Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GREQWASRLGFILAAMGSAVGLGNIWRFSYVTGENGGAAFLLVYLGFIALIGIPIVLAEFTIGRRAQSDAVGSFEKLAPG
KPWKVAGLMGVAAGFLILSFYGVIAGWILFYLFNYITGQLWSAPAEGFGGFFEGFIANPTLPLFWQALFMIATIWIVAIG
VKKGIERSNKILMPLLGVLLIALAIYSLTLGGAKEGLAFLFSPDWSALKDPGVYLAAISQAFFTLSLGMGALITYGSYVS
KDSRLPGAAVSVAGLDTAFAIIAGIMIFPAVFALGLSPSGGPGLVFVVLPDIFDSIRLGPIVGIAFFILLGAAALSSAVS
LLEVPVAYFMRKFDWSRKQAAITLGVIITLLGIPSSLSFGVLGEVTIIPGLNIFDSVDFIASSVFLPLGGMIIALFIGWG
WKTSDALAESDLTDSVWGKLWILSLRFIAPIAILIVFLSAF

The query sequence (length=441) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6yu6:B 446 441 1.0000 0.9888 1.0000 0.0 4us3:A, 4us4:A, 6yu2:A, 6yu2:B, 6yu3:A, 6yu4:A, 6yu5:A, 6yu5:B, 6yu6:A, 6yu7:A
2 2q6h:A 512 380 0.2948 0.2539 0.3421 2.57e-47 2a65:A, 7dii:A, 7dii:B, 7dix:A, 7dix:B, 7dj1:A, 7dj1:B, 7dj2:A, 7dj2:B, 7djc:A, 3f3a:A, 3f3c:A, 3f3d:A, 3f3e:A, 3f48:A, 3f4i:A, 3f4j:A, 8ft4:A, 8ft5:A, 4fxz:A, 4fy0:A, 3gjc:A, 3gjc:B, 3gjd:A, 3gwu:A, 3gwv:A, 3gww:A, 4hmk:A, 4hmk:B, 4hod:A, 7lqj:A, 7lqk:A, 7lql:A, 4mm4:A, 4mm4:B, 4mm5:A, 4mm6:A, 4mm7:A, 4mm8:A, 4mm9:A, 4mma:A, 4mmb:A, 4mmc:A, 4mmd:A, 4mmd:B, 4mme:A, 4mme:B, 4mmf:A, 4mmf:B, 3mpn:A, 3mpq:A, 6nle:A, 2q72:A, 2qb4:A, 2qei:A, 2qju:A, 3qs4:A, 3qs5:A, 3qs6:A, 3tt1:A, 3tt1:B, 3tu0:A, 3usg:A, 3usi:A, 3usi:B, 3usj:A, 3usj:B, 3usk:A, 3usk:B, 3usk:C, 3usk:D, 3usl:A, 3usm:A, 3uso:A, 3uso:B, 3usp:A, 6xwm:A, 6xwm:B
3 6awn:A 544 408 0.2426 0.1967 0.2623 1.48e-34 6awo:A, 6awp:A, 6awq:A, 8de3:A, 8de4:A, 6dzv:A, 6dzw:A, 6dzy:A, 6dzz:A, 5i6x:A, 5i71:A, 5i73:A, 5i74:A, 5i75:A, 7li6:A, 7li7:A, 7li9:A, 7lia:A, 7lwd:A, 7mgw:A, 7txt:S, 6vrh:A, 6vrk:A, 6vrl:A, 6w2b:A, 6w2c:A
4 7sk2:A 532 359 0.2404 0.1992 0.2953 4.68e-34 8gnk:A, 7y7w:A, 7y7y:A, 7y7z:A
5 4xp9:C 537 481 0.2971 0.2439 0.2723 6.39e-34 9euo:A, 9eup:A, 6m0f:A, 6m0z:A, 6m2r:A, 6m38:A, 6m3z:A, 4m48:A, 6m47:A, 7wgd:A, 7wgt:A, 7wlw:A, 4xnu:A, 4xnx:A, 4xp1:A, 4xp4:A, 4xp5:A, 4xp6:A, 4xpa:A, 4xpb:A, 4xpf:A, 4xpg:A, 4xph:A, 4xpt:A
6 7dwx:A 605 297 0.2018 0.1471 0.2997 1.25e-33 7dwx:C, 8i92:B, 8i92:D, 8i93:B, 8i93:D, 6m17:A, 6m17:C, 8wby:A, 8wby:D, 8wbz:A, 8wbz:D
7 8vby:A 553 488 0.2834 0.2260 0.2561 1.42e-32 9eo4:B, 8y2d:A, 8y2e:A, 8y2f:A, 8y2g:A
8 8i91:B 579 320 0.2063 0.1572 0.2844 1.07e-29 8i91:D, 8p2w:C, 8p2z:C, 8p30:C, 8p30:D, 8p31:C, 8p31:D, 8wm3:A, 8wm3:C
9 8y8z:A 565 406 0.2268 0.1770 0.2463 2.12e-28 8hff:A, 8hfg:A, 8hfi:A, 8hfl:A, 8i3v:A, 8wgr:A, 8wgx:A, 8wtv:A, 8wtw:A, 8wtx:A, 8wty:A, 8xb2:A, 8xb3:A, 8y8z:E, 8y90:A, 8y91:D, 8y91:A, 8y92:A, 8y92:B, 8y93:A, 8y95:A, 8y95:D, 8yr2:B, 8yr2:A, 8z1l:A, 8zoy:A, 8zp1:A, 8zp2:A, 8zpb:A
10 8wfl:A 552 416 0.2517 0.2011 0.2668 1.50e-26 8wfi:A, 8wfj:A, 8wfk:A, 6zbv:A, 6zpl:B, 6zpl:A
11 8h3h:A 539 88 0.0522 0.0427 0.2614 0.58 8h3h:B, 8h3h:C, 8h3h:D, 8h3h:E, 8h3h:F, 8juw:A, 8juw:B, 8juw:C, 8juw:D, 8juw:E, 8juw:F, 8juy:A, 8juy:B, 8juy:C, 8juy:D, 8juy:E, 8juy:F, 8juz:A, 8juz:B, 8juz:C, 8juz:D, 8juz:E, 8juz:F
12 5jy1:A 266 65 0.0317 0.0526 0.2154 2.9 5jy1:B, 5jy1:C, 5jy1:D
13 6jdb:A 290 69 0.0499 0.0759 0.3188 6.0
14 6jdc:A 269 69 0.0499 0.0818 0.3188 7.3
15 6g71:A 393 134 0.0771 0.0865 0.2537 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218