Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALAKIVFASMTGNTEEIADIVADKLRDLGLDVDVDECTTVDASDFLEADIAIVATYTYGDGELPDEMMDFYEDLADLNLN
GKIYGVVGSGDTFYDEFCKAVDDFDRVFVSTGAEKGSECVKVDLSAEEEDIERLEQFAEELAAKV

The query sequence (length=145) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5lji:A 145 145 1.0000 1.0000 1.0000 6.12e-100 5lji:C
2 5veg:B 149 140 0.5034 0.4899 0.5214 5.69e-45 5veg:A, 5veg:C
3 6gaq:A 146 141 0.4345 0.4315 0.4468 3.95e-31 6gaq:B
4 6fsg:A 147 142 0.3724 0.3673 0.3803 1.40e-24 6fsi:A, 6ft1:A
5 5v57:A 645 126 0.2828 0.0636 0.3254 3.91e-16 1akq:A, 1akr:A, 1akt:A, 1aku:A, 1akv:A, 1akw:A, 1azl:A, 1bu5:A, 1bu5:B, 1c7e:A, 1c7e:B, 1c7f:A, 1c7f:B, 1f4p:A, 1fx1:A, 2fx2:A, 3fx2:A, 4fx2:A, 5fx2:A, 1i1o:A, 1j8q:A, 1j9e:A, 1j9g:A, 5v56:A, 5v56:B, 5v57:B, 1wsb:A, 1wsw:A, 1xt6:A, 1xyv:A, 1xyy:A, 5yob:A, 5yoc:A, 5yoe:A, 5yog:A
6 6li0:A 441 126 0.2828 0.0930 0.3254 4.35e-16 6li1:A
7 7k15:A 455 126 0.2828 0.0901 0.3254 5.81e-16
8 5zkp:A 436 126 0.2828 0.0940 0.3254 9.41e-16
9 7ddz:A 437 126 0.2828 0.0938 0.3254 1.26e-15
10 4heq:A 145 146 0.3448 0.3448 0.3425 3.87e-15 4heq:B
11 7epe:A 389 126 0.2828 0.1054 0.3254 1.10e-12 7epf:A
12 5tgz:A 439 126 0.2828 0.0934 0.3254 1.25e-12 7v3z:A, 5xr8:A, 5xra:A
13 6efv:A 530 119 0.2621 0.0717 0.3193 6.48e-09 1ddg:A, 1ddg:B, 1ddi:A, 1ykg:A
14 3kap:A 147 144 0.2759 0.2721 0.2778 7.55e-09 3kaq:A
15 2mok:A 176 116 0.2552 0.2102 0.3190 1.56e-08 1ag9:A, 1ag9:B, 1ahn:A
16 3f6r:A 147 140 0.2759 0.2721 0.2857 7.74e-08 3f6r:B, 3f6r:C, 3f6r:D, 3f6s:A, 3f6s:G, 3f6s:B, 3f6s:D, 3f6s:E, 3f6s:F, 3f6s:H, 3f6s:I, 3f90:A, 3f90:B, 3f90:D, 3f90:E, 3f90:F, 3f90:H, 3f90:I, 3f90:G
17 6j79:A 816 142 0.2966 0.0527 0.3028 1.79e-07 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
18 2m6s:A 149 130 0.2552 0.2483 0.2846 2.85e-07
19 2wc1:A 182 127 0.2759 0.2198 0.3150 3.39e-07
20 1czh:A 169 112 0.2207 0.1893 0.2857 4.79e-07 1czk:A, 1czl:A, 1czn:A, 1czo:A, 1czr:A, 1czu:A, 1d03:A, 1d04:A, 6kif:P, 6kif:X, 6kif:p, 1ofv:A
21 2fax:A 138 113 0.2414 0.2536 0.3097 1.11e-06 2fdx:A, 1fla:A, 1fld:A, 1fln:A, 2flv:A, 2fox:A, 1fvx:A, 2fvx:A, 3nll:A, 4nll:A, 5nll:A, 4nul:A, 5nul:A, 6nul:A, 5ull:A
22 1rlj:A 135 145 0.2621 0.2815 0.2621 1.37e-06
23 8snz:A 167 99 0.2138 0.1856 0.3131 8.64e-06 8snz:B, 8v2y:A
