Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSVHPDLRDVFSKMSFFDKIGFLFIHAFDKRNLWHKVPVPIGLLYLNTRRTLLEKYNLLAVGRSSHGALFDPKEFLYRTE
DGKYNDPHNAEAGSQNTFFGRNMEPVDQQDELMSPDPFVVATKLLARREYKDTGKQFNILAAAWIQFMVHDWMDHMEDTG
QIGITAPKEVANECPLKSFKFHPTKELPTNSDGIKIGHYNIRTAWWDGSAVYGNNEERAEKLRTYVDGKLVIGDDGLLLH
KENGVALSGDIRNSWAGVSILQALFVKEHNAVCDAIKEEHPNLSDEELYRYAKLVTSAVIAKVHTIDWTVELLKTKTMRA
AMRANWYGLLGKKIKDTFGHIGGPILGGLVGLKKPNNHGVPYSLTEEFTSVYRMHSLIPSTLKLRDPTGQPDANNSPPCL
EDIDIGEMIGLKGEEQLSKIGFEKQALSMGYQACGALELWNYPSFFRNLIPQNLDGTNRSDRIDLAALEVYRDRERSVPR
YNEFRRRLFLIPIKSWEDLTSDKDAIETIRAIYGDDVEKLDLLVGLMAEKKIKGFAISETAFNIFILMASRRLEADRFFT
SNFNEETYTKKGMQWVKTTEGLRDVINRHYPEITAKWMKSSSAFSVWDADY

The query sequence (length=611) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4kvj:A 611 611 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4kvk:A, 4kvl:A
2 4hhr:A 640 608 0.6350 0.6062 0.6382 0.0 4hhs:A
3 1prh:A 554 445 0.1457 0.1606 0.2000 9.97e-15 2ayl:B, 2ayl:A, 1cqe:A, 1cqe:B, 1diy:A, 1ebv:A, 1eqg:A, 1eqg:B, 1eqh:A, 1eqh:B, 1fe2:A, 1ht5:A, 1ht5:B, 1ht8:A, 1ht8:B, 1igx:A, 1igz:A, 7jxt:A, 7jxt:B, 3kk6:A, 3kk6:B, 3n8v:A, 3n8v:B, 3n8w:A, 3n8w:B, 3n8x:A, 3n8x:B, 3n8y:A, 3n8y:B, 3n8z:A, 3n8z:B, 4o1z:A, 4o1z:B, 2oye:P, 2oyu:P, 1pge:A, 1pge:B, 1pgf:A, 1pgf:B, 1pgg:A, 1pgg:B, 1prh:B, 1pth:A, 1pth:B, 1q4g:A, 1q4g:B, 1u67:A, 5u6x:A, 5u6x:B, 5wbe:A, 5wbe:B
4 5f1a:A 553 482 0.1555 0.1718 0.1971 4.82e-13 5f19:A, 5f19:B, 5f1a:B, 5ikq:A, 5ikq:B, 5ikr:A, 5ikr:B, 5ikt:A, 5ikt:B, 5ikv:A, 5ikv:B, 5kir:A, 5kir:B
5 4rs0:A 557 471 0.1653 0.1813 0.2144 6.20e-13 6bl3:A, 6bl3:B, 6bl3:C, 6bl3:D, 6bl4:A, 6bl4:B, 6bl4:C, 6bl4:D, 4cox:A, 4cox:B, 4cox:C, 4cox:D, 5cox:A, 5cox:B, 5cox:C, 5cox:D, 6cox:A, 6cox:B, 1cvu:B, 1cvu:A, 1cx2:A, 1cx2:B, 1cx2:C, 1cx2:D, 1ddx:A, 1ddx:B, 1ddx:C, 1ddx:D, 4e1g:A, 4e1g:B, 8et0:A, 8et0:B, 5fdq:A, 5fdq:B, 4fm5:A, 4fm5:B, 4fm5:C, 4fm5:D, 3hs5:A, 3hs5:B, 3hs6:A, 3hs6:B, 3hs7:A, 