Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PARPAHPLDPLSTAEIKAATNTVKSYFAGKKISFNTVTLREPARKAYIQWKEQGGPLPPRLAYYVILEAGKPGVKEGLVD
LASLSVIETRALETVQPILTVEDLCSTEEVIRNDPAVIEQCVLSGIPANEMHKVYCDPWTIGYDERWGTGKRLQQALVYY
RSDEDDSQYSHPLDFCPIVDTEEKKVIFIDIPNRRRKVSKHKHANFYPKHMIEKVGAMRPEAPPINVTQPEGVSFKMTGN
VMEWSNFKFHIGFNYREGIVLSDVSYNDHGNVRPIFHRISLSEMIVPYGSPEFPHQRKHALDIGEYGAGYMTNPLSLGCD
CKGVIHYLDAHFSDRAGDPITVKNAVCIHEEDDGLLFKHSDFRDNFATSLVTRATKLVVSQIFTAANYEYCLYWVFMQDG
AIRLDIRLTGILNTYILGDDEEAGPWGTRVYPNVNAHNHQHLFSLRIDPRIDGDGNSAAACDAKSSPYPLGSPENMYGNA
FYSEKTTFKTVKDSLTNYESATGRSWDIFNPNKVNPYSGKPPSYKLVSTQCPPLLAKEGSLVAKRAPWASHSVNVVPYKD
NRLYPSGDHVPQWSGDGVRGMREWIGDGSENIDNTDILFFHTFGITHFPAPEDFPLMPAEPITLMLRPRHFFTENPGLDI
QPSYAMTTSEAKRAV

The query sequence (length=655) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3t0u:B 668 655 1.0000 0.9805 1.0000 0.0 1a2v:A, 1a2v:B, 1a2v:C, 1a2v:F, 1a2v:E, 1a2v:D, 1ekm:A, 1ekm:B, 1ekm:C, 4ev2:A, 4ev2:B, 4ev2:C, 4ev2:D, 4ev2:E, 4ev2:F, 4ev5:A, 4ev5:B, 4ev5:C, 4ev5:D, 4ev5:E, 4ev5:F, 4kfd:A, 4kfd:B, 4kfd:C, 4kfd:D, 4kfd:E, 4kfd:F, 4kfe:A, 4kfe:B, 4kfe:C, 4kfe:D, 4kfe:E, 4kfe:F, 4kff:A, 4kff:B, 4kff:C, 3n9h:A, 3n9h:B, 3n9h:C, 3n9h:D, 3n9h:E, 3n9h:F, 3nbb:A, 3nbb:B, 3nbb:C, 3nbb:D, 3nbb:E, 3nbb:F, 3nbj:A, 3nbj:B, 3nbj:C, 3nbj:D, 3nbj:E, 3nbj:F, 2oov:A, 2oov:B, 2oov:C, 2oov:D, 2oov:E, 2oov:F, 2oqe:A, 2oqe:B, 2oqe:C, 2oqe:D, 2oqe:E, 2oqe:F, 3sxx:A, 3sxx:B, 3sxx:C, 3sxx:D, 3sxx:E, 3sxx:F, 3t0u:A, 3t0u:C
2 3loy:A 633 659 0.3496 0.3618 0.3475 5.84e-108 3loy:B, 3loy:C
3 8j6g:A 621 526 0.2870 0.3027 0.3574 1.23e-97 3amo:A, 3amo:B, 1av4:A, 1avl:A, 2bt3:A, 2cfd:A, 2cfd:B, 2cfg:A, 2cfg:B, 2cfk:A, 2cfl:A, 2cfw:A, 2cg0:A, 2cg1:A, 2cwt:A, 2cwt:B, 2cwu:A, 2cwu:B, 2cwv:A, 2cwv:B, 2d1w:A, 2d1w:B, 2e2t:A, 2e2u:A, 2e2u:B, 2e2v:A, 2e2v:B, 7f8k:A, 1iqx:A, 1iqx:B, 1iu7:A, 1iu7:B, 1ivu:A, 1ivu:B, 1ivv:A, 1ivv:B, 1ivw:A, 1ivw:B, 1ivx:A, 1ivx:B, 3kii:A, 3kii:B, 3kn4:A, 6l9c:X, 1rjo:A, 1sih:A, 1sii:A, 1ui7:A, 1ui7:B, 1ui8:A, 1ui8:B, 1w4n:A, 1w4n:B, 1w5z:A, 1w6c:A, 1w6g:A, 3wa2:X, 3wa3:A, 3wa3:B, 7wir:A, 7wir:B, 7wis:A, 7wis:B, 1wmn:A, 1wmn:B, 1wmp:A, 1wmp:B, 7wno:X, 7wnp:X, 3x3x:A, 3x3x:B, 3x3y:A, 3x3y:B, 3x3z:A, 3x3z:B, 3x40:A, 3x40:B, 3x41:A, 3x41:B, 3x42:A, 3x42:B, 7ynh:A, 7ynh:B, 2yx9:A, 2yx9:B, 2zl8:A, 2zl8:B, 5zou:A, 5zou:B, 5zow:A, 5zow:B, 5zox:A, 