Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGR

The query sequence (length=50) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1bdt:B 53 50 1.0000 0.9434 1.0000 1.14e-31 1bdt:A, 1bdt:C, 1bdt:D, 1bdv:A, 1bdv:B, 1bdv:C, 1bdv:D, 1par:A, 1par:B, 1par:C, 1par:D
2 3qoq:A 50 41 0.3000 0.3000 0.3659 0.008 3qoq:B, 3qoq:C, 3qoq:D
3 5epo:A 261 29 0.2400 0.0460 0.4138 2.3 5epo:B, 5epo:C, 5epo:D
4 5d3m:A 280 19 0.2000 0.0357 0.5263 3.0 8bmp:A, 8bmq:A, 8bms:A, 5d3m:E
5 6q7i:A 770 21 0.1800 0.0117 0.4286 3.2 6q7j:A, 6q7j:B
6 2p5v:G 158 39 0.3000 0.0949 0.3846 4.2 2p5v:A, 2p5v:B, 2p5v:C, 2p5v:E, 2p5v:D, 2p5v:F, 2p5v:H, 2p6s:A, 2p6s:G, 2p6s:B, 2p6s:D, 2p6s:C, 2p6s:F, 2p6s:E, 2p6s:H, 2p6t:A, 2p6t:G, 2p6t:B, 2p6t:D, 2p6t:C, 2p6t:F, 2p6t:E, 2p6t:H
7 4cw0:A 301 35 0.2000 0.0332 0.2857 4.9 7a0l:A, 3bjp:A, 3bk8:A, 3cks:A, 3cku:A, 4cw2:A, 4cw3:A, 4cw6:A, 4d12:A, 4d13:A, 4d17:A, 4d19:A, 3f2m:A, 5frc:A, 4fsk:A, 2fub:A, 2fxl:A, 3gko:A, 6i9x:A, 6i9z:A, 6ia1:A, 6ia3:A, 6ia9:aaa, 6ia9:aba, 2iba:A, 2ic0:A, 2icq:A, 6ic1:A, 3l8w:A, 3l9g:A, 3lbg:A, 3ld4:A, 4n3m:A, 4n9m:A, 4n9s:A, 4n9v:A, 3obp:A, 4op6:A, 4op9:A, 4oqc:A, 7p0c:A, 7p0d:A, 7p0g:A, 3p9f:A, 3p9o:A, 2pes:A, 3pjk:A, 3pk3:A, 3pk4:A, 3pk5:A, 3pk6:A, 3pk8:A, 3pkf:A, 3pkg:A, 3pkh:A, 3pkk:A, 3pkl:A, 3pks:A, 3pkt:A, 3pku:A, 3ple:A, 3plg:A, 3plh:A, 3pli:A, 3plj:A, 3plm:A, 4poe:A, 4pr8:A, 4puv:A, 7puf:A, 7puf:B, 7pwn:A, 7pwn:B, 7q09:A, 7q09:B, 7qar:AAA, 1r4s:A, 1r4u:A, 1r51:A, 6rgm:A, 6rgt:A, 1wrr:A, 1ws2:A, 1ws2:B, 1ws2:C, 1ws2:D, 1ws3:A, 1ws3:B, 1ws3:C, 1ws3:D, 1xt4:A, 1xxj:A, 1xxj:B, 1xxj:C, 1xxj:D, 1xy3:A, 1xy3:B, 1xy3:C, 1xy3:D, 1xy3:E, 1xy3:F, 1xy3:G, 1xy3:H, 2zka:A, 2zkb:A
8 2rfb:A 338 44 0.3000 0.0444 0.3409 6.9 2rfb:B, 2rfb:C, 2rfc:A, 2rfc:B, 2rfc:C, 2rfc:D
9 2pp1:A 395 15 0.2000 0.0253 0.6667 7.5 2pp1:B, 2pp1:C, 2pp1:D, 2pp1:E, 2pp1:F, 2pp3:A, 2pp3:B, 2pp3:C
10 4eog:A 466 36 0.2600 0.0279 0.3611 7.7
11 6ejp:D 90 32 0.1800 0.1000 0.2812 8.2 6ejp:C
12 3e78:A 365 22 0.1800 0.0247 0.4091 9.4 3e79:A, 3eki:A
13 7wb0:A 797 33 0.2000 0.0125 0.3030 9.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218