Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DSVYVQNPQIPILVDRTDNVLFRIRIPDATKGDVLNRLTIRFGNEDKLSEVKAVRLFYAGTEAATKGRSRFAPVTYVSSH
NIRNTRSANPSYSIRQDEVTTVANTLTLKTRQPMVKGINYFWVSVEMDRNTSLLSKLTSTVTEVVINDKPAVIAGEQAAV
RRMGIGVRHAGDDGSASFRIPGLVTTNKGTLLGVYDVRYNNSVALQEHIDVGLSRSTDKGQTWEPMRIAMSFGETDGLPS
GQNGVGDPSILVDERTNTVWVVAAWTHGMGNARAWTNSMPGMTPDETAQLMMVKSTDDGRTWSESTNITSQVKDPSWCFL
LQGPGRGITMRDGTLVFPIQFIDSLRVPHAGIMYSKDRGETWHIHQPARTNTTEAQVAEVEPGVLMLNMRDNRGGSRAVS
ITRDLGKSWTEHSSNRSALPESICMASLISVKAKDNIIGKDLLLFSNPNTTEGRHHITIKASLDGGVTWLPAHQVLLDEE
DGWGYSCLSMIDRETVGIFYESSVAHMTFQAVKIKDLIR

The query sequence (length=519) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7qxo:A 519 519 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 7qxo:B, 7qy8:A, 7qy8:B, 7qy9:A, 7qy9:B
2 6myv:C 526 522 0.6724 0.6635 0.6686 0.0 6mrv:B, 6mrv:A, 6myv:A, 6myv:B, 6myv:D
3 8u5o:A 449 456 0.2177 0.2517 0.2478 2.18e-30 2bf6:A, 5tsp:A, 5tsp:B, 8u2a:A, 2vk5:A, 2vk6:A, 2vk7:A, 2vk7:B
4 9c20:A 451 421 0.2216 0.2550 0.2732 2.05e-29 8url:A, 8uvv:A
5 2ber:A 601 340 0.2062 0.1780 0.3147 2.80e-28 2bzd:A, 2bzd:B, 2bzd:C, 1eus:A, 1euu:A, 1w8n:A, 1w8o:A, 1wcq:A, 1wcq:B, 1wcq:C
6 8t26:A 504 447 0.2235 0.2302 0.2595 1.09e-26 8t1y:A, 8t1z:A, 8t24:A, 8t27:A
7 8ul7:A 363 350 0.2197 0.3140 0.3257 2.35e-26 8ule:A, 8um0:A
8 1dil:A 381 358 0.2042 0.2782 0.2961 1.06e-25 7aey:AAA, 1dim:A, 2sim:A, 6tvi:AAA
9 7lbv:A 380 341 0.1927 0.2632 0.2933 4.08e-24
10 7p1o:X 386 378 0.1773 0.2383 0.2434 6.41e-15 7p1d:A, 7p1e:A, 7p1f:B, 7p1f:A, 7p1o:A
11 3b69:A 626 292 0.1599 0.1326 0.2842 7.70e-14 2ah2:A, 1ms0:A, 1ms0:B, 1ms1:A, 1ms1:B, 1ms8:A, 1ms8:B, 1ms9:A, 1ms9:B, 3pjq:A, 1s0i:A, 1s0j:A
12 2ags:A 634 299 0.1561 0.1278 0.2709 2.58e-13 2a75:A, 2fhr:A, 1mz6:A, 1n1t:A, 1n1v:A, 1n1y:A
13 4x47:A 489 235 0.1349 0.1431 0.2979 2.78e-13 4x49:A, 4x4a:A, 4x6k:A
14 6qzh:A 744 267 0.1349 0.0941 0.2622 2.87e-13 7a54:A, 7a54:B, 7a5x:A, 7a5x:B, 3h72:A, 3h72:B, 3h73:A, 3h73:B, 5kky:A, 5kky:B, 2vvz:A, 2vvz:B, 2ya5:A, 2ya5:B, 2ya6:A, 2ya6:B, 2ya7:A, 2ya7:B, 2ya7:C, 2ya7:D, 2ya8:A, 2ya8:B
