Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ACPLEKALDVMVSTFHKYSGKEGDKFKLNKSELKELLTRELPSFLGAFQKLMSNLDSNRDNEVDFQEYCVFLSCIAMMCN
EFFEGFPD

The query sequence (length=88) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7psq:G 108 94 1.0000 0.8148 0.9362 5.78e-59 4cfr:B, 4eto:A, 3ko0:F, 3ko0:G, 3ko0:Q, 3m0w:J, 3m0w:B, 3m0w:C, 3m0w:D, 3m0w:F, 3m0w:G, 7psq:E, 3zwh:B
2 6t58:A 524 92 0.9773 0.1641 0.9348 7.13e-54 3c1v:A, 3c1v:B, 3c1v:C, 3c1v:D, 4cfq:A, 4cfq:B, 4cfq:C, 4cfq:D, 4cfr:A, 3cga:A, 3cga:B, 7eq7:A, 4eto:B, 4hre:A, 4hre:C, 4hre:B, 4hre:D, 4hsz:A, 4hsz:B, 4hsz:C, 4hsz:D, 2hyu:A, 2hyv:A, 2hyw:A, 2hyw:B, 3ko0:A, 3ko0:C, 3ko0:B, 3ko0:D, 3ko0:J, 3ko0:I, 3ko0:E, 3ko0:H, 3ko0:K, 3ko0:S, 3ko0:L, 3ko0:N, 3ko0:M, 3ko0:P, 3ko0:O, 3ko0:R, 3ko0:T, 5lpu:A, 5lpu:B, 5lpu:C, 5lpu:D, 5lpx:A, 5lq0:A, 5lq0:B, 5lq2:A, 5lq2:B, 3m0w:I, 3m0w:A, 3m0w:E, 3m0w:H, 5n7g:B, 7psp:A, 7psp:B, 7psq:A, 7psq:C, 2q91:A, 2q91:B, 6t58:B, 4x9p:A, 1xjl:A, 1xjl:B, 7zvn:A, 7zvx:A, 7zvx:B, 3zwh:A
3 6t58:A 524 86 0.9091 0.1527 0.9302 5.69e-49 3c1v:A, 3c1v:B, 3c1v:C, 3c1v:D, 4cfq:A, 4cfq:B, 4cfq:C, 4cfq:D, 4cfr:A, 3cga:A, 3cga:B, 7eq7:A, 4eto:B, 4hre:A, 4hre:C, 4hre:B, 4hre:D, 4hsz:A, 4hsz:B, 4hsz:C, 4hsz:D, 2hyu:A, 2hyv:A, 2hyw:A, 2hyw:B, 3ko0:A, 3ko0:C, 3ko0:B, 3ko0:D, 3ko0:J, 3ko0:I, 3ko0:E, 3ko0:H, 3ko0:K, 3ko0:S, 3ko0:L, 3ko0:N, 3ko0:M, 3ko0:P, 3ko0:O, 3ko0:R, 3ko0:T, 5lpu:A, 5lpu:B, 5lpu:C, 5lpu:D, 5lpx:A, 5lq0:A, 5lq0:B, 5lq2:A, 5lq2:B, 3m0w:I, 3m0w:A, 3m0w:E, 3m0w:H, 5n7g:B, 7psp:A, 7psp:B, 7psq:A, 7psq:C, 2q91:A, 2q91:B, 6t58:B, 4x9p:A, 1xjl:A, 1xjl:B, 7zvn:A, 7zvx:A, 7zvx:B, 3zwh:A
4 4duq:B 90 90 0.5909 0.5778 0.5778 2.55e-33 4duq:A
5 2y5i:C 98 87 0.5000 0.4490 0.5057 3.77e-27 2y5i:A, 2y5i:B, 2y5i:D, 2y5i:E, 2y5i:F
6 1k96:A 89 91 0.5000 0.4944 0.4835 1.46e-26 1k9k:A, 1k9k:B, 4p2y:B, 4ybh:B
