Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NGTDADYEYEEITLERGNSGLGFSIAGGTDNPHIGDDSSIFITKIITGGAAAQDGRLRVNDCILRVNEVDVRDVTHSKAV
EALKEAGSIVRLYVKRRK

The query sequence (length=98) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8cn1:H 101 98 1.0000 0.9703 1.0000 1.20e-67 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
2 2ka9:A 189 91 0.8571 0.4444 0.9231 4.50e-55 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
3 2ka9:A 189 86 0.4898 0.2540 0.5581 2.44e-24 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
4 8c1t:A 90 89 0.5510 0.6000 0.6067 3.11e-32 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
5 8bq8:C 93 85 0.4694 0.4946 0.5412 6.55e-25 8bq8:A, 8bq8:B
6 7pc3:A 405 86 0.4694 0.1136 0.5349 1.94e-22 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
7 7p73:A 420 88 0.4388 0.1024 0.4886 5.40e-21 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
8 8b82:A 108 97 0.4490 0.4074 0.4536 5.81e-17 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
9 5wou:A 95 90 0.3980 0.4105 0.4333 3.73e-16
10 4wyu:A 201 96 0.4286 0.2090 0.4375 5.23e-16 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
11 4wyu:A 201 78 0.3265 0.1592 0.4103 1.69e-10 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
12 5heb:A 119 95 0.3980 0.3277 0.4105 6.51e-16 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
13 6xa7:B 96 84 0.3673 0.3750 0.4286 2.95e-15 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
14 3jxt:A 96 86 0.3776 0.3854 0.4302 5.20e-15 3jxt:B
15 2r4h:C 98 89 0.2959 0.2959 0.3258 4.59e-14
16 7p70:A 407 76 0.3980 0.0958 0.5132 2.83e-13 7pc4:A, 7qql:A
17 8bp4:A 93 78 0.3061 0.3226 0.3846 3.15e-12 8bp4:C, 8bp4:B
18 2i0i:A 81 85 0.3776 0.4568 0.4353 6.42e-12 2i0i:B, 2i0i:C
19 2pdz:A 86 88 0.3878 0.4419 0.4318 2.14e-11
20 2koh:A 111 106 0.3878 0.3423 0.3585 6.24e-11 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
21 8bv7:A 95 60 0.2653 0.2737 0.4333 9.50e-10 8buw:A, 8buw:B
22 2m0z:A 97 88 0.2959 0.2990 0.3295 1.89e-09 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
23 5zys:A 90 94 0.3265 0.3556 0.3404 2.73e-09
24 2l4t:A 124 85 0.3571 0.2823 0.4118 4.04e-09 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
25 4xhv:A 94 87 0.3061 0.3191 0.3448 9.83e-09
26 7qct:A 90 91 0.3163 0.3444 0.3407 1.39e-08 7qct:B
27 2kaw:A 90 65 0.2551 0.2778 0.3846 6.39e-08 6lcb:A, 2mx6:A
28 7qqm:A 413 82 0.3163 0.0751 0.3780 1.13e-07
29 4e34:A 87 74 0.2857 0.3218 0.3784 1.14e-07 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
30 1n7t:A 103 79 0.2857 0.2718 0.3544 3.03e-07 7lul:A, 1mfg:A, 1mfl:A, 6q0m:A, 6q0n:A, 6q0n:B, 6q0u:A, 6q0u:B, 6ubh:A, 6ubh:B, 6ubh:C, 6ubh:D
