Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LYKKAGSEFALDSSKLEAIYATSEADRDYKENAVDGDENTIWHSAYQAADKLPVSITIKLDKAYDLNQIDYLPRQNSRNG
HVTEYKIETSLDNENWTEVRTGNLEVNEAGNALANRGYNPIRFNTINAQYLRFTALKTLGDTNNKYASAAELVFYGK

The query sequence (length=157) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4lks:A 157 157 1.0000 1.0000 1.0000 3.13e-114 4lks:C, 4lqr:A, 4p5y:A
2 2v5d:A 722 128 0.3376 0.0734 0.4141 2.87e-25 2cbi:A, 2cbi:B, 2cbj:A, 2cbj:B, 2j1a:A, 2j1e:A, 2j62:A, 2j62:B, 2j7m:A, 7khv:A, 7khv:B, 7khv:C, 7khv:D, 7khv:E, 7khv:F, 5oxd:A, 6rhe:A, 2v5c:A, 2v5c:B, 2vur:A, 2vur:B, 2wb5:A, 2wb5:B, 2x0y:A, 2x0y:B, 2xpk:A, 2xpk:B, 2ydq:A, 2ydr:A, 2yds:A, 4zxl:A
3 4a44:A 140 120 0.2803 0.3143 0.3667 7.41e-24 4a41:A, 4a45:A, 4aax:A
4 2v72:A 137 149 0.3121 0.3577 0.3289 2.38e-17
5 7blg:A 142 130 0.2484 0.2746 0.3000 5.45e-13 7blh:AAAA, 7blj:A, 7blk:A
6 2ber:A 601 129 0.2739 0.0715 0.3333 3.79e-12 2bzd:A, 2bzd:B, 2bzd:C, 1eus:A, 1euu:A, 1w8n:A, 1w8o:A, 1wcq:A, 1wcq:B, 1wcq:C
7 3ggl:A 161 86 0.1720 0.1677 0.3140 4.13e-09 6oe2:A
8 8ayr:A 677 133 0.2357 0.0547 0.2782 2.17e-08 8ayr:B
9 1k3i:A 651 107 0.1975 0.0476 0.2897 6.14e-07 2eib:A, 2eic:A, 2eid:A, 2eie:A, 1gof:A, 1gog:A, 2jkx:A, 1t2x:A, 8tx5:A, 8tx5:B, 8tx5:C, 8tx5:D, 8tx6:A, 2vz1:A, 2vz3:A, 2wq8:A, 6xlr:A, 6xls:A, 6xlt:A
10 5k9h:A 554 83 0.1592 0.0451 0.3012 1.21e-06
11 5k9h:A 554 69 0.1210 0.0343 0.2754 6.8
12 4lpl:A 142 114 0.2166 0.2394 0.2982 1.08e-05
13 2w1u:B 146 126 0.2357 0.2534 0.2937 3.96e-05 2w1u:D, 2wdb:B
14 4a42:A 127 88 0.1975 0.2441 0.3523 5.99e-05 4a42:B
15 7rga:E 270 110 0.1975 0.1148 0.2818 5.30e-04 3qxt:A, 3qxt:B, 3qxv:A, 3qxv:B, 3qxv:C, 3qxv:D, 3qxv:E, 7rg7:A, 7rga:A, 7rga:B, 7rga:C, 7rga:D, 7rga:G, 7rga:F, 2w1q:A, 2w1q:B, 2w1s:A, 2w1s:B, 2w1u:A, 2w1u:C, 2wdb:A, 2wdb:C, 2wdb:D
16 6eon:A 754 76 0.1529 0.0318 0.3158 0.001
17 3hnm:A 167 130 0.1783 0.1677 0.2154 0.011 3hnm:B, 3hnm:C, 3hnm:D
18 4zz8:A 132 112 0.2038 0.2424 0.2857 0.014
19 1tvg:A 136 149 0.2229 0.2574 0.2349 0.064
20 7wdt:A 819 24 0.0828 0.0159 0.5417 0.24 7wdu:A, 6z14:JJJ
21 2vme:A 256 40 0.0955 0.0586 0.3750 0.34 2vm9:A, 2vmc:A, 2vmd:A, 2vme:B, 2vme:C, 2vme:D, 2vme:E, 2vme:F
22 6wzt:A 494 70 0.1274 0.0405 0.2857 0.36 6aos:A, 6aot:A, 6aou:A, 6aov:A, 6bkr:A, 6bks:A, 6bkt:A, 6cex:D, 6cex:B, 3eym:B, 3eym:D, 3eym:F, 8faw:A, 1hgg:B, 1hgg:D, 1hgg:F, 1hgh:B, 1hgh:D, 1hgh:F, 1htm:B, 1htm:D, 1htm:F, 6nsa:A, 6nsb:A, 6nsf:A, 6nsg:A, 5t6n:B, 5t6n:D, 5t6n:F, 8tj6:B, 8tj9:A, 8tja:A, 8tjb:A, 4uny:D, 4uo0:D, 8uwa:B, 4wea:A, 2yp3:A, 2yp4:A, 2yp5:A, 2yp8:A, 2yp9:A