3hs7:B, 5jvy:A, 5jvy:B, 5jvz:A, 5jvz:B, 5jw1:A, 5jw1:B, 3krk:A, 3krk:B, 3ln0:A, 3ln0:B, 3ln0:C, 3ln0:D, 3ln1:A, 3ln1:B, 3ln1:C, 3ln1:D, 4m10:A, 4m10:B, 4m10:C, 4m10:D, 4m11:A, 4m11:B, 4m11:C, 4m11:D, 3mdl:A, 3mdl:B, 3mqe:A, 3mqe:B, 3mqe:C, 3mqe:D, 3nt1:A, 3nt1:B, 3ntb:A, 3ntb:B, 3ntb:C, 3ntb:D, 3ntg:A, 3ntg:B, 3ntg:C, 3ntg:D, 6ofy:A, 6ofy:B, 3olt:A, 3olt:B, 3olu:A, 3olu:B, 4otj:A, 4otj:B, 4otj:C, 4otj:D, 4oty:A, 4oty:B, 3pgh:A, 3pgh:B, 3pgh:C, 3pgh:D, 4ph9:A, 4ph9:B, 1pxx:A, 1pxx:B, 1pxx:C, 1pxx:D, 3q7d:A, 3q7d:B, 3qh0:A, 3qh0:B, 3qmo:A, 3qmo:B, 3rr3:A, 3rr3:B, 3rr3:C, 3rr3:D, 4rrw:A, 4rrw:B, 4rrw:C, 4rrw:D, 4rrx:A, 4rrx:B, 4rrz:A, 4rrz:B, 4rrz:C, 4rrz:D, 4rut:A, 4rut:B, 4rut:C, 4rut:D, 3tzi:A, 3tzi:B, 6v3r:A, 6v3r:B, 6v3r:C, 6v3r:D, 5w58:A, 4z0l:A, 4z0l:B, 4z0l:C, 4z0l:D
6 6erc:A 511 96 0.0524 0.0626 0.3333 1.26e-10 6erc:B
7 6erc:A 511 281 0.1047 0.1252 0.2278 8.87e-06 6erc:B
8 7d3e:C 1380 417 0.1538 0.0681 0.2254 8.53e-09 7d3e:A, 7d3f:C, 7d3f:A
9 6wxv:A 1091 135 0.0622 0.0348 0.2815 1.78e-07 6wxr:A, 6wxu:C, 6wxu:A
10 6wxv:A 1091 137 0.0606 0.0339 0.2701 0.010 6wxr:A, 6wxu:C, 6wxu:A
11 5mfa:A 588 307 0.1064 0.1105 0.2117 3.84e-05 6azp:A, 6bmt:A, 4c1m:D, 4c1m:C, 4c1m:A, 4c1m:B, 1cxp:D, 1cxp:C, 1cxp:A, 1cxp:B, 1d2v:D, 1d2v:C, 1d2v:A, 1d2v:B, 1d5l:D, 1d5l:C, 1d5l:A, 1d5l:B, 1d7w:D, 1d7w:C, 1d7w:A, 1d7w:B, 4dl1:D, 4dl1:C, 4dl1:H, 4dl1:G, 4dl1:L, 4dl1:K, 4dl1:P, 4dl1:O, 4dl1:A, 4dl1:B, 4dl1:E, 4dl1:F, 4dl1:I, 4dl1:J, 4dl1:M, 4dl1:N, 1dnu:D, 1dnu:C, 1dnu:A, 1dnu:B, 1dnw:D, 1dnw:C, 1dnw:A, 1dnw:B, 4ejx:B, 4ejx:D, 3f9p:C, 3f9p:D, 3f9p:A, 3f9p:B, 5fiw:A, 5fiw:C, 5fiw:B, 5fiw:D, 7lae:A, 7lae:B, 7lae:E, 7lae:D, 7lag:E, 7lag:B, 7lag:I, 7lag:G, 7lag:A, 7lag:D, 7lag:F, 7lag:H, 7lal:B, 7lal:A, 7lal:E, 7lal:D, 7lan:E, 7lan:B, 7lan:I, 7lan:G, 7lan:A, 7lan:D, 7lan:F, 7lan:H, 1mhl:D, 1mhl:C, 1mhl:A, 1mhl:B, 1myp:C, 1myp:A, 1myp:D, 1myp:B, 7ni1:A, 7ni1:C, 7ni1:B, 7ni1:D, 