7 2k2f:A 93 89 0.4886 0.4624 0.4831 4.22e-25 2k2f:B, 5k89:A, 5k89:C, 5k89:H, 2kbm:A, 2kbm:B, 2lp2:A, 2lp2:B, 2lp3:A, 2lp3:B, 2lux:A, 2lux:B, 8vk4:I, 8vk4:J, 8vk4:K, 8vk4:L, 8vk4:N, 8vk4:M, 8vk4:O, 8vk4:P, 1zfs:A, 1zfs:B
8 2kay:A 92 87 0.5227 0.5000 0.5287 2.03e-24 4dir:A, 4dir:B, 2kay:B, 6wn7:A, 6wn7:B, 6wn7:C, 6wn7:D, 6wn7:F, 6wn7:E
9 5csn:A 94 88 0.4773 0.4468 0.4773 3.06e-23 3cr2:A, 3cr4:X, 3cr5:X, 5csf:A, 5csf:B, 5csi:A, 5csi:B, 5csj:A, 5csj:B, 5csn:B, 3czt:X, 3d0y:A, 3d0y:B, 3d10:A, 3d10:B, 5d7f:A, 5d7f:B, 5dkn:A, 5dkq:A, 5dkr:A, 5dkr:B, 1dt7:A, 1dt7:B, 5er4:X, 5er5:A, 8fj8:A, 4fqo:A, 3gk1:A, 3gk2:A, 3gk4:X, 2h61:A, 2h61:B, 2h61:C, 2h61:D, 2h61:E, 2h61:F, 2h61:G, 2h61:H, 3hcm:A, 3hcm:B, 3iqo:A, 3iqo:B, 3iqq:A, 2k7o:A, 2k7o:B, 3lk0:A, 3lk0:B, 3lk0:C, 3lk0:D, 3lk1:A, 3lle:A, 3lle:B, 1mho:A, 1mq1:A, 1mq1:B, 1mwn:A, 1mwn:B, 4pdz:A, 4pdz:B, 4pe0:X, 4pe0:A, 4pe1:A, 4pe1:B, 4pe4:X, 4pe4:A, 4pe7:A, 1psb:A, 1psb:B, 1qlk:A, 1qlk:B, 3rlz:A, 3rlz:B, 3rm1:A, 1xyd:A, 1xyd:B, 4xyn:A, 4xyn:B, 4xyn:C, 4xyn:D
10 7nmi:B 488 85 0.4205 0.0758 0.4353 3.77e-18 1j55:A
11 7nmi:B 488 89 0.4205 0.0758 0.4157 1.32e-17 1j55:A
12 4hrg:A 114 86 0.3523 0.2719 0.3605 7.93e-13 1bt6:A, 1bt6:B, 4drw:A, 4drw:B, 4drw:C, 4drw:D, 4ftg:A, 4ftg:B, 4hre:E, 4hre:F, 4hre:I, 4hre:J, 4hrg:B, 4hrh:A, 4hrh:B
13 2wc8:D 93 88 0.3523 0.3333 0.3523 3.30e-12 1e8a:A, 1e8a:B, 1gqm:A, 1gqm:B, 1gqm:C, 1gqm:F, 1gqm:D, 1gqm:E, 1gqm:G, 1gqm:H, 1gqm:I, 1gqm:J, 1gqm:L, 1gqm:K, 1odb:B, 1odb:A, 1odb:C, 1odb:D, 1odb:E, 1odb:F, 2wc8:A, 2wc8:B, 2wc8:C, 2wcb:A, 2wcb:B
14 2kot:A 98 78 0.3182 0.2857 0.3590 1.71e-11 2egd:A, 2egd:B, 2h2k:A, 2h2k:B, 2kot:B, 1yut:A, 1yut:B, 1yuu:A, 1yuu:B
15 6zdy:A 108 85 0.2727 0.2222 0.2824 4.45e-11 6zfe:A
16 1qls:A 95 85 0.2614 0.2421 0.2706 8.75e-11
