Structure of PDB 5wtl Chain B

Receptor sequence

>5wtlB (length=258) Species: 553178 (Capnocytophaga gingivalis ATCC 33624)

DTDKDGIPDNKDACPEVPGLKEFNGCPDTDGDGIPDKDDACPQVKGPKEF
NGCPDTDGDGIPDKDDACPEVAGPKEFNGCPDTDGDGIPDKDDKCPDVAG
PAENGGCPWPDTDGDGVLDKDDLCPEVAGPASNKGCPEPDEKEQKQLNQY
AKTILFDTGKATIKFQSAEVLNQIINVLKKYPNSRFRIEGHTDSTGKKAK
NMILSQNRADAVKVYLIQGGIDAGRLESQGFGPEKPIASNKNKKGRELNR
RVEINLIK

3D structure

• PDB: 5wtl Structure of thrombospondin type 3 repeats in bacterial outer membrane protein A reveals its intra-repeat disulfide bond-dependent calcium-binding capability.
• Chain: B
• Resolution: 2.298 Å

Interaction with ligand

Site #	Ligand	Ligand chain	Binding residues on receptor (original residue number in PDB)	Binding residues on receptor (residue number reindexed from 1)	Binding affinity
BS01	CA	B	E424 Q426	E227 Q229
BS02	CA	B	D198 D200 D202 I204 D209	D1 D3 D5 I7 D12
BS03	CA	B	D200 D202 D209 C211 V214 P215 G222	D3 D5 D12 C14 V17 P18 G25
BS04	CA	B	D225 D227 D229 I231 D236	D28 D30 D32 I34 D39
BS05	CA	B	D227 D229 D236 C238 V241 G249	D30 D32 D39 C41 V44 G52
BS06	CA	B	D252 D254 D256 I258 D263	D55 D57 D59 I61 D66
BS07	CA	B	D254 D256 D263 C265 V268 G276	D57 D59 D66 C68 V71 G79
BS08	CA	B	D279 D281 D283 I285 D290	D82 D84 D86 I88 D93
BS09	CA	B	D281 D283 D290 C292 V295 A296 G303	D84 D86 D93 C95 V98 A99 G106
BS10	CA	B	D308 D310 D312 V314 D319	D111 D113 D115 V117 D122
BS11	CA	B	D310 D312 D319 C321 V324 G332	D113 D115 D122 C124 V127 G135

Gene Ontology

Molecular Function

• GO:0005509 calcium ion binding

Biological Process

• GO:0007155 cell adhesion

Cellular Component

• GO:0016020 membrane

External links

• PDB: RCSB:5wtl, PDBe:5wtl, PDBj:5wtl
• PDBsum: 5wtl
• PubMed: 28807152
• UniProt: C2M2E7