Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AVDIRDVKISFPGTQNPKFPHLRFMQTLPAVRQLTVCQRIKPFHRNTGYIFSCATSNQDNQFITSMYVKSDGTLNLGLQV
NASSNKYISCPIEIELGQWYHVCHVWSGVDGRMAVYANGSPCGTMENVGKGHQISAGGTVVIGQEQDKIGGGFEEQESWS
GELSDLQVWDEALTTHQVSTVASCNGIRPRGNVISWMEDSFVADDGVIVGISHMCSL

The query sequence (length=217) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3flp:A 217 217 1.0000 1.0000 1.0000 3.13e-165 3flp:B, 3flp:C, 3flp:D, 3flp:E, 3flp:F, 3flp:G, 3flp:H, 3flp:I, 3flp:J, 3flp:K, 3flp:L, 3flp:M, 3flp:N, 3flr:A, 3flr:B, 3flt:A, 3flt:B
2 6ype:A 205 192 0.2811 0.2976 0.3177 3.65e-29 6ype:B
3 4pbp:B 210 170 0.2166 0.2238 0.2765 1.55e-16 4pbp:A, 4pbp:C
4 1b09:A 206 196 0.2304 0.2427 0.2551 5.87e-16 1b09:B, 1b09:C, 1b09:D, 1b09:E, 1gnh:A, 1gnh:B, 1gnh:C, 1gnh:E, 1gnh:F, 1gnh:G, 1gnh:H, 1gnh:I, 3l2y:A, 3l2y:B, 3l2y:C, 3l2y:D, 3l2y:E, 3l2y:F, 3l2y:G, 3l2y:H, 3l2y:I, 3l2y:J, 3l2y:K, 3l2y:L, 3l2y:M, 3l2y:N, 3l2y:O, 3l2y:P, 3l2y:Q, 3l2y:R, 3l2y:S, 3l2y:T, 7pk9:J, 7pk9:F, 7pk9:G, 7pk9:H, 7pk9:I, 7pk9:E, 7pk9:D, 7pk9:C, 7pk9:B, 7pk9:A, 7pkb:E, 7pkb:D, 7pkb:C, 7pkb:B, 7pkb:A, 7pkd:J, 7pkd:F, 7pkd:G, 7pkd:H, 7pkd:I, 7pkd:E, 7pkd:D, 7pkd:C, 7pkd:B, 7pkd:A, 7pke:E, 7pke:D, 7pke:C, 7pke:B, 7pke:A, 7pkf:J, 7pkf:F, 7pkf:G, 7pkf:H, 7pkf:I, 7pkf:E, 7pkf:D, 7pkf:C, 7pkf:B, 7pkf:A, 7pkg:E, 7pkg:D, 7pkg:C, 7pkg:B, 7pkg:A, 7pkh:J, 7pkh:F, 7pkh:G, 7pkh:H, 7pkh:I, 7pkh:E, 7pkh:D, 7pkh:C, 7pkh:B, 7pkh:A, 3pvn:A, 3pvn:B, 3pvn:C, 3pvn:D, 3pvn:E, 3pvn:G, 3pvn:H, 3pvn:I, 3pvn:J, 3pvn:K, 3pvn:L, 3pvn:M, 3pvn:N, 3pvn:O, 3pvn:P, 3pvn:Q, 3pvn:R, 3pvn:S, 3pvn:T, 3pvo:A, 3pvo:B, 3pvo:C, 3pvo:D, 3pvo:E, 3pvo:F, 3pvo:G, 3pvo:H, 3pvo:I, 3pvo:J, 3pvo:K, 3pvo:L, 3pvo:M, 3pvo:N, 3pvo:O, 3pvo:P, 3pvo:Q, 3pvo:R, 3pvo:S, 3pvo:T, 7tba:A, 7tba:B, 7tba:C, 7tba:D, 7tba:E, 7tba:F, 7tba:G, 7tba:H, 7tba:I, 7tba:J, 7tba:K, 7tba:L, 7tba:M, 7tba:N, 7tba:O, 7tba:P, 7tba:Q, 7tba:R, 7tba:S, 7tba:T, 8wv4:A, 8wv4:B, 8wv4:C, 8wv4:D, 8wv4:E, 8wv5:E, 8wv5:A, 8wv5:B, 8wv5:C, 8wv5:D, 8wv5:F, 8wv5:G, 8wv5:I, 8wv5:J, 8wv5:H
