Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LGKDHEILRRRIENGAKELWFFLQSELKKLKNLEGNELQRHADEFLLDLGHHERSIMTDLYYLSQTDGAGDWREKEAKDL
TELVQRRITYLQNPKDCSKAKKLVCNINKGCGYGCQLHHVVYCFMIAYGTQRTLILESQNWRYATGGWETVFRPVSETCT
DRSGISTGHWSGEVKDKNVQVVELPIVDSLHPRPPYLPLAVPEDLADRLVRVHGDPAVWWVSQFVKYLIRPQPWLEKEIE
EATKKLGFKHPVIGVHVRRTDKVGTEAAFHPIEEYMVHVEEHFQLLARRMQVDKKRVYLATDDPSLLKEAKTKYPNYEFI
SDNSLRGVILDIHFLSQADFLVCTFSSQVCRVAYEIMQTLHPDASANFHSLDDIYYFGGQNAHNQIAIYAHQPRTADEIP
MEPGDIIGVAGNHWDGYSKGVNRKLGRTGLYPSYKVREKIETVKYPTYPEAEK

The query sequence (length=453) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6vld:B 469 468 1.0000 0.9659 0.9679 0.0 6tkv:A, 6tkv:B, 6vld:A, 6vlg:A, 6vlg:B, 6vlg:C, 6vlg:D, 6x5h:A, 6x5h:B, 6x5h:C, 6x5r:B, 6x5r:A, 6x5s:A, 6x5s:B, 6x5t:A, 6x5t:B, 6x5t:C, 6x5t:D, 6x5t:E, 6x5t:F, 6x5t:G, 6x5t:H, 6x5u:E, 6x5u:B, 6x5u:D, 6x5u:F, 6x5u:A, 6x5u:G, 6x5u:C, 6x5u:H
2 5xhz:A 60 54 0.0442 0.3333 0.3704 6.38e-04 5xhz:B
3 2d1x:C 66 48 0.0419 0.2879 0.3958 0.012 2d1x:A, 2d1x:B, 2d1x:D, 5nv1:A, 7pll:A, 3ulr:B
4 1zsg:A 65 65 0.0508 0.3538 0.3538 0.015 2p4r:A, 5sxp:B, 5sxp:D, 5sxp:A, 5sxp:C
5 2lcs:A 67 47 0.0309 0.2090 0.2979 0.057
6 2ak5:B 64 61 0.0464 0.3281 0.3443 0.072 2df6:A, 2df6:B
7 2fpd:C 62 57 0.0375 0.2742 0.2982 0.16 7nyl:AAA
8 4x1v:A 59 52 0.0397 0.3051 0.3462 0.34 3u23:A
9 4f14:A 56 47 0.0331 0.2679 0.3191 0.35
10 1zi4:A 264 188 0.0971 0.1667 0.2340 0.78 2a8u:A, 2a8w:A, 1lzj:A, 2o1h:A, 1r7t:A, 1r7v:A, 1r7x:A, 1r82:A, 5tjo:A, 1wt1:A, 1wt2:A, 1wt3:A, 1zi1:A, 1zi3:A, 1zi5:A, 1ziz:A, 1zj1:A, 1zj2:A, 1zj3:A, 1zjo:A, 1zjp:A
11 2xmf:A 60 47 0.0331 0.2500 0.3191 0.93
12 6dsz:B 1072 105 0.0596 0.0252 0.2571 1.1
13 6b27:A 118 53 0.0331 0.1271 0.2830 1.3 6b27:B, 6b27:C, 6b27:D, 6b27:E, 6b27:F
14 7pwy:C 301 138 0.0927 0.1395 0.3043 1.9
15 8bu1:D 827 108 0.0596 0.0326 0.2500 2.2 8bu1:A, 8bu1:G, 8bu2:A, 8bu2:D, 8bu2:G, 8bu3:A, 8bu3:D, 8bu3:G, 8bu4:A, 8bu4:D, 8bu4:G, 8bu5:A, 8bu5:D, 8bu5:G, 8bu6:G, 8bu6:D, 8bu6:A, 8bu7:A, 8bu7:D, 8bu7:G, 8bua:A, 8bua:D, 8bua:G, 8bub:A, 8bub:D, 8bub:G, 8buc:A, 8buc:D, 8buc:G, 8bud:A, 8bud:D, 8bud:G, 8bue:A, 8bue:D, 8bue:G, 8buf:D, 8bug:A, 8bug:D, 