Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 142 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.

    • Sort results by
    << < 1 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    1 6gsl:11 (3.16) BS01 rna ? GO:0002181 ... P60405 29931292
    2 6gsl:12 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80371 29931292
    3 6gsl:15 (3.16) BS01 rna ? GO:0003729 ... P60488 29931292
    4 6gsl:19 (3.16) BS01 rna ? GO:0002181 ... P60405 29931292
    5 6gsl:19 (3.16) BS02 MG ? GO:0002181 ... P60405 29931292
    6 6gsl:1A (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN7 29931292
    7 6gsl:1E (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80371 29931292
    8 6gsl:1I (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN7 29931292
    9 6gsl:21 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN8 29931292
    10 6gsl:21 (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... Q5SHN8 29931292
    11 6gsl:22 (3.16) BS01 rna ? GO:0003676 ... P80372 29931292
    12 6gsl:25 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 29931292
    13 6gsl:25 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 29931292
    14 6gsl:29 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN8 29931292
    15 6gsl:29 (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... Q5SHN8 29931292
    16 6gsl:2A (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80376 29931292
    17 6gsl:2A (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... P80376 29931292
    18 6gsl:2E (3.16) BS01 rna ? GO:0003676 ... P80372 29931292
    19 6gsl:2I (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80376 29931292
    20 6gsl:2I (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... P80376 29931292
    21 6gsl:31 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN9 29931292
    22 6gsl:32 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80373 29931292
    23 6gsl:32 (3.16) BS02 SF4 ? GO:0003723 ... P80373 29931292
    24 6gsl:35 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ7 29931292
    25 6gsl:38 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q8VVE3 29931292
    26 6gsl:39 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN9 29931292
    27 6gsl:39 (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... Q5SHN9 29931292
    28 6gsl:3A (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN3 29931292
    29 6gsl:3E (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80373 29931292
    30 6gsl:3E (3.16) BS02 MG ? GO:0003723 ... P80373 29931292
    31 6gsl:3E (3.16) BS03 SF4 ? GO:0003723 ... P80373 29931292
    32 6gsl:3I (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN3 29931292
    33 6gsl:3I (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN3 29931292
    34 6gsl:41 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    35 6gsl:41 (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    36 6gsl:41 (3.16) BS03 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    37 6gsl:41 (3.16) BS04 MG ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    38 6gsl:42 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHQ5 29931292
    39 6gsl:45 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    40 6gsl:45 (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    41 6gsl:45 (3.16) BS03 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    42 6gsl:45 (3.16) BS04 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    43 6gsl:45 (3.16) BS05 MG ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    44 6gsl:48 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLP6 29931292
    45 6gsl:49 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    46 6gsl:49 (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    47 6gsl:49 (3.16) BS03 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 29931292
    48 6gsl:4A (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80377 29931292
    49 6gsl:4E (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHQ5 29931292
    50 6gsl:4I (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80377 29931292
    51 6gsl:4I (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... P80377 29931292
    52 6gsl:51 (3.16) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0DOY8 29931292
    53 6gsl:52 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLP8 29931292
    54 6gsl:55 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q9Z9H5 29931292
    55 6gsl:58 (3.16) BS01 rna ? GO:0003729 ... P60488 29931292
    56 6gsl:59 (3.16) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0DOY8 29931292
    57 6gsl:5A (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY6 29931292
    58 6gsl:5A (3.16) BS02 ZN ? GO:0003735 ... P0DOY6 29931292
    59 6gsl:5E (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLP8 29931292
    60 6gsl:5E (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... Q5SLP8 29931292
    61 6gsl:5I (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY6 29931292
    62 6gsl:5I (3.16) BS02 ZN ? GO:0003735 ... P0DOY6 29931292
    63 6gsl:61 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ1 29931292
    64 6gsl:62 (3.16) BS01 rna ? GO:0000028 ... P17291 29931292
    65 6gsl:65 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 29931292
    66 6gsl:65 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 29931292
    67 6gsl:68 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 29931292
    68 6gsl:68 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 29931292
    69 6gsl:69 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ1 29931292
    70 6gsl:69 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ1 29931292
