Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 594392 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.

    • Sort results by
    << < 2841 2842 2843 2844 2845 2846 2847 2848 2849 2850 2851 2852 2853 2854 2855 2856 2857 2858 2859 2860 2861 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    570001 8qoa:L (2.0) BS01 rna ? GO:0000049 ... P0A7S3 38503753
    570002 8qoa:M (2.0) BS01 rna ? GO:0000049 ... P0A7S9 38503753
    570003 8qoa:M (2.0) BS02 rna ? GO:0000049 ... P0A7S9 38503753
    570004 8qoa:N (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0AG59 38503753
    570005 8qoa:O (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0ADZ4 38503753
    570006 8qoa:O (2.0) BS02 rna ? GO:0000028 ... P0ADZ4 38503753
    570007 8qoa:P (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0A7T3 38503753
    570008 8qoa:Q (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0AG63 38503753
    570009 8qoa:R (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0A7T7 38503753
    570010 8qoa:S (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0A7U3 38503753
    570011 8qoa:T (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0A7U7 38503753
    570012 8qoa:U (2.0) BS01 rna ? GO:0000028 ... P68679 38503753
    570013 8qoa:c (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60422 38503753
    570014 8qoa:c (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P60422 38503753
    570015 8qoa:d (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60438 38503753
    570016 8qoa:e (2.0) BS01 rna ? GO:0001070 ... P60723 38503753
    570017 8qoa:f (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P62399 38503753
    570018 8qoa:f (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P62399 38503753
    570019 8qoa:f (2.0) BS03 rna ? GO:0000027 ... P62399 38503753
    570020 8qoa:g (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0AG55 38503753
    570021 8qoa:h (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0A7R1 38503753
    570022 8qoa:i (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0AA10 38503753
    570023 8qoa:j (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0ADY3 38503753
    570024 8qoa:j (2.0) BS02 rna ? GO:0002181 ... P0ADY3 38503753
    570025 8qoa:k (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P02413 38503753
    570026 8qoa:l (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0ADY7 38503753
    570027 8qoa:l (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P0ADY7 38503753
    570028 8qoa:l (2.0) BS03 rna ? GO:0000027 ... P0ADY7 38503753
    570029 8qoa:m (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0AG44 38503753
    570030 8qoa:n (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0C018 38503753
    570031 8qoa:n (2.0) BS02 rna ? GO:0002181 ... P0C018 38503753
    570032 8qoa:o (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0A7K6 38503753
    570033 8qoa:o (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P0A7K6 38503753
    570034 8qoa:p (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0A7L3 38503753
    570035 8qoa:q (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0AG48 38503753
    570036 8qoa:r (2.0) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61175 38503753
    570037 8qoa:s (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0ADZ0 38503753
    570038 8qoa:t (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60624 38503753
    570039 8qoa:u (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P68919 38503753
    570040 8qoa:u (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P68919 38503753
    570041 8qoa:v (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0A7L8 38503753
    570042 8qoa:v (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P0A7L8 38503753
    570043 8qoa:v (2.0) BS03 rna ? GO:0000027 ... P0A7L8 38503753
    570044 8qoa:w (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0A7M2 38503753
    570045 8qoa:x (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0A7M6 38503753
    570046 8qoa:y (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0AG51 38503753
    570047 8qoa:y (2.0) BS02 rna ? GO:0000027 ... P0AG51 38503753
    570048 8qoa:z (2.0) BS01 rna ? GO:0000027 ... P0A7N4 38503753
    570049 8qoi:LA (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62917 38844527
    570050 8qoi:LA (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P62917 38844527
    570051 8qoi:LB (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P39023 38844527
    570052 8qoi:LD (1.9) BS01 rna ? GO:0000027 ... P46777 38844527
    570053 8qoi:LD (1.9) BS02 rna ? GO:0000027 ... P46777 38844527
    570054 8qoi:LF (1.9) BS01 rna ? GO:0000463 ... P18124 38844527
    570055 8qoi:LF (1.9) BS02 rna ? GO:0000463 ... P18124 38844527
    570056 8qoi:LG (1.9) BS01 rna ? GO:0000470 ... P62424 38844527
    570057 8qoi:LG (1.9) BS02 rna ? GO:0000470 ... P62424 38844527
    570058 8qoi:LH (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P32969 38844527
    570059 8qoi:LI (1.9) BS01 rna ? GO:0000027 ... Q96L21 38844527
    570060 8qoi:LI (1.9) BS02 rna ? GO:0000027 ... Q96L21 38844527
    570061 8qoi:LJ (1.9) BS01 rna ? GO:0000027 ... P62913 38844527
    570062 8qoi:LJ (1.9) BS02 rna ? GO:0000027 ... P62913 38844527
    570063 8qoi:LL (1.9) BS01 rna ? GO:0001824 ... P26373 38844527
    570064 8qoi:LL (1.9) BS02 rna ? GO:0001824 ... P26373 38844527
