Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GGSHMKSYEIALIGNPNVGKSTIFNALTGENVYIGNWPGVTVEKKEGEFEYNGEKFKVVDLPGVYSLTANSIDEIIARDY
IINEKPDLVVNIVDATALERNLYLTLQLMEMGANLLLALNKMDLAKSLGIEIDVDKLEKILGVKVVPLSAAKKMGIEELK
KAISIAVKDK

The query sequence (length=170) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2wjg:A 170 170 1.0000 1.0000 1.0000 1.28e-119 2wjg:B, 2wjh:A, 2wjh:B, 2wji:A, 2wji:B, 2wjj:A, 2wjj:B
2 3b1v:A 264 153 0.4529 0.2917 0.5033 2.13e-48 3b1w:A, 3b1w:B, 3b1w:C, 3b1w:D, 3b1x:A, 3b1x:B, 3b1y:A, 7bvu:A, 7bvu:B, 7bwv:A, 7bwv:B, 3lx5:A, 3lx8:A, 4non:A, 4non:B, 3ss8:A, 3ss8:B, 3tah:A, 3tah:B
3 3a1s:A 255 155 0.4588 0.3059 0.5032 7.99e-48 3a1s:B, 3a1t:A, 3a1u:A, 3a1u:B
4 3i8x:B 261 163 0.5000 0.3257 0.5215 8.48e-46 3hyt:A, 3hyt:B, 3hyt:C, 3i8x:A, 3i8x:C, 4r98:A, 4r98:B
5 2wib:A 261 163 0.4765 0.3103 0.4969 1.71e-43 2wib:B, 2wic:A
6 3w5j:A 194 155 0.3588 0.3144 0.3935 6.20e-37
7 5dn8:A 405 154 0.2882 0.1210 0.3182 5.18e-12
8 5dn8:A 405 117 0.2118 0.0889 0.3077 8.73e-07
9 2e87:A 356 169 0.2882 0.1376 0.2899 1.02e-09
10 1xzq:A 449 163 0.2824 0.1069 0.2945 1.86e-09 1xzq:B
11 6yxx:EA 532 156 0.2529 0.0808 0.2756 2.93e-09 7aoi:XL, 6yxy:EA
12 6yxx:EA 532 122 0.2118 0.0677 0.2951 0.041 7aoi:XL, 6yxy:EA
13 6xrs:B 392 125 0.2294 0.0995 0.3120 2.47e-07 6xrs:A, 6xrs:D, 6xrs:C
14 6xrs:B 392 163 0.2706 0.1173 0.2822 0.001 6xrs:A, 6xrs:D, 6xrs:C
15 8eti:b 391 152 0.2294 0.0997 0.2566 6.74e-07 8esr:b, 8etg:b
16 8etc:b 415 152 0.2294 0.0940 0.2566 8.31e-07 8esq:b, 8etj:b
17 7y9i:A 362 55 0.1353 0.0635 0.4182 3.61e-06
18 1mky:A 407 167 0.3059 0.1278 0.3114 5.23e-06
19 1mky:A 407 87 0.1588 0.0663 0.3103 6.07e-04
20 2cxx:A 184 191 0.3000 0.2772 0.2670 7.65e-06 2cxx:B, 2cxx:C
21 3iev:A 302 174 0.2941 0.1656 0.2874 7.77e-06 7c1o:A, 3r9w:A, 3r9x:A
22 1lnz:A 342 165 0.2529 0.1257 0.2606 8.13e-06 1lnz:B
23 2dby:A 355 38 0.1118 0.0535 0.5000 8.25e-06
24 3j8g:X 418 123 0.2000 0.0813 0.2764 8.62e-06
25 3j8g:X 418 88 0.1765 0.0718 0.3409 5.57e-04
26 3ieu:A 293 124 0.2294 0.1331 0.3145 9.98e-06 3ieu:B
27 3pqc:B 194 173 0.2529 0.2216 0.2486 1.14e-05 3pqc:A
28 7o9k:G 337 159 0.2176 0.1098 0.2327 1.33e-05 7of5:x, 7of7:x
29 8kie:y 363 40 0.1059 0.0496 0.4500 1.64e-05
30 3geh:A 442 160 0.2588 0.0995 0.2750 1.81e-05
31 7am2:BU 463 160 0.2412 0.0886 0.2562 2.60e-05
32 7am2:BU 463 123 0.1765 0.0648 0.2439 0.003
