Structure of PDB 5wtl Chain C

Receptor sequence

>5wtlC (length=260) Species: 553178 (Capnocytophaga gingivalis ATCC 33624)

SKDTDKDGIPDNKDACPEVPGLKEFNGCPDTDGDGIPDKDDACPQVKGPK
EFNGCPDTDGDGIPDKDDACPEVAGPKEFNGCPDTDGDGIPDKDDKCPDV
AGPAENGGCPWPDTDGDGVLDKDDLCPEVAGPASNKGCPEPDEKEQKQLN
QYAKTILFDTGKATIKFQSAEVLNQIINVLKKYPNSRFRIEGHTDSTGKK
AKNMILSQNRADAVKVYLIQGGIDAGRLESQGFGPEKPIASNKNKKGREL
NRRVEINLIK

3D structure

• PDB: 5wtl Structure of thrombospondin type 3 repeats in bacterial outer membrane protein A reveals its intra-repeat disulfide bond-dependent calcium-binding capability.
• Chain: C
• Resolution: 2.298 Å

Interaction with ligand

Site #	Ligand	Ligand chain	Binding residues on receptor (original residue number in PDB)	Binding residues on receptor (residue number reindexed from 1)	Binding affinity
BS01	CA	C	D198 D200 D202 I204 D209	D3 D5 D7 I9 D14
BS02	CA	C	D200 D202 D209 C211 V214 P215 G222	D5 D7 D14 C16 V19 P20 G27
BS03	CA	C	D225 D227 D229 I231 D236	D30 D32 D34 I36 D41
BS04	CA	C	D227 D229 D236 C238 V241 G249	D32 D34 D41 C43 V46 G54
BS05	CA	C	D252 D254 D256 I258 D263	D57 D59 D61 I63 D68
BS06	CA	C	D254 D256 D263 C265 V268 G276	D59 D61 D68 C70 V73 G81
BS07	CA	C	D279 D281 D283 I285 D290	D84 D86 D88 I90 D95
BS08	CA	C	D281 D283 D290 C292 V295 G303	D86 D88 D95 C97 V100 G108
BS09	CA	C	D308 D310 D312 V314 D319	D113 D115 D117 V119 D124
BS10	CA	C	D310 D312 D319 C321 V324 G332	D115 D117 D124 C126 V129 G137
BS11	CA	C	E424 Q426	E229 Q231

Gene Ontology

Molecular Function

• GO:0005509 calcium ion binding

Biological Process

• GO:0007155 cell adhesion

Cellular Component

• GO:0016020 membrane

External links

• PDB: RCSB:5wtl, PDBe:5wtl, PDBj:5wtl
• PDBsum: 5wtl
• PubMed: 28807152
• UniProt: C2M2E7