Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GRDHRKIGKQLDLYHMQEEAPGMVFWHNDGWTIFRELEVFVRSKLKEYQYQEVKGPFMMDRVLWEKTGHWDNYKDAMFTT
SSENREYCIKPMNCPGHVQIFNQGLKSYRDLPLRMAEFGSCHRNEPSGALHGLMRVRGFTQDDAHIFCTEEQIRDEVNAC
IRMVYDMYSTFGFEKIVVKLSTRPDKRIGSDEMWDRAEADLAVALEENNIPFEYQLGEGAFYGPKIEFTLYDCLDRAWQC
GTVQLDFSLPSRLSASYVGEDNERKVPVMIHRAILGSMERFIGILTEEFAGFFPTWLAPVQVVVMNITDSQSEYVNELTQ
KLQNAGIRVKADLRNEKIGFKIREHTLRRVPYMLVCGDKEVEAGKVAVRTRRGKDLGSLDVNDVIEKLQQEIRSRSLQQL
E

The query sequence (length=401) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1qf6:A 641 400 0.9726 0.6084 0.9750 0.0 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
2 6vu9:A 631 390 0.5786 0.3677 0.5949 2.43e-180
3 4ttv:A 403 401 0.4414 0.4392 0.4414 5.00e-116 4hwt:A, 4hwt:B, 4p3n:A, 4p3n:B, 4p3n:C, 4p3n:D, 4ttv:B, 4ttv:C, 4ttv:D
4 1nyq:B 645 400 0.4140 0.2574 0.4150 5.67e-108 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
5 5zy9:C 400 391 0.4040 0.4050 0.4143 6.88e-100 5zy9:D, 5zy9:E
6 7l3o:B 401 373 0.3915 0.3915 0.4209 7.74e-100 7l3o:A, 7l3o:C, 7l3o:D
7 3ugt:C 427 413 0.3890 0.3653 0.3777 1.54e-96 4eo4:A, 4eo4:B, 4eo4:C, 4eo4:D, 3ugq:A, 3ugt:A, 3ugt:B, 3ugt:D, 3uh0:A, 4yye:A, 4yye:B
8 3a31:A 465 307 0.2693 0.2323 0.3518 1.02e-48 3a32:A
9 2i4n:B 442 413 0.2219 0.2014 0.2155 1.44e-13 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
10 1nj1:A 463 404 0.2145 0.1857 0.2129 2.47e-10 1nj2:A, 1nj5:A, 1nj6:A
11 8w8j:A 572 157 0.0948 0.0664 0.2420 3.51e-10 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
12 6nab:B 497 375 0.2045 0.1650 0.2187 8.87e-09 6nab:A, 6uyh:A, 6uyh:B
13 1h4s:A 473 175 0.1347 0.1142 0.3086 2.07e-08 1h4q:A, 1h4q:B, 1h4s:B, 1h4t:A, 1h4t:B, 1h4t:C, 1h4t:D, 1hc7:A, 1hc7:B, 1hc7:C, 1hc7:D
14 5znj:A 563 156 0.1047 0.0746 0.2692 3.56e-08 5znk:A
15 2j3l:B 570 143 0.0748 0.0526 0.2098 3.13e-07 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
16 7f9a:A 499 404 0.2219 0.1784 0.2203 9.15e-07 7bbu:A, 7f98:A, 7f98:B, 7f99:A, 7f99:B, 7f9a:B, 7f9b:A, 7f9b:B, 7f9c:A, 7f9c:B, 7f9d:A, 7f9d:B, 4hvc:A, 4hvc:B, 4k86:A, 4k87:A, 4k88:A, 7osy:A, 7osy:B, 7osz:A, 7osz:B, 7ot0:A, 7ot0:B, 7ot1:A, 7ot1:B, 7ot2:A, 7ot2:B, 7ot3:A, 7ot3:B, 5v58:A, 5vad:A, 5vad:B, 7x09:A, 7x09:B, 7x1o:A, 7x1o:B, 7y1h:A, 7y1h:B, 7y1w:A, 7y1w:B, 7y28:A, 7y28:B, 7y3s:A, 7y3s:B