33 5m7h:A 420 57 0.1353 0.0548 0.4035 3.55e-05 4dcs:A, 4dct:A, 4dcu:A, 2hjg:A, 5mbs:A, 5x4b:A, 5x4b:B
34 5m7h:A 420 23 0.0824 0.0333 0.6087 0.002 4dcs:A, 4dct:A, 4dcu:A, 2hjg:A, 5mbs:A, 5x4b:A, 5x4b:B
35 7rr5:R 355 55 0.1118 0.0535 0.3455 4.14e-05
36 8kab:h 430 99 0.1824 0.0721 0.3131 4.83e-05
37 7nrc:So 347 93 0.1529 0.0749 0.2796 9.07e-05
38 7ohy:b 375 53 0.1000 0.0453 0.3208 1.08e-04
39 7oi6:y 331 205 0.2706 0.1390 0.2244 1.20e-04 8pk0:t
40 5ee3:B 364 55 0.1235 0.0577 0.3818 1.23e-04 5ee3:A, 5ee9:A
41 8v83:b 423 64 0.1059 0.0426 0.2812 1.60e-04 6elz:b, 6em1:b, 6em5:b, 7ohp:b, 7ohr:b, 7ohs:b, 7ohu:b, 7ohv:b, 8v84:b
42 8hfr:rA 647 146 0.2000 0.0526 0.2329 1.71e-04 7bt6:b, 7btb:b, 6c0f:W, 6ft6:b, 3jct:b, 5jcs:o, 6m62:b, 6n8j:b, 6n8k:b, 7nad:b, 7oh3:b, 7ohq:b, 7oht:b, 7r72:b, 7u0h:b, 7ug6:b, 7uoo:b, 7uqb:b, 7uqz:b, 7v08:b, 4v7f:o, 8v87:b, 6ylx:b, 6yly:b, 7z34:b
43 2dyk:A 150 160 0.2529 0.2867 0.2687 2.05e-04 2dyk:B
44 8pv1:CH 627 162 0.2118 0.0574 0.2222 3.84e-04 8i9r:CH, 8i9t:CH, 8i9v:CH, 8i9w:CH, 8i9x:CH, 8i9y:CH, 8i9z:CH, 8ia0:CH, 8pv2:CH, 8pv3:CH, 8pv4:CH, 8pv5:CH, 8pv6:CH, 8pv7:CH, 8pv8:CH, 8pvk:CH, 8pvl:CH
45 2gj8:D 172 100 0.1647 0.1628 0.2800 4.56e-04 2gj8:A, 2gj8:B, 2gj8:C, 2gj9:A, 2gj9:B, 2gj9:C, 2gj9:D, 2gja:A, 2gja:B
46 6g0z:A 290 53 0.1294 0.0759 0.4151 5.23e-04 6g0z:B, 6g12:A, 6g12:B, 6g14:B, 6g14:A, 6g15:A, 6g15:B
47 3zjc:F 252 74 0.1412 0.0952 0.3243 5.45e-04
48 2qu8:A 194 173 0.2647 0.2320 0.2601 0.001
49 3kxi:A 326 170 0.2882 0.1503 0.2882 0.001 2qth:A
50 6ylg:b 613 66 0.1059 0.0294 0.2727 0.002 7nac:b, 7of1:b, 7r7a:b, 6ylh:b
51 3zjc:E 286 70 0.1294 0.0769 0.3143 0.002 3zjc:A, 3zjc:B, 3zjc:C, 3zjc:D
52 1wf3:A 296 57 0.1235 0.0709 0.3684 0.003
53 8pv1:Cd 462 70 0.1412 0.0519 0.3429 0.003 8pv2:Cd, 8pv3:Cd, 8pv4:Cd, 8pv5:Cd, 8pv6:Cd, 8pv7:Cd, 8pv8:Cd, 8pvk:Cd, 8pvl:Cd
54 7bl2:9P1 338 166 0.2353 0.1183 0.2410 0.004 7bl3:9P, 7bl4:9, 7bl5:9, 7bl6:9, 4csu:9, 5m04:A
55 8fl4:SR 593 55 0.1118 0.0320 0.3455 0.005 8fkr:SR, 8fks:SR
56 8ir1:4 620 55 0.1118 0.0306 0.3455 0.005 8fkt:SR, 8fku:SR, 8fkv:SR, 8fkw:SR, 8fkx:SR, 8fky:SR, 8fkz:SR, 8fl0:SR, 8fl2:SR, 8fl3:SR, 8fl6:SR, 8fl7:SR, 8fl9:SR, 8fla:SR, 8flb:SR, 8flc:SR, 8fld:SR, 8fle:SR, 8flf:SR, 8idt:4, 8idy:4, 8ie3:4, 8ine:4, 8inf:4, 8ink:4, 8ipd:4, 8ipx:4, 8ipy:4, 8ir3:4, 6lss:4, 6lu8:4