23 5xnr:A 385 135 0.2229 0.0909 0.2593 0.60 7d29:A, 7d2a:A
24 7jfs:A 958 158 0.2484 0.0407 0.2468 0.63 7jnb:A, 7jnd:A, 7jnf:A, 5kdj:B, 5kdj:A, 5kdn:A, 5kds:A, 5kdu:A
25 7jfs:A 958 60 0.1019 0.0167 0.2667 6.5 7jnb:A, 7jnd:A, 7jnf:A, 5kdj:B, 5kdj:A, 5kdn:A, 5kds:A, 5kdu:A
26 2w94:A 254 21 0.0828 0.0512 0.6190 1.3 2w94:B, 2w94:C, 2w95:A, 2w95:B, 2w95:C, 2wn2:A, 2wn2:B, 2wn2:C, 2wn3:A, 2wn3:B, 2wn3:C
27 8tj8:A 317 28 0.0892 0.0442 0.5000 1.4
28 6riw:A 923 74 0.1465 0.0249 0.3108 2.0
29 2yc2:A 132 124 0.1783 0.2121 0.2258 2.0 2yc2:B, 2yc4:A, 2yc4:B
30 8eup:x 306 117 0.1975 0.1013 0.2650 2.1 8esq:x, 8eth:x, 8eti:x, 8euy:x, 8ev3:x
31 5kdv:A 891 53 0.0828 0.0146 0.2453 2.4 7jtv:B, 7jtv:A, 5kdw:A, 5kdw:B, 5kdx:A, 5kdx:B
32 8tj4:A 317 28 0.0892 0.0442 0.5000 3.0 8tj4:C, 8tj4:E, 8tj4:G, 8tj6:A, 8tj6:C, 8tj6:E, 8tj6:G, 8tj7:A
33 4txw:A 159 71 0.1338 0.1321 0.2958 3.0
34 6w98:A 1312 56 0.1019 0.0122 0.2857 3.2 6wbx:A
35 5z0r:B 445 50 0.1083 0.0382 0.3400 3.5 5z0r:A, 5z0v:A, 5z0v:B, 5z0v:C, 5z0v:D
36 2qqo:A 431 63 0.1338 0.0487 0.3333 3.7 5dn2:C, 5dn2:D, 5dn2:A, 5dq0:A, 7m22:N, 2qqo:B, 6tdb:A, 6tdb:B, 6tdb:C, 6tdb:D, 6tjt:A, 6tjt:B
37 5xrs:G 321 28 0.0828 0.0405 0.4643 5.1 5xrs:A, 5xrs:C
38 4wa2:A 491 70 0.1146 0.0367 0.2571 5.1 6bkq:A, 6bkq:C, 6bkq:E, 6cex:A, 6cex:C, 6cex:E, 1mqm:A, 1mqm:D, 1mqm:G, 1mqn:A, 1mqn:D, 5t6n:A, 5t6n:E, 5t6n:C, 6tzb:A, 6tzb:C, 6tzb:E, 2vir:C, 2vis:C, 2vit:C, 5vtq:A, 5vtq:C, 5vtq:E, 5vtr:A, 5vtr:C, 5vtr:E, 5vtv:A, 5vtv:C, 5vtv:E, 5vtw:C, 5vtw:E, 5vtw:A, 5vty:A, 5vty:C, 5vty:E, 5vu4:A, 5vu4:C, 5vu4:E, 4wa2:B, 4wa2:C, 4wa2:E, 6y5j:E, 2ypg:A, 2ypg:C, 2ypg:E
39 4uny:C 330 42 0.1019 0.0485 0.3810 5.3 4unx:A, 4unx:C, 4unx:E, 4uny:A, 4uny:E, 4unz:A, 4unz:C, 4unz:E, 4uo1:A, 4uo1:C, 4uo1:E, 4uo2:A, 4uo2:C, 4uo2:E, 4uo5:A, 4uo5:C, 4uo5:E, 4uo6:A, 4uo7:A, 4uo7:C, 4uo7:E, 4uo8:A
40 1hge:A 328 28 0.0828 0.0396 0.4643 6.0 1hge:C, 1hge:E, 1hgg:A, 1hgg:C, 1hgg:E, 1hgh:A, 1hgh:C, 1hgh:E, 1hgi:A, 1hgi:C, 1hgi:E, 1hgj:A, 1hgj:C, 1hgj:E, 4hmg:A, 4hmg:C, 4hmg:E, 5hmg:A, 5hmg:C, 5hmg:E
41 4gz9:A 562 40 0.0573 0.0160 0.2250 7.7 9eou:A, 4gza:H, 2orz:A, 2qqm:A
42 4dgu:A 232 31 0.0892 0.0603 0.4516 8.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218