15 6qzh:A 744 53 0.0443 0.0309 0.4340 0.015 7a54:A, 7a54:B, 7a5x:A, 7a5x:B, 3h72:A, 3h72:B, 3h73:A, 3h73:B, 5kky:A, 5kky:B, 2vvz:A, 2vvz:B, 2ya5:A, 2ya5:B, 2ya6:A, 2ya6:B, 2ya7:A, 2ya7:B, 2ya7:C, 2ya7:D, 2ya8:A, 2ya8:B
16 5f9t:A 659 228 0.1233 0.0971 0.2807 7.64e-13 5f9t:B, 4yw1:A, 4yw1:B, 4yw2:A, 4yw2:B, 4yw3:A, 4yw3:B, 4yw5:A, 4yw5:B, 4yz2:A, 4yz2:B, 4yz3:A, 4yz3:B, 4yz4:A, 4yz4:B, 4yz5:A, 4yz5:B
17 5f9t:A 659 66 0.0405 0.0319 0.3182 3.39e-04 5f9t:B, 4yw1:A, 4yw1:B, 4yw2:A, 4yw2:B, 4yw3:A, 4yw3:B, 4yw5:A, 4yw5:B, 4yz2:A, 4yz2:B, 4yz3:A, 4yz3:B, 4yz4:A, 4yz4:B, 4yz5:A, 4yz5:B
18 7p1v:A 384 356 0.1676 0.2266 0.2444 7.98e-13 7p1q:A, 7p1r:A, 7p1r:B, 7p1r:C, 7p1r:D, 7p1s:A, 7p1s:B, 7p1s:C, 7p1s:D, 7p1u:A, 7p1u:B, 7p1v:B, 7p1v:C, 7p1v:D
19 2xzj:A 386 355 0.1580 0.2124 0.2310 2.41e-12 4m4v:A, 2xzi:A, 2xzi:B, 2xzj:B, 2xzk:A, 2xzk:B
20 1sli:A 679 245 0.1349 0.1031 0.2857 2.46e-11 2sli:A, 3sli:A, 4sli:A
21 1sli:A 679 78 0.0482 0.0368 0.3205 1.39e-05 2sli:A, 3sli:A, 4sli:A
22 2f25:A 373 301 0.1464 0.2038 0.2525 7.32e-10 2f0z:A, 2f10:A, 2f11:A, 2f12:A, 2f13:A, 2f25:B, 2f27:A, 2f27:B, 2f29:A, 2f29:B, 4nc5:A, 4ncs:A, 1vcu:A, 1vcu:B
23 2jkb:A 661 235 0.1040 0.0817 0.2298 1.23e-07 4fow:A, 4foy:A, 4fp2:A, 4fp3:A, 4fpc:A, 4fpe:A, 4fpf:A, 4fpg:A, 4fph:A, 4fpj:A, 4fpk:A, 4fpl:A, 4fpo:B, 4fpy:A, 4fq4:A, 2vw1:A, 2vw2:A, 4xe9:A, 4xhb:A, 4xhx:A, 4xil:A, 4xj9:A, 4xja:A, 4xju:A, 4xjw:A, 4xma:A, 4xog:A, 4xyx:A
24 2jkb:A 661 360 0.1599 0.1256 0.2306 1.48e-05 4fow:A, 4foy:A, 4fp2:A, 4fp3:A, 4fpc:A, 4fpe:A, 4fpf:A, 4fpg:A, 4fph:A, 4fpj:A, 4fpk:A, 4fpl:A, 4fpo:B, 4fpy:A, 4fq4:A, 2vw1:A, 2vw2:A, 4xe9:A, 4xhb:A, 4xhx:A, 4xil:A, 4xj9:A, 4xja:A, 4xju:A, 4xjw:A, 4xma:A, 4xog:A, 4xyx:A
25 1kit:A 757 220 0.1040 0.0713 0.2455 2.29e-07 6eks:A, 6eku:A, 1w0o:A, 1w0p:A, 2w68:A, 2w68:B, 2w68:C
26 2cn3:A 728 161 0.0809 0.0577 0.2609 0.43 2cn3:B
27 7nsn:A 1371 92 0.0424 0.0160 0.2391 0.58 7nsn:B
28 6p2n:A 748 161 0.0771 0.0535 0.2484 2.5
29 5ol2:A 331 25 0.0231 0.0363 0.4800 4.7 5ol2:D
30 8axs:A 573 162 0.0867 0.0785 0.2778 5.4 8axi:A, 8axi:B, 8axs:B, 8axt:A, 8axt:B, 8hls:A, 8hls:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218