57 3doe:A 189 131 0.2000 0.1799 0.2595 0.009 3dof:A, 4gok:B, 4gok:A, 1ksg:A, 1ksh:A, 1ksj:A
58 8fl2:NC 511 80 0.1353 0.0450 0.2875 0.015 8fkz:NC, 8fl0:NC, 8fl3:NC, 8fl4:NC, 8idt:A, 8idy:A, 8ie3:A, 8ine:A, 8inf:A, 8ink:w, 8ipd:w, 8ipx:w, 8ipy:w, 8ir1:w, 8ir3:w
59 7odt:t 316 157 0.2353 0.1266 0.2548 0.023
60 7obq:v 201 164 0.2529 0.2139 0.2622 0.029 2fh5:B, 6frk:v, 7nfx:v
61 7pd3:z 311 40 0.1000 0.0547 0.4250 0.036 8pk0:z, 8qsj:z
62 2ohf:A 327 29 0.0882 0.0459 0.5172 0.045
63 5ady:6 426 180 0.2706 0.1080 0.2556 0.048 8g31:6, 8g34:6, 8g38:6, 7yla:6
64 6yxy:EQ 471 69 0.1235 0.0446 0.3043 0.065
65 1puj:A 261 98 0.1588 0.1034 0.2755 0.074 6ppk:W
66 3p27:B 444 89 0.1353 0.0518 0.2584 0.077 3p27:A
67 6n8n:W 377 33 0.0941 0.0424 0.4848 0.12 6n8o:W
68 5kh0:A 363 161 0.2765 0.1295 0.2919 0.14 5kh0:B, 5kh0:C, 5kh0:D
69 5t62:W 306 82 0.1588 0.0882 0.3293 0.14
70 6qtz:o 325 33 0.0941 0.0492 0.4848 0.14 6qik:o, 6ri5:o, 6rzz:o, 6s05:o
71 6z3e:A 237 67 0.1176 0.0844 0.2985 0.15
72 7c3k:B 389 58 0.1294 0.0566 0.3793 0.17 7c3k:A, 8jqz:A, 8jqz:B
73 5de3:A 166 132 0.1882 0.1928 0.2424 0.35 5di3:A
74 7o9k:C 255 39 0.0941 0.0627 0.4103 0.35 7o9m:C
75 8fkt:NB 387 27 0.0765 0.0336 0.4815 0.37 8fkp:NB, 8fku:NB, 8fkv:NB, 8fkw:NB, 8fkx:NB, 8fky:NB, 8fkz:NB, 8fl0:NB, 8ink:u, 8ipd:u, 8ipx:u, 8ipy:u
76 6vs4:A 223 126 0.2059 0.1570 0.2778 0.40 6vs4:B
77 8csq:a 263 37 0.0941 0.0608 0.4324 0.54
78 3cnl:A 233 56 0.1059 0.0773 0.3214 0.55 3cnn:A, 3cno:A
79 7btb:m 469 72 0.1235 0.0448 0.2917 0.59 7bt6:m, 6ft6:m, 3jct:m, 6m62:m, 7oh3:m, 7ohq:m, 7oht:m, 7ug6:m, 7uoo:m, 7uqb:m, 7uqz:m, 7uui:m, 7v08:m, 6ylg:m, 6ylh:m
80 6n8j:m 378 68 0.1176 0.0529 0.2941 0.72
81 2lkd:A 178 69 0.1059 0.1011 0.2609 0.80
82 2cjw:A 178 171 0.2353 0.2247 0.2339 0.88 2cjw:B, 2g3y:A, 2ht6:A, 2ht6:B
83 7of4:C 422 170 0.2471 0.0995 0.2471 0.92 7of2:C, 7of6:C
84 8i9w:CL 397 77 0.1412 0.0605 0.3117 0.93 8i9t:CL, 8i9v:CL, 8i9x:CL, 8i9y:CL, 8i9z:CL, 8ia0:CL, 8pv1:CL, 8pv2:CL, 8pv3:CL, 8pv4:CL, 8pv5:CL, 8pv6:CL, 8pv7:CL, 8pv8:CL, 8pvk:CL, 8pvl:CL
85 7c9r:L 272 51 0.0882 0.0551 0.2941 0.94
86 5m1j:A6 539 95 0.1706 0.0538 0.3053 0.95
87 5ucv:A 187 170 0.2647 0.2406 0.2647 1.1
88 7am2:BT 300 60 0.0941 0.0533 0.2667 1.3
89 1nrj:B 191 131 0.1941 0.1728 0.2519 1.5
90 3cbq:A 169 162 0.2235 0.2249 0.2346 1.5
91 2nzj:B 160 167 0.2235 0.2375 0.2275 1.5 2nzj:A, 2nzj:C, 2nzj:D
