Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALRTMVDPDTCTSCELCYDRVPEVYKNRGDGIAEVVSPGPDGWMMVPPELEQEVKEVTDECPAGSIITEEV

The query sequence (length=71) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7m1n:A 71 71 0.9859 0.9859 0.9859 6.90e-47 7m1n:B, 7m1o:A, 7m1o:B
2 1rof:A 60 69 0.3239 0.3833 0.3333 7.09e-06 1vjw:A
3 4dhv:B 66 70 0.3099 0.3333 0.3143 1.32e-04 4dhv:A, 3pni:A, 3pni:B, 1siz:A, 1siz:C, 1sj1:A, 1sj1:B, 2z8q:A, 2z8q:B
4 1iqz:A 81 63 0.3099 0.2716 0.3492 0.013 1ir0:A, 1wtf:A, 1wtf:B, 1wtf:C, 1wtf:D, 7yl8:A
5 1f2g:A 58 60 0.2394 0.2931 0.2833 0.077 1fxd:A
6 7o7s:A 1276 68 0.3239 0.0180 0.3382 0.75
7 8amp:A 65 68 0.2394 0.2615 0.2500 1.1
8 4v4c:B 274 63 0.2817 0.0730 0.3175 1.3 4v4c:D, 4v4c:F, 4v4c:H, 4v4c:J, 4v4c:L, 4v4c:N, 4v4c:P, 4v4c:R, 4v4c:T, 4v4c:V, 4v4c:X, 4v4d:B, 4v4d:D, 4v4d:F, 4v4d:H, 4v4d:J, 4v4d:L, 4v4d:N, 4v4d:P, 4v4d:R, 4v4d:T, 4v4d:V, 4v4d:X, 4v4e:B, 4v4e:D, 4v4e:F, 4v4e:H, 4v4e:J, 4v4e:L, 4v4e:N, 4v4e:P, 4v4e:R, 4v4e:T, 4v4e:V, 4v4e:X
9 7l6n:C 675 39 0.1972 0.0207 0.3590 1.4 7l6n:A, 7l6n:B, 6w6e:A
10 7db7:B 836 30 0.1690 0.0144 0.4000 1.6 7daw:B, 7db8:B, 7k98:B, 7k98:E, 7k9m:B, 7ka0:B, 7ka0:E, 7kab:B
11 1dwl:A 59 66 0.2394 0.2881 0.2576 3.4
12 3ufm:A 230 37 0.1831 0.0565 0.3514 3.7 4uqm:A
13 7mxb:A 672 44 0.1549 0.0164 0.2500 4.6 7mxb:B, 7mxj:A, 7mxk:A
14 6rxt:CD 420 34 0.1690 0.0286 0.3529 5.0 5oql:U, 6rxu:CD, 6rxv:CD, 6rxx:CD, 6rxy:CD, 6rxz:CD
15 4wmq:A 283 17 0.1127 0.0283 0.4706 5.2 6usc:A, 6usc:B, 4wmq:B, 4wmy:A, 4wmy:B
16 3dxt:A 331 26 0.1408 0.0302 0.3846 5.7 4d6q:A, 4d6r:A, 4d6s:A, 3dxu:A, 7dyg:A, 7dyq:A, 6ete:A, 6etg:A, 6ets:A, 6ett:A, 6etu:A, 6etv:A, 6etw:A, 5f5a:A, 5f5c:A, 6f5q:A, 6f5r:A, 6f5s:A, 6f5t:A, 5fp4:A, 5fp7:A, 5fp8:A, 5fp9:A, 5fpa:A, 5fpb:A, 6h0w:A, 6h0x:A, 6h0y:A, 6h0z:A, 6h10:A, 6h11:A, 4hon:A, 4hon:B, 4hoo:A, 4hoo:B, 5ph0:A, 5ph1:A, 5ph2:A, 5ph3:A, 5ph4:A, 5ph5:A, 5ph6:A, 5ph7:A, 5ph8:A, 5ph9:A, 5pha:A, 5phb:A, 5phc:A, 5phd:A, 5phe:A, 5phf:A, 5phg:A, 5phh:A, 5phi:A, 5phj:A, 5phk:A, 5phl:A, 5phm:A, 5phn:A, 5pho:A, 5php:A, 5phq:A, 5phr:A, 5phs:A, 5pht:A, 5phu:A, 5phv:A, 5phw:A, 5phx:A, 5phy:A, 5phz:A, 5pi0:A, 5pi1:A, 5pi2:A, 5pi3:A, 5pi4:A, 5pi5:A, 5pi6:A, 5pi7:A, 5pi8:A, 5pi9:A, 5pia:A, 5pib:A, 5pic:A, 5pid:A, 5pie:A, 5pif:A, 5pig:A, 5pih:A, 5pii:A, 5pij:A, 5pik:A, 5pil:A, 5pim:A, 