Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HHHHHHHHGSSENLYFQGSRNIVGCRIQHGWKEGNGPVTQWKGTVLDQVPVNPSLYLIKYDGFDCVYGLELNKDERVSAL
EVLPDRVATSRISDAHLADTMIGKAVEHMFETEDGSKDEWRGMVLARAPVMNTWFYITYEKDPVLYMYQLLDDYKEGDLR
IMPDSLVGKQVEYAKEDGSKRTGMVIHQVEAKPSVYFIKFDDDFHIYVYDLV

The query sequence (length=212) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7bqz:A 215 208 0.9151 0.9023 0.9327 4.21e-142 7bqz:C, 7bqz:E, 7bqz:G, 7bu9:A, 7bu9:C, 7bu9:E, 7bu9:G, 7cna:D, 7cna:A, 7e9m:A, 7e9m:C, 7ea1:A, 8gtx:A, 4h75:A, 5jsg:A, 5jsg:B, 5jsj:A, 5jsj:B, 4mzf:B, 4mzg:B, 4mzg:D, 4mzh:A, 2ns2:A, 7ocb:B, 5y5w:A, 5y5w:C
2 5y5w:B 195 207 0.9198 1.0000 0.9420 5.53e-142 7ea1:C, 6i8b:B, 6i8b:E, 6i8l:B, 6i8y:A, 6qpl:B
3 5lug:A 207 196 0.7689 0.7874 0.8316 5.83e-122 5lug:D, 5lug:C, 5lug:B
4 5lug:A 207 149 0.1981 0.2029 0.2819 2.74e-09 5lug:D, 5lug:C, 5lug:B
5 4uy4:B 208 205 0.7311 0.7452 0.7561 6.23e-110 4uy4:A
6 4yo8:B 242 53 0.0849 0.0744 0.3396 0.014 4bmx:B, 4bmz:A, 4bmz:B, 5ccd:A, 5cce:A, 6dyu:A, 6dyu:B, 6dyv:A, 6dyv:B, 6dyw:A, 6dyw:B, 6dyy:A, 6dyy:B, 6dyy:C, 6dyy:D, 4ffs:A, 5jpc:A, 5k1z:A, 5kb3:A, 3nm5:A, 3nm5:B, 3nm6:B, 4ojt:A, 4oy3:A, 4p54:A, 4wkn:A, 4wko:A, 4wkp:A, 4wkp:B, 4wkp:C, 4wkp:D, 4ynb:A, 4yo8:A
7 6sp0:A 197 112 0.1226 0.1320 0.2321 0.18
8 8rhf:B 327 14 0.0566 0.0367 0.8571 0.21 8rhe:A, 8rhe:B, 8rhf:A, 8rhi:A, 8rhi:B
9 1uhn:A 189 102 0.1415 0.1587 0.2941 0.36 2zfd:A
10 8joj:A 523 15 0.0566 0.0229 0.8000 0.54 4c3x:A, 4c3x:B, 4c3x:C, 4c3x:D, 4c3x:E, 4c3x:F, 4c3x:G, 4c3x:H, 4c3y:A, 4c3y:B, 4c3y:C, 4c3y:D, 4c3y:E, 4c3y:F, 4c3y:G, 4c3y:H, 8jbz:AAA, 8ju4:A, 8kcz:A
11 2ig6:A 143 82 0.1085 0.1608 0.2805 0.90 2ig6:B
12 5k1s:A 358 15 0.0566 0.0335 0.8000 1.2 5k1s:C, 5k1s:B, 5k1s:D
13 4u03:A 389 70 0.0755 0.0411 0.2286 1.3 4txy:A, 4txz:A, 4ty0:A, 4u03:B, 4u0m:A, 4u0m:B, 4u0n:A, 4u0n:B, 4xj4:A
14 4xj3:A 369 70 0.0755 0.0434 0.2286 1.3 4txy:B, 4txz:B, 4ty0:B, 4xj5:A
15 6top:A 154 23 0.0613 0.0844 0.5652 2.1 6top:B, 6top:C, 6top:D
16 6ras:I 433 99 0.1179 0.0577 0.2525 3.1 6rar:I, 6rau:I, 6rce:I
17 3gyd:B 180 15 0.0566 0.0667 0.8000 3.6 3gyd:A
18 3ddd:A 281 15 0.0566 0.0427 0.8000 3.6
19 7xij:A 131 15 0.0566 0.0916 0.8000 4.8
20 1z24:A 189 57 0.0802 0.0899 0.2982 6.9
21 1z0b:A 203 32 0.0566 0.0591 0.3750 7.2
