Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GIIPKKRQELMKWNGWGYNDSKFFLNKKGQLELTGKRYPLSGVALPTFKDWIQNTFGINLTPPSIVNEDFLHELKKTNIS
YSQEADDRVFRAHGHCLHEIFLLREGMFERIPDIVLWPTCHDDVVKIVNLACKYNLCIIPIGGGTSVSYGLMCPADETRT
IISLDTSQMNRILWVDENNLTAHVEAGITGQELERQLKESGYCTGHEPDSLEFSTVGGWISTRASGMKKNIYGNIEDLVV
HMKVVTPRGVIEKSCQGPRMSTGPDIHHFIMGSEGTLGVITEATIKIRPTPEYQKYGSVAFPNFEQGVACLREIAKQRCA
PASIRLMDNQQFQFGHALKPDPNQLSVATLLFEGDREKVLQHEKQVYDIAAKFGGLAAGEDNGQRGYLLTYVIAYMRDLG
LEYYIIGESFETSAPWDRVVDLCRNVKERIRRECKEKGVQFPPLSTCRVTQTYDAGACIYFYFAFNYRGISDPLAVFEQT
EAAAREEILANGGSLSHHHGVGKLRKQWLKESISDVGFGMLKSVKDYVDPTNIFGNRNLL

The query sequence (length=540) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5adz:C 557 557 1.0000 0.9695 0.9695 0.0 5adz:B, 5adz:D, 5ae1:B, 5ae2:B, 5ae2:C, 5ae2:D, 5ae3:A, 5ae3:B, 5ae3:C, 5ae3:D, 4bby:B, 4bby:C, 4bby:D, 4bc7:B, 4bc7:C, 4bc7:D, 4bc9:B, 4bc9:C, 4bc9:D, 4bca:B, 4bca:C, 4bca:D, 6gou:D, 6gou:A, 6gou:B, 6gou:C
2 5adz:A 566 566 0.9963 0.9505 0.9505 0.0 5ae1:A, 5ae1:C, 5ae1:D, 5ae2:A, 4bby:A, 4bc7:A, 4bc9:A, 4bca:A
3 2uuu:A 550 586 0.3315 0.3255 0.3055 9.26e-87 2uuu:B, 2uuu:C, 2uuu:D, 2uuv:A, 2uuv:B, 2uuv:C, 2uuv:D
4 7qh2:C 467 454 0.2056 0.2377 0.2445 1.09e-27 7qh2:F
5 8jdb:A 456 494 0.2241 0.2654 0.2449 1.00e-25 8jdc:A, 8jdd:A, 8jde:A, 8jdf:A, 8jdg:A, 8jdn:A, 8jdo:A, 8jdp:A, 8jdq:A, 8jdr:A, 8jds:A, 8jdt:A, 8jdu:A, 8jdv:A, 8jdx:A, 8jdy:A, 8jdz:A
6 3pm9:A 465 234 0.1278 0.1484 0.2949 2.87e-15 3pm9:B, 3pm9:C, 3pm9:D, 3pm9:E, 3pm9:F
7 3pm9:A 465 49 0.0296 0.0344 0.3265 0.030 3pm9:B, 3pm9:C, 3pm9:D, 3pm9:E, 3pm9:F
8 6lpn:B 467 440 0.1833 0.2120 0.2250 4.40e-15 6lpn:A, 6lpp:A, 6lpp:B, 6lpq:A, 6lpq:B, 6lpt:A, 6lpt:B, 6lpu:A, 6lpu:B, 6lpx:A, 6lpx:B
9 7pbg:A 525 221 0.1000 0.1029 0.2443 1.90e-09 7pbg:B, 7pbi:A, 7pbi:B, 7pbi:C, 7pbi:D, 7pbi:E, 7pbi:F, 7pbi:G, 7pbi:H
10 8qnc:A 486 179 0.1000 0.1111 0.3017 1.03e-07 8qmy:A, 8qmy:B, 8qmy:C, 8qnb:A, 8qnr:A
11 6c80:B 486 204 0.1000 0.1111 0.2647 2.47e-07 6c80:A
12 8bam:A 525 255 0.1093 0.1124 0.2314 1.60e-05 8bam:B, 8bap:A, 8bap:B, 8bap:C, 8bap:D, 8bap:E, 8bap:F, 8bap:G, 8bap:H, 8bap:I, 8bap:J, 8bap:K, 8bap:L, 8bap:M, 8bap:N, 8bap:O, 8bap:P, 5fxd:A, 5fxd:B, 5fxe:A, 5fxe:B, 5fxf:A, 5fxf:B, 5fxp:A, 5fxp:B, 7ywu:A, 7ywu:B, 7ywu:C, 7ywu:D, 7ywu:E, 7ywu:F, 7ywu:G, 7ywu:H, 7ywv:A, 7ywv:B, 7ywv:C, 7ywv:D, 7ywv:E, 7ywv:F, 7ywv:G, 7ywv:H
13 3s1e:A 499 227 0.1019 0.1102 0.2423 1.86e-04 3bw7:A, 3c0p:A, 3dq0:A, 3kjm:A, 2qkn:A, 2qpm:A, 3s1c:A, 3s1d:A, 3s1f:A, 1w1o:A, 1w1q:A, 1w1r:A, 1w1s:A
14 4aut:A 419 131 0.0648 0.0835 0.2672 3.98e-04 4f4q:A