17 7ui5:A 114 85 0.2841 0.2193 0.2941 2.90e-10 6ds2:B, 6ds2:D, 6ds2:F, 6ds2:H, 4ggf:C, 4ggf:L, 4ggf:T, 4ggf:V, 1irj:A, 1irj:B, 1irj:C, 1irj:D, 1irj:E, 1irj:F, 1irj:G, 1irj:H, 7quv:B, 8sjb:C, 8sjb:D, 8sjc:C, 8sjc:D, 7ui5:B, 5w1f:B, 5w1f:D, 5w1f:H, 5w1f:F, 4xjk:B, 4xjk:D, 4xjk:F, 4xjk:H, 4xjk:J, 1xk4:C, 1xk4:D, 1xk4:G, 1xk4:H, 1xk4:K, 1xk4:L
18 2l51:A 102 82 0.3523 0.3039 0.3780 7.45e-10 2l51:B
19 8s9w:A 98 79 0.2955 0.2653 0.3291 1.67e-08 8s9w:B
20 5hlo:C 93 83 0.2955 0.2796 0.3133 1.13e-07 6ds2:A, 6ds2:C, 6ds2:E, 6ds2:G, 4ggf:A, 4ggf:K, 4ggf:S, 4ggf:U, 5hlo:A, 5hlo:B, 5hlo:D, 5hlv:A, 5hlv:D, 5hlv:B, 5hlv:H, 5hlv:C, 5hlv:E, 5hlv:F, 5hlv:G, 1mr8:A, 1mr8:B, 7quv:A, 8sjb:A, 8sjb:B, 8sjc:A, 8sjc:B, 5w1f:A, 5w1f:C, 5w1f:G, 5w1f:E, 4xjk:A, 4xjk:C, 4xjk:E, 4xjk:G, 4xjk:I, 1xk4:A, 1xk4:B, 1xk4:E, 1xk4:F, 1xk4:I, 1xk4:J
21 1qx2:A 76 67 0.2500 0.2895 0.3284 4.86e-06 1qx2:B
22 1ht9:A 76 74 0.3409 0.3947 0.4054 1.04e-04 1b1g:A, 1ht9:B, 3icb:A, 4icb:A, 1ig5:A, 1igv:A, 1n65:A
23 4aqi:A 96 80 0.2841 0.2604 0.3125 0.002 4aqj:A, 2psr:A, 3psr:A, 3psr:B, 2wnd:A, 2wor:A, 2wos:A
24 3lij:A 465 61 0.2273 0.0430 0.3279 0.021 3l19:A, 3l19:B
25 1b0p:A 1231 37 0.1591 0.0114 0.3784 0.033 1b0p:B, 2c3m:A, 2c3m:B, 2c3o:A, 2c3o:B, 2c3p:A, 2c3p:B, 2c3u:A, 2c3u:B, 2c3y:A, 2c3y:B, 2c42:A, 2c42:B, 1kek:A, 1kek:B, 2pda:A, 2pda:B, 2uza:A, 2uza:B
26 4xru:C 424 37 0.1705 0.0354 0.4054 0.094 4xru:F
27 3s1s:A 870 37 0.2045 0.0207 0.4865 0.19
28 4jwq:C 73 42 0.1250 0.1507 0.2619 0.28 4jwq:A
29 2lvj:A 77 45 0.1477 0.1688 0.2889 0.61 1k9u:A, 1k9u:B, 2lvk:A, 5otj:D, 5otj:C
30 4mvf:A 408 47 0.1705 0.0368 0.3191 1.5 3pm8:A, 3pm8:B
31 7zr1:D 780 31 0.1477 0.0167 0.4194 1.9 7zr1:C
32 4ysm:A 475 26 0.1023 0.0189 0.3462 2.0 3ma6:A, 3ma6:B, 4ysj:A, 4ysj:B, 4ysm:B, 4yuq:A, 4yuq:B, 4yzb:A, 4yzb:B