    570065 8qoi:LM (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P50914 38844527
    570066 8qoi:LN (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61313 38844527
    570067 8qoi:LN (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P61313 38844527
    570068 8qoi:LN (1.9) BS03 MG ? GO:0002181 ... P61313 38844527
    570069 8qoi:LO (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P40429 38844527
    570070 8qoi:LP (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P18621 38844527
    570071 8qoi:LP (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P18621 38844527
    570072 8qoi:LQ (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... Q07020 38844527
    570073 8qoi:LR (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P84098 38844527
    570074 8qoi:LR (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P84098 38844527
    570075 8qoi:LS (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... Q02543 38844527
    570076 8qoi:LS (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... Q02543 38844527
    570077 8qoi:LT (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46778 38844527
    570078 8qoi:LT (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P46778 38844527
    570079 8qoi:LU (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P35268 38844527
    570080 8qoi:LV (1.9) BS01 rna ? GO:0000122 ... P62829 38844527
    570081 8qoi:LW (1.9) BS01 rna ? GO:0000027 ... P83731 38844527
    570082 8qoi:LW (1.9) BS02 rna ? GO:0000027 ... P83731 38844527
    570083 8qoi:LX (1.9) BS01 rna ? GO:0000027 ... P62750 38844527
    570084 8qoi:LX (1.9) BS02 rna ? GO:0000027 ... P62750 38844527
    570085 8qoi:LY (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61254 38844527
    570086 8qoi:LY (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P61254 38844527
    570087 8qoi:LZ (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61353 38844527
    570088 8qoi:La (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46776 38844527
    570089 8qoi:Lb (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P47914 38844527
    570090 8qoi:Lc (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62888 38844527
    570091 8qoi:Ld (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62899 38844527
    570092 8qoi:Le (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62910 38844527
    570093 8qoi:Lf (1.9) BS01 rna ? GO:0000049 ... P18077 38844527
    570094 8qoi:Lg (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P49207 38844527
    570095 8qoi:Lg (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P49207 38844527
    570096 8qoi:Lh (1.9) BS01 rna ? GO:0000463 ... P42766 38844527
    570097 8qoi:Lh (1.9) BS02 rna ? GO:0000463 ... P42766 38844527
    570098 8qoi:Li (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... Q9Y3U8 38844527
    570099 8qoi:Lj (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61927 38844527
    570100 8qoi:Lj (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P61927 38844527
    570101 8qoi:Lj (1.9) BS03 ZN ? GO:0002181 ... P61927 38844527
    570102 8qoi:Lk (1.9) BS01 rna ? GO:0001501 ... P63173 38844527
    570103 8qoi:Ll (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62891 38844527
    570104 8qoi:Ll (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P62891 38844527
    570105 8qoi:Lm (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62987 38844527
    570106 8qoi:Lm (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P62987 38844527
    570107 8qoi:Lo (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P83881 38844527
    570108 8qoi:Lo (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P83881 38844527
    570109 8qoi:Lp (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61513 38844527
    570110 8qoi:Lp (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P61513 38844527
    570111 8qoi:Lr (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46779 38844527
    570112 8qoi:SA (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P08865 38844527
    570113 8qoi:SB (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61247 38844527
    570114 8qoi:SC (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P15880 38844527
    570115 8qoi:SD (1.9) BS01 rna 4.2.99.18 GO:0000977 ... P23396 38844527
    570116 8qoi:SE (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62701 38844527
    570117 8qoi:SF (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P46782 38844527
    570118 8qoi:SG (1.9) BS01 rna ? GO:0000082 ... P62753 38844527
    570119 8qoi:SH (1.9) BS01 rna ? GO:0001843 ... P62081 38844527
    570120 8qoi:SI (1.9) BS01 rna ? GO:0000462 ... P62241 38844527
    570121 8qoi:SI (1.9) BS02 rna ? GO:0000462 ... P62241 38844527
    570122 8qoi:SJ (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46781 38844527
    570123 8qoi:SK (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46783 38844527
    570124 8qoi:SL (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62280 38844527
    570125 8qoi:SM (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P25398 38844527
    570126 8qoi:SN (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62277 38844527
    570127 8qoi:SN (1.9) BS02 rna ? GO:0002181 ... P62277 38844527
    570128 8qoi:SO (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P62263 38844527
    570129 8qoi:SP (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P62841 38844527
