Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ELKVSLEERDLWTRFKELTNEMIVTKNGRRMFPVLKVSMSGLDPNAMYTVLLDFVAADNHRWKYVNGEWVPGGKPEPQAP
SCVYIHPDSPNFGAHWMKDPVSFSKVKLTNKMNGGGQIMLNSLHKYEPRIHIVRVGGTQRMITSHSFPETQFIAVTAYQN
EEITALKIKHNPFAKAFLDAKER

The query sequence (length=183) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6f59:B 185 183 0.9180 0.9081 0.9180 6.38e-128 8a7n:A, 8cdn:A, 6f58:A, 6f58:B, 6f59:A, 8fmu:A, 8fmu:B, 5qrf:A, 5qrg:A, 5qrh:A, 5qri:A, 5qrj:A, 5qrk:A, 5qrl:A, 5qrm:A, 5qrn:A, 5qro:A, 5qrq:A, 5qrr:A, 5qrs:A, 5qrt:A, 5qru:A, 5qrv:A, 5qrw:A, 5qrx:A, 5qry:A, 5qrz:A, 5qs0:A, 5qs1:A, 5qs3:A, 5qs4:A, 5qs5:A, 5qs6:A, 5qs7:A, 5qs9:A, 5qsa:A, 5qsb:A, 5qsc:A, 5qsd:A, 5qse:A, 5qsf:A, 5qsg:A, 5qsh:A, 5qsj:A, 5qsk:A, 5qsl:A, 5qt0:A, 1xbr:A, 1xbr:B, 7zk2:A, 6zu8:A
2 5flv:M 229 177 0.5246 0.4192 0.5424 3.95e-68 5flv:A, 5flv:E, 5flv:I, 4s0h:A, 4s0h:B, 4s0h:E, 4s0h:F, 6wc2:N, 6wc2:M, 6wc2:O, 6wc5:I, 6wc5:N, 2x6u:A, 2x6v:A, 2x6v:B
3 1h6f:B 186 182 0.5082 0.5000 0.5110 2.83e-63 1h6f:A
4 5t1j:B 192 189 0.5246 0.5000 0.5079 3.05e-61 5t1j:A
5 4a04:B 190 188 0.4973 0.4789 0.4840 5.21e-58 4a04:A
6 4qn3:A 390 47 0.0765 0.0359 0.2979 3.3 4qn3:B, 4qn7:A, 4qn7:B
7 3jsz:A 520 116 0.1749 0.0615 0.2759 4.3 3jt1:A, 2wzg:A
8 8fak:H 643 91 0.1311 0.0373 0.2637 5.3 2d7g:A, 2d7g:B, 2d7g:C, 2d7g:D, 2d7h:A, 6dcr:A, 2dwl:A, 2dwl:B, 2dwl:C, 2dwl:D, 2dwm:A, 2dwm:C, 2dwm:D, 2dwn:A, 2dwn:C
9 6jta:A 1298 39 0.0601 0.0085 0.2821 5.9 7dw7:A, 6jt7:A, 6jt8:A, 6jt9:A, 4l78:A, 4lgy:A, 6lyk:A, 6lyl:A, 6lym:A, 6lyo:A, 4mgh:A, 4r7g:A, 1t3t:A, 3ugj:A, 3ujn:A, 3umm:A
10 2wzf:A 515 74 0.1257 0.0447 0.3108 7.5
11 1wyw:A 216 18 0.0492 0.0417 0.5000 9.4 5cys:A, 5ff8:A, 4fnc:A, 5hf7:A, 4jgc:A, 5jxy:A, 2rba:A, 2rba:B, 5t2w:A, 6u15:A, 6u16:A, 6u17:A, 3ufj:B, 3ufj:A, 3uo7:A, 3uo7:B, 3uob:A, 3uob:B, 4xeg:A, 4z3a:A, 4z47:A, 4z7b:A, 4z7z:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218