22 4bo4:C 255 14 0.0519 0.0431 0.7857 8.2 4ag3:A, 4ag3:B, 4ag3:C, 4bnt:B, 4bnt:C, 4bnt:D, 4bnu:A, 4bnu:B, 4bnu:C, 4bnu:D, 4bnv:A, 4bnv:B, 4bnv:C, 4bnv:D, 4bnx:A, 4bnx:B, 4bnx:C, 4bnx:D, 4bny:A, 4bny:B, 4bny:C, 4bny:D, 4bnz:A, 4bnz:B, 4bnz:C, 4bnz:D, 4bo0:A, 4bo0:B, 4bo0:C, 4bo0:D, 4bo1:A, 4bo1:B, 4bo1:C, 4bo1:D, 4bo2:A, 4bo2:B, 4bo2:C, 4bo2:D, 4bo3:A, 4bo3:B, 4bo3:C, 4bo3:D, 4bo4:A, 4bo4:B, 4bo4:D, 4bo5:A, 4bo5:B, 4bo5:C, 4bo5:D, 4bo6:A, 4bo6:B, 4bo6:C, 4bo6:D, 4bo7:A, 4bo7:B, 4bo7:C, 4bo7:D, 4bo8:A, 4bo8:B, 4bo8:C, 4bo8:D, 4bo9:A, 4bo9:B, 4bo9:C, 4bo9:D
23 3k6j:A 430 13 0.0472 0.0233 0.7692 8.4
24 6vgl:A 305 15 0.0566 0.0393 0.8000 9.0 6aaj:A, 6aaj:B, 5aep:A, 4aqc:A, 4aqc:B, 2b7a:A, 2b7a:B, 4bbe:A, 4bbe:B, 4bbe:C, 4bbe:D, 4bbf:A, 4bbf:B, 4bbf:C, 4bbf:D, 6bbv:A, 8bm2:A, 8bm2:B, 8bpv:A, 8bpw:A, 8bpw:B, 8bx6:A, 8bx9:A, 8bx9:B, 8bxc:A, 8bxc:B, 8bxh:A, 4c61:A, 4c61:B, 4c62:A, 4c62:B, 5cf4:A, 5cf4:B, 5cf5:A, 5cf5:B, 5cf6:A, 5cf6:B, 5cf8:A, 5cf8:B, 4d0w:A, 4d0x:A, 4d1s:A, 6drw:A, 4e4m:A, 4e4m:B, 4e4m:D, 4e4m:E, 3e62:A, 3e63:A, 3e64:A, 4e6d:A, 4e6d:B, 4e6q:A, 4e6q:B, 4f08:A, 4f08:B, 4f09:A, 3fup:A, 3fup:B, 8g6z:A, 8g6z:B, 8g8o:A, 8g8o:B, 8g8x:A, 8g8x:B, 4gfm:A, 4gl9:A, 4gl9:B, 4gl9:C, 4gl9:D, 4gmy:A, 5hez:A, 5hez:C, 5hez:B, 5hez:D, 4hge:A, 4hge:B, 3io7:A, 3iok:A, 4iva:A, 4ji9:A, 4ji9:B, 4jia:A, 3jy9:A, 3kck:A, 3krr:A, 5l3a:A, 7ll4:A, 7ll5:A, 3lpb:A, 3lpb:B, 4p7e:A, 4p7e:B, 3q32:A, 3q32:B, 7q7i:A, 7q7k:A, 7q7l:A, 7q7w:A, 7ree:A, 7rn6:A, 3rvg:A, 7teu:A, 3tjc:A, 3tjc:B, 3tjd:A, 3tjd:B, 6tpd:A, 5tq3:A, 5tq3:B, 5tq4:A, 5tq5:A, 5tq6:A, 5tq6:B, 5tq7:A, 5tq7:B, 5tq8:A, 3ugc:A, 5usy:A, 5usy:B, 7uyw:A, 6vgl:D, 6vgl:B, 6vgl:C, 6vn8:B, 6vn8:A, 6vnb:B, 6vnb:A, 6vnc:B, 6vnc:A, 6vne:B, 6vne:A, 6vnf:B, 6vnf:A, 6vng:B, 6vng:A, 6vnh:B, 6vnh:A, 6vni:B, 6vni:A, 6vnj:B, 6vnj:A, 6vnk:D, 6vnk:B, 6vnk:C, 6vnk:A, 6vnl:D, 6vnl:B, 6vnl:C, 6vnl:A, 6vnm:B, 6vnm:A, 6vs3:A, 6vs3:B, 6vsn:D, 6vsn:B, 6vsn:C, 6vsn:A, 2w1i:A, 5wev:A, 6wtn:A, 6wto:A, 6wtp:A, 6wtq:A, 6x8e:A, 6x8e:B, 2xa4:A, 2xa4:B, 4ytc:A, 4ytf:A, 4yth:A, 4yti:A, 4zim:A, 4zim:B, 3zmm:A, 3zmm:B
25 6wn0:B 213 45 0.0660 0.0657 0.3111 9.2 6wn0:A
26 1eu8:A 407 46 0.0660 0.0344 0.3043 9.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218