92 3ec1:A 311 95 0.1588 0.0868 0.2842 1.6 3ec1:B
93 7dnn:B 131 77 0.1118 0.1450 0.2468 1.7
94 7of1:m 229 56 0.1059 0.0786 0.3214 1.9
95 2iw3:B 980 24 0.0824 0.0143 0.5833 2.0 7b7d:EF, 2iw3:A, 2iwh:A, 2iwh:B
96 8csp:9 446 46 0.0882 0.0336 0.3261 2.2
97 7smk:A 455 105 0.1647 0.0615 0.2667 2.4 7snv:A
98 3lxx:A 169 85 0.1294 0.1302 0.2588 2.4
99 1svw:A 190 92 0.1941 0.1737 0.3587 2.7 1svi:A, 1svw:B
100 7ohx:b 248 50 0.0824 0.0565 0.2800 3.0
101 8wm7:C 658 38 0.0941 0.0243 0.4211 3.6 8w9m:C
102 5ck3:D 230 115 0.1647 0.1217 0.2435 3.8
103 3ftq:B 252 62 0.1294 0.0873 0.3548 3.9 3ftq:C, 3ftq:D, 2qnr:B, 6upa:A
104 6yxy:EM 330 60 0.0882 0.0455 0.2500 4.4
105 5lzb:z 614 139 0.2059 0.0570 0.2518 4.9 5lzc:z, 5lzd:z, 2pjp:A
106 6lsr:1 247 27 0.0647 0.0445 0.4074 5.0
107 6gna:A 284 29 0.0706 0.0423 0.4138 5.0 6gnb:A, 6gnd:A, 6gnd:C, 6gnd:E, 6gnd:G
108 7am2:BV 199 69 0.1000 0.0854 0.2464 5.3
109 2j3e:A 249 67 0.1294 0.0884 0.3284 5.6 3bb3:A, 3bb4:A, 3def:A
110 3auy:A 366 57 0.1118 0.0519 0.3333 5.8 3aux:A, 3auy:B, 3av0:B, 5dny:D, 5dny:B, 5f3w:D, 5f3w:B
111 2qag:C 224 37 0.0765 0.0580 0.3514 6.1
112 5di3:B 204 21 0.0647 0.0539 0.5238 6.3 4m9q:A, 4m9q:B, 4m9q:C
113 2gjs:A 150 158 0.2118 0.2400 0.2278 6.3 2dpx:A, 2dpx:B, 2gjs:B, 3q72:A, 3q72:B, 3q7p:A, 3q7p:B, 3q7q:A, 3q7q:B
114 7m6j:D 273 74 0.1176 0.0733 0.2703 6.7 7m6j:C, 6n0b:C, 6n0b:A, 6n0b:B, 6n0b:D, 6n12:A, 6n12:B, 3t5d:A, 3t5d:C, 6uqq:A, 6uqq:B
115 2j68:A 680 25 0.0647 0.0162 0.4400 7.2 2w6d:A, 2w6d:B
116 4ac5:L 273 50 0.0765 0.0476 0.2600 7.3 4cas:B, 3d38:L, 1dxr:L, 6et5:L, 3g7f:L, 2i5n:L, 2jbl:L, 5m7j:B, 5m7k:B, 5m7l:B, 5nj4:L, 5o4c:L, 5o64:L, 1prc:L, 2prc:L, 3prc:L, 5prc:L, 6prc:L, 7prc:L, 7q7p:LLL, 7q7q:LLL, 1r2c:L, 3t6d:L, 3t6e:L, 1vrn:L, 2wjm:L, 2wjn:L, 2x5u:L, 2x5v:L, 6zhw:L, 6zi4:L, 6zi5:L, 6zi6:L, 6zi9:L, 6zia:L, 6zid:L
117 7m6j:A 234 67 0.1235 0.0897 0.3134 7.6
118 6r84:A 446 22 0.0706 0.0269 0.5455 8.0
119 6dht:A 547 69 0.1059 0.0329 0.2609 8.2
120 6upq:A 270 67 0.1235 0.0778 0.3134 8.5 3ftq:A, 7m6j:F, 6upr:A
121 6yxx:EM 308 22 0.0647 0.0357 0.5000 8.7
122 7szs:A 204 169 0.2647 0.2206 0.2663 9.1 7szs:B
123 5oxf:B 591 32 0.0765 0.0220 0.4062 9.2
124 1eep:A 314 32 0.0824 0.0446 0.4375 9.4
125 8il8:A 230 38 0.0647 0.0478 0.2895 9.7 8il8:B, 8il8:C, 8il8:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218