Structure of PDB 3fby Chain B

Receptor sequence
>3fbyB (length=535) Species: 9606 (Homo sapiens) [Search protein sequence]
NSAQRFCPDGSPSECHEHADCVLERDGSRSCVCAVGWAGNGILCGRDTDL
DGFPDEKLRCPERQCRKDNCVTVPNSGQEDVDRDGIGDACDPDADGDGVP
NEKDNCPLVRNPDQRNTDEDKWGDACDNCRSQKNDDQKDTDQDGRGDACD
DDIDGDRIRNQADNCPRVPNSDQKDSDGDGIGDACDNCPQKSNPDQADVD
HDFVGDACDSDQDQDGDGHQDSRDNCPTVPNSAQEDSDHDGQGDACDDDD
DNDGVPDSRDNCRLVPNPGQEDADRDGVGDVCQDDFDADKVVDKIDVCPE
NAEVTLTDFRAFQTVVLDPEGDAQIDPNWVVLNQGREIVQTMNSDPGLAV
GYTAFNGVDFEGTFHVNTVTDDDYAGFIFGYQDSSSFYVVMWKQMEQTYW
QANPFRAVAEPGIQLKAVKSSTGPGEQLRNALWHTGDTESQVRLLWKDPR
NVGWKDKKSYRWFLQHRPQVGYIRVRFYEGPELVADSNVVLDTTMRGGRL
GVFCFSQENIIWANLRYRCNDTIPEDYETHQLRQA
3D structure
PDB3fby The crystal structure of the signature domain of cartilage oligomeric matrix protein: implications for collagen, glycosaminoglycan and integrin binding.
ChainB
Resolution3.15 Å
3D
structure
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Enzymatic activity
Enzyme Commision number ?
Interaction with ligand
Site
#		 Ligand Ligand
chain		 Binding residues on receptor
(original residue number in PDB)		 Binding residues on receptor
(residue number reindexed from 1)		 Binding affinity
BS01 CA B D269 D271 D273 F275 D290 D47 D49 D51 F53 D68
BS02 CA B D271 D273 D290 C292 V295 P296 N297 D49 D51 D68 C70 V73 P74 N75
BS03 CA B D302 D304 D306 I308 D313 D80 D82 D84 I86 D91
BS04 CA B D304 D306 D313 D315 D82 D84 D91 D93
BS05 CA B D315 D317 D319 V321 D326 D93 D95 D97 V99 D104
BS06 CA B D317 D319 D326 C328 V331 R332 N333 D95 D97 D104 C106 V109 R110 N111
BS07 CA B N338 D340 D342 W344 D349 N116 D118 D120 W122 D127
BS08 CA B D340 D342 D349 C351 Q354 K355 N356 D118 D120 D127 C129 Q132 K133 N134
BS09 CA B D361 D363 D365 R367 D372 D139 D141 D143 R145 D150
BS10 CA B D363 D365 D372 D374 D141 D143 D150 D152
BS11 CA B D374 D376 D378 I380 D385 D152 D154 D156 I158 D163
BS12 CA B D376 D378 D385 C387 V390 P391 N392 D154 D156 D163 C165 V168 P169 N170
BS13 CA B D397 D399 D401 I403 D405 D408 D175 D177 D179 I181 D183 D186
BS14 CA B D399 D401 D408 C410 P411 K413 N415 D177 D179 D186 C188 P189 K191 N193
BS15 CA B D420 D422 D424 V426 D431 D198 D200 D202 V204 D209
BS16 CA B D422 D424 D431 D433 D200 D202 D209 D211
BS17 CA B D435 D437 D439 H441 D446 D213 D215 D217 H219 D224
BS18 CA B D437 D439 D446 C448 V451 P452 N453 D215 D217 D224 C226 V229 P230 N231
BS19 CA B D458 D460 D462 Q464 D469 D236 D238 D240 Q242 D247
BS20 CA B D460 D462 D469 D471 N474 D238 D240 D247 D249 N252
BS21 CA B D466 D469 D472 D479 D244 D247 D250 D257
BS22 CA B D471 D473 D475 V477 D249 D251 D253 V255
BS23 CA B D473 D475 D482 C484 V487 P488 N489 D251 D253 D260 C262 V265 P266 N267
BS24 CA B D494 D496 D498 V500 G501 Q505 D272 D274 D276 V278 G279 Q283
BS25 CA B D507 D509 D511 V513 D518 D285 D287 D289 V291 D296
BS26 CA B D509 D511 D518 C520 N523 V526 D287 D289 D296 C298 N301 V304
BS27 CA B N565 D593 D595 S728 N343 D371 D373 S506
BS28 CA B V591 D593 Q616 D678 V369 D371 Q394 D456
BS29 CA B D593 D594 D595 Q619 D371 D372 D373 Q397
Gene Ontology
Molecular Function
GO:0005509 calcium ion binding
Biological Process
GO:0007155 cell adhesion
Cellular Component
GO:0005576 extracellular region

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External links
PDB RCSB:3fby, PDBe:3fby, PDBj:3fby
PDBsum3fby
PubMed19276170
UniProtP49747|COMP_HUMAN Cartilage oligomeric matrix protein (Gene Name=COMP)

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