Structure of PDB 3p4g Chain B

Receptor sequence

>3p4gB (length=313) Species: 178399 (Marinomonas primoryensis)

SFGFWDGTSTQAEITHSFDHYIGSAFDASNNNVAVTGNVSATLNVLAGDD
KVSIDGNVEDVLVAANVAVLDMGTGNDQLYVAGDVLGKIDAGTGNDEIYI
KGDVSAAVDAGTGNDEVYIGGNLSGDLDAGTDNDNIQIGGDVNAALNAGT
GNDNLIIGHDVSGIVNMGTDNDTVEVGRTINASGKVLLDTGDDSLLVSGD
LFGEVDGGTGNDTIIIAGKVSGNIQGGTGNDIVRVQSQVWAEANISLGTG
DDVLIVEHELHGTVAGNEGDDSIYLKFYTKEQYNNNSDLRNRVANFEHIR
VSDGVVKGSPADF

3D structure

• PDB: 3p4g Anchored clathrate waters bind antifreeze proteins to ice.
• Chain: B
• Resolution: 1.7 Å

Interaction with ligand

Site #	Ligand	Ligand chain	Binding residues on receptor (original residue number in PDB)	Binding residues on receptor (residue number reindexed from 1)	Binding affinity
BS01	CA	B	D34 S36 N38 V52 L53 A54 D57	D27 S29 N31 V45 L46 A47 D50
BS02	CA	B	L53 A54 G55 D57 M79 G80 T81 D84	L46 A47 G48 D50 M72 G73 T74 D77
BS03	CA	B	G80 T81 G82 D84 A98 G99 T100 D103	G73 T74 G75 D77 A91 G92 T93 D96
BS04	CA	B	G99 T100 G101 D103 A117 G118 T119 D122	G92 T93 G94 D96 A110 G111 T112 D115
BS05	CA	B	G118 G120 D122 A136 G137 T138 D141	G111 G113 D115 A129 G130 T131 D134
BS06	CA	B	G137 T138 D139 D141 A155 G156 T157 D160	G130 T131 D132 D134 A148 G149 T150 D153
BS07	CA	B	G156 G158 D160 M174 G175 T176 D179	G149 G151 D153 M167 G168 T169 D172
BS08	CA	B	G175 T176 D177 D179 L195 T197 D200	G168 T169 D170 D172 L188 T190 D193
BS09	CA	B	D196 G198 D200 G214 T216 D219	D189 G191 D193 G207 T209 D212
BS10	CA	B	G215 T216 G217 D219 G233 G234 T235 D238	G208 T209 G210 D212 G226 G227 T228 D231
BS11	CA	B	G234 T235 G236 D238 L254 G255 T256 D259	G227 T228 G229 D231 L247 G248 T249 D252
BS12	CA	B	G255 T256 G257 D259 G273 E275 D278	G248 T249 G250 D252 G266 E268 D271
BS13	CA	B	N274 G276 D278 E304	N267 G269 D271 E297

External links

• PDB: RCSB:3p4g, PDBe:3p4g, PDBj:3p4g
• PDBsum: 3p4g
• PubMed: 21482800
• UniProt: A1YIY3