Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HAMGVNIYKEGQDVVLKPDSEYPEWLFEMNVGPPKKLEELDPETREYWRLLRKHNIWRHNRLSKNRKF

The query sequence (length=68) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ydp:Bq 85 68 1.0000 0.8000 1.0000 1.04e-46 5aj4:Bq, 6gaw:Bq, 6gb2:Bq, 7nqh:Bq, 7nql:Bq, 7nsh:Bq, 7nsi:Bq, 7nsj:Bq, 8oin:Bc, 8oiq:Bc, 6ydw:Bq
2 8k2a:L4 83 68 0.8382 0.6867 0.8382 2.11e-39 8any:l, 6i9r:l, 8k2b:L4, 7l08:l, 7l20:l, 7o9k:l, 7o9m:l, 7odr:l, 7ods:l, 7odt:l, 7og4:l, 8oir:Bc, 8oit:Bc, 7po4:l, 7qi4:l, 7qi5:l, 7qi6:l, 6vlz:l, 6vmi:l, 8xt0:L4, 8xt1:L4, 8xt2:L4, 8xt3:L4, 6zm5:l, 6zm6:l, 6zs9:l, 6zsa:l, 6zsb:l, 6zsc:l, 6zsd:l, 6zse:l, 6zsg:l
3 6ywe:i 124 23 0.1912 0.1048 0.5652 0.019 6yws:i, 6ywv:i, 6ywx:i, 6ywy:i
4 9f17:A 413 27 0.1765 0.0291 0.4444 1.1 9f17:B, 7pvo:A, 8qwa:A, 6zxq:A
5 7uch:A 636 60 0.2500 0.0267 0.2833 1.3 6b39:A, 6b3a:A, 6b3b:A
6 8jxj:A 570 25 0.1324 0.0158 0.3600 2.7 8jxj:B
7 8em7:A 4378 25 0.1324 0.0021 0.3600 3.0 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
8 8em4:A 3818 25 0.1324 0.0024 0.3600 3.1 8em4:B
9 5n4b:A 722 16 0.0882 0.0083 0.3750 4.9 5n4b:B, 5n4d:A, 5n4d:B
10 6z1p:AN 96 64 0.2647 0.1875 0.2812 5.5
11 8bot:A 3528 28 0.1324 0.0026 0.3214 6.1
12 7nfe:A 3585 28 0.1324 0.0025 0.3214 6.1
13 3ahm:A 564 22 0.1471 0.0177 0.4545 6.2 3ahm:B, 3ahn:A, 3ahn:B, 3aho:A, 3aho:B
14 5gl5:A 431 48 0.2353 0.0371 0.3333 6.2 5gl5:B
15 8wm6:A 742 19 0.1176 0.0108 0.4211 7.7 8wmj:A, 8wmv:A, 8wmw:A, 7y7b:A, 7y8a:A
16 5oy0:A 751 19 0.1176 0.0107 0.4211 7.8 8am5:a, 8asl:a, 8asp:a, 6hqb:A, 4kt0:A, 4l6v:A, 4l6v:a, 4l6v:1, 6nwa:A, 6nwa:a, 6nwa:H, 7o1v:A, 5oy0:a, 5oy0:1, 7umh:A, 7umh:H, 7umh:a, 6uzv:A, 6uzv:a, 6uzv:1, 6vpv:A, 6vpv:a, 6vpv:1
17 7s3d:A 749 18 0.1176 0.0107 0.4444 8.0 7s3d:G, 7s3d:a
18 6kmx:aA 717 18 0.1176 0.0112 0.4444 8.8 6kmx:bA, 6kmx:cA
19 6ly5:a 742 19 0.1176 0.0108 0.4211 8.9 6l4u:A
20 6kmw:aA 721 18 0.1176 0.0111 0.4444 9.0 6kmw:bA, 6kmw:cA
21 6k61:A 742 18 0.1176 0.0108 0.4444 9.1 6jeo:aA, 6jeo:bA, 6jeo:cA, 6jeo:dA, 6k61:a, 6tcl:A1, 6tcl:A2, 6tcl:A, 6tcl:AA, 7y3f:A
22 6tra:A 746 18 0.1176 0.0107 0.4444 9.1 4fe1:A, 7fix:A1, 7fix:A2, 7fix:A3, 1jb0:A, 6k33:aA, 6k33:bA, 6k33:cA, 6lu1:A, 7m75:A, 7m76:A, 7m78:A, 3pcq:A, 6pfy:A, 6pfy:G, 6pfy:Y, 6pgk:A, 6pgk:G, 6pgk:Y, 6trc:A, 6trc:a, 6trc:1, 6trd:A, 6trd:a, 6trd:1, 5zf0:A1, 5zf0:A2, 5zf0:A3, 5zf0:A4, 5zf0:A6, 5zf0:A5
23 7blz:A 743 18 0.1176 0.0108 0.4444 9.2 6fos:A, 8wey:A, 5zgb:A, 5zgh:A
24 7yca:A 742 18 0.1176 0.0108 0.4444 9.4 7a4p:A, 7bgi:A, 7blx:A, 8cmo:A, 7d0j:A, 7dz7:A, 7dz8:A, 8h2u:A, 6ijj:A, 6ijo:A, 6jo5:A, 6jo6:A, 7r3k:A, 7wyi:A, 7wzn:A, 7zq9:A, 7zqc:A, 7zqd:A, 7zqd:A2, 6zzx:A, 6zzy:A
25 7dr0:A 739 18 0.1176 0.0108 0.4444 9.5 7dr1:A, 7dr2:aA, 7dr2:bA, 7dr2:cA, 7dr2:dA
26 5l8r:A 743 18 0.1176 0.0108 0.4444 9.5 8bcv:A, 8bcw:A, 7dkz:A, 7ew6:A, 7ewk:A, 7f9o:A, 7f9o:e, 8htu:A, 8j6z:A, 8j7a:A, 8j7b:A, 7ksq:A, 7kux:A, 6l35:A, 3lw5:A, 2o01:A, 4rku:A, 7wfd:AA, 7wfe:BA, 7wg5:AA, 7wg5:BA, 8wgh:A, 2wsc:A, 2wse:A, 2wsf:A, 4xk8:A, 4xk8:a, 7xqp:A, 4y28:A, 6yac:A, 6yez:A, 5zji:A, 6zoo:A, 6zxs:A
27 7y5e:AN 745 18 0.1176 0.0107 0.4444 9.5 7y5e:A2, 7y7a:A7, 7y7a:Ao
28 6kif:A 751 18 0.1176 0.0107 0.4444 9.5 6kif:G, 6kif:e, 6kig:A, 6kig:G, 6kig:e
29 7f4v:aA 772 18 0.1176 0.0104 0.4444 9.5 7f4v:bA, 7f4v:cA
30 2h1n:A 566 19 0.1324 0.0159 0.4737 10.0 2h1j:A, 2h1j:B, 2h1n:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218