15 2exr:A 491 201 0.0870 0.0957 0.2338 6.65e-04 2q4w:A
16 1ahu:A 555 224 0.1000 0.0973 0.2411 0.002 1ahu:B, 1ahv:A, 1ahv:B, 1ahz:A, 1ahz:B, 1dzn:A, 1dzn:B, 1e0y:A, 1e0y:B, 1e8g:A, 1e8g:B, 1e8h:A, 1e8h:B, 5mxj:A, 5mxj:B, 5mxu:A, 5mxu:B, 1qlt:A, 1qlt:B, 1qlu:A, 1qlu:B, 1vao:A, 1vao:B, 2vao:A, 2vao:B, 1w1j:A, 1w1j:B, 1w1k:A, 1w1k:B, 1w1l:A, 1w1l:B, 1w1m:A, 1w1m:B
17 1dii:A 515 230 0.0963 0.1010 0.2261 0.002 1dii:B, 1diq:A, 1diq:B, 1wve:A, 1wve:B, 1wvf:A
18 4p8l:A 457 131 0.0630 0.0744 0.2595 0.007 5oel:A, 4p8c:A, 4p8k:A, 4p8n:A, 4p8p:A, 4p8t:A, 4p8y:A
19 4mla:B 460 91 0.0500 0.0587 0.2967 0.008
20 6hfw:A 429 131 0.0630 0.0793 0.2595 0.008 4fdn:A, 4fdo:A, 4fdp:A, 4fdp:B, 4feh:A, 4ff6:A, 4ff6:B, 6g83:A, 6g83:B, 6hez:A, 6hez:B, 6hf0:A, 6hf0:B, 6hf3:A, 6hf3:B, 6hfv:A, 6hfv:B, 6hfw:B, 4kw5:A, 4kw5:B, 4ncr:A, 4ncr:B, 5oel:B, 5oep:A, 5oep:B, 5oeq:A, 5oeq:B, 4p8c:B, 4p8h:A, 4p8h:B, 4p8k:B, 4p8l:B, 4p8m:A, 4p8n:B, 4p8p:B, 4p8t:B, 4p8y:B, 4pfa:A, 4pfa:B, 4pfd:A
21 4ml8:A 488 91 0.0500 0.0553 0.2967 0.008 4ml8:B, 4ml8:C, 4ml8:D, 4mla:A
22 4pfd:B 410 131 0.0630 0.0829 0.2595 0.009 4p8m:B
23 8ck6:A 499 204 0.0907 0.0982 0.2402 0.016 8cj9:A, 8cj9:B, 6yaq:A
24 6v42:A 466 207 0.0889 0.1030 0.2319 0.057 6v42:B, 6v43:A, 6v43:B
25 1k4j:A 193 63 0.0352 0.0984 0.3016 0.15
26 4ud8:A 500 181 0.0852 0.0920 0.2541 0.17 4ud8:B
27 4oal:A 444 137 0.0630 0.0766 0.2482 0.17 4oal:B
28 4o95:A 467 134 0.0611 0.0707 0.2463 0.26 8ckq:A, 8ckt:A, 8clw:A, 8cm2:A, 5hhz:A, 5hmr:A, 5hqx:A, 6yao:A, 6yap:A
29 3d2j:A 502 191 0.0944 0.1016 0.2670 0.66 3d2d:A, 3d2h:A, 4ec3:A, 3fw7:A, 3fw8:A, 3fw9:A, 3fwa:A, 3gsy:A, 4pzf:A, 4pzf:B, 4pzf:C, 4pzf:D
30 3w8w:B 461 67 0.0407 0.0477 0.3284 2.1 6foq:A, 6foq:B, 6foq:C, 6foq:D, 6fow:A, 6fow:B, 6fow:C, 6fow:D, 6fp3:A, 6fp3:B, 6fp3:C, 6fp3:D, 6fy8:A, 6fy9:A, 6fya:A, 6fya:B, 6fyb:A, 6fyb:B, 6fyb:C, 6fyb:D, 6fyc:A, 6fyc:B, 6fyd:A, 6fyd:B, 6fyd:C, 6fyd:D, 6fye:A, 6fye:B, 6fyf:A, 6fyf:B, 6fyf:C, 6fyf:D, 6fyg:A, 6fyg:B, 6fyg:C, 6fyg:D, 3w8w:A, 3w8x:A, 3w8x:B, 3w8z:A, 3w8z:B, 4xlo:A, 4xlo:B, 4xlo:C, 4xlo:D
31 8ot8:A 412 116 0.0574 0.0752 0.2672 2.2 8ot8:B, 8ot8:C, 8ot8:D
32 1t90:A 484 96 0.0463 0.0517 0.2604 2.2 1t90:B, 1t90:C, 1t90:D
33 3vfq:A 375 98 0.0444 0.0640 0.2449 3.0 4d86:A, 5o2d:A, 3q6z:A, 3q71:A
34 5kne:D 770 108 0.0556 0.0390 0.2778 4.8 5kne:C, 5kne:E, 5kne:F, 6n8v:D
35 4j0m:A 724 74 0.0407 0.0304 0.2973 5.5 4j0m:B
36 2dm5:A 157 33 0.0222 0.0764 0.3636 6.6 1i05:A, 1jv4:A, 2nnd:A, 1qy1:A, 1qy2:A, 1yp6:A, 1znd:A, 1zne:A, 1zng:A, 1znh:A, 1znl:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218