5pin:A, 5pio:A, 5pip:A, 5piq:A, 5pir:A, 5pis:A, 5pit:A, 5piu:A, 5piv:A, 5piw:A, 5pix:A, 5piy:A, 5piz:A, 5pj0:A, 5pj1:A, 5pj2:A, 5pj3:A, 5pj4:A, 5pj5:A, 5pj6:A, 5pj7:A, 5pj8:A, 5pj9:A, 5pja:A, 5pjb:A, 5pjc:A, 5pjd:A, 5pje:A, 5pjf:A, 5pjg:A, 5pjh:A, 5pji:A, 5pjj:A, 5pjk:A, 5pjl:A, 5pjm:A, 5pjn:A, 5pjo:A, 5pjp:A, 5pjq:A, 5pjr:A, 5pjs:A, 5pjt:A, 5pju:A, 5pjv:A, 5pjw:A, 5pjx:A, 5pjy:A, 5pjz:A, 5pk0:A, 5pk1:A, 5pk2:A, 5pk3:A, 5pk4:A, 5pk5:A, 5pk6:A, 5pk7:A, 5pk8:A, 5pk9:A, 5pka:A, 5pkb:A, 5pkc:A, 5pkd:A, 5pke:A, 5pkf:A, 5pkg:A, 5pkh:A, 5pki:A, 5pkj:A, 5pkk:A, 5pkl:A, 5pkm:A, 5pkn:A, 5pko:A, 5pkp:A, 5pkq:A, 5pkr:A, 5pks:A, 5pkt:A, 5pku:A, 5pkv:A, 5pkw:A, 5pkx:A, 5pky:A, 5pkz:A, 5pl0:A, 5pl1:A, 5pl2:A, 5pl3:A, 5pl4:A, 5pl5:A, 5pl6:A, 5pl7:A, 5pl8:A, 5pl9:A, 5pla:A, 5plb:A, 5plc:A, 5pld:A, 5ple:A, 5plf:A, 5plg:A, 5plh:A, 5pli:A, 5plj:A, 5plk:A, 5pll:A, 5plm:A, 5pln:A, 5plo:A, 5plp:A, 5plq:A, 5plr:A, 5pls:A, 5plt:A, 5plu:A, 5plv:A, 5plw:A, 5plx:A, 5ply:A, 5plz:A, 5pm0:A, 5pm1:A, 5pm2:A, 5pm3:A, 5pm4:A, 5pm5:A, 5pm6:A, 5pm7:A, 5pm8:A, 5pm9:A, 5pma:A, 5pmb:A, 5pmc:A, 5pmd:A, 5pme:A, 5pmf:A, 5pmg:A, 5pmh:A, 5pmi:A, 5pmj:A, 5pmk:A, 5pml:A, 5pmm:A, 5pmn:A, 5pmo:A, 5pmp:A, 5pmq:A, 5pmr:A, 5pms:A, 5pmt:A, 5pmu:A, 5pmv:A, 5pmw:A, 5pmx:A, 5pmy:A, 5pmz:A, 5pn0:A, 5pn1:A, 5pn2:A, 5pn3:A, 5pn4:A, 5pn5:A, 5pn6:A, 5pn7:A, 5pn8:A, 5pn9:A, 5pna:A, 5pnb:A, 5pnc:A, 5pnd:A, 5pne:A, 5pnf:A, 5png:A, 5pnh:A, 5pni:A, 5pnj:A, 5pnk:A, 5pnl:A, 5pnm:A, 5pnn:A, 5pno:A, 5pnp:A, 5pnq:A, 5pnr:A, 5pns:A, 5pnu:A, 5pnv:A, 5pnw:A, 8wug:A
17 5dua:A 445 22 0.1549 0.0247 0.5000 6.0 5du9:A, 5du9:B, 5dua:B
18 1gqi:A 708 19 0.1268 0.0127 0.4737 7.4 1gqi:B, 1gqj:A, 1gqj:B, 1gqk:A, 1gqk:B, 1gql:A, 1gql:B, 1h41:A, 1h41:B
19 8h41:B 357 45 0.2254 0.0448 0.3556 8.0 8h41:A, 6jqw:A, 6jqw:B, 6jqx:A, 6jqx:B
20 8wt1:C 651 11 0.0986 0.0108 0.6364 8.7 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
21 6ot4:A 106 22 0.0986 0.0660 0.3182 9.0 6ot4:B, 6ot4:D, 6ot4:C, 6ot7:D, 6ot7:C, 6ot7:A, 6ot7:B, 6ot8:A, 6ot9:C, 6ot9:A, 6ot9:D, 6ot9:B, 6ovh:A, 6ovh:B, 6ovh:C, 6ovh:L, 6ovh:D, 6ovh:G, 6ovh:E, 6ovh:F, 6ovh:H, 6ovh:K, 6ovh:I, 6ovh:J
22 8tn3:A 388 48 0.1972 0.0361 0.2917 9.6 8tn3:B, 7uky:A, 7uky:B
23 4zm6:A 844 27 0.1690 0.0142 0.4444 9.8 4zm6:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218