24 5gxu:A 552 89 0.2069 0.0543 0.3371 1.29e-05 5gxu:B
25 3hr4:A 189 114 0.2414 0.1852 0.3070 2.49e-05 3hr4:C, 3hr4:E, 3hr4:G
26 3esx:B 169 103 0.2000 0.1716 0.2816 2.98e-05 3esx:A, 3esy:A, 3esy:B, 3esy:C, 3esy:D, 3esz:A, 3esz:B, 1flv:A, 5ljp:A, 1obo:A, 1obo:B, 1obv:A, 1rcf:A, 2v5u:A, 2v5u:B, 2v5v:A, 2v5v:B
27 5k9b:A 179 120 0.2138 0.1732 0.2583 2.99e-05 1yob:A, 1yob:B
28 2fz5:A 137 89 0.1931 0.2044 0.3146 1.19e-04
29 1e5d:A 401 143 0.2414 0.0873 0.2448 1.36e-04 1e5d:B
30 4bmo:B 118 141 0.2828 0.3475 0.2908 3.14e-04 4bmp:B, 2x2o:A, 2x2p:A, 2xod:A, 2xoe:A, 7z3d:B, 7z3e:B
31 2fcr:A 173 119 0.2345 0.1965 0.2857 5.67e-04
32 4h2d:A 158 132 0.2000 0.1835 0.2197 6.40e-04 4h2d:B
33 6t1t:A 635 125 0.2345 0.0535 0.2720 0.001 6t1t:B, 6t1u:A, 6t1u:B
34 4oxx:A 153 143 0.2690 0.2549 0.2727 0.002
35 2bf4:A 645 117 0.2069 0.0465 0.2564 0.007 2bf4:B, 2bn4:A, 2bn4:B, 2bpo:A, 2bpo:B
36 3fjo:A 603 117 0.2069 0.0498 0.2564 0.008 3qfs:A, 3qft:A
37 2mt9:A 173 89 0.1793 0.1503 0.2921 0.010
38 6ohk:A 170 104 0.1862 0.1588 0.2596 0.030 6ohl:A
39 5wid:A 144 89 0.1931 0.1944 0.3146 0.060 5wid:B, 5wid:C
40 2ejc:A 280 91 0.1655 0.0857 0.2637 0.069
41 6zn1:AAA 400 68 0.1310 0.0475 0.2794 0.100 6zjh:AAA, 6zmz:AAA
42 2bmv:A 163 99 0.1862 0.1656 0.2727 0.15 1fue:A, 2w5u:A, 2w5u:B
43 6raz:7 601 59 0.1586 0.0383 0.3898 0.49 6ray:7
44 6rax:7 632 59 0.1586 0.0364 0.3898 0.70 6raw:7
45 3ber:A 220 90 0.1379 0.0909 0.2222 2.7
46 8any:AS 135 89 0.1655 0.1778 0.2697 2.7 7a5f:S6, 7a5g:S6, 7a5i:S6, 7a5k:S6, 8csp:S, 8csq:S, 8csr:S, 8css:S, 8cst:S, 8csu:S, 3j9m:AS, 8k2a:SY, 7l08:AS, 6nu2:AS, 6nu3:AS, 7og4:AS, 8oir:AS, 8ois:AS, 7p2e:S, 7pnx:S, 7pny:S, 7pnz:S, 7po0:S, 7po1:S, 7po2:S, 7po3:S, 7qi4:AS, 7qi5:AS, 7qi6:AS, 8qrk:S, 8qrl:S, 8qrm:S, 8qrn:S, 6rw4:S, 6rw5:S, 6vlz:AS, 6vmi:AS, 8xt0:SY, 8xt2:SY, 6zm5:AS, 6zm6:AS, 6zs9:AS, 6zsa:AS, 6zsb:AS, 6zsc:AS, 6zsd:AS, 6zse:AS, 6zsg:AS
47 8itg:A 439 61 0.1103 0.0364 0.2623 3.0 8gq9:A, 8gqa:A, 8gqb:A, 8ith:A
48 6sgb:F1 889 144 0.2069 0.0337 0.2083 3.8 6sg9:F1, 6sga:F1
49 6m4f:C 543 74 0.1724 0.0460 0.3378 5.3 6m4e:A, 6m4f:E, 6m55:A, 6m55:D
50 6q8y:z 874 72 0.1448 0.0240 0.2917 8.6
51 3bu1:A 144 25 0.0897 0.0903 0.5200 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218