5zox:B, 5zoy:A, 5zoy:B, 5zoz:A, 5zoz:B, 5zp0:A, 5zp0:B, 5zp1:A, 5zp1:B, 5zp2:A, 5zp2:B, 5zp3:A, 5zp3:B, 5zp4:A, 5zp4:B, 5zp5:A, 5zp5:B, 5zp6:A, 5zp6:B, 5zp7:A, 5zp7:B, 5zp8:A, 5zp8:B, 5zp9:A, 5zp9:B, 5zpa:A, 5zpa:B, 5zpb:A, 5zpb:B, 5zpc:A, 5zpc:B, 5zpd:A, 5zpd:B, 5zpe:A, 5zpe:B, 5zpf:A, 5zpf:B, 5zpg:A, 5zpg:B, 5zph:A, 5zph:B, 5zpi:A, 5zpi:B, 5zpj:A, 5zpj:B, 5zpk:A, 5zpk:B, 5zpl:A, 5zpl:B, 5zpm:A, 5zpm:B, 5zpn:A, 5zpn:B, 5zpo:A, 5zpo:B, 5zpp:A, 5zpp:B, 5zpq:A, 5zpq:B, 5zpr:A, 5zpr:B, 5zps:A, 5zps:B, 5zpt:A, 5zpt:B
4 1oac:B 723 661 0.2779 0.2517 0.2753 2.80e-70 1d6u:A, 1d6u:B, 1d6y:A, 1d6y:B, 1d6z:A, 1d6z:B, 1dyu:A, 1dyu:B, 6ezz:A, 6ezz:B, 6grr:A, 6grr:B, 1jrq:A, 1jrq:B, 1lvn:A, 1lvn:B, 1oac:A, 1qaf:A, 1qaf:B, 1qak:A, 1qak:B, 1qal:A, 1qal:B, 1spu:A, 1spu:B, 2w0q:A, 2w0q:B, 2wgq:A, 2wgq:B, 2wo0:A, 2wo0:B, 2wof:A, 2wof:B, 2woh:A, 2woh:B
5 1ksi:A 642 646 0.2611 0.2664 0.2647 6.24e-51 1ksi:B, 1w2z:A, 1w2z:B, 1w2z:C, 1w2z:D
6 3hi7:A 715 421 0.1588 0.1455 0.2470 3.98e-26 3hi7:B, 3hig:A, 3hig:B, 3hii:A, 3hii:B, 3k5t:A, 3mph:A, 3mph:B
7 3ala:D 711 416 0.1664 0.1533 0.2620 1.53e-22 3ala:A, 3ala:B, 3ala:C, 3ala:E, 3ala:F, 3ala:G, 4btw:A, 4btw:B, 4btx:A, 4btx:B, 4bty:A, 4bty:B, 2c10:A, 2c10:B, 2c10:C, 2c10:D, 2c11:A, 2c11:B, 2c11:C, 2c11:D, 1pu4:A, 1pu4:B, 1us1:A, 1us1:B, 2y73:A, 2y73:B, 2y74:A, 2y74:B
8 1tu5:A 633 415 0.1573 0.1627 0.2482 5.19e-21 2pnc:A, 2pnc:B, 1tu5:B
9 3pgb:A 740 411 0.1389 0.1230 0.2214 2.54e-16
10 1w7c:A 737 429 0.1496 0.1330 0.2284 1.20e-14 1n9e:A, 1n9e:B, 1n9e:C, 1n9e:D, 1rky:A
11 3egw:B 509 93 0.0412 0.0530 0.2903 1.4 3ir5:B, 3ir6:B, 3ir7:B, 1q16:B, 1r27:B, 1r27:D, 1siw:B, 1y4z:B, 1y5i:B, 1y5l:B, 1y5n:B
12 6l5s:A 454 71 0.0321 0.0463 0.2958 1.8 6l5p:A, 6l5q:A, 6l5r:A, 6l7h:A
13 1did:A 393 75 0.0305 0.0509 0.2667 1.9 1did:B, 1die:A, 1die:B, 4xia:A, 4xia:B, 5xia:A, 5xia:B, 1xlb:A, 1xlb:B, 1xlc:A, 1xlc:B, 1xld:A, 1xld:B, 1xle:A, 1xle:B, 1xlf:A, 1xlf:B, 1xlg:A, 1xlg:B, 1xli:A, 1xli:B, 1xlj:A, 1xlj:B, 1xlk:A, 1xlk:B, 1xll:A, 1xll:B, 1xlm:A, 1xlm:B
14 8dgc:E 538 95 0.0366 0.0446 0.2526 5.5 8dgc:F, 8dgc:G, 8dgc:H
15 7cz3:A 168 33 0.0229 0.0893 0.4545 5.7 7cz3:B, 7cz3:C, 7cz3:D, 7cz3:E, 7cz3:F
16 3b5q:B 467 145 0.0519 0.0728 0.2345 7.1 3b5q:A, 5g2t:A, 5g2t:B, 5g2t:C, 5g2t:D, 5g2u:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218