31 6gbe:A 119 88 0.2857 0.2353 0.3182 3.07e-07
32 6zbq:A 89 65 0.2449 0.2697 0.3692 3.38e-07 6zc4:A
33 1l6o:A 95 74 0.2551 0.2632 0.3378 5.67e-07 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
34 3ch8:A 190 79 0.2857 0.1474 0.3544 6.83e-07 2qbw:A
35 6x23:A 89 87 0.2653 0.2921 0.2989 8.05e-07
36 2exg:A 101 92 0.2755 0.2673 0.2935 3.73e-06 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
37 2kpl:A 129 84 0.2449 0.1860 0.2857 5.17e-06
38 2qt5:A 194 95 0.2551 0.1289 0.2632 8.96e-06 2qt5:B
39 1ihj:B 95 87 0.2959 0.3053 0.3333 1.39e-05 1ihj:A
40 5n7d:A 423 71 0.2347 0.0544 0.3239 1.41e-05 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
41 1b8q:A 127 75 0.2449 0.1890 0.3200 1.73e-05
42 7pc5:A 405 79 0.2551 0.0617 0.3165 3.61e-05
43 7weg:B 96 75 0.2551 0.2604 0.3333 9.54e-05 7weg:A
44 6q0m:B 94 79 0.2551 0.2660 0.3165 9.62e-05
45 3vqg:A 85 62 0.1939 0.2235 0.3065 8.79e-04
46 3bpu:A 86 93 0.2857 0.3256 0.3011 0.003
47 1rzx:A 98 79 0.2449 0.2449 0.3038 0.004 5i7z:A, 1x8s:A
48 2m0u:A 117 82 0.2347 0.1966 0.2805 0.013
49 4xh7:A 110 80 0.2551 0.2273 0.3125 0.020
50 6kz1:A 97 75 0.2245 0.2268 0.2933 0.021 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
51 2ejy:A 85 61 0.1735 0.2000 0.2787 0.025
52 3cyy:B 81 59 0.1429 0.1728 0.2373 0.54 3cyy:A
53 3cs0:A 392 93 0.2245 0.0561 0.2366 1.0 8f0a:A, 8f0a:B, 8f0a:C, 8f0u:A, 8f1t:A, 8f1t:B, 8f1t:C, 8f1u:A, 8f1u:B, 8f1u:C, 8f21:A, 8f21:B, 8f21:C, 8f26:A, 6jjk:A, 6jjk:B, 6jjk:C, 6jjk:D, 6jjk:E, 6jjk:F, 6jjl:A, 6jjl:B, 6jjl:C, 6jjl:D, 6jjl:E, 6jjl:F, 6jjo:A, 6jjo:B, 6jjo:C, 6jjo:D, 6jjo:E, 6jjo:F, 3mh5:A, 3mh5:B, 3mh6:A, 3mh7:A, 3otp:A, 3otp:B, 3otp:C, 3otp:D, 3otp:E, 3otp:F, 3ou0:A
54 6upr:B 270 70 0.1531 0.0556 0.2143 1.1
55 2qag:B 246 61 0.1633 0.0650 0.2623 1.7
56 5kzt:B 510 69 0.1939 0.0373 0.2754 2.2 5kzt:A
57 9bht:E 288 73 0.1633 0.0556 0.2192 2.4 9bht:B
58 4ynn:A 400 51 0.1327 0.0325 0.2549 2.8 4ynn:B, 4ynn:C, 4ynn:D, 4ynn:E, 4ynn:F, 4ynn:G, 4ynn:H
59 7jro:e 94 28 0.1020 0.1064 0.3571 3.4 7jrp:e
60 6nid:B 88 67 0.1939 0.2159 0.2836 3.7 6nid:A, 6nid:C
61 1u38:A 89 30 0.0918 0.1011 0.3000 4.2
62 4g7e:B 833 39 0.1327 0.0156 0.3333 5.8
63 8po5:A 125 61 0.1939 0.1520 0.3115 7.7 8po5:B, 8pzh:A
64 5csu:A 518 18 0.0918 0.0174 0.5000 7.8 5cps:A, 5cps:B, 5cpt:A, 5cpt:B, 5cq1:A, 5cq1:B, 5csu:B, 5csy:A, 5csy:B
65 7m6j:E 296 67 0.1633 0.0541 0.2388 8.3 7m6j:B, 6upa:B
66 8rpl:B 630 63 0.1735 0.0270 0.2698 9.0 8rpk:A, 8rpk:B, 8rpk:C, 8rpk:D, 8rpl:A, 8rpl:C, 8rpl:D
67 6upq:B 247 64 0.1429 0.0567 0.2188 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218