17 5f9z:A 493 383 0.2145 0.1744 0.2245 1.33e-05 5f9y:A, 5f9y:B, 5f9z:B, 5xio:A, 5xio:B
18 6t7k:A 494 318 0.1621 0.1316 0.2044 6.68e-05 7f96:A, 7f97:A, 7f97:B, 7f97:C, 7f97:D, 4olf:A, 4q15:A, 4q15:B, 7qb7:A, 7qc1:A, 7qc1:D, 7qc1:I, 7qc2:A, 7v9d:A, 4ydq:A, 4ydq:B
19 5xip:B 475 159 0.0873 0.0737 0.2201 0.001 5xip:A, 5xip:C, 5xip:D
20 3qo8:A 441 163 0.0898 0.0816 0.2209 0.002 3qo7:A
21 3ial:B 505 301 0.1671 0.1327 0.2226 0.005 3ial:A
22 2zni:A 279 44 0.0399 0.0573 0.3636 0.007 2zni:B
23 4cs3:A 270 82 0.0499 0.0741 0.2439 0.020 6aac:A, 6aad:A, 6aan:A, 6aao:A, 6aap:A, 6aaq:A, 6aaz:A, 6ab0:A, 6ab1:A, 6ab2:A, 6ab8:A, 6abk:A, 6abl:A, 6abm:A, 4bw9:A, 4bwa:A, 4ch3:A, 4ch4:A, 4ch5:A, 4ch6:A, 4cs4:A, 5k1p:A, 5k1x:A, 8ke1:A, 8ke2:A, 8ke3:A, 8ke4:A, 8ke5:A, 8ke6:A, 6ly3:A, 6ly6:A, 6ly7:A, 6lya:A, 6lyb:A, 4q6g:A, 2q7e:A, 2q7g:A, 2q7h:A, 3qtc:A, 7rsm:A, 7rsm:B, 7rsm:C, 7rsm:D, 4tqd:A, 4tqf:A, 3vqv:A, 3vqw:A, 3vqx:A, 3vqx:B, 3vqx:C, 3vqx:D, 3vqy:A, 2zce:A, 2zim:A, 2zin:A, 2zio:A, 4zib:A
24 6mn8:A 399 344 0.1820 0.1830 0.2122 0.038
25 7u2a:B 442 149 0.0873 0.0792 0.2349 0.052 8ffy:A, 7u2a:A, 7u2b:A
26 6x94:A 413 134 0.0748 0.0726 0.2239 0.060
27 1wle:B 469 151 0.0873 0.0746 0.2318 0.091 8ffy:B, 7tzb:A, 7tzb:B, 7u2b:B, 1wle:A
28 5nyw:J 235 44 0.0449 0.0766 0.4091 0.65
29 7u0r:B 278 44 0.0324 0.0468 0.2955 0.67 8c49:A, 8c49:B, 8dqg:D, 8dqg:A, 8dqh:D, 8dqh:A, 8dqi:D, 8dqi:A, 8dqj:D, 7u0r:A
30 6ote:A 409 112 0.0648 0.0636 0.2321 1.3
31 8v3w:W 107 30 0.0349 0.1308 0.4667 1.9 8v3w:C, 8v3w:t
32 2cjb:B 495 169 0.1022 0.0828 0.2426 2.5 2cim:A, 2cim:B, 2cj9:A, 2cj9:B, 2cja:A, 2cja:B, 2cjb:A
33 4pj3:A 1335 75 0.0549 0.0165 0.2933 3.2 7a5p:U, 6icz:Q, 6id1:Q, 7w59:Q, 7w5a:Q, 7w5b:Q, 5xjc:Q
34 7u5d:G 300 66 0.0524 0.0700 0.3182 3.9 7u5e:G
35 7u5d:B 342 66 0.0524 0.0614 0.3182 4.2 7u5d:C, 7u5d:D, 7u5d:E, 7u5d:F, 7u5e:B, 7u5e:C, 7u5e:D, 7u5e:E, 7u5e:F
36 8dqj:A 251 38 0.0299 0.0478 0.3158 7.4
37 3ecq:B 1347 105 0.0773 0.0230 0.2952 8.4 5a55:A, 5a56:A, 5a57:A, 5a58:A, 5a59:A, 5a5a:A, 3ecq:A
38 8hl1:AEFG 725 113 0.0823 0.0455 0.2920 9.8 8hl2:AEFG, 8hl3:AEFG, 8hl4:AEFG

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218