33 4plt:B 319 67 0.2273 0.0627 0.2985 2.5 4plh:A, 4plh:B, 4plh:C, 4plh:D, 4plt:A, 4plt:C, 4plt:D, 4plv:A, 4plv:B, 4plv:C, 4plv:D, 4plw:A, 4plw:B, 4plw:C, 4plw:D, 4ply:B, 4ply:A, 4ply:C, 4ply:D, 4ply:F, 4ply:E, 4ply:G, 4ply:H
34 6k31:A 1109 38 0.1477 0.0117 0.3421 3.9 6k31:B
35 4ri5:A 284 29 0.1477 0.0458 0.4483 4.3 4qum:A, 4rh5:A, 4rh9:A, 4rhg:A, 4ri5:B, 4s0g:A
36 2pmy:A 73 43 0.1477 0.1781 0.3023 4.5 2pmy:B
37 5dvr:A 386 26 0.1136 0.0259 0.3846 4.7
38 2scp:A 174 46 0.1477 0.0747 0.2826 5.1 2scp:B
39 4ieb:A 472 26 0.1136 0.0212 0.3846 5.1 6bfa:A, 3hx4:A, 3i7b:A, 3i7c:A, 4ifg:A, 4ihp:A, 4jbv:A, 5jms:A, 5jn2:A, 3ku2:A, 4m84:A, 4mx9:A, 4mxa:A, 3n51:A, 3nyv:A, 4ona:A, 3sx9:A, 3sxf:A, 3t3u:A, 3t3v:A, 4tzr:A, 3upx:A, 3upz:A, 3v51:A, 3v5p:A, 3v5t:A, 5w80:A, 5w8r:A, 5w91:A, 5w9e:A, 5w9r:A, 4wg3:A, 4wg4:A, 4wg5:A, 4yga:A, 4yga:C, 4yga:E, 4yga:G, 4yjn:A
40 7mbp:A 996 31 0.1705 0.0151 0.4839 5.8 7mbp:B, 7mbp:C, 7mbp:D, 7mbq:A, 7mbq:B, 7mbq:C, 7mbq:D, 7mbr:A, 7mbr:B, 7mbr:C, 7mbr:D, 7mbs:A, 7mbs:B, 7mbs:C, 7mbs:D, 7mbt:A, 7mbt:D, 7mbt:B, 7mbt:C, 7mbu:A, 7mbu:D, 7mbu:B, 7mbu:C, 7mbv:A, 7mbv:B, 7mbv:C, 7mbv:D
41 1omr:A 201 28 0.1023 0.0448 0.3214 5.8 2het:A, 2het:B, 2het:C, 2het:D, 2i94:A, 1jsa:A, 1la3:A, 4m2o:A, 4m2p:A, 4m2q:A, 4mlw:A, 1omv:A, 1rec:A, 4yi8:A, 4yi9:A
42 3zqe:B 248 47 0.1136 0.0403 0.2128 6.0
43 4n5x:A 155 44 0.1932 0.1097 0.3864 6.0 4zcu:A, 4zcu:B, 4zcu:C, 4zcv:A, 4zcv:B, 4zcv:C, 4zcv:D
44 2r2i:A 184 34 0.1250 0.0598 0.3235 6.1
45 4qox:A 462 33 0.1136 0.0216 0.3030 6.3
46 2n8y:A 153 32 0.1364 0.0784 0.3750 7.8 6c0a:A
47 5wqk:A 293 34 0.1364 0.0410 0.3529 8.9 5wqj:A, 5wqj:B, 5wqk:B
48 7ymi:B 479 36 0.1136 0.0209 0.2778 9.6 7ymi:b, 7ymm:1B, 7ymm:2B, 7ymm:3B, 7ymm:4B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218