    71 6gsl:6A (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 29931292
    72 6gsl:6A (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 29931292
    73 6gsl:6E (3.16) BS01 rna ? GO:0000028 ... P17291 29931292
    74 6gsl:6E (3.16) BS02 rna ? GO:0000028 ... P17291 29931292
    75 6gsl:6I (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 29931292
    76 6gsl:6I (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 29931292
    77 6gsl:71 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SLP7 29931292
    78 6gsl:71 (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... Q5SLP7 29931292
    79 6gsl:72 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY9 29931292
    80 6gsl:75 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60490 29931292
    81 6gsl:75 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60490 29931292
    82 6gsl:78 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ7 29931292
    83 6gsl:78 (3.16) BS02 MG ? GO:0003735 ... Q5SHQ7 29931292
    84 6gsl:79 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SLP7 29931292
    85 6gsl:7A (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJH3 29931292
    86 6gsl:7E (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY9 29931292
    87 6gsl:7I (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJH3 29931292
    88 6gsl:82 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80374 29931292
    89 6gsl:85 (3.16) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60491 29931292
    90 6gsl:88 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    91 6gsl:88 (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    92 6gsl:88 (3.16) BS03 rna ? GO:0000049 ... P60489 29931292
    93 6gsl:8A (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY7 29931292
    94 6gsl:8E (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80374 29931292
    95 6gsl:8E (3.16) BS02 rna ? GO:0000049 ... P80374 29931292
    96 6gsl:8I (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY7 29931292
    97 6gsl:95 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... P60492 29931292
    98 6gsl:98 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q9Z9H5 29931292
    99 6gsl:9A (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ0 29931292
    100 6gsl:9I (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ0 29931292
    101 6gsl:A5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP3 29931292
    102 6gsl:A8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 29931292
    103 6gsl:A8 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 29931292
    104 6gsl:AA (3.16) BS01 rna ? GO:0000028 ... Q5SHP2 29931292
    105 6gsl:AI (3.16) BS01 rna ? GO:0000028 ... Q5SHP2 29931292
    106 6gsl:B5 (3.16) BS01 rna ? GO:0000027 ... Q5SHP0 29931292
    107 6gsl:B8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60490 29931292
    108 6gsl:B8 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60490 29931292
    109 6gsl:BA (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80380 29931292
    110 6gsl:BI (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80380 29931292
    111 6gsl:C5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHP9 29931292
    112 6gsl:C8 (3.16) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60491 29931292
    113 6gsl:D5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHZ1 29931292
    114 6gsl:D5 (3.16) BS02 rna ? GO:0003723 ... Q5SHZ1 29931292
    115 6gsl:D5 (3.16) BS03 rna ? GO:0003723 ... Q5SHZ1 29931292
    116 6gsl:D8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... P60492 29931292
    117 6gsl:E5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60493 29931292
    118 6gsl:E5 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60493 29931292
    119 6gsl:E5 (3.16) BS03 rna ? GO:0003735 ... P60493 29931292
    120 6gsl:E8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP3 29931292
    121 6gsl:F5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60494 29931292
    122 6gsl:F8 (3.16) BS01 rna ? GO:0000027 ... Q5SHP0 29931292
    123 6gsl:G5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP6 29931292
    124 6gsl:G8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHP9 29931292
    125 6gsl:H5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ6 29931292
    126 6gsl:H5 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ6 29931292
    127 6gsl:H8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHZ1 29931292
    128 6gsl:I8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60493 29931292
    129 6gsl:I8 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60493 29931292
    130 6gsl:I8 (3.16) BS03 rna ? GO:0003735 ... P60493 29931292
    131 6gsl:J5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80339 29931292
    132 6gsl:J8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60494 29931292
    133 6gsl:K8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP6 29931292
    134 6gsl:L5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80340 29931292
    135 6gsl:L8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ6 29931292
    136 6gsl:L8 (3.16) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ6 29931292
    137 6gsl:M5 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SKU1 29931292
    138 6gsl:M8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJE1 29931292
    139 6gsl:N8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80339 29931292
    140 6gsl:O8 (3.16) BS01 rna ? GO:0000049 ... P35871 29931292
    141 6gsl:P8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80340 29931292
    142 6gsl:Q8 (3.16) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SKU1 29931292
    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218