:A, 3zo3:A, 3zo4:A
17 3awj:A 380 30 0.1754 0.0263 0.3333 5.6
18 4im0:A 619 18 0.1579 0.0145 0.5000 5.7 6bny:A, 6bod:A, 6boe:A, 6cq0:A, 6cq4:A, 6cq5:A, 4im2:A, 4im3:A, 6nt9:A, 6nt9:B, 5w5v:A
19 4gz9:A 562 38 0.2281 0.0231 0.3421 6.7 9eou:A, 4gza:H, 2orz:A, 2qqm:A
20 4plf:B 330 53 0.2456 0.0424 0.2642 7.9 4plc:A, 4plc:B, 4plc:C, 4plc:D, 4plf:A, 4plg:A, 4plg:B, 6vdj:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218