5 2a3w:A 204 180 0.2074 0.2206 0.2500 5.47e-14 2a3w:J, 2a3w:B, 2a3w:I, 2a3w:C, 2a3w:H, 2a3w:D, 2a3w:G, 2a3w:E, 2a3w:F, 2a3w:K, 2a3w:L, 2a3w:T, 2a3w:M, 2a3w:S, 2a3w:N, 2a3w:R, 2a3w:O, 2a3w:P, 2a3w:Q, 2a3x:A, 2a3x:B, 2a3x:C, 2a3x:J, 2a3x:D, 2a3x:E, 2a3x:F, 2a3x:G, 2a3x:H, 2a3x:I, 2a3y:A, 2a3y:B, 2a3y:C, 2a3y:D, 2a3y:E, 4avs:A, 4avs:B, 4avs:C, 4avs:D, 4avs:E, 4avt:A, 4avt:B, 4avt:C, 4avt:D, 4avt:E, 4avt:F, 4avt:G, 4avt:H, 4avt:I, 4avt:J, 4avv:E, 4avv:A, 4avv:B, 4avv:C, 4avv:D, 4ayu:A, 4ayu:B, 4ayu:C, 4ayu:D, 4ayu:E, 1gyk:A, 1gyk:B, 1gyk:C, 1gyk:D, 1gyk:E, 3kqr:A, 3kqr:B, 3kqr:C, 3kqr:D, 3kqr:E, 1lgn:A, 1lgn:B, 1lgn:C, 1lgn:D, 1lgn:E, 1sac:A, 1sac:B, 1sac:C, 1sac:D, 1sac:E, 2w08:A, 2w08:B, 2w08:C, 2w08:D, 2w08:E
6 6v55:A 746 199 0.1935 0.0563 0.2111 0.005
7 4c1w:A 188 103 0.1060 0.1223 0.2233 0.16 4c1x:A
8 3jbz:A 960 35 0.0553 0.0125 0.3429 0.38
9 8rch:A 2036 35 0.0553 0.0059 0.3429 0.40 8rch:B, 8rck:B, 8rcn:B
10 6zwm:B 2185 35 0.0553 0.0055 0.3429 0.40 6zwm:A
11 6bcu:A 2204 35 0.0553 0.0054 0.3429 0.40 6bcu:B, 6bcx:A, 6bcx:B, 4drh:B, 4drh:E, 4dri:B, 4drj:B, 8er6:B, 8er6:D, 8er6:F, 8er7:B, 8er7:D, 8er7:F, 8era:A, 9f44:A, 9f44:B, 9f45:A, 9f45:B, 1fap:B, 2fap:B, 3fap:B, 4fap:B, 5flc:B, 5flc:F, 5gpg:B, 4jsp:B, 4jsp:A, 4jsv:B, 4jsv:A, 4jsx:B, 4jsx:A, 4jt5:B, 4jt5:A, 4jt6:B, 4jt6:A, 6m4u:B, 6m4u:F, 6m4w:G, 6m4w:H, 6m4w:I, 1nsg:B, 7pe7:B, 7pe7:A, 7pe8:A, 7pe9:A, 7pea:B, 7pea:A, 7peb:A, 7pec:A, 8ppz:B, 7uxc:A, 7uxh:A, 7uxh:C, 5wbh:C, 5wbh:D, 5wbu:B, 5wbu:A, 6zwo:B
12 4prl:A 330 45 0.0691 0.0455 0.3333 0.61 4prl:B
13 3poy:A 1005 127 0.1290 0.0279 0.2205 1.1 3asi:A, 3b3q:E, 3b3q:F, 3biw:E, 3biw:F, 3biw:G, 3bod:A, 2h0b:A, 2h0b:B, 2h0b:C, 2h0b:D, 2r16:A, 2r1d:H, 2r1d:B, 2r1d:D, 2r1d:I, 3vkf:C, 3vkf:D, 2wqz:C, 2wqz:D, 2xb6:C, 2xb6:D, 5z8y:B, 5z8y:D, 5z8y:F, 5z8y:H
14 6s1c:F 299 39 0.0553 0.0401 0.3077 3.4
15 6s1c:B 342 39 0.0553 0.0351 0.3077 3.6
16 6dgd:A 704 32 0.0553 0.0170 0.3750 4.0 6dgd:B, 4nl4:H
17 6ou1:A 260 32 0.0415 0.0346 0.2812 6.5 8frr:A, 6ou1:B, 7sib:A, 7sij:A, 7sjt:A, 7sju:A, 7sjv:A, 7sjw:A, 7skd:A, 7ske:A, 7skf:A, 7skg:A, 7t8d:A, 4wxq:A, 4wxs:A, 4wxu:A
18 4nl8:A 549 32 0.0553 0.0219 0.3750 7.1
19 7a9y:AAA 137 75 0.0876 0.1387 0.2533 7.1 7a9z:AAA, 1cbr:A, 1cbr:B, 2cbr:A
20 4nl8:E 571 32 0.0553 0.0210 0.3750 7.3 4nl8:B
21 8ssl:A 1072 86 0.1060 0.0215 0.2674 9.0 5cjt:A, 5cjt:B, 5cju:A, 5cju:B, 5cjv:A, 5cjv:B, 5cjw:A, 5cjw:B, 8ssl:B, 8ssl:C, 4xc6:A, 4xc6:B, 4xc7:A, 4xc8:A, 4xc8:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218