7ni3:A, 7ni3:C, 7ni3:B, 7ni3:D, 7oih:H, 7oih:G, 7oih:B, 7oih:A, 7oih:D, 7oih:C, 7oih:F, 7oih:E, 5qj2:B, 5qj2:A, 5qj2:E, 5qj2:D, 5qj2:G, 5qj2:F, 5qj2:I, 5qj2:H, 5qj3:B, 5qj3:A, 5qj3:D, 5qj3:E, 7qzr:D, 7qzr:B, 7qzr:A, 7qzr:C, 5uzu:A, 5wdj:B, 5wdj:A, 5wdj:D, 5wdj:E, 6wxz:B, 6wxz:E, 6wxz:A, 6wxz:D, 6wy0:E, 6wy0:B, 6wy0:I, 6wy0:G, 6wy0:A, 6wy0:D, 6wy0:F, 6wy0:H, 6wy5:E, 6wy5:B, 6wy5:A, 6wy5:D, 6wy7:E, 6wy7:B, 6wy7:A, 6wy7:D, 6wyd:A, 6wyd:B, 6wyd:E, 6wyd:D, 6wyd:G, 6wyd:F, 6wyd:H, 6wyd:I, 7z53:D, 7z53:B, 7z53:J, 7z53:H, 7z53:P, 7z53:N, 7z53:V, 7z53:T, 7z53:A, 7z53:C, 7z53:G, 7z53:I, 7z53:M, 7z53:O, 7z53:S, 7z53:U, 3zs0:D, 3zs0:C, 3zs0:A, 3zs0:B, 3zs1:A, 3zs1:C, 3zs1:B, 3zs1:D
12 8ogi:B 465 165 0.0589 0.0774 0.2182 0.001
13 8ogi:B 465 100 0.0442 0.0581 0.2700 0.021
14 6a4y:A 595 392 0.1375 0.1412 0.2143 0.15 5b72:A, 3bxi:A, 7c73:A, 7c74:A, 7c75:A, 7d52:A, 7dao:A, 7de5:A, 7dlq:A, 7dmr:A, 7dn6:A, 7dn7:A, 2e9e:A, 2e9e:B, 2efb:A, 2efb:B, 2eha:A, 2eha:B, 3erh:A, 3eri:A, 3faq:A, 5ff1:A, 5ff1:B, 3fnl:A, 3gc1:A, 3gcj:A, 3gck:A, 3gcl:A, 5gh0:A, 2gjm:A, 5gls:A, 4gm7:A, 5hpw:A, 5hpw:B, 5hpw:C, 5hpw:D, 3i6n:A, 2ikc:A, 2ikc:B, 8ing:A, 2ips:A, 9it8:A, 8k5m:A, 6kmk:A, 3krq:A, 4ksz:A, 6ky7:A, 6l2j:A, 6l32:A, 6l5g:A, 6l9t:A, 6lco:A, 6lf7:A, 6lqw:A, 6lqw:B, 6m7e:A, 4msf:A, 3n8f:A, 3n8f:B, 3nak:A, 3nak:B, 3niu:A, 3niu:B, 4njb:A, 2nqx:A, 2o86:A, 4oek:A, 2ojv:A, 4pnx:A, 2pt3:A, 2pum:A, 3py4:A, 3qf1:A, 4qjq:A, 2qpk:A, 2qqt:A, 2qrb:A, 3r4x:A, 2r5l:A, 3r55:A, 3r5o:A, 3rke:A, 3sxv:A, 3tgy:A, 3uba:A, 3v6q:A, 7ve3:A, 5wv3:A, 7wyj:A, 7y3u:A, 7y3u:B, 4y55:A, 8y9x:A, 2z5z:A, 5zgs:A
15 3ahm:A 564 112 0.0540 0.0585 0.2946 2.2 3ahm:B, 3ahn:A, 3ahn:B, 3aho:A, 3aho:B
16 8e5i:A 357 57 0.0295 0.0504 0.3158 2.2
17 5x9w:A 771 44 0.0262 0.0208 0.3636 4.7 5x9w:B, 5yk4:A, 5yk4:B
18 8i9x:CT 488 121 0.0507 0.0635 0.2562 8.5 8i9y:CT, 8i9z:CT, 8ia0:CT

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218