    570130 8qoi:SQ (1.9) BS01 rna ? GO:0000462 ... P62249 38844527
    570131 8qoi:SR (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P08708 38844527
    570132 8qoi:SS (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62269 38844527
    570133 8qoi:ST (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P39019 38844527
    570134 8qoi:SU (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P60866 38844527
    570135 8qoi:SW (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62244 38844527
    570136 8qoi:SX (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62266 38844527
    570137 8qoi:SY (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62847 38844527
    570138 8qoi:SZ (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62851 38844527
    570139 8qoi:Sa (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62854 38844527
    570140 8qoi:Sa (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P62854 38844527
    570141 8qoi:Sb (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P42677 38844527
    570142 8qoi:Sc (1.9) BS01 rna ? GO:0000028 ... P62857 38844527
    570143 8qoi:Sd (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62273 38844527
    570144 8qoi:Sd (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P62273 38844527
    570145 8qoi:Se (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62861 38844527
    570146 8qoi:Sf (1.9) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62979 38844527
    570147 8qoi:Sf (1.9) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P62979 38844527
    570148 8qoi:Sg (1.9) BS01 rna ? GO:0001891 ... P63244 38844527
    570149 8qoj:A (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570150 8qoj:B (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570151 8qoj:C (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570152 8qoj:D (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570153 8qoj:E (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570154 8qoj:F (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570155 8qoj:G (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570156 8qoj:H (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570157 8qoj:I (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570158 8qoj:J (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570159 8qoj:K (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570160 8qoj:L (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    570161 8qow:A (2.35) BS01 ZN 3.3.2.6
    3.4.11.4    		 GO:0003723 ... P09960 38015154
    570162 8qow:A (2.35) BS02 WID 3.3.2.6
    3.4.11.4    		 GO:0003723 ... P09960 38015154
    570163 8qoy:A (3.0) BS01 ZN N/A GO:0005886 ... A0A2S0ETM3 38951648
    570164 8qoz:7 (3.1) BS01 rna ? GO:0000389 ... Q15459 38778104
    570165 8qoz:7 (3.1) BS02 rna ? GO:0000389 ... Q15459 38778104
    570166 8qoz:A (3.1) BS01 peptide ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570167 8qoz:A (3.1) BS02 rna ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570168 8qoz:A (3.1) BS03 rna ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570169 8qoz:A (3.1) BS04 rna ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570170 8qoz:A (3.1) BS05 rna ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570171 8qoz:A (3.1) BS06 IHP ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570172 8qoz:D (3.1) BS01 rna ? GO:0000245 ... P83876 38778104
    570173 8qoz:D (3.1) BS02 rna ? GO:0000245 ... P83876 38778104
    570174 8qoz:J (3.1) BS01 rna ? GO:0000244 ... O43395 38778104
    570175 8qoz:J (3.1) BS02 rna ? GO:0000244 ... O43395 38778104
    570176 8qoz:L (3.1) BS01 rna ? GO:0000244 ... Q8WWY3 38778104
    570177 8qoz:L (3.1) BS02 rna ? GO:0000244 ... Q8WWY3 38778104
    570178 8qoz:M (3.1) BS01 rna ? GO:0000398 ... P55769 38778104
    570179 8qoz:M (3.1) BS02 rna ? GO:0000398 ... P55769 38778104
    570180 8qoz:N (3.1) BS01 rna ? GO:0000244 ... O94906 38778104
    570181 8qoz:N (3.1) BS02 rna ? GO:0000244 ... O94906 38778104
    570182 8qoz:N (3.1) BS03 rna ? GO:0000244 ... O94906 38778104
    570183 8qp8:A (3.5) BS01 peptide ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570184 8qp8:A (3.5) BS02 rna ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570185 8qp8:A (3.5) BS03 peptide ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570186 8qp8:A (3.5) BS04 IHP ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570187 8qp8:C (3.5) BS01 rna ? GO:0000398 ... Q15029 38778104
    570188 8qp8:D (3.5) BS01 peptide ? GO:0000245 ... P83876 38778104
    570189 8qp8:D (3.5) BS02 rna ? GO:0000245 ... P83876 38778104
    570190 8qp8:G (3.5) BS01 rna 3.6.4.13 GO:0000354 ... Q9BUQ8 38778104
    570191 8qp8:J (3.5) BS01 rna ? GO:0000244 ... O43395 38778104
    570192 8qp8:L (3.5) BS01 rna ? GO:0000244 ... Q8WWY3 38778104
    570193 8qp8:L (3.5) BS02 rna ? GO:0000244 ... Q8WWY3 38778104
    570194 8qp8:N (3.5) BS01 rna ? GO:0000244 ... O94906 38778104
    570195 8qp8:R (3.5) BS01 rna ? GO:0000398 ... Q9BTD8 38778104
    570196 8qp8:R (3.5) BS02 rna ? GO:0000398 ... Q9BTD8 38778104
    570197 8qp8:S (3.5) BS01 rna ? GO:0000387 ... O43290 38778104
    570198 8qp8:S (3.5) BS02 peptide ? GO:0000387 ... O43290 38778104
    570199 8qp9:A (4.1) BS01 peptide ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    570200 8qp9:A (4.1) BS02 rna ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218