8bug:G, 8buh:A, 8buh:D, 8buh:G, 8bui:A, 8bui:D, 8bui:G, 8buj:A, 8buj:G, 8buk:D, 8bul:A, 8bul:D, 8bul:G, 8bum:A, 8bum:D, 8bum:G, 8bun:A, 8bun:D, 8bun:G, 8buo:A, 8buo:D, 8buo:G, 8bup:A, 8bup:D, 8bup:G, 8buq:A, 8buq:D, 8buq:G, 8bur:D, 8bur:A, 8bur:G, 8bus:D, 8bus:A, 8bus:G, 8but:A, 8but:D, 8but:G, 6td3:A, 6td3:D, 6td3:G
16 8tl6:A 798 108 0.0618 0.0351 0.2593 2.4 8g46:A
17 7ukn:A 1059 108 0.0596 0.0255 0.2500 3.1
18 5foe:B 435 140 0.0662 0.0690 0.2143 3.8 5foe:A
19 7pkt:p 204 62 0.0419 0.0931 0.3065 4.0
20 1tpy:A 285 160 0.0751 0.1193 0.2125 5.1
21 5bxc:A 297 127 0.0751 0.1145 0.2677 5.4 5c1g:A, 5c1h:A, 5c1l:A, 4c2s:A, 4c2s:B, 5c36:A, 5c38:A, 5c3a:A, 5c3b:A, 5c3d:A, 5c47:A, 5c48:A, 5c49:A, 5c4b:A, 5c4c:A, 5c4d:A, 5c4e:A, 5c4f:A, 5c8r:A, 4fqw:A, 4fra:A, 4frb:A, 4frd:A, 4fre:A, 4frh:A, 4frl:A, 4frm:A, 4fro:A, 4frp:A, 4frq:A, 4gbp:A, 6gx0:A, 6gx1:A, 6gx2:A, 3i0d:A, 3i0e:A, 3i0f:A, 3i0g:A, 3i0i:X, 3i0j:A, 3i0k:A, 3i0l:A, 3ioi:A, 3ioj:A, 3ioj:B, 4kc1:A, 4kc2:A, 4kc4:A, 1lzi:A, 5m79:A, 5m7a:A, 5m7b:A, 5m7c:A, 5m7c:B, 5m7d:A, 2pgv:A, 1r7u:A, 1r7y:A, 1r80:A, 1r81:A, 2rix:A, 2riy:A, 2rj0:A, 2rj1:A, 2rj4:A, 2rj5:A, 2rj6:A, 2rj7:A, 2rj8:A, 2rj9:A, 3sx3:A, 3sx5:A, 3sx7:A, 3sx8:A, 3sxa:A, 3sxb:A, 3sxc:A, 3sxd:A, 3sxe:A, 3sxg:A, 3u0x:A, 3u0x:B, 3u0y:A, 3u0y:B, 3v0l:A, 3v0m:A, 3v0m:B, 3v0n:A, 3v0n:B, 3v0o:A, 3v0o:B, 3v0p:A, 3v0p:B, 3v0q:A, 3v0q:B, 4y62:A, 4y63:A, 4y64:A, 2y7a:A, 3zgf:A, 3zgf:B, 3zgg:A, 1zhj:A, 1zj0:A
22 3s27:H 797 51 0.0309 0.0176 0.2745 5.7 3s27:A, 3s27:B, 3s27:C, 3s27:D, 3s27:E, 3s27:F, 3s27:G, 3s28:A, 3s28:B, 3s28:C, 3s28:D, 3s28:E, 3s28:F, 3s28:G, 3s28:H, 3s29:A, 3s29:B, 3s29:C, 3s29:D, 3s29:E, 3s29:F, 3s29:G, 3s29:H
23 3i7h:A 1114 79 0.0464 0.0189 0.2658 6.0 4a0b:A, 9bbe:A, 9bbg:A, 9bbh:A, 9bbi:A, 6dsz:A, 3i7k:A, 3i7l:A, 3i7n:A, 3i7o:A, 3i7p:A, 3i89:A, 3i8c:A, 3i8e:A, 3i8e:B
24 1q9o:B 226 60 0.0309 0.0619 0.2333 7.4 2bmk:B, 2bmk:H, 2g5b:B, 2g5b:D, 2g5b:F, 2g5b:H, 3hzy:B, 1kel:H, 3okl:B, 1q9o:D, 2r1w:B, 2r23:B, 2r2e:B, 3t65:B, 1wc7:B, 1wc7:H, 1wcb:B, 1wcb:H
25 3aw8:A 360 91 0.0662 0.0833 0.3297 8.6 3aw8:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218