Structure of PDB 6een Chain B

Receptor sequence

>6eenB (length=315) Species: 4577 (Zea mays)

VVTYNTLIDGLAKAGRLEEALQLFQEMKEKGVKPDVVTYNTLIDGLAKAG
RLEEALQLFQEMKEKGVKPDVVTYNTLIDGLAKAGRLEEALQLFQEMKEK
GVKPDVVTYNTLIDGLAKAGRLEEALQLFQEMKEKGVKPDVVTYNTLIDG
LAKAGRLEEALQLFEEMKEKGVKPDVVTYNTLIDGLAKAGRLEEALQLFQ
EMKEKGVKPDVVTYNTLIDGLAKAGRLEEALQLFEEMKEKGVKPDVVTYN
TLIDGLAKAGRLEEALQLFEEMKEKGVKPDVVTYNTLIDGLAKAGRLEEA
LQLFQEMKEKGVKPD

3D structure

• PDB: 6een Crystal structure of a designer Pentatrico Peptide RNA binding protein, bound to a complex RNA target and featuring an infinite superhelix and microheterogeneity.
• Chain: B
• Resolution: 2.01 Å

Interaction with ligand

Site #	Ligand	Ligand chain	Binding residues on receptor (original residue number in PDB)	Binding residues on receptor (residue number reindexed from 1)	Binding affinity
BS01	rna	B	N9 T10 D13 K17 D39 V40 V41 N44 T45 D48 K52 D74 V76 N79 T80 D83 K87 D109 V111 N114 T115 D118 K122 D144 V146 N149 T150 D153 K157 D179 V181 N184 T185 D188 K192 D214 V216 N219 T220 D223 K227 D249 V251 N254 T255 D258 D284 V286 N289 D319	N5 T6 D9 K13 D35 V36 V37 N40 T41 D44 K48 D70 V72 N75 T76 D79 K83 D105 V107 N110 T111 D114 K118 D140 V142 N145 T146 D149 K153 D175 V177 N180 T181 D184 K188 D210 V212 N215 T216 D219 K223 D245 V247 N250 T251 D254 D280 V282 N285 D315
BS02	rna	B	N9 T10 D13 K17 V41 N44 T45 D48 K52 V76 N79 D83 K87 V111 N114 T115 D118 K122 V146 N149 T150 D153 K157 V181 N184 T185 D188 K192 V216 N219 T220 D223 K227 V251 N254 T255 D258 V286 N289 T290	N5 T6 D9 K13 V37 N40 T41 D44 K48 V72 N75 D79 K83 V107 N110 T111 D114 K118 V142 N145 T146 D149 K153 V177 N180 T181 D184 K188 V212 N215 T216 D219 K223 V247 N250 T251 D254 V282 N285 T286
BS03	rna	B	V6 N9 T10 D13 K17 D39 V41 N44 T45 D48 K52 D74 V76 N79 T80 D83 K87 V111 N114 T115 D118 K122 V146 N149 T150 D153 K157 D179 V181 N184 T185 D188 K192 V216 N219 T220 D223 K227 V251 N254 T255 D258 D284 V286 N289 D319	V2 N5 T6 D9 K13 D35 V37 N40 T41 D44 K48 D70 V72 N75 T76 D79 K83 V107 N110 T111 D114 K118 V142 N145 T146 D149 K153 D175 V177 N180 T181 D184 K188 V212 N215 T216 D219 K223 V247 N250 T251 D254 D280 V282 N285 D315
BS04	rna	B	N9 T10 D13 K17 V41 N44 T45 D48 K52 V76 N79 T80 K87 V111 N114 T115 D118 K122 V146 N149 T150 D153 K157 V181 N184 T185 D188 K192 V216 N219 T220 D223 K227 V251 N254 T255 D258 V286 N289 T290	N5 T6 D9 K13 V37 N40 T41 D44 K48 V72 N75 T76 K83 V107 N110 T111 D114 K118 V142 N145 T146 D149 K153 V177 N180 T181 D184 K188 V212 N215 T216 D219 K223 V247 N250 T251 D254 V282 N285 T286

External links

• PDB: RCSB:6een, PDBe:6een, PDBj:6een
• PDBsum: 6een